1. 제1심 판결 중 아래에서 추가로 취소를 명하는 부분에 해당하는 원고 패소 부분을 취소한다...

1. 이 법원의 심판범위 원고는 당초 피고가 2006. 3. 27. 원고에게 한 2000년도 귀속 법인세 100,677,449,880원의 부과처분의 취소를 구하였는데, 제1심법원은 원고의 청구를 기각하였다.

이에 원고가 항소를 제기하였고, 환송 전 법원은 원고의 항소를 일부 받아들여 위 법인세 100,677,449,880원의 부과처분 중 47,898,303,741원을 초과하는 부분을 취소하고, 나머지 청구를 기각하였다.

이에 원고와 피고가 모두 상고하였는데, 대법원은 원고의 상고를 받아들여 환송 전 판결의 원고 패소 부분을 파기하고 이 부분을 이 법원에 환송하였으며, 피고의 상고는 이를 기각하였다.

따라서 이 법원이 심판할 범위는 위 법인세 100,677,449,880원의 부과처분 중 환송 전 판결에서 취소되지 않고 남아 있는 부분에 한정된다.

2. 처분의 경위

가. 원고는 1999. 8. 12. 구 법인세법(2010. 12. 30. 법률 제10423호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 법인세법’) 제52조 제1항 소정의 특수관계자에 해당하는 B 주식회사(이하 ‘B’)가 발행하는 신주 23,514,000주를 117,570,000,000원(1주당 인수가격 : 액면가인 5,000원)에 인수(이하 ‘이 사건 1차 신주인수행위’)하고, 2000. 4. 25. 같은 회사가 발행하는 신주 8,505,577주를 42,527,885,000원(1주당 인수가격 : 액면가인 5,000원)에 인수(이하 ‘이 사건 2차 신주인수행위’, 이 사건 12차 신주인수행위를 통틀어 ‘이 사건 각 신주인수행위’라고 한다)하여 합계 160,097,885,000원을 B에 출자하였다.

나. 원고는 이 사건 신주를 보유하고 있다가 2000. 6. 7. B 직원 O 외 5인에게 이 사건 신주 전부를 주당 1원에 양도한 후 2000 사업연도 법인세 결산시 양도차손 160,065,865,423원(160,097,885,000원-32,019,577주 × 1원)을 투자유가증권처분손실 등으로 회계처리를 하였다.

다. 원고는 위...