가. 청구법인은 제조업을 영위하는 법인으로 2013사업연도 매출액이 OOO원을 초과하여 「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제5조 제1항 및 같은 법 시행령 제2조 제2항에 따라 2014～2016사업연도 기간 동안 중소기업 유예를 받을 수 있다고 보고, 같은 법 제6조[창업중소기업에 대한 세액감면] 및 제7조[중소기업에 대한 특별세액감면](이하 “쟁점감면”이라 한다)을 적용하여 2015사업연도 법인세를 신고·납부하였다.

나. OOO국세청장은 처분청에 대한 감사를 실시하여 청구법인이 2014사업연도 중에OOO 주식회사(이하 “쟁점법인”이라 한다)의 주식을 취득하여 지분 37.3%를 보유한것을 확인하고, 청구법인은 관계기업으로 조특법 시행령 제2조에 따라 “실질적인 독립성”요건을 갖추지 못하여 중소기업 유예기간의 적용대상이 아니어서 쟁점감면을 받을 수 없다고 감사 지적함에 따라 처분청은 2017.5.12. 청구법인에게 2015사업연도 법인세 OOO원을 경정·고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2017.6.12. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 조특법 시행령 제2조 제2항 단서는 같은 항 각 호에 정한 사유에 해당할 경우 유예기간의 개시를 제한하는 규정일 뿐 이미 개시된 유예기간의 실효 규정이 아니다.

따라서 2013사업연도 매출액이 OOO원을 초과하여 2016사업연도까지 중소기업 유예기간을 규정한 구 조특법 시행령에 따라 감면 및 세액공제를 받은 청구법인에게 기존 적용되던 중소기업 유예기간은 실효되지 않으며, 쟁점감면을 배제한 처분청의 처분은 부당하다.

(2) 또한, 청구법인은 2013사업연도 매출이 OOO원을 넘어 유예기간 경과 후 중소기업에서 배제될 예정으로「중소기업기본법 시행령」 및 조특법 시행령 제2조 제1항 제3호의관계기업 기준에 따라 중소기업에서 배제되는 것이 아니므로, 개정 조특법 시행령 제2조 제2항 단서에서 유예기간 적용제외 사유로 규정한 ‘다음 각 호의 어느 하나의 사유로중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우’가 아니어서 쟁점감면을 배제하는 것은 부당한 처분이다.

(3) 대법원도 조특법 시행령 제2조 제2항 단서규정을 가지고 이미 진행중이던 유예기간의 실효규정으로까지 해석하기는 어렵다고 보아 개정 조특법 시행령 제2조 제2항 단서 제3호에 의하여 기존에 적용되던 중소기업 유예기간이 실효되었음을 전제로 한 처분은 위법하다고 판단하였다(대법원 2016두33902 판결, 대법원 2016두53920 판결 등).

나. 처분청 의견

(1) 조특법은 「중소기업기본법」의 독립성기준과 유예기간 제도에 대한 기본 개념도 준용하고 있으며, 중소기업청은 ‘유예기간 중에 있는 기업’도 유예기간 적용 배제 사유에 해당하는 경우 잔여 유예기간이 소멸되는 것으로 해석하고 있다.

(2) 조특법 시행령(2012.2.2. 대통령령 제23590호로 개정된 것) 제2조 제1항 단서, 제3호 및 제2항 단서, 제3호 규정에 따라 청구법인은 2015사업연도에 관계기업과의 매출액 합계액이 OOO원을 초과하여 실질적 독립성 요건을 충족하지 못하였으므로 「중소기업기본법 시행령」의 개정으로 중소기업에서 제외된 것이 아니라 조특법 시행령 제2조 제1항 제3호에 의한 실질적 독립성 기준을 위반하여 중소기업에서 제외되었고 그에 따라 조특법 시행령 제2조 제2항 단서의 규정이 적용되어 중소기업 유예기간도 적용받을 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

중소기업유예기간 중에관계기업에 따른 중소기업 배제 요건을 충족하는 경우 남은 유예기간이적용되는지 여부

나. 관련 법령

(1) 구 조세특례제한법 시행령(2010.12.30. 대통령령 제22583호로 개정된 것)

