1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 1981. 5. 30.부터 대전 중구 B에서 ‘C’라는 상호로 의약품 도매업을 하였다.

나. 원고는 2013. 1.경 2012년 제2기의 매출세액을 107,757,207원으로, 매입세액을 183,302,278원으로 신고하여 부가가치세 75,545,071원의 환급을 신청하였는데, 피고는 2013. 4. 1.부터 2014. 4. 19.까지 원고에 대한 세무조사를 실시하였고, 그 과정에서 원고가 명문제약 주식회사(이하 ‘명문제약’이라 한다)로부터 의약품을 매입하면서 실제 매입가격보다 증액된 금액을 공급가액으로 기재한 매입세금계산서를 발급받아 매입세액을 과다 공제한 사실을 확인하였다.

다. 이에 피고는 2013. 6. 3. 원고에 대하여 ‘명문제약으로부터 공급받은 의약품의 공급가액을 실제보다 증액하는 방법으로 허위의 세금계산서를 발급받아 부가가치세 신고시 매입세액을 과다하게 공제하였다’는 이유로 관련 매입세액을 공제하지 아니하고 2009년 제1기 부가가치세 9,572,950원, 2009년 제2기 부가가치세 8,322,910원, 2010년 제1기 부가가치세 14,544,710원, 2011년 제1기 부가가치세 24,315,280원, 2011년 제2기 부가가치세 37,533,290원, 2012년 제1기 부가가치세 37,217,550원, 2009년 귀속 종합소득세 47,680,440원, 2010년 귀속 종합소득세 33,304,180원을 각 경정고지하였고, 원고가 환급신청한 2012년 제2기 부가가치세 75,545,071원 중 41,057,251원의 환급을 거부하고 34,487,820원만을 환급하되 이를 체납액이나 납기 중에 있는 국세에 충당하기로 하였다

(이하에서는 위 각 부가가치세 및 종합소득세 부과처분과 부가가치세 환급거부처분을 통틀어 ‘이 사건 처분’이라 한다). 라.

원고는 이 사건 처분에 불복하여 2013. 8. 30. 조세심판원장에게 심판청구를 하였으나, 위 심판청구는 2014. 3. 25. 기각되었다. ...