1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 2011. 1. 7.부터 충북 괴산군 B에서 ‘A’라는 상호의 주유소(이하 ‘본점 주유소’라 한다)를 본점으로 운영하면서 주식회사 C(이하 ‘C’라 한다)로부터 2011년 제2기 과세기간 중 공급가액 47,709,090원의 세금계산서 1매, 2012년 제1기 과세기간 중 공급가액 119,200,000원의 세금계산서 2매를 수취하였고(이하 위 각 세금계산서를 통틀어 ‘본점 세금계산서’라 한다), 부가가치세 신고시 관련 매입세액을 매출세액에서 공제하였다.

나. 원고는 2011. 11. 15.부터 2012. 9. 30.까지 충북 음성군 D에서 ‘E주유소’라는 상호의 주유소(이하 ‘지점 주유소’라 한다)를 지점으로 운영하면서 C로부터 2011년 제2기 과세기간 동안 공급가액 59,163,637원의 세금계산서 1매, 2012년 제1기 과세기간 동안 공급가액 254,800,000원의 세금계산서 2매를 수취하였고(이하 위 각 세금계산서를 통틀어 ‘지점 세금계산서’라 한다), 부가가치세 신고시 관련 매입세액을 매출세액에서 공제하였다.

다. 한편 부산지방국세청장은 C에 대한 세무조사를 실시한 결과, C를 자료상으로 고발하는 한편, 본점 및 지점 세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 피고에게 과세자료를 통보하였고, 이에 피고는 본점 및 지점 세금계산서가 사실과 다르게 기재되었다는 이유로 관련 부가가치세 매입세액을 매출세액에서 공제하지 아니하여 원고 본점에게 2013. 2. 1.자 2011년 제2기 부가가치세 8,120,080원, 2013. 1. 11.자 2012년 제1기 부가가치세 19,676,340원, 2011년도 법인세 2,351,200원을, 원고 지점에게 2013. 2. 1.자 2011년 제2기 부가가치세 10,625,195원, 2013. 1. 18.자 2012년 제1기 부가가치세 42,059,836원을 각 경정고지하였다

(이하 ‘이 사건 각 처분’이라 한다). 라.

원고는 이 사건 각...