제2조(중소기업의 범위) ①「조세특례제한법」(이하 “법”이라 한다) 제5조 제1항 각 호 외의 부분에서 “대통령령으로 정하는 중소기업” 이란 작물재배업, 축산업, 어업, 광업, 제조업(제조업과 유사한 사업으로서 기획재정부령으로 정하는 사업을 포함한다. 이하 같다), 하수폐기물 처리(재활용을 포함한다)원료재생 및 환경복원업, 건설업, 도매 및 소매업, 운수업 중 여객운송업, 음식점업, 출판업, 영상오디오 기록물 제작 및 배급업(비디오물 감상실 운영업은 제외한다), 방송업, 전기통신업, 컴퓨터 프로그래밍시스템 통합 및 관리업, 정보서비스업, 연구개발업, 광고업, 그 밖의 과학기술서비스업, 포장 및 충전업, 전문디자인업, 전시 및 행사대행업, 창작 및 예술관련 서비스업, 인력공급 및 고용알선업(농업노동자 공급업을 포함한다), 콜센터 및 텔레마케팅 서비스업, 법 제7조 제1항 제1호 커목에 따른 직업기술 분야 학원, 제5조 제6항에 따른 엔지니어링사업, 제5조 제8항에 따른 물류산업, 제6조 제1항에 따른 수탁생산업, 제54조 제1항에 따른 자동차정비공장을 운영하는 사업, 「해운법」에 따른 선박관리업,「의료법」에 따른 의료기관을 운영하는 사업, 「관광진흥법」에 따른 관광사업(카지노, 관광유흥음식점업 및 외국인전용 유흥음식점업은 제외한다), 「노인복지법」에 따른 노인복지시설을 운영하는 사업, 「노인장기요양보험법」제32조에 따른 재가장기요양기관을 운영하는 사업, 「전시산업발전법」에 따른 전시산업, 「에너지이용 합리화법」제25조에 따른 에너지절약전문기업이 하는 사업, 「근로자직업능력 개발법」에 따른 직업능력개발훈련시설을 운영하는 사업, 건물 및 산업설비 청소업, 경비 및 경호 서비스업, 시장조사 및 여론조사업을 주된 사업으로 영위하는 기업으로서 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 기업(이하 “중소기업”이라 한다)을 말한다. 다만, 상시 사용하는 종업원수가1천명 이상, 자기자본이 1천억원 이상, 매출액이 1천억원 이상 또는 자산총액이 5천억원 이상인 경우에는 중소기업으로 보지 아니한다.

1. 상시 사용하는 종업원수자본금 또는 매출액이 업종별로 「중소기업기본법 시행령」 별표 1의 규정에 의한 규모기준(이하 이 조에서 중소기업기준 이라 한다) 이내일 것

3.실질적인 독립성이 「중소기업기본법 시행령」제3조 제1항 제2호에 적합할 것. 이 경우 「중소기업기본법 시행령」제3조 제1항 제2호 나목에 따른 주식의 소유는 직접소유 및 간접소유(「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 집합투자기구를 통하여 간접소유한 경우는 제외한다)를 포함하며, 같은 영 제3조 제1항 제2호 다목을 적용할 때 “별표1의 기준에 맞지 아니하거나 제1항 제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는”은 “ 「조세특례제한법 시행령」제2조 제1항 각 호 외의 부분 단서에 따른 기준에 해당하는”으로 본다.

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 중소기업이 그 규모의 확대 등으로 동항 각호외의 부분 단서에 해당되거나 동항 제1호의 기준을 초과함에 따라 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에는 최초로 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지는 이를 중소기업으로 보고, 동 기간(이하 이 조에서 “유예기간”이라 한다)이 경과한 후에는 과세연도별로 제1항의 규정에 따라 중소기업 해당여부를 판정한다. 다만, 중소기업이 다음 각 호의 어느 하나의 사유로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 유예기간을 적용하지 아니하고, 제2호에 따른 유예기간 중에 있는 기업에 대해서는 합병일이 속하는 과세연도부터 유예기간을 적용하지 아니한다.

1. 「중소기업기본법」의 규정에 의한 중소기업외의 기업과 합병하는 경우

2. 유예기간 중에 있는 기업과 합병하는 경우

3. 제1항 제3호의 규정에 의한 기업외의 기업에 해당되는 경우

⑤ 제1항을 적용할 때 기업이 「중소기업기본법 시행령」제3조 제1항 제2호, 별표1 및 별표2의 개정으로 새로이 중소기업에 해당하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도부터 중소기업으로 보고, 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지 중소기업으로 본다.

부칙 <대통령령 제22583호, 2010.12.30>

제1조(시행일) 이 영은 2011년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제106조제7항 제49호의 개정규정은 2011년 3월 1일부터 시행하고, 제16조의2제2항 및 제108조 제3항부터 제5항까지의 개정규정은 2011년 4월 1일부터 시행하며, 제69조 제3항 및 제69조의2의 개정규정은 2011년 7월 1일부터 시행하고, 제2조 제1항 제3호 전단( 「중소기업기본법 시행령」 제3조 제2호 다목의 부분만 해당한다) 및 후단의 개정규정은 2012년 1월 1일부터 시행한다.

