부가가치세법 제1조 (과세대상)

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

가. 원고는 2003.6.5. 지금ㆍ지은 제조 및 도소매업, 귀금속ㆍ장신구 제조 및 도소 매업, 무역업 등을 목적으로 설립된 회사이다.

나. 원고는 2003년 제1기 내지 2004년 제2기 부가가치세 신고를 하면서 [별지 1] 기재 매입처(이하 이 사건 거래처라 한다)로부터 수취한 합계 71,063,508,950원 상당의 금지금 매입세금계산서(이하 각 세금계산서를 이 사건 세금계산서라 하고, 위 각 거래를 이 사건 거래라 한다)에 대한 매입세액을 매출세액에서 공제하여 신고하였다.

다. 한편, 서울지방국세청장은 2004.10.8.부터 2005.7.15.까지 사이에 원고에 대한 세무조사를 실시한 결과 이 사건 세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보고 매입세액을 불공제하고 증빙불비 가산세를 부과하도록 피고에게 통보하였다.

라. 피고는 서울지방국세청장의 통보에 따라 2005.10.10. 원고에 대하여, 부가가치세 2003년 제1기분 35,394,834원, 2003년 제2기분 2,808,409,423원, 2004년 제1기분 5,104,752,146원, 2004년 제2기분 458,050,344원을 부과하고, 2004년 제2기 부가가치세환급신청세액 936,498,683원의 환급을 거부하는 한편, 증빙미수취 가산세로 법인세 2003 사업연도분 439,959,031원, 2004 사업연도분 983,754,281원을 각 부과하였다(이하 이 사건 부과처분 등이라 한다)

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 1호증의 1 내지 6, 갑 2호증의 1 내지 4, 갑 3호증, 갑 4호증의 1, 2, 갑 5호증의 1 내지 3, 을 1호증의 1 내지 4, 을 2호증의 1, 2, 을 63호증의 1 내지 4, 을 64호증의 1, 2의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 부과처분 등의 적법 여부

가. 원고의 주장

(1) 원고는 이 사건 거래처로부터 금지금을 실제로 매입하고 그 대금을 모두 지급하였음으로, 이 사건 세금계산서는 정상적인 거래에 의한 것이다. 원고는 이 사건 거래처로부터 금지금을 매입하여 홍콩에 있는 'sun yip hong gold dealers limited'(이하 해외 법인이라 한다)에게 수출을 한 것일 뿐 부가가치세를 부정하게 환급받기 위하여 과세전환업체(이른바 폭탄업체), 공급업체 또는 해외 법인 등과 공모한 것이 아니다. 즉, 원고에게는 금지금 업체들과 공동으로 조세를 포탈하려는 의사가 없었고, 다른 업체들의 행위에 대하여는 알지 못하였으며 알 수도 없었다. 따라서 이 사건 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서임을 전제로 하여 한 피고의 이 사건 각 부가가치세 부과처분 및 환급거부처분은 위법하다.

(2) 원고는 이 사건 거래를 통하여 증빙서류를 모두 수취하였고, 이 사건 세금계산서는 앞서 본 바와 같이 사실과 다른 세금계산서가 아님에도 불구하고 이와 달리 보고 한 피고의 이 사건 법인세 부과처분은 위법하다.

나. 관계법령

국세기본법 제14조 (실질과세)

부가가치세법 제1조 (과세대상)

다. 인정사실

(1) 원고는 2003.6.18.부터 2004.10.5.까지 사이에 [별지 1] 기재와 같이 이 사건 거래처로부터 132회에 걸쳐 금지금을 매입하여 총 95회에 걸쳐 해외 법인에게 금지금 상태 그대로 또는 24kㆍ22k 목걸이 등의 제품으로 가공하여 수출하였다.

(2) 원고가 이 사건 거래에 관하여 각 거래처에 대금을 지불한 내역은 원고의 우리 은행계좌, 조흥은행 계좌, 외환은행 계좌에 기재되어 있고, 수출거래와 관련된 외화대금 입금내역은 우리은행 외화예금계좌, 조흥은행 계좌, 외환은행 계좌에 기재되어 있다.

(3) 이 사건 거래와 관련하여 금지금이 수입되어 수출되기까지의 일련의 전체거래(이하 이 사건 거래라 한다)의 중간 단계에서 부가가치세가 면제되는 금지금을 매입한 다음 면세추천 받지 아니한 자에게 부가가치세 과세대상이 되는 금지금으로 공급하면서 세금계산서를 작성ㆍ교부하고 그 부가가치세 상당액을 납부하지 않는 이른바 폭탄업체가 존재하고 있는 거래는 [별지2] 기재와 같다.

