가. 청구인은 OOO 보금자리주택사업부지로 편입됨에 따라 당해 사업인정을 받은 자에게 수용된 OOO 외 3필지 3,081㎡(이하 “수용 부동산”이라 한다)와 이에 소재하고 있는 자연석 등에 대한 보상금 OOO(채권 포함)을 2011.6.29. 수령한 후 OOO 소재 302호(토지 111.38㎡ 및 건축물 221.56㎡, 이하 “이 건 부동산”이라 한다)를 2011.8.12. 취득한 후 같은 날 그 시가표준액 OOO을 과세표준으로 하고 「지방세법」 제11조 제1항의 세율을 적용하여 산출한 취득세 OOO, 농어촌특별세 OOO, 지방교육세 OOO, 합계 OOO(이하 “이 건 취득세 등”이라 한다)을 신고 납부하였다.

나. 청구인은 이 건 부동산은 토지수용 등으로 인해 대체취득한 부동산이므로 「지방세특례제한법」 제73조 제1항의 규정에 의한 취득세 감면대상이라고 주장하면서 2011.10.10. 이 건 취득세 등의 환급을 구하는 경정청구를 하였으나,.

처분청은 이 건 부동산은 위 「지방세특례제한법」에서 정하고 있는 취득세 감면대상에 해당되지 아니한다고 보아 2011.10.13. 청구인의 위 경정청구를 거부하는 내용의 통지를 하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2011.12.28. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

처분청은 「지방세특례제한법」 제73조 제1항 본문 및 제1호 다목 본문에서 토지 등을 수용할 수 있는 사업인정을 받은 자에게 부동산등을 수용당한 자가 그 보상금 수령일부터 1년 이내에 매수·수용·철거된 부동산등이 있는 지역 내의 농지 외 부동산등을 대체취득한 경우에는 취득세를 면제한다고 규정하고 있지만, 그 제1호 다목 단서에서 「소득세법」 제104조의2 제1항에 따른 지정지역은 제외한다고 규정하고 있고, 이 건 부동산이 소재하고 있는 지역은 「소득세법」 제104조의2의 규정에 의한 지정지역에 해당된다는 사유를 들어 이 건 부동산이 주택이 아닌 근린생활시설(상가)임에도 위 「지방세특례제한법」상 취득세 감면대상에 해당되지 아니한다고 보아 이 건 취득세 등의 환급을 구하는 청구인의 경정청구를 거부하였는바,

정부에서 투기지역을 지정하는 경우 주택과 상가를 구분하여 지정하고 있고, 2011.12.27. 현재 정부에서 투기지역으로 지정하고 있는 지역은 OOO만이 해당될 뿐더러 그 대상 또한 주택으로 한정하고 있으며, 이 건과 동일한 사건에 있어서 대법원OOO은 “주택에 관한 지정지역은 그 지역에 소재하는 주택에 관해서만 지정지역으로서의 법적효력을 지니며 그 외의 부동산에 관하여는 그와 같은 법적효력이 없다고 보아야 한다”는 등의 이유를 들어 주택에 관한 지정지역 내에서 대체취득한 주택 외 부동산에 대하여 취득세를 비과세하지 아니한 것은 위법하다는 취지로 파기환송한 사실로 볼 때,

비록 이 건 부동산이 주택에 관한 지정지역에 소재하고 있다고 하지만 주택이 아닌 상가이므로 이 건 부동산 취득에 따른 취득세 등을감면하여 달라는 청구인의 경정청구를 거부한 처분청의 처분은 부당하다.

나. 처분청 및 서울특별시장 의견

(1) 처분청 의견

조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니한다 할 것으로OOO,

이 건의 경우 「지방세특례제한법」 제73조 제1항 제1호 다목 본문 소정의 대체취득의 경우에도 취득세가 부과되도록 규정한 같은 목 단서 규정은 「소득세법」 제104조의2 제1항의 규정에 따른 지정지역 내 부동산을 대체취득한 경우라고 규정하고 있고, 「소득세법」 제104조의2 제1항은 지정지역으로 지정될 수 있는 요건을 규정하고 있을 뿐이며, 같은 법 제104조의2 제2항에서 비로소 제96조 제2항 제7호 및 제104조 제4항 제1호와 제2호에서의 지정지역 안의 부동산이라 함은 제1항의 규정에 의한 지정지역에 소재하는 부동산 중 대통령령이 정하는 부동산을 말한다고 규정하고 있으므로,

「지방세특례제한법」 제73조 제1항 제1호 다목 단서에서 인용한 「소득세법」 제104조의2 제1항은 지정지역의 지정과 관련하여 부동산의 종류를 구분하고 있지 아니한다고 보아야 할 것이다.

