원고의 청구를 기각한다.

소송비용은 원고가 부담한다.

1. 기초사실

가. 원고의 주식양도 소득세액 신고 원고는 2002. 9. 14. 전남 나주시 B에 있는 비상장법인인 C영농조합법인(이하 ‘이 사건 법인’이라 한다)의 주식 6,500주(이하 ‘이 사건 주식’이라 한다)를 취득하고, 같은 날부터 2004. 8. 11.까지 및 2004. 12. 6.부터 2006. 11. 27.까지 이 사건 법인의 대표이사로 재직하였다.

원고의 올케인 D은 2008. 4. 2.부터 현재까지 이 사건 법인의 대표이사로 재직하여 오고 있는데, 원고는 2011. 9. 2. D에게 이 사건 주식 65,000주 전부를 1주당 10,000원 합계 65,000,000원에 양도(이하 ‘이 사건 주식 양도계약’이라 한다)하고, 2011. 12. 20. 목포세무서장에게 양도소득세 과세표준 예정신고를 하면서, 양도가액 및 취득가액을 65,000,000원으로 하여 계산한 양도소득세 0원을 신고하였다.

나. 피고의 양도소득세 및 지방소득세 경정처분 나주세무서장이 이 사건 법인에 대한 정기감사를 실시한 결과 원고가 이 사건 주식을 저가 양도하였다는 과세자료를 피고에게 통보하였다.

이에 따라 피고는 이 사건 주식양도가 특수관계자간에 저가 양도한 것으로서 부당행위계산 부인의 대상이 된다고 보아 원고가 신고한 양도가액을 부인하고, 상속세 및 증여세법 제63조, 같은 법 시행령 제54조의 보충적 평가방법에 따라 1주당 가액을 62,193원으로 평가하여 이 사건 주식의 양도가액의 시가를 404,254,500원(1주당 62,193원×6,500주)으로 계산하여 원고에게 2013. 7. 5. 과세예고통지를 하고, 2013. 9. 5. 양도소득세 43,476,780원 및 지방소득세 4,347,670원을 경정ㆍ고지(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)하였다.

다. 원고의 이 사건 주식 양도계약의 해제 통지 원고는 D에게 2013. 7. 16. '양수대금의 채무불이행으로 인하여 이 사건 주식 양도계약을...