제2조(일반적 적용례) ① 이 영 중 소득세 및 법인세에 관한 개정규정은 이 영 시행 후 최초로 개시하는 과세연도 분부터 적용한다.

(2) 조세특례제한법 시행령(2015.2.3. 대통령령 제26070호로 개정된 것)

제2조(중소기업의 범위) ② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 중소기업이 그 규모의 확대 등으로 같은 항 각 호 외의 부분 단서에 해당되거나 같은 항 제1호 또는 제3호( 「중소기업기본법 시행령」제3조 제1항 제2호 다목의 규정으로 한정한다)의 요건을 갖추지 못하게 되어 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에는 최초로 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지는 이를 중소기업으로 보고, 해당 기간(이하 이 조에서 “유예기간”이라 한다)이 경과한 후에는 과세연도별로 제1항의 규정에 따라 중소기업 해당여부를 판정한다. 다만, 중소기업이 다음 각 호의 어느 하나의 사유로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 유예기간을 적용하지 아니하고, 제2호에 따른 유예기간 중에 있는 기업에 대해서는 합병일이 속하는 과세연도부터 유예기간을 적용하지 아니한다.

3. 제1항 제3호( 「중소기업기본법 시행령」제3조 제1항 제2호 다목의 규정은 제외한다)의 요건을 갖추지 못하게 되는 경우

부칙 <제26070호, 2015.2.3>

제2조(일반적 적용례) ① 이 영 중 소득세 및 법인세에 관한 개정규정은 법률 제12853호 조세특례제한법 일부개정법률 시행 이후 개시하는 과세연도 분부터 적용한다.

제3조(중소기업의 범위에 관한 적용례) 제2조 제1항의 개정규정은 법률 제12853호 조세특례제한법 일부개정법률 시행 이후 개시하는 과세연도 분부터 적용한다.

제4조(중소기업 유예기간 적용에 관한 적용례) 제2조 제2항의 개정규정은 법률 제12853호 조세특례제한법 일부개정법률 시행 이후 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 사유가 발생한 경우부터 적용한다.

(3) 중소기업기본법

제2조(중소기업자의 범위) ① 중소기업을 육성하기 위한 시책(이하 중소기업시책 이라 한다)의 대상이 되는 중소기업자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기업(이하 “중소기업”이라 한다)을 영위하는 자로 한다.

1. 다음 각 목의 요건을 모두 갖추고 영리를 목적으로 사업을 하는 기업

가. 업종별로 상시 근로자 수, 자본금, 매출액 또는 자산총액 등이 대통령령으로 정하는 기준에 맞을 것

나. 지분 소유나 출자 관계 등 소유와 경영의 실질적인 독립성이 대통령령으로 정하는 기준에 맞을 것

② 중소기업은 대통령령으로 정하는 구분기준에 따라 소기업(小企業)과 중기업(中企業)으로 구분한다.

③ 제1항을 적용할 때 중소기업이 그 규모의 확대 등으로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우 그 사유가 발생한 연도의 다음 연도부터 3년간은 중소기업으로 본다. 다만, 중소기업 외의 기업과 합병하거나 그 밖에 대통령령으로 정하는 사유로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 그러하지 아니하다.

(4) 중소기업기본법 시행령(2011.12.28. 대통령령 제23412호로 개정된 것)

제2조(정의) 이 영에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

3. 관계기업 이란 「주식회사의 외부감사에 관한 법률」제2조에 따라 외부감사의 대상이 되는 기업(이하 “외부감사대상기업”이라 한다)이 제3조의2에 따라 다른 국내기업을 지배함으로써 지배 또는 종속의 관계에 있는 기업의 집단을 말한다.

제3조(중소기업의 범위) ①「중소기업기본법」(이하 “법”이라 한다) 제2조 제1항 제1호에 따른 중소기업은 다음 각 호의 기준을 모두 갖춘 기업으로 한다.

1. 해당 기업이 영위하는 주된 업종과 해당 기업의 상시 근로자 수, 자본금 또는 매출액의 규모가 별표 1의 기준에 맞는 기업. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 기업은 제외한다.

가. 상시 근로자 수가 1천명 이상인 기업

나. 자산총액이 5천억원 이상인 기업

다. 자기자본이 1천억원 이상인 기업

라. 직전 3개 사업연도의 평균 매출액이 1천5백억원 이상인 기업

2. 소유와 경영의 실질적인 독립성이 다음 각 목의 어느 하나에 해당하지 아니하는 기업

가. 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」제14조 제1항에 따른 상호출자제한기업집단에 속하는 회사

나. 제1항 제1호 나목에 따른 법인(외국법인을 포함하되, 제3조의2 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 제외한다)이 주식 등의 100분의 30 이상을 직접적 또는 간접적으로 소유한 경우로서 최다출자자인 기업. 이 경우 최다출자자는 해당 기업의 주식등을 소유한 법인 또는 개인으로서 단독으로 또는 다음의 어느 하나에 해당하는 자와 합산하여 해당 기업의 주식등을 가장 많이 소유한 자를 말하며, 주식 등의 간접소유 비율에 관하여는 「국제조세조정에 관한 법률 시행령」제2조 제2항을 준용한다.

