beta
제목
지금과 폐백금류 교환거래가 재화의 공급인지 및 재활용폐자원 매입세액공제 해당여부
요지
교환거래에 의해 지금(지은)을 인도한 것이 명백하므로 재화의 공급에 해당하며, 매입처별계산서합계표 또는 영수증을 첨부하여 재활용 폐자원 등의 매입세액공제신고서를 제출하여야 매입세액특례규정이 적용되고 그 기재내용이 허위이거나 실제 거래내용과 다른 경우 매입세액을 공제할 수 없음
관련법령
부가가치세법 제6조 [재화의 공급]
주문
1. 제1심 판결을 다음과 같이 변경한다.
가. 피고가 2004. 12. 1. 원고에 대하여 한 2000년 귀속 종합소득세 12,708,890원, 2001년 귀속 종합소득세 15,651,160원, 2002년 귀속 종합소득세 9,475,550원, 2003년 귀속 종합소득세 15,218,240원의 부과처분을 각 취소한다.
나. 원고의 나머지 청구를 기각한다.
2. 소송총비용 중 90%는 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.
청구취지 및 항소취지
제1심 판결을 취소한다. 피고가 2004. 12. 1. 원고에 대하여 한 2000년 제2기 부가가치세 24,174,450원, 2001년 제1기 부가가치세 89,156,370원, 2001년 제2기 부가가치세 51,812,620원, 2002년 제1기 부가가치세 32,655,140원, 2002년 제2기 부가가치세 42,170,230원, 2003년 제1기 부가가치세 56,968,700원, 2003년 제2기 부가가치세 42,723,810원, 2004년 제1기 부가가치세 118,804,940원, 2000년 귀속 종합소득세 12,708,890원, 2001년 귀속 종합소득세 15,651,160원, 2002년 귀속 종합소득세 9,475,550원, 2003년 귀속 종합소득세 15,218,240원의 각 부과처분 및 피고가 2004. 12. 13. 원고에 대하여 한 2004년 제2기 부가가치세 42,581,050원의 환급거부처분을 각 취소한다.
이유
1. 처분의 경위
가. 원고는 '○○○○○'라는 상호로 폐 백금류 등 저순도의 백금족으로부터 고순도의 백금 및 백금화합물을 추출하여 이를 국내·외에 판매하는 귀금속 화합물 제조업을 운영하고 있다. 위 추출 공정은 폐 백금류의 용융, 산(酸)용해, 정제 등의 작업과정으로 이루어지는데, 원고는 이와 관련하여 2002. 7.경 ○○군수로부터 구 폐기물관리법(2007. 4. 11. 법률 제8371호로 전문개정되기 전의 것, 이하 같다.) 제44조의2 및 같은 법 시행규칙 제47조 제2항의 규정에 의한 폐기물재활용 신고필증을 교부받았다.
나. 원고는 2000년 제2기부터 2004년 제1기 부가가치세 과세기간 동안 폐 백금류를 매입하면서 그 대금의 지급조로 폐 백금류 공급자들에게 ○○○○ 주식회사 등으로부터 매입한 합계 3,136,503,440원 상당의 지금(地金)·지은(地銀)을 인도하였다(이하 '이 사건 인도'라 한다.).
피고는 이 사건 인도를 부가가치세 과세대상인 재화의 공급으로 보고 폐 백금류의 대금조로 인도된 지금·지은의 가액을 각 해당 과세기간의 과세표준에 산입하여, 2004. 12. 1. 원고에게 2000년 제2기부터 2004년 제1기까지의 각 부가가치세를 경정·고지하는 이 사건 부가가치세 부과처분을 하였다. 각 해당 과세기간의 지금·지은의 인도 내역 및 부가가치세 부과 내역은 아래 표와 같다.
