1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

1. 처분의 경위

가. 원고는, 정부가 자본금의 100%를 출자한 공기업인 한국철도공사가 자본금의 100%를 출자한 법인으로, 유통, 용역 사업, 운송업, 부동산 임대 및 시장개설 운영사업 등을 영위하고 있다.

나. 원고는 2013. 2.경 서울특별시 영등포구청장에게 서울 영등포구 당산동3가 2-7 소재 지하 4층, 지상 20층 규모 건물(이하 ‘이 사건 건물’이라 한다)의 신축 허가를 신청하여 2013. 3. 22.경 허가(2015. 6. 8. 변경허가)를 받았고, 2015. 12.경 사용승인을 받았다.

다. 피고는 이 사건 건물 신축이 과밀억제권역에 속하는 지역에서 인구집중유발시설을 신축하는 경우에 해당한다고 보아 2015. 5. 29.경 원고에게 수도권정비계획법(이하 ‘법’이라 한다) 제12조에 따라 과밀부담금 4,880,674,220원을 부과하였고(신축 협의 단계인 2013. 3. 6.경에는 4,841,701,780원으로 산정하였으나 설계변경 등의 이유로 신축 허가 단계인 2013. 3. 22.경에는 4,880,755,760원으로 산정하였고 최종적으로 연면적 50,903.45㎡, 부과대상시설면적 37,758.50㎡임을 전제로 위와 같이 산정하였다), 원고는 2015. 12. 24.경 이를 납부하였다. 라.

감사원은 2016. 10.경 피고에 대한 감사 과정에서, 이 사건 건물이 법 제2조 제3호, 수도권정비계획법 시행령(이하 ‘시행령’이라 한다) 제3조 제3호 나목 1)에 따른 공공 청사에 해당하므로 과밀부담금 산정 과정에서 구 수도권정비계획법 시행령(2017. 6. 20. 대통령령 제28317호로 개정되기 전의 것) 제18조 [별표2(이하 ‘이 사건 별표’라 한다) 제3호 가목에 따라 기초공제면적 1,000㎡를 적용하였어야 함에도 이 사건 건물이 위 공공 청사에 해당하지 아니함을 전제로 이 사건 별표 제1호 가목에 따라 기초공제면적을 5,000㎡를 적용함으로써 과밀부담금이 부족하게...