2. 나머지 심판청구는 이를 기각한다.

가. 청구법인들OOO은 토목건축공사업을 영위하는 법인으로, 2007.4.11. OOO에게 OOO 도시개발사업단지(이하 OOO라 한다) 조성공사(토공사·우수공사·오수공사·상수도공사·포장공사·구조물공사·문화재시굴조사 등으로, 이하 “쟁점택지조성공사”라 한다) 용역을 제공하기로 하며, 그 중 우수공사비·오수공사비·상수도공사비·포장공사비·구조물공사비·문화재시굴조사비는 전부가 과세대상, 토공사비와 그 부대공사비는 「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제106조에 따라 직접공사비에 전체공사면적에서 국민주택 부지면적이 차지하는 비율(이하 “국민주택부지비율”이라 한다)을 곱하여 산출한 금액이 국민주택 건설용역의 공급가액으로서 면세되고 나머지만 과세대상인 것으로 도급계약을 체결OOO하였다가, OOO시장의 지시에 따라 2007.12.21. 총 택지개발공사비에 OOO의 유상공급 부지면적에서 국민주택 부지면적이 차지하는 비율을 곱하여 산출한 금액이 국민주택 건설용역의 공급가액으로서 면세대상인 것으로 도급변경계약을 체결하고 부가가치세를 신고·납부하였다.

나. OOO지방국세청장은 OOO에 대하여 법인정기조사를 실시한 결과, 청구법인들이 OOO에 공급한 택지조성공사용역은 조특법 제106조에 따라 면세되는 국민주택 건설용역에 해당하지 아니한다고 보고 그 공급가액을 부가가치세 과세표준에 가산하는 것으로 부가가치세를 경정하라는 취지의 과세자료를 처분청에 통보하였다.

다. 처분청은 이에 따라 [별지] 기재와 같이 2013.7.22.부터 2014.1.17.까지 OOO에게 2008년 제1기～2011년 제2기 부가가치세 합계 OOO원, OOO에게 2008년 제2기～2011년 제2기 부가가치세 합계 OOO원을 각 경정·고지하였다가 OOO에 대하여는 면세분 매입세액으로 매출세액에서 불공제하였던 매입세액을 매출세액에서 공제하여 2014.2.25. 2008년 제2기～2011년 제2기 부가가치세 OOO원을 감액경정하였다.

라. 청구법인들은 이에 불복하여 2014.2.10. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인들 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인들 주장

(1) 청구법인들이 OOO에 제공한 쟁점택지조성공사용역은 국민주택을 건설하기 위한 지반 및 기반시설을 조성하는 것으로 주택건설용역의 일부를 이루며, 그 공사대금은 국민주택의 공급가액에 반영되므로 당연히 서민에게 부가가치세 부담 없는 주택을 공급하고자 한 조특법 제106조의 적용을 받아 면세되는 것이다.

설령 쟁점택지조성공사가 국민주택 건설용역 자체에 해당하지 아니한다 하더라도 「부가가치세법」 제26조 제2항에 따라 “면세되는 재화 또는 용역의 공급에 통상적으로 부수되는 재화 또는 용역의 공급”으로서 그 면세되는 재화 또는 용역의 공급에 포함되는 것이다(만약 쟁점택지조성공사가 조특법 기본통칙 106-0…1에서 정한 집단주택의 부대시설·부수시설공사에 포함된다고 보더라도 택지조성공사비는 주택의 분양가격에 포함되므로 이를 면세되는 용역의 공급이라고 보아야 한다).

또한, 청구법인들이 위와 같이 쟁점택지조성공사의 총 공사비를 국민주택 비율에 따라 안분하여 면세금액을 산출하여 계산서를 발행하게 된 것은 전적으로 OOO시의 지시에 따른 것으로, 비록 과세관청과 OOO시가 같은 주체는 아니더라도 OOO시의 공적인 견해표명을 믿고 따른 신뢰는 보호받아야 한다.

(2) OOO세무서장은 쟁점택지조성공사용역 전부를 부가가치세 과세용역으로 보고 OOO이 신고한 면세공급가액을 과세공급가액으로 경정하면서도 관련 매입세액을 매출세액에서 공제하는 것으로 경정하지 아니하였다가, OOO이 이 건 심판청구를 한 후인 2014.2.25.에야 과세공급가액으로 경정된 면세공급가액 관련 매입세액을 매출세액에서 공제하여 부가가치세를 감액경정하면서 2008년 제2기분에 대하여는 감액경정당시 부과제척기간이 도과하였음을 이유로 경정하지 아니하였으나, 부과제척기간이 도과된 이후라도 과세관청은 납세자의 보호를 위하여 직권으로 감액경정을 할 수 있는 것이므로 2008년 제2기분에 대하여도 과세공급가액으로 경정된 면세공급가액 관련 매입세액을 매출세액에서 공제하여 부가가치세를 경정함이 타당하다.