과세기간
폐 백금류의 대금조로 인도된
지금·지은의 매입액
부가가치세
2000년 제2기
128,621,750원
24,174,450원
2001년 제1기
498,358,740원
89,156,370원
2001년 제2기
305,318,968원
51,812,620원
2002년 제1기
203,268,907원
32,655,140원
2002년 제2기
278,443,270원
42,170,230원
2003년 제1기
426,923,732원
56,968,700원
2003년 제2기
333,988,553원
42,723,810원
2004년 제1기
961,579,520원
118,804,940원
합계
3,136,503,440원
458,466,260원
다. 또한 피고는 2004. 12. 1. 원고에게, 원고가 위와 같이 폐 백금류를 매입하고 거래상대방으로부터 세금계산서 등을 수취하지 아니하였다는 이유로 구 소득세법(2003. 12. 30. 법률 제7006호로 개정된 것) 제81조 제8항에 근거하여 종합소득세 증빙불비가산세 2000년 귀속 12,708,890원, 2001년 귀속 15,651,160원, 2002년 귀속 9,475,550원, 2003년 귀속 15,218,240원을 각 부과·고지하는 이 사건 가산세 부과처분을 하였다.
라. 한편 원고는 2004. 10. 25. 피고에게 2004년 제2기 부가가치세 예정신고를 하면서 당해 과세기간 동안 ○○○ 등 103명의 개인으로부터 합계 574,845,000원 상당의 폐 백금류를 매입하였음을 전제로 관련 매입세액 42,581,055원의 공제 및 이에 따른 조기환급신청을 하였으나, 피고는 2004. 12. 13. 폐 백금류는 재활용 폐자원인 폐 비철금속류에 해당되지 않아 매입세액 공제대상이 아니라는 이유로 위 신청을 거부하는 이 사건 환급거부처분을 하였다.
인정 근거 다툼 없는 사실, 갑 제1호증의 1, 2, 갑 제17호증, 을 제1호증의 1 내지 8, 을 제2호증의 1 내지 4, 을 제3호증의 1, 2, 을 제8호증의 각 기재, 변론 전체의 취지
2. 원고의 주장
가. 이 사건 부가가치세 부과처분에 대하여
(1) 원고는 폐 백금류 매입대금의 지급을 위하여 지금·지은을 인도하는 것이 부가가치세 과세대상인 재화의 공급에 해당하지 않는 것으로 판단하여 부가가치세 과세표준 신고시 이를 신고하지 않았고, 이에 대하여 피고도 상당 기간 아무리 행정처분을 하지 아니하였다. 따라서 원고는 이 사건 인도가 부가가치세 과세대상이 아니라고 신뢰하게 되었는데, 피고가 뒤늦게 이 사건 인도가 부가가치세 과세대상이라고 주장하면서 이 사건 부가가치세 부과처분을 한 것은 신의성실의 원칙에 반한다.
(2) 원고가 매입한 지금·지은을 폐 백금류의 매입대금의 지급수단으로 사용하는 것은 사업자가 자기의 사업과 관련하여 취득한 재화를 자기의 사업을 위하여 직접 사용·소비하는 경우에 해당한다. 그런데 부가가치세법 제6조 제2항은 사업자가 자기의 사업과 관련하여 취득한 재화를 자기의 사업을 위하여 직접 사용·소비하는 경우에 대통령령이 정하는 것만을 부가가치세의 과세대상인 재화의 공급(이른바 '자가공급')으로 본다고 규정하고 있고, 이에 따른 같은 법 시행령 제15조는 자가공급의 범위와 관련하여 제1항에서 '부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업을 위하여 사용 또는 소비되는 재화' 및 '비영업용 소형 승용자동차와 그 유지를 위한 재화'를 규정하고 있으면, 제2항에서 '2 이상의 사업장이 있는 사업자가 자기사업과 관련하여 취득한 재화를 타인에게 직접 판매할 목적으로 다른 사업장에 반출하는 경우'를 규정하고 있다. 이와 같이 이 사건 인도는 위 시행령 소정의 자가공급의 범위에 해당하지 않으므로 부가가치세의 과세대상인 재화의 공급에 해당하지 않는다.
