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서울행정법원 2015. 12. 18. 선고 2015구단53513 판결
과천시와의 협의매매에 의한 토지양도에 있어 양도대금의 착오로 인한 매매계약의 취소로 당시의 양도대금에 대한 양도소득세 과세는 위법함[일부패소]
전심사건번호

조심2014서5141(2014.12.26)

제목

과천시와의 협의매매에 의한 토지양도에 있어 양도대금의 착오로 인한 매매계약의 취소로 당시의 양도대금에 대한 양도소득세 과세는 위법함

요지

매매 등의 계약이 처음부터 무효이거나 나중에 취소되는 등으로 효력이 없는 때에는, 양도인이 받은 매매대금 등은 원칙적으로 양수인에게 원상회복으로 반환되어야 할 것이어서 이를 양도인의 소득으로 보아 양도소득세의 과세대상으로 삼을수 없음

관련법령

소득세법 제88조 양도의 정의

사건

서울행정법원2015구단53513

제1토지에 관하여, 2008. 3. 7. 이 제2토지에 관하여 과천시에게 소유권이전

등기를 각 경료해 준 뒤 피고에게 이 사건 제1토지에 관한 2007년 귀속 양도소득세

각 292,760원을, 이 사건 제2토지에 관한 2008년 귀속 양도소득세 각 215,970원을 각

신고・납부하였다.

다. 원고들은 과천시가 이 사건 쟁점토지의 보상금 가액을 산정하면서 개발제한구역

해제 및 용도변경 전 상태를 기준으로 토지가액을 평가하였는데, 그러한 산정 방식에

대하여 과천시의 기망 또는 원고들의 보상금 가액에 관한 착오가 있으므로 이 사건 협

의매매계약을 취소한다고 주장하며 과천시를 상대로 하여 수원지방법원 안양지원

2009가합5259호로 ① 주위적으로 원상회복이 불가능하므로 정당한 보상금과 기지급

보상금 사이의 차액 상당 부당이득금의 반환을 구하고, ② 예비적으로 원상회복이 가

능하다고 볼 경우 원고들이 기지급 보상금을 반환함과 동시에 이 사건 쟁점토지에 관

한 소유권이전등기의 말소등기절차의 이행 및 이 사건 쟁점토지의 인도를 구하는 소를

제기하였고, 2012. 2. 16. 위 법원으로부터 이 사건 협의매매계약은 2009. 3. 16. 착오

를 이유로 취소되었고, 그로 인한 원상회복으로서 원상회복이 불가능한 이 사건 쟁점

토지에 대해 가액반환을 명하는 취지의 판결을 선고받았다.

라. 원고들은 반환받아야 할 가액 산정이 잘못되었다는 취지로 주장하며 서울고등법

원 2012나30320호로 항소하였는데, 위 법원은 2014. 3. 18. '과천시는 원고들에게, 이

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쟁점토지에 대하여 각 77,972,800원을 지급하되 1심 판결에 따라 이미 지급한 돈

을 일부 변제 충당한 것으로 간주하고 나머지 돈을 2회에 걸쳐 50%씩 2014. 6. 30.,

2015. 1. 31.까지 각 지급하라'는 취지의 조정을 갈음하는 결정(이하 '이 사건 조정결

정'이라 한다)을 하였고, 원고들과 과천시가 이에 대해 이의를 하지 않아 이 사건 조정

결정은 2014. 4. 8. 확정되었다.

마. 원고들은 이 사건 조정결정에 따른 돈을 지급받은 뒤 2014. 6. 3. 피고에게 과천

시로부터 받은 돈은 과천시와의 이 사건 협의매매계약이 취소됨으로써 원상회복의 방

법으로 부당이득금을 받았으므로 양도소득이 아니라고 주장하며 각 양도소득세의 경정

청구를 하면서 2007년, 2008년 양도소득세를 구별하지 않고 양도소득세 317,950원의

환급을 구하였다.

바. 피고는 2014. 8. 5. 원고 고●●, 고◎◎에게, 2014. 10. 28. 원고 고○○에게 이

쟁점토지가 사실상 과천시에게 유상양도된 것으로 볼 수 있다는 이유로 경정청구

에 대한 각 거부처분(이하 합쳐서 '이 사건 처분'이라 한다)을 하였다.

사. 원고들은 전심절차를 거쳤다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 1 내지 3호증, 을 1, 2호증의 각 기재, 변론 전체의

취지

2. 2007년 귀속 양도소득세 182,971원, 2008년 귀속 양도소득세 134,979원을 각 초과

하는 부분에 대한 각 경정거부처분 취소청구 부분의 적법 여부

원고들은 2007년 귀속 양도소득세 182,971원, 2008년 귀속 양도소득세 134,979원을

각 초과하는 부분에 대한 각 경정거부처분에 대해서도 취소를 구하므로 직권으로 이에

관하여 본다.

