대법원-2011-두-18120 (2013.12.26)

용역이 제공된 당해 사업연도 경과 후 용역대금이 감액된 경우 당해 사업연도 소득금액에 포함할 수 있는지 여부

내국법인이 자산을 양도하거나 용역을 제공한 후에 사업상 정당한 사유로 당초의 매매대금이나 용역대금을 감액하였다면, 특별한 사정이 없는 한 그 감액분을 권리가 확정된 사업연도의 소득금액에 포함할 수는 없음. 다만 사업상 정당한 사유의 존부에 관한 입증책임은 그 사유의 존재를 주장하는 측에 있음

2014누1057 법인세등부과처분취소

AAA어드바이저코리아주식회사

○○세무서장

서울행정법원 2010. 9. 3. 선고 2009구합3545 판결

환송전판 결

서울고등법원 2011. 7. 7. 선고 2012누33346 판결

대법원 2013. 12. 26. 선고 2011두18120 판결

2014. 6. 25.

2014. 9. 24.

1. 제1심 판결 중 2000 사업연도 내지 2004 사업연도 법인세 부과처분에 관한 부분을 다음과 같이 변경한다.

가, 피고가 2005. 10. 14, 원고에 대하여 한 2000 사업연도 법인세 2,018,190원, 2001 사업연도 법인세 9,988,500원의 부과처분, 2002 사업연도 법인세 1,223,190,190원의 부과처분 중 611,452,301원을 초과하는 부분, 2004 사업연도 법인세 1,693,854,580원의 부과처분 중 156,279,115원을 초과하는 부분, 2006, 3. 2. 원고에 대하여 한 2003년 사업연도 법인세 725,873,690원의 부과처분을 각 취소한다.

나. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

2. 소송총비용은 이를 3분하여 그 1은 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

청구취지, 항소취지 및 이 법원의 심판범위

1. 청구취지 및 항소취지

제1심 판결 중 원고 패소부분을 취소한다, 피고가 2005. 10. 14. 원고에 대하여 한 2000 사업연도 법인세 2,018,190원, 2001 사업연도 법인세 9,988,500원, 2002년 사업연도 법인세 1,223,190,190원의 부과처분 중 1,174,170,400원, 2004년 사업연도 법인세 1,693,854,580원의 각 부과처분, 2006. 3. 2. 한 2003 사업연도 법인세 725,873,690원의 부과처분 중 15,413,960원의 부과처분을 각 취소한다[원고는 당초 위 청구 외에도 피고가 2005. 10. 14. 원고에 대하여 한 2002년 2기 부가가치세 263,013,840원, 2004년 1기 부가가치세 6,772,380원, 2008. 5, 1. 한 2005 사업연도 법인세 108,334,950원의 각 부과처분, 환송전 당심 공동피고 ○○지방국세청장(이하 ○○지방국세청장이라고만 한다)이 원고에 대하여 한 2004년 사업연도 배당 677,238,500원의 소득금액변동통지의 취소를 구하는 청구도 하였으나, 이는 아래와 같이 분리・확정되어 이 법원의 심판범위에서 제외되었다].

2. 이 법원의 심판범위

원고는 당초 피고가 2005. 10. 14. 원고에 대하여 한 2000 사업연도 법인세 2,018,190원, 2001 사업연도 법인세 9,988,500원, 2002 사업연도 법인세 1,223,190,190 원, 2004년 사업연도 법인세 1,693,854,580원의 각 부과처분, 2002년 2기 부가가치세 263,013,840원, 2004년 1기 부가가치세 6,772,380원의 각 부과처분, 2006. 3. 2. 원고에 대하여 한 2003년 사업연도 법인세 725,873,690원, 2008. 5. 1. 원고에 대하여 한 2005 사업연도 법인세 108,334,950원의 부과처분 및 ○○지방국세청장이 2005, 10. 14. 원고에 대하여 한 2004 사업연도 배당 677,238,500원의 소득금액변동통지를 모두 취소해 달라는 청구를 하였는데, 제1심법원은 위 청구 중 2002 사업연도 법인세 1,223,190,190원의 부과처분 중 1,174,170,400원을 초과하는 부분, 2006. 3. 2. 한 2003 사업연도 법인세 725,873,690원의 부과처분 중 15,413,960원을 초과하는 부분에 관한 취소청구만을 인용하고 나머지 청구를 모두 기각하였다. 이에 원고와 피고가 각 패소 부분에 관하여 항소를 제기하였고, 환송 전 이 법원은 원고의 항소를 일부 받아들여 2002 사업연도 법인세 1,223,190,190원의 부과처분 중 1,013,224,230원을 초과하는 부 분, 2003 사업연도 법인세 725,873,690원의 부과처분 중 15,413,960원을 초과하는 부분, 2004 사업연도 법인세 1,693,854,580원의 부과처분 중 1,463,751,620원을 초과하는 부분, 2002년 2기 부가가치세 263,013,840원의 부과처분 중 190,535,310원을 초과하는 부분과 2005년 사업연도 법인세 108,334,950원의 부과처분, ○○지방국세청장이 원고에 대하여 한 2004년 사업연도 배당 677,238,500원의 소득금액변동통지를 모두 취소하고, 원고의 나머지 청구를 기각하는 것으로 제1심 판결을 변경하였다. 이에 대하여 원고와 피고 및 ○○지방국세청장이 모두 상고하였는데, 대법원은 원고의 상고를 받아들여 환송 전 판결의 원고 패소부분 중 2000 사업연도 내지 2004 사업연도 법인세 부과처분에 관한 부분을 파기하고, 이 법원에 환송하였으며, 나머지 원고의 상고 및 피고와 ○○지방국세청장의 상고는 모두 기각하였다. 따라서 이 법원이 심판할 범위는, 파기환송된 부분인 위 2000 사업연도 내지 2004 사업연도 법인세 부과처분 중 환송 전 판결에서 취소되지 않고 남아 있는 부분에 한정된다.

