주문
1. 원고의 청구를 기각한다.
2. 소송비용은 원고가 부담한다.
이유
1. 처분의 경위
가. 원고는 토목공사 등을 목적으로 설립된 법인이고, B는 원고 회사를 실질적으로 운영하는 자이다.
나. C 주식회사(2016. 10. 1.자로 그 상호가 ‘D 주식회사’로 변경되었다. 이하 ‘C’라 한다)는 E관광단지 운동ㆍ휴양지구 개발사업을 시행하기 위하여 주식회사 F, 주식회사 G 등이 공동으로 출자하여 설립한 주식회사로서, 2013. 7. 30. 부산도시공사와 체결한 사업협약에 따라 E관광단지에 H 골프장 및 부대시설을 건설하는 공사(이하 ‘이 사건 골프장’, ‘이 사건 공사‘라 한다) 등 위 개발사업에 관련된 제반 공사를 이행하는 역할을 담당하게 되었고, 위 골프장 공사를 진행하기 위해 그 집행기관으로 I 주식회사를 설립하였다.
다. 원고는 2013년 제1기부터 2014년 제2기까지 부가가치세 과세기간 동안 이 사건 공사 중 토목ㆍ조경 및 물탱크 설치공사와 관련하여, C에게 공급가액 합계 5,903,864,355원의 세금계산서를 발급하였고, J주유소 등 157개 업체로부터 공급가액 합계 5,098,806,357원의 부가가치세 세금계산서를 발급받았으며, 위 매출ㆍ매입액을 기초로 2013년 제1기부터 2014년 제2기까지의 부가가치세 신고를 하였다. 라.
금정세무서장은 2016. 1. 11.부터 2016. 4. 26.까지 C에 대한 세무조사를 실시한 결과, C가 원고로부터 발급받은 세금계산서가 허위라고 판단하고, 피고에게 이에 대한 과세자료를 통보하였다.
마. 피고는 2016. 8. 24.부터 2016. 11. 3.까지 원고에 대한 세무조사를 실시하였는데, 원고가 C에 발급한 세금계산서 중 물탱크 설치공사 관련 세금계산서를 제외한 공급가액 합계 5,360,082,537원의 세금계산서 및 관련 업체들로부터 발급받은 공급가액 합계 5,098,806,357원의 세금계산서가 허위로 작성되었다고 판단하였고, 2016. 12....