(4) 그런데 이 사건 전체거래에 관한 운송장에 등에 의하면, 금지금이 수입된 후 6~7단계의 거래과정을 거쳐 수입 당일 또는 2~3일 이내에 해외법인으로 수출된 것으로 나타나 있고, 이 사건 거래 이전 거래에 있어서 상당한 거리에 떨어져 있는 업체 사이의 이동시간이 5~15분 정도로 매우 짧게 나타나 있는 경우가 다수 있었으며, 원고로부터 그 이전 거래처를 거쳐 수입업자에게로의 자금결제가 마쳐진 다음에 금지금이 이동되는 것으로 드러난 사례도 있었다.

(5) 이 사건 전체거래에서는 수출업자인 원고가 관세를 환급받기 위하여 필요한 '분할증명서'가 교부되거나 관세를 환급받지 않았고, 대부분의 경우 금지금의 일련번호는 기재되지 않았으며, 동일한 금지금이 수입되었다가 수출되는 경우도 있었다.

(6) 원고는 95회의 수출 중에서 일부는 국제시사의 최저가나 당시 국내시세보다 낮은 가격에 수출을 한 적도 있었고, 4건의 거래에 있어서는 수출가격이 매입가격보다 낮았다.

"(7) 원고가 2005.에 수출한 51건 중에서 37건에 해당하는 수출계약서상에는 수신인이 'Mr.Know'으로 잘못 기재되어 있고, 해외 법인은 원고에게 수출계약서에 기재된 대금의 금액보다 20~69달러 정도 적은 금액을 실제로 송금한 경우도 다수 있었다.",(8) 한편 서울지방국세청장이 ○○금은에 대하여 실시한 세무조사결과 작성된 ○○금은의 '가공매출세금계산서 교부명세(갑 118호증)'의 기재에 의하면, 가공매출처 내역 중에 원고는 포함되어 있지 않았다.

(9) ○○금은은 2005.12.경 서울중앙지방검찰청으로부터 특정범죄가중처벌 등에 관한 법률 위반(조세포탈) 및 그 방조 혐의에 관하여 '혐의없음' 처분을 받았다.

(10) 서울지방국세청장이 ○○금은에 대하여 2003.1.부터 2007.3.까지 사이의 거래 내역에 관하여 세무조사를 한 후 작성된 '조사항목별 조사내용 등'에는 '조사항목 : 해당없음, 조사내용 : 조사항목 적출내역 없음'이라고 기재되어 있다.

(11) ○○금은을 실제로 운영한 이○범은 검찰조사 당시 "폭탄업체를 바지라고 지칭하였고, ○○금은이 거래항 당시 부가가치세를 포탈하는 폭탄업체가 있다는 사실을 알고 있었다"라는 취지로 진술하였다.