1. 처분의 경위

가. 당사자의 지위

"(1) 원고는 L☆☆ Fund II US LP, L☆☆ Fund II Bermuda LP(이하 묶어서 'L☆☆ II'),L☆☆ Fund Ⅲ US LP, L☆☆ Fund Ⅲ Bermuda LP(이하 묶어서 'L☆☆ III',), L☆☆ Fund IV US LP 및 L☆☆ Fund IV Bermuda LP(이하 묶어서 'L☆☆ IV', 이하 L☆☆ II,III,IV를, L☆☆' 라 통칭한다)가 투자한 유동화전문회사 등(국내법에 따른 유동화전문회사 및 유동화 업무를 전업으로 하는 외국법인을 포함하고, 주식회사 SS타워, SS프로퍼티매니지먼트 주식회사, L○○ 프로퍼티유동화전문 유한회사를 포함한다, 이하,'소외 유동화전문회사' 또는 'SPC'라고 한다)과 자산관리위탁계약을 체결하였다.", "(2) 원고는 위 자산관리위탁계약에 기하여 소외 유동화전문회사들의 유동화자산을 관리, 운용, 처분하는 용역(이하자산관리용역')을 제공하고 이에 대한 자산관리수수료를 지급받았으며, 자산관리 외에도 회계와 세무신고 업무 등 부수용역(이하부수용역')을 대행하고 이에 대한 부수용역수수료를 지급받았다.",(3) H○○ Advisors LLC(이하 'HA LLC')는 L☆☆룰 위한 조사 및 자산평가와 자문용역을 제공하는 법인으로서, 원고의 모회사이다.

나, 피고의 각 법인세 부과처분

(1) 2000년, 2001년 사업연도 법인세 부과처분

피고는 원고와 소외 유동화전문회사가 법인세법이 정한 특수관계에 있다고 보아 법인세법 제25조 제1항 제2호 단서의 특수관계자에 대한 접대비한도 규정을 적용하여 접대비한도액을 다시 계산하였고, 다음 표(생략) 기재와 같이 그 한도초과액을 손금불산입하여 2005, 10. 14. 원고에게 부과고지세액란 기재와 같이 각 법인세를 경정하여 부과하였다.

(2) 2002년 사업연도 법인세 부과처분

피고는, 2005. 10. 14. 원고에게 ① 특수관계자에 대한 접대비한도 규정을 적용하 여 접대비한도 초과액을 손금불산입하고, ② L○○ NPL Investment Company, Ltd 한국영업소(이하 NPL), L○○ K□□ NPL Investment Company, Ltd. 한국지점(이하 K□□ NPL), 주식회사 SS타워(이하 SS타워)에 대한 자산관리수수료의 감액을 부인하여 1,231,832,494원을 익금 산입하였으며, ③ 14개 유동화전문회사에 대한 마진율 조정에 의한 부수용역수수료 1,001,696,791원, DD빌딩, SS타워 건물 관리와 관련한 부수용역수수료 526,328,455원, 합계 1,528,015,246원의 감액을 부인하고 추가로 익금산입하는 등 하여, 다음 표(생략) 기재와 같이 합계 3,078,417,337원에 대한 법인세 1,223,190,190원을 경정하여 부과하였다.

(3) 2003년 사업연도 법인세 부과처분

피고는, 2006. 3. 2. 원고에게 ① 특수관계자에 대한 접대비한도 규정을 적용하여 접대비 한도 초과액을 손금불산입하고, ② 6개 유동화전문회사들로부터 받은 용역수수료 중 일부가 자산관리수수료와 중복되었다는 이유로 1,925,616,893원을 수입금액 누락으로 판정하여 익금으로 산입하는 등 다음 표(생략) 기재와 같이 익금산입액 합계 1,968,765,477원에 대한 법인세 725,873,690원을 경정하여 부과하였다[피고는 2005. 10. 14. 2,278,146,760원의 부과처분을 하였고, 2006. 3. 2. 금액 오류로 24,019,280원만큼 증액경정하였다가 2007. 5.경 1,576,292,350원만큼 감액경정하였으므로, 725,873,690 원(2,278,146,760원 + 24,019,280원 - 1,576,292,350원)이 최종 부과세액이다].

(4) 2004년 사업연도 법인세 부과처분

피고는, 2005. 10. 14. 원고에게 ① 특수관계자에 대한 접대비한도 규정을 적용하 여 접대비한도 초과액을 손금불산입하고, ② AAA 자산유동화전문 유한회사(이하 'AAA'), ZZZ 자산유동화전문 유한회사(이하 'ZZZ', MMM 자산유동화전문 유한회사(이하 'MMM') 등 3개 유동화전문회사에 대한 자산관리수수료의 감액을 부인하여 1,231,832,494원을 익금 산입하고, ③ 원고가 HA LLC에게 KK은행과 관련하여 지급 받은 부수용역수수료 677,238,500원의 감액을 부인하여 이를 익금산입하는 등 다음 표(생략) 기재와 같이 익금산입액 합계 8,771,469,307원에 대한 법인세 1,693,854,580원을 경정하여 부과하였다.

(5) 재판의 경과

제1심에서는, 2002 사업연도 법인세 익금 산입액 3,078,417,337원 중 DD빌딩 관 련 부수용역수수료 122,875,453원, 2003 사업연도 법인세 익금 산입액 1,968,765,477원 중 부수용역수수료 1,925,616,893원의 감액 부인이 위법하다고 판단하고 나머지는 모두 적법하다고 판단하였으며, 환송 전 당심에서는 이에 더하여 2002 사업연도 법인세 익금 산입액 중 SS타워 관련 부수용역수수료 403,443,002원, 2004 사업연도 법인세 익금 산입액 8,771,469,307원 중 외환은행 관련 부수용역수수료 677,238,500원의 감액 부인이 위법하고, 나머지는 적법하다고 판단하였다.

이에 대하여 원고와 피고, ○○지방국세청장이 모두 상고하였는데, 대법원은 원고의 상고를 받아들여 환송 전 판결의 원고 패소부분 중 2000 사업연도 내지 2004 사업연도 법인세 부과처분에 관한 부분을 파기하고 이 법원에 환송하였으며, 나머지 원고의 상고 및 피고, ○○지방국세청장의 상고는 모두 기각하였다.