따라서 2003.4.30. 처분청 관할구역이 이미 주택에 관한 지정지역으로 지정되어 있는 이상 처분청 관할구역 내에 있는 부동산을 대체취득하는 경우에는 그 부동산의 종류를 불문하고 「지방세특례제한법」 제73조 제1항 제1호 다목 단서 규정에 따라 취득세 감면대상에 해당되지 않는다고 보아야 할 것이므로 이 건 취득세 등을 환급해 달라는 청구인의 경정청구를 거부한 처분은 적법하다.

(2) OOO 의견

처분청은 「소득세법」 제104조의2 제1항에 따라 처분청 관할구역이 주택투기지역으로 지정되어 운영되고 있고, 「소득세법」 제104조의2 제1항에 따른 지정지역은 주택과 주택 외 부동산의 종류를 구분하지 않은 통합개념으로 보아야 하므로 주택에 관한 지정지역 내에 있는 주택 외 부동산을 대체취득한 경우라 하더라도 당해 부동산을 취득세 감면대상으로 볼 수는 없다고 하면서 이 건 취득세 등의 환급을 구하는 청구인의 경정청구를 거부하는 통지를 하였는데,

동일 청구취지의 사건에서 대법원OOO은 “「소득세법」에서 정하는 지정지역의 지정기준을 주택매매가격상승율과 지가상승율로 이원화하고 있고, 그에 따라 재정경제부장관(현 기획재정부장관)도 지정지역을 주택에 관한 지정지역과 주택 외의 부동산에 관한 지정지역으로 구분하여 지정하고 있고, 주택에 관한 지정지역은 그 지역에 소재하는 주택의 매매가격상승율이 일정수준 이상으로 높아 주택에 대한 투기적 수요가 우려되어 그에 대한 세제상의 불이익을 가할 목적으로 지정된 지역이므로 그와 같은 투기적 수요의 우려가 없는 주택 외의 부동산에 대해서까지 그 지정지역에 소재한다는 이유만으로 주택의 경우와 동일하게 세제상의 불이익을 가하는 것은 지정지역의 취지에 반하는 점 등을 고려하면,

주택에 관한 지정지역은 그 지역에 소재하는 주택에 관해서만 지정지역으로서의 법적 효력을 지니며 그 외의 부동산에 관하여는 그와 같은 법적 효력이 없다고 보아야 하고, 이러한 법리는 「지방세법」에서 인용하고 있는 지정지역에 관하여도 그대로 적용된다고 할 것이므로 주택에 관한 지정지역에서 주택 외의 부동산을 대체취득하는 경우는 이 건 「지방세법」 단서 조항에 해당하지 않는다고 해석함이 타당하다”라고 판시하고 있어

비록 2003.4.30.에 지정된 처분청 관할구역에 대한 주택투기지역 지정의 효력이 이 건 심판청구일 현재까지 유지되고 있다고는 하지만, 2008.11.7. 주택 외 부동산에 관한 지정지역에서는 해제되었으므로 이 건 부동산의 경우처럼 주택이 아닌 근린생활시설을 주택투기지역 내에서 주택과 같은 규제대상으로 볼 수는 없다 할 것이어서 이 건 취득세 등의 환급을 구하는 청구인의 경정청구를 거부한 처분청의 처분은 타당하다고 볼 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

부동산 수용에 따른 보상금 수령일부터 1년 이내에 주택에 관한지정지역으로 지정된 지역에 소재하고 있는 근린생활시설을 대체취득한경우 당해 근린생활시설을 취득세 감면대상으로 볼 수 있는지 여부