(12) 원고의 대표이사인 신○락은 2008.3.6. 서울중앙지방검찰청으로부터 조세범처벌법위반 혐의에 대하여 기소유예 처분을 받았다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 10호증의 1 내지 11, 갑 11호증의 1 내지 20, 갑 12호증의 1 내지 16, 갑 12 내지 14호증의 각 1 내지 16, 갑 15호증의 1 내지 14, 갑 16호증의 1 내지 18, 갑 17호증의 1 내지 14, 갑 18호증의 1 내지 16, 갑 19호증의 1 내지 15, 갑 20 내지 25호증의 각 1 내지 16, 갑 26호증의 1 내지 15, 갑 27, 28호증의 각 1 내지 18, 갑 29, 30호증의 각 1 내지 16, 갑 31호증의 1 내지 18, 갑 32호증의 1 내지 20, 갑 33호증의 1 내지 16, 갑 34호증의 1 내지 18, 갑 32호증의 1 내지 20, 갑 33호증의 1 내지 16, 갑 34호증의 1 내지 18, 갑 35호증의 1 내지 16, 갑 36호증의 1 내지 19, 갑 37 내지 39호증의 각 1 내지 16, 갑 40 내지 43호증의 각 1 내지 10, 갑 44호증의 1 내지 13, 갑 45호증의 1 내지 14, 갑 46, 47호증의 각 1 내지 10, 갑 48호증의 1 내지 13, 갑 49호증의 1 내지 16, 갑 50호증의 1 내지 13, 갑 51호증의 1내지 12, 갑 52호증의 1 내지 10, 갑 53호증의 1 내지 18, 갑 54호증의 1 내지 11, 갑 55 내지 58호증의 각 1 내지 13, 갑 59 내지 63호증의 각 1 내지 14, 갑 64 내지 66호증의 각 1 내지 13, 갑 67호증의 1 내지 9, 갑 68호증의 1 내지 14, 갑 69호증의 1 내지 10, 갑 70호증의 1 내지 13, 갑 71호증의 1 내지 10, 갑 72호증의 1 내지 16, 갑 73호증의 1 내지 13, 갑 74호증의 1 내지 16, 갑 75 내지 78호증의 각 1 내지 10, 갑 79호증의 1 내지 11, 갑 80 내지 83호증의 각 1 내지 13, 갑 84, 85호증의 각 1 내지 10, 갑 86호증의 1 내지 13, 갑 87 내지 89호증의 각 1 내지 11, 갑 90호증의 1 내지 15, 갑 91 내지 93호증의 각 1 내지 11, 갑 94호증의 1 내지 12, 갑 95호증의 1 내지 13, 갑 96, 97호증의 각 1 내지 12, 갑 98호증의 1 내지 16, 갑 99 내지 101호증의 각 1 내지 12, 갑 102호증의 1 내지 11, 갑 103호증의 1 내지 12, 갑 104호증의 1 내지 15, 갑 105호증, 갑 106, 107호증의 각 1 내지 3, 갑 108호증, 갑 109호증의 1 내지 6, 갑 116호증의 1, 3, 갑 118, 119호증, 갑 120호증의 1, 2, 갑 121호증, 을 4호증의 1 내지 9, 을 5호증의 1 내지 6, 을 6호증의 1 내지 3, 을 7, 8, 호증의 각 1, 2, 을 9호증, 을 10호증의 1 내지 4, 을 11호증, 을 12호증의 1, 2, 을 21호증, 을 22호증의 1 내지 3, 을 23호증의 1 내지 107, 을 24호증의 1 내지 4, 을 27호증의 1 내지 4, 을 28호증, 을 29호증의 1 내지 9, 을 30, 31호증, 을 32호증의 1 내지 5, 을 33호증의 1 내지 51, 을 34호증의 1 내지 9, 을 35증의 1 내지 5, 을 36호증의 1 내지 4, 을 37호증의 1 내지 6, 을 39호증, 을 40 내지 42호증의 각 1, 2, 을 43호증의 1 내지 3, 을 44호증의 1 내지 18, 을 45호증, 을 46, 47호증의 각 1 내지 4, 을 50, 51호증의 각 1, 2, 을 52호증의 1 내지 6, 을 59호증의 1 내지 4, 을 62호증의 각 기재, 이 법원의 관세청장에 대한 사실조회결과, 변론 전체의 취지

라. 판단

(1) 이 사건 부가가치세 부과처분 및 환급거부처분 부분

부가가치세법(2006.12.30. 법률 제8142호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제1조 제1항 제1호는 부가가치세 과세대상으로 '재화의 공급'을 규정하고 있고, 제6조 제1항은 "재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 재화를 인도 또는 양도하는 것으로 한다"고 규정하고 있는바, 부가가치세가 다단계 거래세로서의 특성이 있는 점 등에 비추어 볼 때, 부가가치세법 제6조 제1항에서 정한 인도 또는 양도는 실질적으로 얻은 이익의 유무에 불구하고 재화를 사용ㆍ소비할 수 있는 권한을 이전하는 일체의 원인행위를 모두 포함한다고 할 것이고(대법원 1985.9.24. 선고 85누286 판결 2001.3.13. 선고 99두9247 판결 등 참조), 이 경우 어느 일련의 거래과정 가운데 특정 거래가 부가가치세법 소정의 재화의 공급에 해당하는지 여부는 각 거래별로 거래당사자의 거래의 목적과 경위 및 태양, 이익의 귀속주체, 대가의 지급관계 등 제반 사정을 종합하여 개별적ㆍ구체적으로 판단하여야 하며, 그 특정 거래가 실질적인 재화의 인도 또는 양도가 없는 명목상의 거래라는 이유로 그 거래과정에서 수취한 세금계산서가 매입세액의 공제가 부인되는 부가가치세법 제17조 제2항 제1의2호가 규정하고 있는 사실과 다른 세금계산서에 해당한다는 점에 관한 증명책임은 과세관청이 부담함이 원칙이다(대법원 1992.9.22. 선고 92누2431 판결, 2006.4.14. 선고 2005두16406 판결 등 참조)