- 5 -

감액경정청구를 받은 과세관청으로서는 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액

이 세법에 의하여 신고하여야 할 객관적으로 정당한 과세표준 및 세액을 초과하는지

여부에 대하여 조사・확인할 의무가 있으므로, 통상의 과세처분 취소소송에서와 마찬

가지로 감액경정청구에 대한 거부처분 취소소송에서도 심판의 대상은 과세표준신고서

에 기재된 과세표준 및 세액의 객관적인 존부이다(대법원 2012. 6. 28. 선고 2010두

13425 판결 등 참조). 그렇다면, 납세자가 감액경정청구 당시 원래 신고・납부한 세액

중 일부에 대하여만 다투었다고 하더라도, 과세관청으로서는 이에 얽매이지 아니하고

과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 전체로서 정당한 세액을 초과하는지 여

부를 심사・판단하여야 할 것이고, 납세자는 경정청구 거부처분 취소소송에 이르러 신

고・납부 세액 전체에 대하여 다툴 수 있다고 할 것이나, 전체 세액의 당부에 관하여

판단하여 달라는 것을 넘어 주문에서도 피고에게 경정 청구 당시 환급을 구한 금액을

넘어 자신이 신고・납부한 양도소득세 전부에 대하여 경정처분할 것을 명하는 판결을

해달라는 것은 행정청에 대하여 작위의무를 부과하는 것으로서 현행 행정소송법상 허

용될 수 없다.

이 사건에서 보건대, 원고들이 각 경정청구 당시 2007년, 2008년 양도소득세를 구별

하지 않고 양도소득세 317,950원의 환급을 구하면서 위 금액 부분만을 다투었음은 앞

서 본 바와 같은바, 신고・납부된 양도소득세 중 2007년 귀속 양도소득세 182,971원,

2008년 귀속 양도소득세 134,979원(원고들은 2007년과 2008년 양도소득세를 구별하지

않고 총 317,950원의 환급을 구하였는바, 317,950원을 원고들이 신고・납부한 2007년

과 2008년 양도소득세의 비율로 안분계산하면, 2007년은 182,971원, 2008년은 134,979

원이다)을 초과하는 부분에 대하여는 경정거부처분 자체가 존재하지 아니한 경우에 해

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당하므로, 위 부분의 취소를 구하는 소는 부적법하다.

3. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고들의 주장

원고들과 과천시 사이의 이 사건 협의매매계약이 착오로 취소되어 자산의 유상양도

를 위한 법률행위가 존재하지 아니하게 되었고, 원물반환이 불가능하여 그에 대한 부

당이득금 또는 손해배상금으로 기왕에 받은 보상금을 공제한 돈을 받은 것으로 기왕에

받은 보상금은 자산 이전의 대가로 받은 것이 아니다. 따라서 이 사건 협의매매계약이

소득세법상 자산의 양도에 해당한다는 전제의 이 사건 처분은 위법하다.

나. 판단

(1) 구 소득세법(2008. 12. 26. 법률 제9270호로 개정되기 전의 것, 이하 '구 소득세

법'이라 한다) 제4조 제1항은 거주자의 소득을 종합소득, 퇴직소득, 양도소득으로 구분

하면서 그 중 양도소득을 '자산의 양도로 인하여 발생하는 소득'(제3호)이라고 규정하

고 있다. 이와 같이 양도소득세는 자산의 양도로 인한 소득에 대하여 과세되는 것이므

로, 외관상 자산이 매매・교환・현물출자 등(아래에서는 '매매 등'이라고 한다)에 의하

여 양도된 것처럼 보이더라도, 그 매매 등의 계약이 처음부터 무효이거나 나중에 취소

되는 등으로 효력이 없는 때에는, 양도인이 받은 매매대금 등은 원칙적으로 양수인에

게 원상회복으로 반환되어야 할 것이어서 이를 양도인의 소득으로 보아 양도소득세의

과세대상으로 삼을 수 없음이 원칙이다(대법원 2011. 7. 21. 선고 2010두23644 전원합

의체 판결 참조).