나. 관련 법령

(1) 지방세특례제한법

제73조【토지수용 등으로 인한 대체취득에 대한 감면】① 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」, 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」, 「도시개발법」 등 관계 법령에 따라 토지 등을 수용할 수 있는 사업인정을 받은 자( 「관광진흥법」 제55조 제1항에 따른 조성계획의 승인을 받은 자 및 「농어촌정비법」 제56조에 따른 농어촌정비사업 시행자를 포함한다)에게 부동산(선박·어업권 및 광업권을 포함한다. 이하 이 조에서 “부동산등”이라 한다)이 매수, 수용 또는 철거된 자(「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」이 적용되는 공공사업에 필요한 부동산등을 해당 공공사업의 시행자에게 매도한 자 및 같은 법 제78조 제1항부터 제4항까지 및 제81조에 따른 이주대책의 대상이 되는 자를 포함한다)가 계약일 또는 해당 사업인정 고시일(「관광진흥법」에 따른 조성계획 고시일 및 「농어촌정비법」에 따른 개발계획 고시일을 포함한다) 이후에 대체취득할 부동산등에 관한 계약을 체결하거나 건축허가를 받고, 그 보상금을 마지막으로 받은 날(사업인정을 받은 자의 사정으로 대체취득이 불가능한 경우에는 취득이 가능한 날을 말하고, 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」 제63조 제1항에 따라 토지로 보상을 받는 경우에는 해당 토지에 대한 취득이 가능한 날을 말하며, 같은 법 제63조 제6항 및 제7항에 따라 보상금을 채권으로 받는 경우에는 채권상환기간 만료일을 말한다)부터 1년 이내(제6조 제1항에 따른 농지의 경우는 2년 이내)에 다음 각 호의 구분에 따른 지역에서 종전의 부동산등을 대체할 부동산등을 취득하였을 때(건축 중인 주택을 분양받는 경우에는 분양계약을 체결한 때를 말한다)에는 그 취득에 대한 취득세를 면제한다. 다만, 새로 취득한 부동산등의 가액 합계액이 종전의 부동산등의 가액 합계액을 초과하는 경우에 그 초과액에 대하여는 취득세를 부과하며, 초과액의 산정 기준과 방법 등은 대통령령으로 정한다.

1. 농지 외의 부동산등

다. 매수·수용·철거된 부동산등이 있는 특별시·광역시·도와 잇닿아 있는 특별시·광역시·도 내의 지역. 다만, 「소득세법」 제104조의2 제1항에 따른 지정지역은 제외한다.

(2) 소득세법

제104조의2【지정지역의 운영】① 기획재정부장관은 해당 지역의 부동산 가격 상승률이 전국 소비자물가 상승률보다 높은 지역으로서 전국 부동산 가격 상승률 등을 고려할 때 그 지역의 부동산 가격이 급등하였거나 급등할 우려가 있는 경우에는 대통령령으로 정하는 기준 및 방법에 따라 그 지역을 지정지역으로 지정할 수 있다.

② 제96조 제2항 제7호 및 제104조 제4항 제1호부터 제3호까지의 규정에서 “지정지역에 있는 부동산”이란 제1항에 따른 지정지역에 있는 부동산 중 대통령령으로 정하는 부동산을 말한다.

(3) 소득세법 시행령

제168조의3【지정지역 지정의 기준 등】① 법 제104조의2 제1항에서 “지정지역”이라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역 중 국토해양부장관이 전국의 부동산가격동향 및 당해 지역특성 등을 감안하여 해당지역의 부동산가격 상승이 지속될 가능성이 있거나 다른 지역으로 확산될 우려가 있다고 판단되어 지정요청(관계중앙행정기관의 장이 국토해양부장관을 경유하여 요청하는 경우를 포함한다)하는 경우로서 기획재정부장관이 제168조의4의 규정에 따른 부동산가격안정심의위원회의 심의를 거쳐 지정하는 지역을 말한다. 이 경우 국토해양부장관이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하나 지정요청하지 아니한지역에 대하여는 기획재정부장관이 국토해양부장관으로부터 그 사유를받아 이를 부동산가격안정심의위원회에 회부하여 심의를 받아야 한다.