[인정근거 다툼 없는 사실, 갑 제1호증의 1 내지 9, 갑 저12호증, 갑 제5호증의 1 내지 3, 을 제1 내지 11호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

(1) 위 각 ① 접대비 한도액 조정의 위법

원고는 소외 유동화전문회사와 자산관리위탁계약을 체결하고 그에 따른 용역을 제 공하였을 뿐이며, 소외 유동화전문회사는 원고의 특수관계인이 아니다. 따라서 피고가 원고와 소외 유동화전문회사 사이에 법인세법상 특수관계가 성립함을 전제로 접대비 한도액을 조정하여 2000 내지 2004년도 익금에 산입한 것은 위법하다.

(2) 위 각 수수료 익금 산입의 위법

각 감액이 문제된 수수료의 경우, 다음 항목별 기재와 같이 소외 유동화전문회사 와의 자산관리위탁계약에 따라, 또는 원고 스스로 오류를 시정하거나 L☆☆ 무한 책임사원(General Partner, 이하 'GP') 혹은 다른 투자자 또는 이해관계자들의 요구에 따라 과다 청구된 수수료를 시정하여 확정한 것으로서 모두 정상적이고 합리적인 사업 수행과정에서 정당한 사유가 있어 불가피하게 조정한 것임에도 불구하고, 피고는 이것을 아무런 근거 없이 조세회피 목적에 따라 임의로 감액하였다고 보아 익금산입하였으므로, 위법하다.

(가) 2002년 사업연도 법인세 부과처분 중 자산관리수수료 조정 부분

① 원고는 2002 사업연도에 NPL 및 K□□ NPL이 보유한 유동화채권(부실채권)을 관리하면서 매입원가의 1.5% 또는 2%의 자산관리수수료를 청구하였는데, 이는 CCC의 자산관리자인 CC은행이 매입원가의 1.5%를자산관리수수료로 받은 것에 비하여 다소 높은 편이었다. 이에 더하여 NPL의 유동화자산은 모두 저당권담보부 채권으로 채권수가 98개였고, K□□ NPL은 특별채권 915억 원, 일반채권 928억 원, 역외채권 1,532억 원을 보유하고 있었으나 총 채권 수 1,115개 중 역외채권 및 무담보채권의 수가 15개에 불과하였던 반면, CCC가 보유한 자산은 특별채권 없이 일반채권 수만도 1,224개였고, 따라서 CCC의 자산관리업무가 NPL 및 K□□ NPL의 자산관리업무보다 업무량 및 난이도 면에서 더 높다고 평가될 수밖에 없는 상황이었다. 이에 L☆☆ 측에서 파트너쉽계약에 따라 원고에게 과다수수료 조정을 요구하였고, 원고는 이에 응하여 NPL과 관련하여 27,045,291원, K□□ NPL과 관련하여 256,276,283원의 수수료를 감액하여 주었을 따름이다.

② SS타워 관련 자산관리수수료에 관하여, SS타워는 2002. 1, 1. SS프로퍼티매니지먼트 주식회사(이하 'SPMC')와 별도의 자산관리위탁계약을 체결하였고, 그에 따라 원고가 수행한 자산관리업무가 실제로 거의 없게 되었다. 이에 원고는 당해 사업연도 내인 2002. 12. 31. SS타워와 실질적으로 제공된 역무의 양에 따라 자산관리수수료를 소급하여 조정하는 수정계약을 체결하였고, 그에 따라 948,511,020원을 감액해 주게 되었을 따름이다.

(나) 2002 사업연도 법인세 부과처분 중 14개 SPC 관련 부수용역수수료 조정 L☆☆를 운영하는 GP는 2002 사업연도 말 SS타워 등 14개 유동화전문회사에 대한 원고의 부수용역수수료를 검토한 결과 그 수준이 전반적으로 과다하다는 결론을 내렸고, 원고에게 마진율을 20%에서 10%로 일괄 인하할 것을 요구하였다. 그에 따라 원고가 타이멕스 방식에 따른 과다한 수수료를 조정하였고, 해당하는 금액이 1,001,696,791원이다.

(다) 2004 사업연도 법인세 부과처분 중 자산관리수수료 조정

원고는 2004년 초 채권추심조직을 인수하여 직접 운영하면서 ZZZ, AAA에 대한 자산관리수수료를 인상하였는데, 이후 신용카드채권 회수실적이 저조하여 위 회사들의 수익률이 도리어 악화되었다. 이에 선순위 채권자인 국내금융기관들이 원고에게 위 회사들에 대한 자산관리수수료의 조정을 강력하게 요구하여 그에 따른 조정이 이루어졌고, 그 금액이 각 2,488,299,844원, 1,335,642,991원이다. 한편 MMM에 대한 자산 관리수수료의 조정은, 원고가 관리하기로 되어 있었던 위 회사 유동화자산의 일부가 자산취득 당시에 이미 제3자에게 매각되기로 약정되어 있었기 때문에, 선매각된 자산에 대한 원고의 수수료 청구가 부당하여 이 부분을 감액한 것이고, 그 금액이 460,366,131원이다.

나. 판단

(1) 원고와 L☆☆, 소외 유동화전문회사들 사이의 관계

① L☆☆펀드는 자금을 모집하여 전세계에 투자하는 사모펀드(private equity fund)로 조직형태는 유한파트너쉽(Limited Partnership)이고, 펀드 투자자들인 유한책임 사원(Limited Partner, 이하 'Limited Partner')들과 펀드를 운영하는 무한책임사원인 GP로 구성되어 있다.

② L☆☆ Partners Ⅱ LP, L☆☆ Partners Ⅲ LP 및 L☆☆ Partners IV LP(이하 묶어서 LSP)는 각 L☆☆ Ⅱ,Ⅲ, IV에 해당하는 펀드들의 GP로서, 펀드관리자의 역할을 수행하였다. L☆☆들의 지분 중 1%는 GP인 LSP가, 나머지 99%는 Limited Partner인 미국 및 전세계 투자자들이 보유하였다.