또한 지금·지은을 폐 백금류 매입대금의 지급수단으로 사용하는 행위는 어떠한 부가가치도 창출하지 않고 다만 부가가치 창출을 위한 수단에 불과하므로, 이 사건 인도에 대하여 부가가치세를 부과하는 것은 국세기본법 제14조 소정의 실질과세원칙에 반한다.
(3) 원고는 ○○군수로부터 구 폐기물관리법에 의한 폐기물재활용 신고필증을 교부받고 폐 백금류를 재활용하기 위하여 부가가치세 과세사업을 영위하지 아니하는 개인 내지 소규모 중간수집상으로부터 폐 백금류를 매입하였다. 따라서 재활용 폐자원 등에 대한 부가가치세 매입세액공제에 관한 특례를 규정하고 있는 구 조세특례제한법(2005. 7. 13. 법률 제7577호롤 개정되기 전의 것, 이하 같다.) 제108조 제1항 및 같은 법 시행령(최종적으로 2005. 2. 19. 대통령령 제18704호로 개정되기 전의 것, 이하 같다.) 제110조 제1항, 제2항에 따라 원고가 이 사건 인도를 통하여 매입한 폐 백금류 관련 매입세액이 공제되어야 한다. 그럼에도 피고가 재활용 폐자원 매입세액공제 특례규정의 적용을 배제하여 한 이 사건 부가가치세 부과처분은 위법하다.
(4) 피고는 원고가 2001년 제1기 부가가치세 과세기간에 합계 498,358,740원 상당의 지금·지은을 구입하여 이를 폐 백금류를 매입하는 데 사용한 것으로 보고 이에 대하여 부가가치세를 부과하였다. 그러나 위 금원 중 174,485,799원(2001. 2. 2.자 16,969,068원, 같은 해 3. 29.자 33,281,960원, 같은 해 4. 17.자 18,181,880원, 같은 해 4. 18.자 25,159,113원, 같은 해 4. 26.자 49,075,366원, 같은 해 6. 13.자 9,090,890원, 같은 해 6. 16.자 22,727,522원의 합계 금액)은 원고가 ○○○○ 주식회사로부터 폐 백금류를 구입하고 그 대금으로 지급한 것이므로 이 부분에 대한 부가가치세 부과처분은 위법하다.
나. 이 사건 가산세 부과처분에 대하여
원고는 비사업자인 개인 또는 소규모 중간수집상으로부터 폐 백금류를 매입하여 세금계산서를 받을 수 없었을 뿐만 아니라 매출매입처별 합계표와 영수증 등 증빙서류를 피고에게 제출하였으므로 증빙불비가산세 과세대상에 해당하지 않는다. 그럼에도 피고가 증빙서류를 구비하지 않았음을 이유로 이 사건 가산세 부과처분을 한 것은 위법하다.
다. 이 사건 환급거부처분에 대하여
원고는 2004년 제2기 부가가치세 과세기간 동안 ○○○ 등 개인들로부터 폐 백금류를 매입하였으므로, 구 조세특례제한법 제108조 제1항 및 같은 법 시행령 제110조 제1항, 제2항에 따라 폐 백금류 관련 매입세액이 공제되어야 한다. 따라서 피고가 재활용폐자원 매입세액공제 특례규정의 적용을 배제하여 한 이 사건 환급거부처분은 위법하다.
3. 관계 법령
별지 기재와 같다.
4. 판단
가. 이 사건 부가가치세 부과처분 부분
(1) 신의성실의 원칙 위반 주장에 대하여
과세관청의 행위에 대하여 신의성실의 원칙이 적용되기 위해서는 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해를 표명하여야 하고, 납세자가 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데 대하여 납세자에게 귀책사유가 없어야 하며, 납세자가 그 견해표명을 신뢰하고 이에 따라 무엇인가 행위를 하여야 하고, 과세관청이 위 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 한다(대법원 2001. 11. 27. 선고 99두10131 판결 참조).