1. 지정하는 날이 속하는 달의 직전월(이하 이 항에서 “직전월”이라 한다)의 주택매매가격상승률이 전국소비자물가상승률의 100분의130보다 높은 지역으로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 지역

가. 직전월부터 소급하여 2월간의 월평균 주택매매가격상승률이 전국주택매매가격상승률의 100분의 130보다 높은 지역

나. 직전월부터 소급하여 1년간의 연평균 주택매매가격상승률이 직전월부터 소급하여 3년간의 연평균 전국주택매매가격상승률보다 높은 지역

2. 직전월의 지가상승률이 전국소비자물가상승률의 100분의 130보다 높은 지역으로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 지역

가. 직전월부터 소급하여 2월간의 월평균 지가상승률이 전국지가상승률의 100분의 130보다 높은 지역

나. 직전월부터 소급하여 1년간의 연평균 지가상승률이 직전월부터 소급하여 3년간의 연평균 전국지가상승률보다 높은 지역

3. 「개발이익환수에 관한 법률」 제2조 제2호의 규정에 따른 개발사업(개발부담금을 부과하지 아니하는 개발사업을 포함한다) 및 주택재건축사업(이하 “개발사업등”이라 한다)이 진행중인 지역(중앙행정기관의 장 또는 지방자치단체의 장이 그 개발사업등을 발표한 경우를 포함한다)으로서 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 지역

가. 직전월의 주택매매가격상승률이 전국소비자물가상승률의 100분의 130보다 높을 것

나. 직전월의 주택매매가격상승률이 전국주택매매가격상승률의 100분의 130보다 높을 것

4. 「택지개발촉진법」에 따른 택지개발지구, 「신행정수도 후속대책을 위한 연기·공주지역 행정중심복합도시 건설을 위한 특별법」에 따른 행정중심복합도시건설사업 예정지역·주변지역 또는 그 밖에 기획재정부령이 정하는 대규모개발사업의 추진이 예정되는 지역(이하 이 호에서 “예정지구등”이라 한다)으로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 지역. 이 경우 예정지구등의 후보지를 행정기관이 발표하는 경우에는 그 후보지를 예정지구등으로 본다.

가. 직전월의 주택매매가격상승률이 전국소비자물가상승률보다 높은 지역

나. 직전월의 지가상승률이 전국소비자물가상승률보다 높은 지역

③ 법 제104조의2 제2항에서 “대통령령으로 정하는 부동산”이란 다음 각 호 중 제1호부터 제3호까지의 어느 하나에 해당하는 부동산을 말하되, 제4호에 해당하는 주택은 제외한다. 이 경우 제4호를 적용할 때 제155조 제15항에 따라 단독주택으로 보는 다가구주택의 경우에는 한 가구가 독립하여 거주할 수 있도록 구획된 부분을 기준으로 한다.

1. 제1항 제1호 및 제3호의 규정에 따른 지정지역의 경우 : 주택(그 부수토지를 포함한다)

2. 제1항 제2호의 규정에 따른 지정지역의 경우 : 제1호 외의 부동산

3. 제1항 제4호의 규정에 따른 지정지역의 경우 : 제1호 및 제2호의 부동산

4. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(「건축법 시행령」 별표 1 제10호 나목의 오피스텔을 제외한다. 이하 이 조에서 같다). 다만, 「도시 및 주거환경정비법」에 따른 정비구역(법률 제6916호 주택법 중 개정법률로 개정되기 전의 「주택건설촉진법」에 따라 설립인가를 받은 재건축조합의 사업부지를 포함한다)으로 지정·고시된 지역에 소재하는 주택을 제외한다.