③ L☆☆들은 GP 및 Limited Partner들의 파트너쉽계약에 따라 설립, 운영되고, 아일랜드, 버뮤다, 룩셈부르크 등에 특수목적법인을 설립하였다. L☆☆들은 특수목적법인을 통하여 국내에 ZZZ 유동화전문회사 등 소외 유동화회사를 설립하였고, 이를 통해 국내 채권, 부동산 등에 투자하였다.

④ L☆☆ 회장이면서 LSP의 파트너인 J는 L☆☆ 펀드를 위한 용역을 제공하는 법인으로 본인 개인이 투자하여 HA LLC를 설립하였고, 한국 내 L☆☆를 위한 자산관리, 부수용역을 제공하기 위한 법인으로 원고를 설립하였는바, HA LLC는 원고가 발행한 주식 전부를 소유하고 있다. 또 LSP는 L☆☆ Global Acquisition, LLC를 통하여 한국 내 L☆☆AAA코리아유한회사(이하 LSAK)를 자회사로 두고 있다.

⑤ LSAK는 L☆☆의 한국 내 투자와 관련하여 투자자산을 물색하고 투자 여부를 내부적으로 결정하며, L☆☆펀드자문위원회 및 투자위원회에 투자 여부에 대한 자문을 구하여 투자를 결정한다. 원고는 L☆☆의 투자결정 및 지시에 의하여 설립된 유동화전문회사 등 SPC와 자산관리계약을 체결하고, 자산관리용역 외 세무・회계 분석 등 부수용역을 제공하고 있으며, 그 외에도 LSAK를 비롯한 한국 내 L☆☆의 모든 자금관리를 총괄 집행하고 있다.

⑥ L☆☆편드의 기본규정인 파트너쉽 약정에 의하면, 펀드 운영자인 GP는 파트너 쉽 운영에 배타적인 권한을 부여받으며, GP의 핵심인물인 Principal과 그 자회사가 파트너십이 투자할 대상과 관련된 투자의향서, 기본원칙 합의, 구체적 합의 및 기타 문서 작성에 참여하도록 되어 있다. 또 투자자산과 관련해서는 GP의 자회사 또는 핵심인물이 자산취득, 자산의 관리・운영 및 자금조달을 하도록 하고 있다.

⑦ 소외 유동화전문회사의 실질적 지배주는 99%의 지분을 보유하고 있는 L☆☆ 펀드의 Limited Partner이나, Limited Partner는 위 파트너십 약정에 따라 SPC 운영에 관한 모든 권한을 앞서 본 바와 같이 GP에게 위임하고 있으므로 소외 유동화전문회사의 의사 결정은 결국 L☆☆의 GP인 LSP에 의하여 이루어진다. 즉 LSP는 HA LLC를 통하여 SPC의 사업운용과 관련하여 L☆☆자문위원회 회의 및 자체결정 등을 통하여 나온 결과를 바탕으로 자회사인 원고에게 SPC 운영을 지시함으로써 SPC 보유자산의 운용・관리・매각과 같이 중요 업무를 수행하게 된다,

⑧결국 소외 유동화전문회사는 서류상 회사(Paper Company)로서 실제 업무를 수 행할 직원이 없으므로, GP가 유동화전문회사의 수익을 실현하려면 자산관리전문회사인 원고를 이용할 수밖에 없고, 원고는 GP 및 투자자를 대리하여 모든 업무를 수행하며, 이러한 원고의 활동은 그대로 SPC의 사업성과에 반영된다. 또한 LSP는 파트너쉽 약정에 의하여 파트너쉽 및 Limited Partner들에 대하여 최상의 이익을 추구하여야 할 선량한 관리자로서의 주의의무 및 충실의무를 부담하는 점, HA LLC 및 원고가 사실상 L☆☆편드를 위한 자산관리, 부수용역을 제공하기 위하여 설립된 점 등에 비추어 보면, LSP의 파트너인 J가 형식상 원고를 지배한다 하더라도, 원고의 이익을 위하기보다는 L☆☆ 전체의 이익을 대변할 수밖에 없다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제6호증, 을 제12, 13호증의 기재 및 변론 전체의 취지

(2) 접대비 한도 초과금액의 익금 산입 부분- 소외 유동화전문회사가 법인세법상 원고의 특수관계자인지 여부

"(가) 피고는, 납세의무자인 법인이 거래상대방의 경영에 대하여 사실상 영향력을 행사하고 있다면 그 거래상대방도 법인세법 시행령 제87조 제1항 제1호의 특수관계자에 해당한다는 전제 하에, 원고와 이 사건 유동화전문회사들이 법인세법 시행령 제87조 제1항 제1호의 특수관계에 있다고 보고 법인세법 제25조 제1항 제2호 단서의특수 관계자와의 거래에서 발생한 수입금액에 대한 접대비 한도 규정'을 적용하여 그 초과액을 손금불산입하였다.",(나) 그러나 구 법인세법(2010. 12. 30. 법률 제10423호로 개정되기 전의 것, 이하 '법인세법'이라 한다) 제52조 제1항은, 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령이 정하는 특수관계에 있는 자(이하 '특수관계자'라 한다)와의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 '부당 행위계산'이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다."고 규정하고, 구 법인세법 시행령(2011. 6. 3. 대통령령 제22951호로 개정되기 전의 것, 이하 '법인세법 시행령'이라 한다) 제87조 제1항은 법 제52조 제1항에서 '대통령령 이 정하는 특수관계에 있는 자'라 함은 법인과 다음 각 호의 1의 관계에 있는 자를 말 한다."고 규정하면서 그 각 호에서 '임원의 임면권의 행사, 사업방침의 결정 등 당해 법인의 경영에 대하여 사실상 영향력을 행사하고 있다고 인정되는 자와 그 친족(제1호)' 등 당해 법인과 일정한 관계에 있는 법인 및 개인을 특정하여 열거하고 있다.

