1. 원고의 주위적 청구와 예비적 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

처분의 경위

원고는 정부가 자본금의 73.9%, 한국은행이 13.1%, 한국산업은행이 13%를 각각 출자하여 한국수출입은행법에 의하여 설립된 법인으로, 수출입해외투자 및 해외자원개발 등 대외 경제협력에 필요한 금융을 제공함으로써 국민경제의 건전한 발전을 촉진함을 주된 목적으로 하는 기획재정부 산하의 공공기관이다.

원고는 2012. 11. 28. 피고로부터 원고 소유의 서울 영등포구 여의도동 16-1에 있는 지하 3층, 지상 10층, 연면적 34,640.64㎡의 건물(이하 ‘이 사건 건물’이라 한다)에 관하여 연면적 11,074.11㎡의 증축(이하 ‘이 사건 건물 증축’이라 한다)허가를 받음과 아울러, 위 연면적 11,074.11㎡ 중 과밀부담금 부과제외대상인 주차장 면적 1,258.33㎡를 제외한 9,815.78㎡에 대하여 수도권정비계획법 제12조에 따라 ‘사용승인 전까지 과밀부담금 1,599,972,140원을 납부하라’는 안내를 받았다.

원고는 위 증축공사를 완료한 후, 피고에게 증축된 시설 연면적 10,986.6㎡(증축허가 면적 11,074.11㎡에서 과밀부담금 부과제외대상 주차장 면적 86.86㎡와 부과대상 업무시설 면적 0.65㎡ 합계 87.51㎡가 축소됨에 따른 면적)에 대하여 사용승인 신청을 하였다.

서울특별시장은 2014. 6. 17. 이 사건 건물이 구 수도권정비계획법 시행령(2013. 3. 23. 대통령령 제24443호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제17조 제6호 및 [별표 2] 제1호 (마)목의 과밀부담금 감면사유인 ‘금융중심지의 조성과 발전에 관한 법률 제2조에 따른 금융중심지에 위치한 금융업소’에 해당한다는 이유로 이 사건 건물 증축에 따른 과밀부담금 전액을 면제한다고 통지하였다.

피고는 2014. 6. 20. 이 사건 건물 증축 부분에 대하여 사용승인을 하였고, 원고는 2014. 8. 18. 피고에게 이 사건 건물 증축...