이 사건에서, 피고가 원고의 이 사건 인도에 따른 매출과세표준 미신고와 관련하여 이 사건 부가가치세 부과처분일인 2004. 12. 1.까지 부가가치세 경정결정을 하지 않았다는 사정만으로는 피고가 원고에게 이 사건 인도가 부가가치세 과세대상이 아니라고 신뢰할만한 공적인 견해를 표명한 것이라고 볼 수 없으므로, 원고의 주장은 더 나아가 살필 필요 없이 이유 없다.
(2) 이 사건 인도가 부가가치세의 과세대상이 아니라는 주장에 대하여
부가가치세법 제6조 제1항은 부가가치세 과세대상인 재화의 공급이란 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의한 재화를 인도 또는 양도하는 것으로 한다고 규정하고 있고, 같은 법 시행령(2006. 2. 9. 대통령령 제19330호로 개정되기 전의 것) 제14조 제1항 제3호는 재화의 인도대가로서 다른 재화를 인도받거나 용역을 제공받는 교환계약에 의하여 재화를 인도 또는 양도하는 것을 재화의 공급으로 규정하고 있다.
한편 부가가치세법 제6조 제2항은 사업자가 자기의 사업과 관련하여 취득한 재화를 자기의 사업을 위하여 직접 사용·소비하는 경우 대통령령이 정하는 것을 재화의 공급으로 보아 부가가치세 과세대상으로 규정하고 있는데, 여기서 자기를 위하여 직접 사용·소비하는 경우라 함은 재화의 형태를 유지하면서 쓰는 것(예컨대, 사업용 고정자산 등 내구재로 사용) 또는 그 형태를 없애면서 쓰는 것(예컨대, 원재료 등으로 소비)을 말한다.
그런데 원고가 폐 백금류를 매입하면서 그 대금의 지급을 위하여 폐 백금류 공급자들에게 지금·지은을 인도한 것은 그 인도대가로서 폐 백금류를 인도받는 교환계약에 의하여 지금·지은을 인도한 것에 다름 아니므로 위 시행령 제14조 제1항 제3호 소정의 교환계약에 의한 인도에 해당함이 명백하고, 이와 달리 원고가 자기의 사업을 위하여 직접 사용·소비한 경우로 볼 수 없다.
따라서 이 사건 인도가 사업자가 자기의 사업과 관련하여 취득한 재화를 자기의 사업을 위하여 직접 사용·소비하는 경우에 해당함을 전제로 부가가치세법 제6조 제2항이 과세대상으로 규정하고 있는 자가공급의 범위에 포함되지 않는다거나, 아무런 부가가치를 창출하지 않아 이에 대한 부가가치세 부과처분이 위법하다는 원고의 주장은 이유 없다.
(3) 구 조세특례제한법에 따른 재활용 폐자원 매입세액 공제 주장에 대하여
(가) 구 조세특례제한법 제108조 및 같은 법 시행령 제110조는 구 폐기물관리법에 의하여 폐기물중간처리업허가를 받은 자 또는 폐기물재활용신고를 한 자 등 재활용 폐자원 및 중고품을 수집하는 사업자로서 법령이 정하는 자가 부가가치세 과세사업을 영위하지 아니하는 자(면세사업과 과세사업을 겸영하는 경우를 포함한다.)와 부가가치세법 제25조에 규정된 간이과세자로부터 재활용 폐자원 및 중고품을 취득하여 제조 또는 가공하거나 이를 공급하는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액을 부가가치세법 제17조 제1항의 규정에 의한 매출세액에서 매입세액을 공제할 수 있다고 규정하고 있다.