(다) 위와 같이 법인세법 제52조 제1항은 납세의무자인 법인이 특수관계자와 한 거래 또는 그로 인한 소득금액의 계산을 부당행위계산부인의 대상으로 규정하면서 특수관계자의 범위를 대통령령에 위임하고 있고, 그 위임에 따라 법인세법 시행령 제87조 저1항은 납세의무자인 법인과 같은 항 각 호의 1의 관계에 있는 자를 특수관계자로 규정하고 있으므로, 문언상 납세의무자인 법인을 기준으로 하여 그와 위 각 호의 1의 관계에 있는 자만이 특수관계자에 해당한다고 보아야 한다. 이와 달리 납세의무자인 법인과 거래를 한 상대방을 기준으로 하여 납세의무자인 법인이 위 각 호의 1의 관계 에 있는 경우 그 거래상대방이 특수관계자에 해당한다고 보는 것은, 위 시행령 조항의 문언에 반하여 허용될 수 없다(대법원 2011. 7. 21 선고 2008두150 전원합의체 판결 등 참조). 따라서 납세의무자인 법인의 경영에 대하여 사실상 영향력을 행사하고 있다고 인정되는 자는 법인세법 시행령 제87조 제1항 제1호의 특수관계자에 해당하지만, 그와 반대로 납세의무자인 법인이 거래상대방의 경영에 대하여 사실상 영향력을 행사하고 있는 경우, 그 거래상대방은 법인세법 시행령 제87조 제1항 제1호의 특수관계자에 해당하지 않는다.

(라) 그런데 위에서 본 바와 같이 이 사건 납세의무자인 원고는 소외 유동화회사 등의 경영에 사실상 영향력을 행사하고 있으나, 반대로 소외 유동화회사 등은 원고의 경영에 사실상 영향력을 행사하는 관계에 있지 않으므로, 결국 소외 유동화회사 등은 원고의 특수관계자가 아니다.

(마) 결국 이와 같은 취지에서 한 이 부분 원고의 주장은 이유 있고, 따라서 접대 비 한도초과액과 관련한 법인세 부과처분은 모두 위법하므로, 결국 이 사건 2000 내지 2004 사업연도 법인세 부과처분 중 이에 해당하는 부분은 모두 취소되어야 한다.

(3) 2002 사업연도 SS타워 자산관리수수료 감액 부분

갑 제11, 12호증의 각 기재, 변론 전체의 취지에 의하면, SS타워는 2002. 1. 1. SPMC와 자산관리위탁계약을 체결하였고, 같은 날 원고와도 당초 지급해 오던 수수료 금액을 향후 SPMC에 지급할 수수료를 차감한 금액인 월 107,334,762원으로 감액하는 내용의 자산관리위탁계약을 새로 체결하였던 사실, 그런데 원고와 SS타워는 2002. 12. 31. 다시 자산관리수수료를 월 107,334,762원에서 다시 월 28,292,177원으로 74% 가량 감액하는 2차 수정계약을 체결하였고, 이를 2002. 1. 1.부터 소급하여 적용하는 것으로 회계처리를 하였던 사실을 각 알 수 있다.

위 인정사실에 의하면, 이 부분 자산관리수수료 감액은 당해 사업연도 내에 이루어 진 것이 분명하고, 당해 사업연도 중에 정당하게 수수료가 조정된 부분은 당해 사업연도에 귀속되는 소득을 판단함에 있어 원칙적으로 이를 반영하여야 할 것이므로, 나아가 이러한 수수료 조정이 과연 사업상 정당하다고 인정할 수 있는지에 관하여 살핀다.

그런데 위에서 든 증거들에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정을 종합하여 보면, 이와 같은 수수료 조정에 사업상 정당한 사유가 있다고 보기 어렵고, 제1심 증인 현○○의 증언이나 갑 제45 내지 48호증의 각 기재만으로는 이와 달리 볼 수 없다, 즉, ①SS타워는 2002. 1. 1. SPMC와 새로 자산관리위탁계약을 체결 하면서 이를 감안하여 수수료를 조정하는 1차 수정계약을 원고와 이미 체결하였는데, 당해 사업연도 내에 동일한 사유로 거듭하여 수정계약을 체결하고, 나아가 이를 소급 하여 적용하기까지 하는 것은 매우 이례적인 일로 보인다. ② 2차 수정계약에 따른 수수료 감액 비율은 74%로 대단히 높은데, SPMC가 그에 해당하는 자산관리수수료를 SS타워에 추가로 지급 요구하였던 것도 아니고, 또 SS타워가 그 정도 추가 금액을 SPMC에 지급한 것도 아닌 상황에서, 원고의 수수료만을 일방적으로 그것도 소급하여 감액하기로 결정하는 것이 사업상 합리적이고 정상적인 결정이라고도 보기 어렵다. ③ 또한 원고는 그와 같은 결정의 근거에 관하여, 막연히 자산관리 업무 제공이 예상보다 훨씬 더 적었다고 하는 주장만을 할 뿐, 당초 예상되었던 업무량과 실제로 제공된 업무량의 구체적인 차이, 추가 감액된 수수료의 산출 과정이나 그 근거 등에 관하여 검토보고서 등 납득할 수 있는 객관적인 자료를 전혀 제출하지 못하고 있다.