가. 「건축법 시행령」 별표 1의 규정에 따른 아파트로서 전용면적이 60제곱미터 이하이고, 양도당시 법 제99조의 규정에 의한 기준시가가 4천만원 이하일 것

나. 「건축법 시행령」 별표 1의 규정에 따른 연립주택·다세대주택으로서 전용면적이 85제곱미터 이하이고, 양도당시 법 제99조의 규정에 따른 기준시가가 1억원 이하일 것

다. 「건축법 시행령」 별표 1의 규정에 따른 단독주택으로서 대지면적이 170제곱미터 이하이고, 주택의 연면적(제154조 제3항 본문의 규정에 따라 주택으로 보는 부분과 주거전용으로 사용되는 지하실부분의 면적을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)이 85제곱미터 이하이며, 양도당시 법 제99조의 규정에 의한 기준시가가 1억원 이하일 것

⑥ 지정지역의 지정은 제4항의 규정에 따라 지정지역의 지정을 공고한 날부터 효력이 발생한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인과 처분청이 제출한 자료에 의하면 다음과 같은 사실을 알 수 있다.

(가) 청구인은 OOO 보금자리주택사업부지로 편입된 수용 부동산과 이에 소재하고 있는 자연석 등에 대한 보상금 OOO(채권 포함)을 2011.6.29. 수령한 후 2011.8.12. OOO 소재의 이 건 부동산을 취득하였다.

(나) 부동산등기등본에 이 건 부동산의 규모는 지상 3층(지하실과 옥탑이 있음)으로, 용도는 점포 및 사무실로 등재되어 있다.

(다) 이 건 부동산이 소재하고 있는 OOO는 주택에관하여는 2003.4.30.에, 주택 외의 부동산에 관하여는 2004.2.26.에 각각지정지역으로 지정되었다가 2008.11.7. 기획재정부 공고 OOO에 의하여 주택 외의 부동산에 관하여는 지정지역에서 해제되었다.

(2) 청구인은 이 건 부동산이 주택에 관한 지정지역에 소재하고 있다고 하지만 주택이 아닌 상가로서 취득세 감면대상이므로 이 건 취득세 등을 환급해 달라는 청구인의 경정청구를 거부한 처분은 부당하다고 주장하고 있다.

살피건대, 「지방세특례제한법」 제73조 제1항 제1호 다목 단서는 「소득세법」 제104조의2 제1항에 따른 지정지역을 제외한다고만 규정하고 있을 뿐 「소득세법」 제104조의2 제2항에 따른 지정지역 안의 부동산 취득을 제외한다고 규정하고 있지는 아니하지만,

「소득세법 시행령」 제168조의3은 지정지역의 지정기준을 주택매매가격상승률과 지가상승률로 이원화하고 있고, 그에 따라 기획재정부장관도 지정지역을 주택에 관한 지정지역과 주택 외의 부동산에 관한 지정지역으로 구분하여 지정하고 있는 점, 주택에 관한 지정지역은 그 지역에 소재하는 주택의 매매가격상승률이 일정수준 이상으로 높아 주택에 대한 투기적 수요가 우려되어 그에 대한 세제상의 불이익을 가할 목적으로 지정된 지역이므로 그와 같은 투기적 수요의 우려가 없는 주택 외의 부동산에 대해서까지 그 지정지역에 소재한다는 이유만으로 주택의 경우와 동일하게 세제상의 불이익을 가하는 것은 지정지역의 취지에 반하는 점 등을 고려하면,

주택에 관한 지정지역은 그 지역에 소재하는 주택에 관해서만 지정지역으로서의 법적 효력을 지니며 그 외의 부동산에 관하여는 그와 같은 법적 효력이 없다고 보아야 하고, 이러한 법리는 「지방세특례제한법」에서 인용하고 있는 지정지역에 관하여도 그대로 적용된다고 할 것이므로 주택에 관한 지정지역에서 주택 외의 부동산을 대체취득하는 경우에는 위 「지방세특례제한법」상의 단서 조항에 해당하지 않는다고 해석함이 타당하다 할 것으로OOO,

이 건 부동산이 소재하는 OOO는 청구인의 이 건 부동산 취득 당시 주택에 관한 지정지역으로 지정되어 있을 뿐 주택 외의 부동산에 관한 지정지역은 이미 해제되었으므로 이 건 부동산의 취득은 「지방세특례제한법」 제73조 제1항 제1호 다목 단서 조항의 적용대상이 될 수는 없다 하겠다.

따라서 이 건 취득세 등의 환급을 구하는 청구인의 경정청구를 거부한 처분청의 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「지방세기본법」 제123조 제4항과 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.