(3) 청구법인은 OOO시의 지시에 따라 OOO가 요구한 대로 부가가치세를 신고·납부한 것인바, 이에 따르지 않을 경우 계약을 유지하고 부가가치세를 거래징수하는 것이 거의 불가능한데도 청구법인에게 가산세 책임까지 부과함은 부당하다.

나. 처분청 의견

(1) 국민주택건설공사에 반드시 수반되는 토지조성공사는 조특법 제106조에 따라 면세되나, 청구법인이 수행한 공사는 전체 택지 중 국민주택부지를 제외한 나머지 택지조성공사 및 국민주택단지 밖의 토공사·우수공사·오수공사·상수도공사·포장공사·구조물공사 등의 공사로 이는 국민주택건설에 해당하지 아니할 뿐 아니라 이에 필수적으로 수반되는 용역도 아니므로 조특법 제106조에 따라 면세되지 아니한다.

(2) 처분청이 OOO에 대하여 과세사업 관련 매입세액을 매출세액에서 공제하여 부가가치세를 감액경정한 때(2014.2.25.)는 이미 2008년 제2기분 부가가치세 부과제척기간(2014.1.25.)을 지난 후였으므로 직권으로 감액경정할 수는 없었다.

(3) 공공기관이 산정한 기준을 그대로 적용하였다고 하여 부가가치세 면제규정을 잘못 적용하여 부가가치세를 거래징수하고 신고납부한 것에 대하여 청구법인들에게 의무해태에 정당한 사유가 있다고 인정하기 어렵다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

(1) 국민주택 건설용역으로서 부가가치세가 면제되는 용역해당여부

(2) 면세공급가액을 과세공급가액으로 경정하면서 관련 매입세액을 매출세액에서 공제하지 아니한 처분의 당부

(3) 가산세를 면제할 정당한 사유가 있는지 여부

나. 관련 법령

(1) 조세특례제한법(2011.12.31. 법률 제11133호로 개정되기 전의 것)

제106조 [부가가치세의 면제 등] ① 다음 각 호의 1에 해당하는 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.(후문 생략)

4. 대통령령이 정하는 국민주택 및 당해 주택의 건설용역(대통령령이 정하는 리모델링 용역을 포함한다)

(2) 조세특례제한법 시행령

제106조 [부가가치세 면제 등] ④ 법 제106조 제1항 제4호에서 "대통령령이 정하는 국민주택 및 당해 주택의 건설용역"이라 함은 다음 각호의 것을 말한다.

1. 제51조의2 제3항에 규정된 규모 이하의 주택

2. 제1호의 규정에 의한 주택의 건설용역으로서 「건설산업기본법」·「전기공사업법」·「소방법」·「정보통신공사업법」·「주택법」 및 「오수·분뇨 및 축산폐수의 처리에 관한 법률」에 의하여 등록을 한 자가 공급하는 것

3. 제1호의 규정에 의한 주택의 설계용역으로서 건축사법에 의하여 등록을 한 자가 공급하는 것

(3) 국세기본법(2011.12.31. 법률 제11124호로 개정되기 전의 것)

제48조 [가산세 감면 등] ① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 제6조 제1항에 따른 기한연장 사유에 해당하거나 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데 대한 정당한 사유가 있는 때에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인들은 OOO에게 OOO 택지조성공사용역을 제공하면서 그 중 토공사비·부대공사비를 국민주택 부지비율로 안분한 금액만 국민주택 건설용역의 공급가액으로써 조특법 제106조 제1항에 따라 면세되는 것으로 계약하고 부가가치세를 거래징수하여 신고·납부하다가, OOO시장으로부터 “택지개발지구의 택지조성공사비 중 유상공급 부지면적에서 국민주택 부지면적이 차지하는 비율을 곱하여 산출한 금액은 국민주택 건설용역의 공급가액으로써 조특법 제106조 제1항에 따라 면세되는 것으로 기존 계약서를 변경하고 경정청구를 제기하여 부가가치세를 환급받으라”는 취지의 지시OOO를 받은 OOO의 요구OOO에 따라 OOO시장이 지시한 대로 면세공급가액을 재계산하여 도급변경계약서를 작성하고 부가가치세를 거래징수하여 신고·납부하여 왔다.

(2) OOO지방국세청장은 2013년 OOO에 대한 세무조사를 실시한 결과, 청구법인이 OOO에게 제공한 쟁점택지조성공사용역은 국민주택단지 조성과 직접 관련이 없는 단지 밖의 토공사·도로공사·상하수도 공사 등으로 부가가치세가 과세되는 용역에 해당함에도 청구법인들이 이를 국민주택건설용역으로서 부가가치세가 면제된다고 보고 계산서를 발행하였으므로 그 공급가액을 과세표준에 가산하여 부가가치세를 과세하라는 취지로 과세자료를 통보하였다.