(4) 당해 사업연도 경과 후 조정된 수수료 부분

(가) 용역이 제공된 당해 사업연도 경과 후 용역대금이 감액된 경우 당해 사업연 도 소득금액에 포함할 수 있는지 여부

법인세법 제40조 저11항은, 내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속 사업 연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다."고 규정함으로써 현실적으로 소득이 없더라도 그 원인이 되는 권리가 확정적으로 발생한 때에는 그 소득이 실현된 것으로 보고 과세소득을 계산하는 이른바 권리확정주의를 채택하고 있다. 즉 권리확정주의란, 소득의 원인이 되는 권리의 확정시기와 소득의 실현시기 사이에 시간적 간격이 있는 경우 소득이 실현된 때가 아닌 그 원인이 되는 권리가 확정적으로 발생한 때에 소득이 있는 것으로 보고 당해 사업연도의 소득을 산정하는 방식으로써, 실질적으로는 불확실한 소득에 대하여 장래 그것이 실현될 것을 전제로 미리 과세하는 것을 허용하는 것이다(대법원 2004. 11. 25. 선고 2003두14802 판결 등 참조). 따라서 소득의 원인이 되는 권리가 확정적으로 발생하여 과세요건이 충족됨으로써 일단 납세의무가 성립하였다 하더라도, 일정한 후발적 사유의 발생으로 말미암아 소득이 실현되지 아니하는 것으로 확정되었다면, 당초 성립하였던 납세의무는 그 전제를 상실하는 것이므로 원칙적으로 그에 따른 법인세를 부과할 수 없다고 보아야 한다, 이러한 해석은 권리확정주의의 채택에 따른 당연한 요청이며, 후발적 경정청구제도를 규정한 국세기본법 제45조의2 제2항의 입법 취지에도 부합한다. 다만 대손금과 같이 법인세법이나 관련 법령에서 특정한 후발적 사유의 발생으로 말미암아 실현되지 아니한 소득금액을 그 후발적 사유가 발생한 사업연도의 소득금액에 대한 차감사유 등으로 별도로 규정하고 있거나, 경상적・반복적으로 발생하는 매출에누리나 매출환입과 같은 후발적 사유에 대하여 납세의무자가 기업회계의 기준이나 관행에 따라 그러한 사유가 발생한 사업연도의 소득금액을 차감하는 방식으로 법인세를 신고해 왔다는 등의 특별한 사정이 있는 경우라면, 그러한 후발적 사유의 발생은 당초 성립하였던 납세의무에 영향을 미칠 수 없다고 할 것이다.

나아가 관련 규정의 문언 내용과 취지 및 체계 등에 비추어 볼 때, 여기에서 말하는 후발적 사유에는 사업상 정당한 사유로 당초의 매매대금이나 용역대금을 감액한 경우도 포함된다고 봄이 타당하므로, 내국법인이 자산을 양도하거나 용역을 제공한 후에 사업상 정당한 사유로 당초의 매매대금이나 용역대금을 감액하였다면, 특별한 사정이 없는 한 그 감액분을 당초의 매매대금이나 용역대금에 대한 권리가 확정된 사업연도의 소득금액에 포함할 수는 없다고 볼 것이다. 다만 이 경우에 사업상 정당한 사유의 존부에 관한 입증책임은 그 사유의 존재를 주장하는 원고 측에 있다고 봄이 타당하므로, 이하에서는 이 사건에서 문제 된 각 수수료 항목별로 사업상 정당한 사유가 있다고 인정할 수 있는지 여부를 살펴보도록 한다.

(나) 2002년 사업연도 법인세 부과처분 관련

1) NPL,K□□ NPL 자산관리수수료 조정 부분

위에서 든 증거들 및 변론 전체의 취지에 의하면, 원고가 2003, 3. 4. NPL, K□□ NPL에 대한 자산수수료율의 인하를 이유로, 전표일자를 2002. 12. 31.자로 소급하여 각 27,045,291원, 256,276,283원을 감액하였던 사실을 알 수 있다. 그러나 위에서 이미 본 바와 같은 원고와 위 회사들 사이의 관계, 갑 제28 내지 30호증의 각 기재에 의하여 인정되는 다음과 같은 제반 사정을 모두 종합하여 보면, 이와 같은 감액에 사업상 정당한 사유가 있다고 보기 어렵고 달리 이 점을 인정할 만한 증거도 없으므로, 피고가 이 부분 누락된 수입금액을 당해 사업연도 익금에 산입한 것은 적법하다. 즉,① NPL, K□□ NPL에 대한 자산관리수수료 감액은 용역제공이 완료되거나 그 대가를 이미 수령한 시점인 2003. 3. 4.에, 2002. 12. 31자로 날짜를 소급하여 역분개를 통해 이루어졌다. ② 이러한 의사결정과정에서 위 2개 SPC는 사실상 배제되어 있었던 것으로 보이고, L☆☆의 Limited Partner 또는 L☆☆ 투자위원회 등으로부터 특별한 요청이 없었는데도 원고 스스로 수수료율을 감액하였다. ③ 원고는 파트너쉽 계약의 조건을 만족시키고 또 L☆☆의 신뢰를 잃지 않기 위하여 이와 같이 수수료를 감액하였다고 주장하나, 수수료율 변경의 구체적인 이유, 적정 수수료율의 산정 결과와 근거 등을 기재한 검토보고서 등 이와 같은 자산관리수수료율의 변경에 객관적으로 합당한 사유가 있다고 볼 만한 증빙자료는 전혀 제출하고 있지 않다. ④ 원고는 L☆☆ 편드의 국내 부실채권에 대한 투자가 채권별 금액이 크지 않은 부실채권 위주에서 액수가 큰 채권으로 투자 대상이 변경되었는데, 엘○○ 유동화전문회사(이하 'L○○ CCC')의 건당 채권 규모는 현격하게 작은 반면 NPL, K□□ NPL의 건당 채권 규모는 큰 편이어서 자산대비 업무량이 상대적으로 적었고, 관리도 용이하여 제공된 자산관리역무에 비하여 과다하게 청구한 수수료를 감액할 필요성이 있었다고 주장하지만, NPL, K□□ NPL에 관하여 2002년도에 과연 어느 정도의 자산구성 변화가 있었는지를 파악할 수 있는 증거도 없고, NPL, K□□ NPL이 투자한 건별 채권 규모가 L○○ CCC에 비하여 컸다 하더라도 그러한 사정만으로 자산관리의 역무 정도나 난이도가 당연히 더 가볍다고 인정하기도 어려우므로, 수수료를 감액할 만한 정당한 필요성이 있었다는 점을 수긍하기 어렵다.