이와 같은 재활용 폐자원 매입세액공제 특례는 재활용 폐자원 등의 수집을 원활하게하기 위하여 그 수집업자에 대하여 과세사업자가 아닌 자로부터 재활용 폐자원 등을 취득하는 경우에도 그 취득가액 중 일정 금액을 매입세액으로 간주하여 이를 공제하도록 함으로써 세부담을 경감하여 주려는 데에 그 취지가 있는 것으로서(대법원 1999. 9. 17. 선고 98두16705 판결 참조), 위 시행령 제110조 제5항에 의하면 매입세액 공제를 받고자 하는 자는 부가가치세법 제18조 또는 동법 제19조의 규정에 의한 신고시 매입세액공제신고서에 소득세법 제163조 또는 법인세법 제121조의 규정에 의한 매입처별계산서 합계표 또는 영수증을 첨부하여 제출하여야 하고, 매입세액공제신고서에 공급자의 등록번호, 취득가액 등이 기재되어 있지 아니하거나 그 거래내용이 사실과 다른 경우에는 매입세액을 공제받지 못한다.
(나) 원고는 구 폐기물관리법에 의하여 폐기물재활용신고를 한 자로서 2000년 제2기부터 2004년 제1기 부가가치세 과세기간 동안 과세사업자가 아닌 개인 등으로부터 이 사건 인도를 통하여 재활용 폐자원에 해당하는 폐 백금류를 매입하였으므로 위 재활용 폐자원 매입세액공제 특례를 적용하여 관련 매입세액을 공제하여야 한다고 주장하나, 원고가 위 각 해당 과세기간에 부가가치세의 과세표준과 세액을 신고하면서 구 조세특례제한법 시행령의 규정에 따라 매입처별계산서합계표 또는 영수증을 첨부하여 재활용 폐자원 등의 매입세액공제신고서를 제출하였다는 점을 인정할 아무런 증거가 없으므로, 구 조세특례제한법상의 재활용 폐자원 매입세액공제 특례가 적용될 여지가 없다.
(다) 설령 원고의 주장과 같이 위 각 해당 과세기간에 매입세액공제신고서를 제출하지 않아도 피고가 위 각 해당 과세기간의 과세표준과 세액을 경정하여 한 이 사건 부가가치세 부과처분에 대해 불복을 하면서 매입세액공제에 관한 주장을 할 수 있다고 하더라도, 원고가 이 사건 부가가치세 부과처분에 대한 과세전적부심사청구를 하면서 재활용 폐자원 매입세액공제 특례에 따른 매입세액을 공제받기 위하여 제출한 '재활용 폐자원 및 중고품 매입세액공제신고서'와 거래명세표, 영수증(갑 제5호증의 1 내지 40, 갑 제6호증의 1, 27 내지 71, 갑 제7호증의 1, 13 내지 88, 갑 제8호증의 1, 11 내지 77, 갑 제9호증의 1 내지 49, 갑 제10호증의 1 내지 65, 갑 제11호증의 1 내지 88, 갑 제12호증의 1 내지 185)은 다음과 같은 사정에 비추어 볼 때 그 진실성을 담보할 만한 객관적인 근거를 결하여 그 기재내용을 그대로 믿기가 어렵다고 할 것이다. 즉, 을 제13호증의 1 내지 8, 을 제22호증, 을 제23호증의 1 내지 114, 을 제24호증의 1 내지 84의 각 기재에 의하여 인정되는 바와 같이, 위 각 서류에 폐 백금류를 판매하였다고 기재된 자 중 ○○○, ○○○, ○○○, ○○○, ○○○, ○○○, ○○○은 원고의 친인척인 점, 원고가 2000년 제2기부터 2006년 제2기 부가가치세 과세기간 동안 2회 이상 폐 백금류를 공급받았다고 주장하는 개인에 대하여 피고가 그 거래내역을 확인하였는데, 그 중 위 각 서류에 2000년 제2기부터 2004년 제1기 부가가치세 과세기간 동안 원고에게 폐 백금류를 공급한 것으로 되어 있는 개인 중 상당수가 원고와의 거래를 부인하고 있을 뿐만 아니라, 거래를 인정하고 있는 개인도 원고의 처 또는 누나 등 원고와 친분관계가 있거나 폐 백금류의 매입대금을 현금으로 결제하였다고 확인하는 등 매입대금조로 지금·지은을 인도하였다는 원고의 진술과 차이가 있는 점과 더불어 폐 백금류를 공급자들로부터 수령하였다는 영수증의 필체와 형식상 위 각 영수증 대부분이 사후에 임의 작성된 것으로 보이는 점 등을 종합하여 보면, 원고가 재활용 폐자원 매입세액공제 특례에 따라 매입세액을 공제받기 위하여 제출한 매입세액공제신고서와 거래명세표, 영수증 등은 그 기재내용이 허위이거나 실제 거래내용과 다른 것으로 구 조세특례제한법 시행령 소정의 요건을 갖추지 못하였다고 봄이 상당하다.