이 사건에서 보건대, 위 인정사실에 갑 2호증의 기재와 변론 전체의 취지를 더하

여 보면, 과천시가 이 사건 쟁점토지의 보상금 가액을 산정하면서 개발제한구역이 해

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제된 상태를 기준으로 토지가액을 평가하여야 하는데 개발제한구역 해제 전 상태를 기

준으로 토지가액을 평가하여 보상금을 산정한 뒤 원고들에게 개발제한구역이 해제되기

전의 상태를 기준으로 평가하였음을 알리고 그러한 기준에 따라 산정한 보상금을 제시

한 사실, 원고들은 위와 같이 산정된 보상금이 정당한 보상금이라 알고 이 사건 협의

매매계약에 응한 사실, 이 사건 쟁점토지의 인접토지에 대한 보상금이 개발제한구역해

제 전・후를 기준으로 그 가격차이가 매우 현저한 사실이 인정되는바, 원고들이 과천

시가 제시한 보상금을 정당한 보상금으로 알고 이 사건 협의매매계약에 응한 것은 동

기의 착오이고, 그러한 동기를 이 사건 협의매매계약에서 의사표시의 내용으로 삼았으

며, 그러한 착오는 이 사건 협의매매계약의 중요한 부분에 관한 것이라 봄이 상당하므

로, 원고들이 착오를 이유로 이 사건 쟁점토지에 대한 이 사건 협의매매계약을 취소한

다는 의사표시가 담긴 조정신청서 부본이 2009. 3. 16. 과천시에 송달됨으로써 이 사건

협의매매계약은 취소되었다고 할 것이다.

그리고 이러한 취소권은 형성권으로 이 사건 협의매매계약의 취소의 의사표시를

담은 조정신청서 부본이 과천시에게 송달됨으로써 취소권 행사의 효력이 발생하므로,

원고들이 취소권을 행사한 이후의 사정, 즉 원상회복의 문제에 있어서 원고들은 이미

받은 보상금을 과천시에게 반환하고 과천시는 이 사건 쟁점토지에 관한 소유권이전등

기의 말소등기절차를 이행하여야 하는데 그러한 절차를 밟지 않고 원고들이 보상금 차

액을 추가로 지급받는 것으로 종결되었다거나 원고들이 과천시로부터 추가보상금을 지

급받은 다음 양도소득세의 수정신고 및 납부를 이행함으로써 추가보상금을 이 사건 쟁

점토지의 이전에 따른 대가로 인식하고 있었다는 사정은 원고들의 취소권 행사의 효력

에는 아무런 영향을 미치지 아니하고, 원고들이 이 사건 협의매매계약의 취소를 구하

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는 소송을 제기하며 처음부터 원물반환이 불가능하다고 주장하여 그 내심의 의사가 보

상금의 차액을 받으려는 것일 뿐 이 사건 협의매매계약의 취소가 아니라고 하더라도

이는 취소권 행사에 이르게 된 동기일 뿐이고 취소권 행사의 효력에는 아무런 영향을

미치지 않는다.

따라서 이 사건 쟁점토지에 대한 이 사건 협의매매계약은 나중에 취소되어 효력

이 없는 때에 해당하므로, 양도소득세의 과세대상인 자산의 양도에 해당한다고 보기

어렵다.

(2) 피고는 구 소득세법상 자산이유상으로 이전된 원인인 매매 등 계약의 유・무

효 여부와 관계없이 해당 자산의 사실상 이전 및 경제적 이익의 귀속 여부가 자산의

양도 여부를 결정하는 중요 요소인데 이 사건 쟁점토지의 소유권이 사실상 과천시에게

이전되었고 원고들이 이 사건 쟁점토지의 소유권이전에 따른 경제적 이익을 그대로 보

유하고 있어 이 사건 쟁점토지는 사실상 유상으로 이전된 것이고, 종국적으로 경제적

이익이 원고들에게 귀속되었음에도 이 사건 협의매매계약이 취소되어 효력이 없다는

이유로 원고들이 얻은 양도차익에 대하여 과세할 수 없다면 조세정의와 형평에 심하게

어긋나므로 양도소득세의 과세대상이 된다는 취지로 주장한다.

살피건대, 위 인정사실에 갑 1 내지 3호증의 각 기재와 변론 전체의 취지를 더하

여 보면, 이 사건 조정결정을 통해 과천시는 원고들에게 이 사건 쟁점토지에 대하여

각 77,972,800원을 지급하되 1심 판결에 따라 이미 지급한 돈을 일부 변제 충당한 것

으로 간주하고 나머지 돈을 2회에 걸쳐 50%씩 2014. 6. 30., 2015. 1. 31.까지 각 지급

하였고, 과천시는 2007. 9. 7. 이 사건 제1토지에 관하여, 2008. 3. 7. 이 사건 제2토지

에 관하여 이 사건 협의매매계약에 따라 각 소유권이전등기를 경료받은 후 그 등기명

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의를 계속 보유하고 있는 사실은 인정된다.