2) 14개 SPC 관련 부수용역수수료 조정 부분

갑 제9 내지 12호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고는 2002년 사업연도에 SS타워 등 14개 SPC에 대하여 마진율 20%를 적용하여 부수용역 제공을 완료하였고, 타이멕스 방식에 따라 그 지급의무가 확정된 날을 기준으로 각 부수용역 수수료를 산정하였던 사실, 그런데 원고는 2003. 3. 4. 마진율을 20%에서 10%로 인하 하고, 역분개를 통하여 2002. 12. 31자로 소급하여 부수용역수수료 1,001,696,791 원을 감액하였던 사실이 인정된다. 나아가 위에서 든 증거들 및 제1심 증인 현○○의 일부 증언에 의하여 인정되는 다음과 같은 제반 사정에 비추어 보면, 이와 같은 감액에는 아래와 같은 이유가 있었던 것으로 인정되고,이는 사업상 정당한 사유로 보인다.

즉, ① 원고는 14개 SPC에 대하여 각 담당 직원들의 시간당 원가에 일률적으로 20%의 마진율을 붙여 부수용역수수료를 청구하였는데, GP가 2002 사업연도 말에 수수료를 검토한 결과 그 전반적 수준이 과다하는 결론을 내리고 마진율을 인하해 줄 것을 요구하였다. ② 원고는, L☆☆의 L○○프로퍼티 와 공동으로 DD빌딩에 투자하고 있었던 캐나다 법인 CCC Inc.의 요구로 2002년 사업연도 내인 2002. 4. 30. 이미 마진율 인하 방식으로 수수료를 조정하였던 바 있고, 2002. 12. 30.에도 동일한 방식으로 주식회사 SS타워에 대한 용역수수료 403,443,002원을 감액하였던 바도 있었다. ③ 한편 원고와 14개 SPC 사이의 부수용역계약에는 그 청구액이유사한 용역을 제공하는 비계열회사의 청구금액과 같거나 그보다 적어야 한다는 규정이 포함되어 있으므로, 원고가 통상적인 용역대가보다 파다한 수수료 지급을 청구하였고 이에 대한 이의가 있다면 이는 용역대가를 조정할 수 있는 계약상의 근거도 된다. ④ 실제 원고는 위와 같이 14개 SPC에 대한 마진율을 10%로 조정한 이후에도 영업비용 대비 영업이익율이 55% 에 달하였고, 이는 매우 높은 편이었다.

피고는 이에 대하여, 원고의 이 부분 수수료 조정은 원고가 배당소득공제를 통한 조세회피의 목적으로 SPC에 소득을 이전한 것에 불과하여 정상적인 수수료 조정으로 볼 수 없다고 주장한다. 그러나 을 제14호증의 일부 기재만으로는 이를 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 만한 증거가 없으므로, 피고의 위 주장은 이유 없다.

또한 피고는, 원고가 특수관계가 있는 14개 SPC들과 부수용역계약에 의하여 용역을 제공하면서 시가보다 낮은 수수료율을 적용하여 법인세를 부당하게 감소시킨 것으로 평가할 수 있어, 법인세법 제52조, 같은 법 시행령 제88조 제1항 제6호에 의하여 부당행위계산부인으로 부인한다고도 주장하고 있으나, 원고가 시가보다 낮은 수수료율을 적용하였다는 점에 관하여는 피고가 이를 입증하여야 하는데, 이를 인정할 만한 증거가 없으므로, 피고의 이 부분 주장 역시 받아들이기 어렵다.

(다) 2004년 사업연도 법인세 부과처분 관련

1) AAA, ZZZ 관련 자산관리수수료 감액

갑 제16, 17호증의 각 1,2, 갑 제18 내지 21호증, 갑 제22호증의 1,2, 갑 제23, 24, 31호증, 갑 제41 내지 43호증, 을 제20호증, 29호증의 각 기재 및 제1심 증인 현○○의 일부 증언에 변론 전체의 취지를 종합하면,① 원고는 2003년부터 2005년까지 AAA, ZZZ와 자산관리용역계약을 체결한 뒤 이들의 보유자산을 관리하는 역무를 제공하고, 그 대가로 위 회사의 보유자산(미회수채권) 장부가액의 일정비율을 자산관리용역수수료로 수령하여 이를 수익으로 계상하였던 사실,② 그런데 원고는 2004. 4. 30. SS신용정보 주식회사 구로사업부를 인수하여 추심조직을 직접 관리하면서 자산관리 수수료를 0.8%에서 2.75%로 인상하였고, 2004. 4. 29. SS은행, HH은행 등 선순위채권자에게 인상된 추심수수료는 오직 추심을 위한 조직의 관리와 비용에만 사용되어질 것이고 향후 자산관리수수료로 인한 이익이 발생하는 경우 수수료율을 하향 조정할 것 이라고 통보하였던 사실, ③ 이에 SS은행은 2004. 6. 22. 원고에게 자산관리수수료 인상에는 동의하나 채권추심수수료가 17%를 초과하지 않는 조건으로 인상에 동의하며, 향후 채권추심수수료 지급 시 동 조건의 이행을 고려하여 업무를 처리하여 줄 것을 요청하였고, HH은행 역시 2004, 6. 29, 원고에게 보낸 동의요청에 대한 회신에서 자산 관리수수료 인상에 대한 동의조건으로 채권추심수수료는 16% 이하를 유지하고, 자산관리수수료는 추심을 위한 조직의 관리와 비용에만 사용하여 줄 것을 요청하였던 사실, ④ 그런데 원고는 자산관리수수료의 인상에도 불구하고 채권추심조직이 별도로 운영된다는 이유로 채권추심수수료를 18% 이상 별도의 비용으로 청구하였던 점, ⑤ 선순위채 권 발행조건에 의하면, ZZZ와 AAA가 회수한 금액에서 매달 운영비용 관련 금액 등을 공제한 후 그 85%가 선순위채권자들인 SS은행, HH은행에게 원금 및 이자로 지급되었고, 나머지 15%가 후순위 채권자 및 L☆☆편드에 귀속되는 사실, ⑥ 그런데 신용카드채권 회수가 예상보다 부진하였고 ,이에 ZZZ는 2004년에 306억 원, AAA 는 2004년에 196억 원이라는 거액의 영업 손실을 입게 된 점, ⑦ 한편 원고의 자산관리수수료는 AAA와 ZZZ의 자산(신용카드채권)의 장부가액에 일정비율로 약정되어 있으므로, 당초 계획대로라면 신용카드 채권이 회수되어 장부가액이 감소하는 만큼 자산관리수수료도 감소하여야 하나, 신용카드 채권회수가 부진함에 따라 자산관리수수료마저 계속 높은 수준을 유지하게 되었고, 선순위채권자들의 원리금 변제가 불투명하게 되었던 점 ⑧ 이에 선순위채권자들인 위 국내금융기관들의 요구로 2004년 9월부터 12 월까지 및 2005년 1월의 자산관리수수료를 감액하고 대신 자산관리계약의 만기연장에 합의하게 되었던 점 등이 인정된다. 그렇다면, 이 부분 원고의 자산관리수수료 조정은 신용카드 채권회수의 부진에 따른 선순위채권자들의 요구를 원고가 향후 자산관리계약 만기연장을 위하여 받아들인 것으로서 사업상 정당한 사유가 있다고 판단되므로, 이 부분 원고의 주장은 이유 있다,