이 사건에 있어서 위 인정사실에 나타난 다음의 사정 즉, ① 이 사건 거래에 관한 세금계산서, 거래명세표, 운송물품송부증, 통장의 거래내역 등에 의하면, 원고는 2003.6.18.부터 2004.10.5.까지 사이에 이 사건 거래처로부터 금지금을 매입하고 매입당일 금지금을 인도받은 다음 그 대금을 모두 지급하였으며, 이 사건 거래에 따른 세금계산서를 각 교부받은 점, ② 원고는 금지금을 매입한 후 금지금 상태 그대로 또는 24kㆍ 22k 금목걸이로 가공하여 홍콩에 있는 해외 법인에게 수출하였는데, 그 수출 중 일부는 국제시세의 최저가나 당시 국내시세보다 낮은 가격에 수출을 한 적도 있었으나, 수출가격이 매입가격보다 낮은 경우는 4건에 불과하여 대부분 이득을 남긴 것으로 보이는 점, ③ 이 사건 전체거래 중에서 폭탄업체가 개입된 거래는 일부에 불과하였던 점, ④ 이 사건 거래처 중 ○○금은의 가공매출 내역 중에 원고는 포함되어 있지 않았고, 달리 이 사건 거래가 가공의 매출임을 인정할 자료가 없는 점 등의 사정 및 앞서 본 법리에 비추어 살펴보면, 이 사건 전체거래가 모두 1~3일에 걸쳐 이루어졌고, 그 중간 단계에 부가가치세가 면제되는 금지금을 매입한 다음 면세추천 받지 아니한 자에게 부가가치세 과세대상이 되는 금지금을 매입한 다음 면세추천 받지 아니한 자에게 부가가치세 과세대상이 되는 금지금으로 공급하면서 세금계산서를 작성ㆍ교부하고 그 부가가치세 상당액을 납부하지 않는 이른바 폭탄업체가 일부 존재하고 있었으며, 원고의 대표이사가 조세범처벌법위반 혐의에 대하여 기소유예 처분을 받았다는 점 등의 사정만으로는 이 사건 전체거래 중의 하나인 이 사건 거래가 명목상의 거래로서 부가가치세 과세대상이 되는 재화의 공급이 아니라고 보기는 어렵다고 할 것이다(대법원 2008.12.11. 선고 2008두9218 판결, 2008.12.24. 선고 2007두20379 판결 등 참조)

따라서 이 사건 거래가 명목상의 거래이기 때문에 이 사건 세금계산서를 사실과 다른 세금계산서라고 보아 그 매입세액을 공제하지 아니하고 한 피고의 이 사건 부가가치세 부과처분 및 환급거부처분은 위법하다.

(2) 이 사건 법인세 부과처분 부분

법인세법(2006.12.30. 법률 제8141호로 개정되기 전의 것) 제76조 제5항, 제116조 제2항 제2호에 의하면, 납세지 관할세무서장은 법인이 사업과 관련하여 사업자로부터 재화를 공급받고 부가가치세법 제16조의 규정에 의한 세금계산서를 수취하지 아니한 경우에는 그 수취하지 아니한 금액의 100분의 2에 상당하는 금액을 가산한 금액을 법인세로서 징수하여야 한다고 규정하고 있고, 부가가치세법 제16조에 의하면, 납세의무자로 등록한 사업자가 재화를 공급하는 때에는 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭, 공급받는 자의 등록번호, 공급가액과 부가가치세액 등을 기재한 세금 계산서를 공급을 받은 자에게 교부하여야 한다고 규정하고 있다.

앞서 본 바와 같이 이사건 거래가 부가가치세 과세대상이 되는 재화의 공급이 아니라고 단정지을 수 없는 이상 그에 따라 수취한 이 사건 세금계산서 역시 부가가치세법 제16조의 규정에 의한 적법한 세금계산서가 아니라고 단정하기 어려움에도 불구하고 이 사건 거래가 재화의 공급에 해당하지 않고, 따라서 이 사건 세금계산서가 위장 세금계산서임을 전제로 하여 한 피고의 이 사건 법인세 부과처분은 위법하다.

(3) 소결

그러므로 피고의 이 사건 부과처분 등은 모두 위법하고, 이를 지적하는 원고의 주장은 이유 있다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 청구는 이유 있으므로 이를 모두 받아들이기로 하여 주문과 같이 판결한다.