따라서 원고로서는 위 각 서류의 기재내용이 실제 거래내용과 일치한다는 점을 입증 할 책임이 있다고 할 것인바, 이에 부합하는 듯한 당심 증인 ○○○, ○○○의 각 증언 및 제1심의 원고본인신문결과는 위와 같은 사정에 비추어 이를 그대로 믿기 어렵고, 갑 제6호증의 2 내지 26, 갑 제7호증의 2 내지 12, 갑 제8호증의 2 내지 10의 각 기재 및 당심 증인 ○○○, ○○○의 각 증언만으로는 위 각 서류의 기재내용이 실제 거래 내용과 일치한다는 점을 인정하기에 부족하며, 그밖에 이를 인정할 증거가 없다.
그러므로 재활용 폐자원 매입세액공제 특례의 적용을 부인한 이 사건 부가가치세 부과처분은 결국 적법하다고 할 것이므로, 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.
(4) 2001년 제1기 부가가치세 과세기간의 지금·지은 매입금액 중 일부 매입금액은 폐 백금류를 매입한 것이라는 주장에 대하여
을 제5호증의 1, 을 제7호증의 1, 2, 을 제10호증의 1 내지 7의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고는 ○○○○ 주식회사로부터 2001. 2. 2. 16,969,068원, 같은 해 3. 29. 33,281,960원, 같은 해 4. 17. 18,181,880원, 같은 해 4. 18. 25,159,113원, 같은 해 4. 26. 49,075,366원, 같은 해 6. 13. 9,090,890원 같은 해 6. 16. 22,727,522원, 합계 174,485,799원 상당의 지금을 매입하고 그 대금을 지급한 사실을 인정할 수 있고, 이와 달리 위 금원이 폐 백금류 매입대금이라는 당심 증인 ○○○의 증언과 제1심의 원고본인신문결과는 위 증거에 비추어 이를 그대로 믿기 어려우며, 갑 제6호증의 5, 7, 12, 15, 16, 17, 23의 각 기재만으로는 위 인정을 좌우하기에 부족하고, 그밖에 반증이 없다.
따라서 위 174,485,799원이 폐 백금류의 매입대금이라는 원고의 주장은 받아들이지 않는다.
나. 이 사건 가산세 부과처분 부분
2003. 12. 30. 법률 제7006호로 개정된 소득세법은 제81조 제8항에서 복식부기의무자가 사업과 관련하여 사업자로부터 재화 또는 용역을 공급받고 제160조의2 제2항 각 호의 1에 해당하는 계산서, 세금계산서, 신용카드매출전표 등 법정증빙서류를 수취하지 아니한 경우에는 그 수취하지 아니한 금액의 100분의 2에 상당하는 금액을 결정세액에 가산한다고 규정하고 있으나, 동법 부칙 제1조 및 제2조에 의하면 동법은 2004. 1. 1. 이후 발생하는 소득분부터 적용되므로 원고의 2000년부터 2003년 귀속 소득분에 대해서는 개정 전의 소득세법이 적용되어야 한다.
