1. 제1심 판결 중 아래에서 취소를 명하는 부분에 해당하는 원고 패소 부분을 취소한다....

1. 처분의 경위

가. 1) 원고는 1999. 8. 12. 구 법인세법(2010. 12. 30. 법률 제10423호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 법인세법’) 제52조 제1항 소정의 특수관계자에 해당하는 B 주식회사(이하 ‘B’)가 발행하는 신주 23,514,000주를 117,570,000,000원(1주당 인수가격 : 액면가인 5,000원)에 인수(이하 ‘이 사건 1차 신주인수행위’)하고, 2000. 4. 25. 같은 회사가 발행하는 신주 8,505,577주를 42,527,885,000원(1주당 인수가격 : 액면가인 5,000원)에 인수(이하 ‘이 사건 2차 신주인수행위’, 이 사건 12차 신주인수행위를 통틀어 ‘이 사건 각 신주인수행위’라고 함)하여 합계 160,097,885,000원을 B에 출자한 다음 이를 유가증권투자로 회계처리를 하였다가, 2000. 6. 7. 유가증권투자손실 등으로 회계처리를 하였다. 2) 원고는 2001. 3. 31. 피고에게 2000년도 귀속 법인세 과세표준 및 세액 신고를 하면서 위 각 신주인수가액 전부를 유가증권투자로 인한 손실이라 하여 손금에 산입하였다.

나. 피고는 2006. 3. 27. 원고에게, 이 사건 각 신주인수행위는 원고가 유상증자 형식을 빌려 B에게 위 각 신주인수가액 상당을 무상 지원한 것으로 구 법인세법 제52조 제1항 소정의 부당행위계산부인의 대상이 된다고 보아 위 각 신주인수가액에 대한 인정이자를 익금산입하고, 지급이자와 위 유가증권투자손실금액을 손금불산입하여 2000년도 귀속 법인세 107,655,269,890원(가산세 포함)을 증액, 부과하였다.

다. 원고는 2006. 6. 16. 조세심판원에 위 부과처분에 대한 심판청구를 제기하였고, 조세심판원은 2009. 3. 24. 이 사건 각 신주인수행위는 구 법인세법 시행령(2006. 2. 9. 대통령령 제19328호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 시행령’) 제88조 제1항 제6호 소정의 자금의 무상지원이 아니라 같은 항 제1호...