1. 피고가 원고에게 한 2015. 3. 5.자 2011년 제1기분 17,275,110원, 2011년 제2기분 1,949,890원, 2012년...

1. 처분의 경위

가. 원고는 부산 사상구 C에서 신발 및 부품제조업 등을 영위하는 법인으로 2011년 제1기ㆍ제2기, 2012년 제2기 부가가치세 과세기간 중 D이 운영하는 주식회사 E(이하 ‘E’라 한다)로부터 신발부품인 갑피를 매입하는 등의 내용이 기재된 공급가액 합계 124,486,000원의 매입세금계산서 10장(별지1 표 참조 위 표 기재 쟁점거래처는 ‘E’, 청구법인은 ‘원고’를 지칭한다. , 이하 ‘이 사건 세금계산서’라 한다)을 수취한 다음, 그에 따른 매입세액을 공제하고 위 세금계산서 금액을 손금산입하여 부가가치세 및 법인세 신고를 하였다.

나. 피고는 2014. 3 1.부터 2014. 6. 5.까지 E에 대한 세무조사를 실시한 후 이 사건 세금계산서가 실물거래 없이 허위로 작성된 것으로 보고 매입세액 불공제 및 손금불산입하여 2015. 3. 5. 원고에게 2011년 제1기분 17,275,110원, 2011년 제2기분 1,949,890원, 2012년 제2기분 2,567,590원의 각 부가가치세 및 2012사업연도 30,593,650원의 법인세를 각 경정ㆍ고지하고, 2015. 3. 24. 원고의 대표이사인 B을 소득자로 하는 2011년 귀속 소득금액 119,411,600원, 2012년 귀속 소득금액 17,523,000원을 상여로 소득처분하는 소득금액변동통지를 하였다

(위 처분을 통틀어 ‘이 사건 처분’이라 한다). 다.

이에 원고는 2015. 6. 1. 이의신청을 거쳐 2015. 7. 17. 조세심판원에 심판청구를 하였으나 2015. 10. 15. 기각되었다. 라.

한편 D은 2015. 12. 24. 이 법원 2014고단9673호(병합사건 표시 생략) 조세범처벌법 위반 등 사건(이하 ‘관련 사건’이라 한다)에서 원고를 비롯한 다른 업체들에 세금계산서를 허위 발급하였다는 등의 범죄사실로 유죄판결을 선고받았다.

D이 이 법원 2016노161호로 항소하였으나 2016. 11. 24. 기각되었고, 대법원 2016도20559호로...