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수원지방법원 2017.08.29 2016구합70476
원천징수처분취소
주문

1. 원고의 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

이유

1. 처분의 경위

가. 원고는 전력용 반도체칩의 설계 및 개발을 목적으로 2007. 2.경 설립된 비상장법인으로서 구 벤처기업 육성에 관한 특별조치법 2013. 3. 22. 법률 제11660호로 개정되기 전의 것, 이하 구 벤처기업법'이라고 한다

제25조에 따라 기술보증기금으로부터 위 법의 적용을 받는 벤처기업임을 확인받은 회사이다.

나. 원고는 2008. 3.경부터 임직원들과의 사이에 원고가 발행한 기명식 보통주식 이하 '원고 주식'이라고 한다

에 관한 주식매수선택권을 부여하는 내용의 계약을 체결하여 왔는데, 해당 임ㆍ직원들은 2012. 5. 15. 원고 주식 합계 267,000주 이하 '이 사건 제1 주식'이라고 한다

에 대하여, 2012. 11. 15. 원고 주식 합계 81,875주 이하 '이 사건 제2 주식'이라고 한다

에 대하여 주식매수선택권을 각 행사하였다.

다. 이에 원고는 구 상속세 및 증여세법 2013. 1. 1. 법률 제11609호로 개정되기 전의 것, 이하 '구 상증세법'이라고 한다

제60조 및 구 상속세 및 증여세법 시행령 2013. 2. 15. 대통령령 제24358호로 개정되기 전의 것, 이하 '구 상증세법 시행령'이라고 한다

) 제54조에 따라 이 사건 제1, 2 주식의 시가를 산정하고(이 사건 제1 주식의 시가 4,297원, 이 사건 제2 주식의 시가 4,336원 , 시가와 행사가격 차액에 대하여 근로소득세를 원천징수하여 피고에게 납부하였다. 라.

중부지방국세청장은 2015. 9. 7.부터 2015. 11. 7.까지 원고에 대한 법인세 통합조사를 실시하여 이 사건 제1 주식의 시가를 2012. 5. 15.자 매매사례가액인 주당 10,000원으로, 이 사건 제2 주식의 시가를 2013. 5. 15.자 매매사례가액인 주당 10,500원으로 각 판단하여 이에 관한 과세자료를 피고에게 통보하였고, 이에 피고는 2016. 3. 16. 원고에게 2012년 귀속...

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