그러나 이 사건 협의매매계약이 앞서 본 바와 같이 취소된 이상 원고들과 과천시

사이에는 원상회복의 문제만 남는 것이고, 원상회복의 번거로움 등을 고려하여 과천시

와 원고들이 이 사건 조정결정에 대해 이의를 하지 않음으로써 사실상 과천시와 원고

들 사이에 이 사건 쟁점토지에 대한 새로운 매매계약을 체결하면서 이 사건 협의매매

계약에 따른 소유권이전등기 명의를 그대로 둔 이상 이른바 무효등기의 유용을 하기로

한 것으로 볼 수 있으며, 그에 따른 이 사건 쟁점토지의 양도시기는 이 사건 조정결정

에 따라 대금 지급이 이루어진 2015. 1. 31.로 보아야 하므로(대법원 2014. 3. 13. 선고

2013두24532 판결 참조), 이 사건 처분에서 경정을 거부한 양도소득세의 귀속연도인

2007년(이 사건 제1토지의 경우), 2008년(이 사건 제2토지의 경우)이 아닌 2015년을

귀속년도로 한 양도소득세를 부과하여야 할 것일 뿐 이 사건 협의매매계약에 따른 양

도소득세를 부과하지 않는다고 하여 원고들로 하여금 과세 없는 양도차익을 향유하게

하는 것은 아닌 점, 이 사건 협의매매계약이 취소되었음에도 불구하고 예외적으로 원

고들에게 자산의 양도로 인한 소득이 있다고 보아 과세할 수 있는 경우에 해당한다고

볼 수도 없는 점 등을 종합하면, 피고의 위 주장은 이유 없다.

(3) 따라서 피고가 이 사건 협의매매계약을 양도소득세 과세대상인 자산의 양도임

을 전제로 경정을 거부한 이 사건 처분은 위법하다.

4. 결론

그렇다면, 이 사건 소 중 2007년 귀속 양도소득세 182,971원, 2008년 귀속 양도소득

세 134,979원을 각 초과하는 부분에 대한 각 경정거부처분 취소청구 부분은 부적법하

여 각하하고, 원고들의 이 사건 처분에 대한 취소청구 부분은 각 이유 있어 인용한다.

원고

고○○ 외 2명

피고

성북세무서장

변론종결

2015. 10. 14.

판결선고

2015. 12. 18.

주문

1. 이 사건 소 중 2007년 귀속 양도소득세 182,971원, 2008년 귀속 양도소득세

- 2 -

134,979원을 각 초과하는 부분에 대한 각 경정거부처분 취소청구 부분을 각 각하한다.

2. 피고가 2014. 10. 28. 원고 고○○에게 한 2007년 귀속 양도소득세 182,971원, 2008년 귀속 양도소득세 134,979원에 대한 경정거부처분, 2014. 8. 5. 원고 고●●, 고영한에게 한 2007년 귀속 양도소득세 182,971원, 2008년 귀속 양도소득세 134,979원에 대한 각 경정거부처분을 각 취소한다.

3. 소송비용 중 40%는 원고들이, 나머지는 피고가 부담한다.

청 구 취 지피고가 2014. 10. 28. 원고 고○○에게 한 2007년 귀속 양도소득세 292,760원, 2008년 귀속 양도소득세 215,970원에 대한 경정거부처분, 2014. 8. 5. 원고 고●●, 고◎◎에게한 2007년 귀속 양도소득세 292,760원, 2008년 귀속 양도소득세 215,970원에 대한 각 경정거부처분을 각 취소한다.

이유

1. 처분의 경위

가. 원고들이 각 소유하던 과천시 과천동 463-5 임야 81㎡중 1/10 지분, 같은 동463-3 임야 185㎡ 중 1/10 지분(이하 차례로 '이 사건 제1토지', '이 사건 제2토지'라 하며, 합쳐서 '이 사건 쟁점토지'라 한다)은 개발제한구역인 자연녹지지역에 속하였다가 2005. 5. 30. 개발제한구역지정이 해제되고, 제1종 일반주거지역으로 변경되었다.

나. 이후 이 사건 쟁점토지가 과천시의 GB 우선해제지역내 주차장확충사업지구에

- 3 - 편입되면서 원고들은 과천시와 사이에 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률에 의하여 보상협의를 진행하여 이 사건 쟁점토지를 각 13,531,200원(=이 사건 제1토지 3,985,200원+이 사건 제2토지 9,546,000원)에 매도하기로 하는 내용의 협의매 매계약(이하 합쳐서 '이 사건 협의매매계약'이라 한다)을 각 체결하고, 2007. 9. 7. 이

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