피고는 이에 대하여, 원고의 이 부분 수수료 조정 역시 원고가 배당소득공제를 통한 조세회피 목적으로 SPC에 소득을 이전한 것에 불과하여 정상적인 수수료 조정으로 볼 수 없다고 주장하나, 을 제20 내지 22호증, 을 제28호증의 1, 을 제30호증의 일부 기재만으로는 이를 인정하기에 부족하고 달리 이를 인정할 만한 증거가 없으므로, 피고의 위 주장은 이유 없다.

또한 피고는, 원고가 특수관계에 있는 ZZZ, AAA와 자산관리계약에 의하여 용역을 제공하면서 시가보다 낮은 수수료율을 적용하여 법인세를 부당하게 감소시킨 것으로 평가할 수 있어, 법인세법 제52조, 같은 법 시행령 제88조 저1항 제6호에 의하여 부당행위계산 부인으로 부인한다고 주장하므로 살피건대, 원고가 시가보다 낮은 수수료율을 적용하였다는 점에 관하여는 피고가 이를 입증하여야 하는바, 이를 인정할 만한 증거가 없으므로, 피고의 이 부분 주장 역시 받아들이기 어렵다.

2) MMM 관련 자산관리수수료 조정

을 제2호증의 기재, 제1심 증인 현○○의 일부 증언에 변론 전체의 취지를 종합 하면, ① MMM는 2004. 8. 20. L☆☆ IV와 유동화자산 매매계약을 체결하고 2004. 9. 24. 유동화자산의 양수대금 2,882억 원을 지급하였는데, 그 유동화자산 중에는 서울보증보험증권 채권과 KK 채권, JJ 채권, CCC 채권 등이 포함되어 있었던 사실,② 그런데 ○○보증보험증권채권의 매각대금 1,095억 원, KK채권의 매각대금 1,746억 원이 2004. 9. 24. 입금되었고, JJ채권의 매각대금 약 368억 원이 2004. 9. 30., CCC 채권의 매각대금 약 88억 원이 2004. 9. 30., 2004. 10. 5. 각 입금되었던 사실이 각 인정된다. 살피건대, MMM가 위 유동화자산에 대한 매수인의 지위를 취득하기 이전에 그 자산 중 일부가 이미 제3자에게 매각되었던 것이 사실이라면, 그 선매각 자산은 원고의 자산관리대상에 해당하지 않으므로 선매각자산을 포함하여 산정된 자산 관리수수료를 감액한 부분은 오류 수정에 해당하여 정당한 사유가 있다고도 볼 수 있을 것이다. 그러나 원고가 제출한 증거들을 모두 살펴보더라도 위 채권들의 정확한 매각 시기는 알 수 없고, 그 대금의 입금 시기는 모두 MMM가 매수인의 지위를 취득한 이후인 점이 인정될 따름이다. 그렇다면, 결국 원고가 MMM에 대한 자산관리업무를 개시한 시점이 위 자산들의 매각 전인지 후인지 명확하지 않은 상황에서, 달리 원고가 위 채권들이 원고가 MMM에 대한 자산관리업무를 개시하기 전에 이미 매각된 것이라 는 사실을 입증할 만한 증거를 제출하지 못하고 있는 이상, 이 부분 수수료 조정이 오류 수정으로서 사업상 정당한 사유가 있다고 인정할 수는 없다. 결국 이 부분 원고의 주장은 이유 없다.

다. 소결

그렇다면, 피고가 원고에 대하여 한 이 사건 부과처분 중 2000 사업연도,2001 사 업연도, 2003사업연도 법인세 부과처분은 모두 취소되어야 하고,2002 사업연도 법인세의 정당한 세액은 별지(생략) 2002 사업연도 귀속 법인세 산출내역 중, 차감징수할 세액 중 이번사건란 세액'란 기재와 같으며, 2004 사업연도 법인세의 정당한 세액은 별지 2004 사업연도 귀속 법인세 산출내역 중 '차감징수할 세액 중 이번사건란 세액'란 기재와 같다. 따라서 피고가 원고에 대하여 한, 2005. 10. 14. 원고에 대하여 한 2000 사 업연도 법인세 2,018,190원의 부과처분, 2001 사업연도 법인세 9,988,500원의 부과처분, 2002 사업연도 법인세 1,223,190,190원의 부과처분 중 611,452,301원을 초과하는 부분, 2004 사업연도 법인세 1,693,854,580원의 부과처분 중 156,279,115원을 초과하는 부분, 2006. 3. 2. 원고에 대하여 한 2003년 사업연도 법인세 725,873,690원은 모두 취소되어야 한다.

3. 결 론

그렇다면, 원고의 피고에 대한 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 이를 인용하고 나머지 청구는 이유 없어 이를 기각할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 일부 달리하여 부당하므로, 원고의 항소를 일부 받아들여 제1심 판결을 위와 같이 변경하기로 하여 주문과 같이 판결한다.