그런데 법률 제7006호로 개정되기 전의 소득세법 제81조 제8항에 의하면 사업자 중복식부기의무자가 사업과 관련하여 사업자로부터 재화 또는 용역을 공급받고 계산서, 세금계산서, 신용카드매출전표 등 법정증빙서류 외의 증빙을 수취한 경우에는 그 수취분에 해당하는 금액의 100분의 2(2001. 12. 31. 법률 제6557호로 개정되기 전에는 100분의 10)에 상당하는 금액을 결정세액에 가산한다고 규정하고 있다.
조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않으므로, 위 개정 전의 소득세법 제81조 제8항 소정의 증빙불비가산세 과세대상으로서 '법정증빙서류 외의 증빙을 수취한 경우'에 증빙을 수취하지 아니한 경우를 포함하는 것으로 해석하는 것은 문언의 해석 가능한 범위를 넘어서 과세요건에 관한 법의 흠결을 해석에 의하여 메우는 결과를 초래하여 조세법률주의에 터 잡은 엄격해석의 원칙에 반하여 허용될 수 없다(대법원 2007. 6. 28. 선고 2005두13537 판결 참조).
따라서 원고가 증빙서류를 수취하지 아니하였음을 이유로 2000년부터 2003년 귀속 소득분에 대하여 증빙불비가산세를 부과한 이 사건 가산세 부과처분은 위법하다.
다. 이 사건 환급거부처분 부분
원고가 2004년 제2기 부가가치세 과세기간 동안 개인들로부터 합계 574,845,000원 상당의 폐 백금류를 매입하였다고 주장하면서 재활용 폐자원 매입세액공제 특례에 따른 매입세액을 공제받기 위하여 피고에게 제출한 '재활용 폐자원 및 중고품 매입세액 공제신고서'와 영수증, 거래명세표(갑 제13호증의 1 내지 281)는 위 가.의 (3)항에서 살핀 것과 같은 이유로 그 기재내용이 허위이거나 실제 거래내용과 다른 것으로 구 조세특례제한법 시행령 소정의 요건을 갖추지 못하였다고 봄이 상당하고, 위 각 서류의 기재내용이 실제 거래내용과 일치한다는 원고의 주장에 부합하는 듯한 갑 제16호증의 1 내지 7의 각 기재와 당심 증인 ○○○, ○○○의 각 증언 및 제1심의 원고본인신문결과는 이를 그대로 믿기 어려우며, 당심 증인 ○○○, ○○○의 각 증언만으로는 위 주장을 인정하기에 부족하고, 그밖에 이를 인정할 증거가 없다.
따라서 재활용 폐자원 매입세액공제 특례의 적용을 부인하여 한 이 사건 환급거부처분은 적법하므로, 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.
5. 결 론
그렇다면 원고의 이 사건 청구 중 이 사건 부가가치세 부과처분 및 환급거부처분의 취소를 구하는 부분은 이유 없어 이를 기각하고, 이 사건 가산세 부과처분의 취소를 구하는 부분은 이유 있어 이를 인용하여야 할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 달리하여 부당하므로 원고의 항소를 일부 받아들여 제1심 판결을 위와 같이 변경하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.
[관계법령]
제6조(재화의 공급)
제15조(자가공급의 범위)
제108조(재활용폐자원등에 대한 부가가치세매입세액 공제특례)
제110조(재활용폐자원등에 대한 부가가치세매입세액공제 특례)
제50조(재활용폐자원등에 대한 부가가치세 매입세액공제 특례)
제81조(가산세)
제160조의 2(경비 등의 지출증빙 수취 및 보관)