(3) 먼저, 쟁점(1)에 대하여 살펴본다.

(가) 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석 하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합하는 것(대법원 2003.1.24. 선고 2002두9537 판결, 같은 뜻임)인바, 조특법 제106조 제1항 제4호는 대통령령으로 정하는 국민주택 및 그 주택의 건설용역에 대하여 부가가치세를 면제한다고 정하고 있고, 같은 법 시행령 제51조의2 제3항, 제106조 제4항 제1호 및 제2호는 대통령령이 정하는 국민주택 및 그 주택의 건설용역이라 함은 「주택법」에 따른 국민주택 규모 이하의 주택 및 그 주택의건설용역으로서 「건설산업기본법」·「전기공사업법」·「소방법」·「정보통신공사업법」·「주택법」 및 「오수·분뇨 및 축산폐수의 처리에 관한 법률」에 의하여 등록을 한 자가 공급하는 것이라고 규정하고 있으며, 「주택법」 제2조 제1호·제3호는 주택이란 세대의 구성원이 장기간 독립된 주거생활을 할 수 있는 구조로 된 건축물의 전부 또는 일부 및 그 부속토지를 말하고, 국민주택이란 국민주택기금으로부터 자금을 지원받아 건설되거나 개량되는 주택으로서 주거전용면적이 1호 또는 1세대당 85제곱미터 이하인 주택을 말한다고 규정하고 있으므로, 이에 따라 부가가치세가 면제되는 것은 국민주택 그 자체의 공급과 국민주택의 건물건설공사, 부속토지건설공사 및 주택건설에 있어 필수적으로 부수되는 전기공사, 소방공사 등 용역의 공급을 가리키는 것이라고 한정적으로 해석하여야 할 것이다(대법원 1992.2.11. 선고 91누7040 판결, 같은 뜻임).

(나) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 국민주택건설용역을 공급하는 사업자가 그에 부수하여 공급하지 아니한 토지조성공사와 기타시설공사는 국민주택 그 자체의 공급이나 국민주택의 건설용역이 아닐 뿐 아니라 국민주택 건설에 필수적으로 부수되는 건설용역이라고 볼 수도 없으므로 조특법 제106조 제1항 제4호에 따라 면세되는 용역에 해당하지 아니한다고 할 것인바, 처분청이 쟁점택지조성공사용역을 부가가치세 면세대상 국민주택 건설용역에 해당하지 아니하는 것으로 보아 그 공급가액을 부가가치세 과세표준에 가산한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

(4) 다음으로, 쟁점(2)에 대하여 살피건대, 납세의무자가 신고한 과세표준과 세액에 관하여 오류 또는 탈루가 있다고 보아 과세관청이 증액경정처분을 한 경우 납세의무자는 증액경정처분에 대하여 심판청구를 제기하는 등으로 다툴 수 있고, 그 불복절차에서 증액경정처분의 위법 여부는 그 세액이 정당한 세액을 초과하는지 여부에 의하여 판단되는 것이므로 납세의무자는 과세관청의 증액경정사유뿐만 아니라 그 세액이 정당한 세액을 초과하게 되는 다른 사유도 함께 주장하여 다툴 수 있다고 할 것인다(대법원 2013.4.18. 선고 2010두11733 판결, 같은 뜻임), OOO세무서장은 OOO이 면세로 신고한 2008년 제2기분 공급가액을 과세공급가액으로 경정하면서 관련 매입세액을 매출세액에서 공제하지 아니하였으나, 「부가가치세법」(2013.6.7. 법률 제11873호로 개정되기 전의 것) 제17조 제1항에 따라 사업자는 매출세액에서 매입세액을 공제한 금액을 부가가치세액으로 납부하여야 하는 것이므로 과세관청이 납세자가 면세로 신고한 공급가액을 과세로 경정하면서 관련 매입세액을 매출세액에서 공제하지 아니하고 부가가치세를 과세한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

(5) 마지막으로, 쟁점(3)에 대하여 살피건대, 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 개별세법이 정하는 바에 따라 부과되는 행정상의 제재로서 납세자의 고의·과실은 고려되지 않고, 법령의 부지 또는 오인은 위 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당한다고 볼 수 없는 것(대법원 2004.9.24. 선고 2003두10350 판결 등, 같은 뜻임)인바, 청구법인들이 부가가치세가 면제되는 국민주택건설용역의 범위를 오인하였다는 사정은 가산세를 면할 정당한 사유에 해당하지 아니하므로 처분청이 쟁점택지조성공사용역을 부가가치세 면제대상이 아니라고 보아 청구법인들에게 부가가치세 가산세를 부과한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 「국세기본법」제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.