1) 주식 등을 소유한 자가 법인인 경우 : 그 법인의 임원

2) 주식 등을 소유한 자가 1)에 해당하지 아니하는 개인인 경우 : 그 개인의 친족

다. 관계기업에 속하는 기업의 경우에는 제7조의4에 따라 산정한 상시 근로자 수, 자본금, 매출액, 자기자본 또는 자산총액(이하 상시근로자수등 이라 한다)이 별표 1의 기준에 맞지 아니하거나 제1항 제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 기업

제3조의2(지배 또는 종속의 관계) ① 지배 또는 종속의 관계란 기업이 직전 사업연도 말일 현재 다른 국내기업을 다음 각 호의 어느 하나와 같이 지배하는 경우 그 기업(이하 “지배기업”이라 한다)과 그 다른 국내기업(이하 “종속기업”이라 한다)의 관계를 말한다.

1. 지배기업이 단독으로 또는 그 지배기업과의 관계가 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자와 합산하여 종속기업의 주식 등을 100분의 30 이상 소유하면서 최다출자자인 경우

가. 단독으로 또는 친족과 합산하여 지배기업의 주식 등을 100분의 30 이상 소유하면서 최다출자자인 개인

나. 가목에 해당하는 개인의 친족

2. 지배기업이 그 지배기업과의 관계가 제1호에 해당하는 종속기업(이하 이 조에서 “자회사”라 한다)과 합산하거나 그 지배기업과의 관계가 제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 자와 공동으로 합산하여 종속기업의 주식 등을 100분의 30 이상 소유하면서 최다출자자인 경우

3. 자회사가 단독으로 또는 다른 자회사와 합산하여 종속기업의 주식 등을 100분의 30 이상 소유하면서 최다출자자인 경우

4. 지배기업과의 관계가 제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 자가 자회사와 합산하여 종속기업의 주식 등을 100분의 30 이상 소유하면서 최다출자자인 경우

제9조(유예 제외) 법 제2조 제3항 단서에서 그 밖에 대통령령으로 정하는 사유 란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유를 말한다.

1. 법 제2조 제3항 본문에 따라 중소기업으로 보는 기간 중에 있는 기업과 중소기업이 합병하는 경우

2. 창업한 중소기업이 창업일이 속하는 달부터 12개월이 되는 달 말일 이전에 별표 1의 기준에 맞지 아니하거나 제3조 제1항 제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우

3.중소기업이 제3조 제1항 제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우

4.중소기업이 제3조 제1항 제2호 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우

부칙<대통령령 제23412호, 2011.12.28.>

제1조(시행일) 이 영은 2012년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제3조 제2항, 제10조의2 및 제15조부터 제18조까지의 개정규정은 2012년 1월 26일부터 시행한다.

제3조(중소기업의 범위에 관한 경과조치) 이 영 시행당시 종전의 규정에 따라 중소기업에 해당하는 기업이 이 영 시행으로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 2012년 12월 31일까지는 중소기업으로 본다. 다만, 제3조 제1항 제1호 다목 및 라목의 개정규정에 따라 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 경우에는 그러하지 아니하다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 2013사업연도 매출액이 OOO원이 되어 같은 법 시행령 제2조 제2항에 따라 2016사업연도까지 중소기업 유예기간을 적용받을 수 있었다.

(2) 청구법인은 쟁점법인 주식을 2010.12.29., 2014.7.14. 각각 OOO주(지분율 14.2%), OOO주(23.1%)를 취득하여 총 37.3%의 지분율을 보유한 최다출자자가 되어 2014.7.14. 기준 2011.12.28. 대통령령 제23412호로 개정된 구 「중소기업기본법 시행령」 제3조 제1항 제2호 다목에 해당하게 되었다.

(3) 2014년도 쟁점법인의 감사보고서상의 주요주주의 주식변동내역은 아래 <표1>과 같다.

<표1> 2014년도 쟁점법인의 주요주주의 주식변동내역

(4) 청구법인과 쟁점법인의 감사보고서상의 2013년도 및 2014년도 기본 사항은 아래 <표2>와 같다.

<표2> 청구법인과 쟁점법인의 2013년도 및 2014년도 기본사항

(5) 청구법인은 2015사업연도 법인세 신고시 조특법 제6조 [창업중소기업에 대한 세액감면] 및 제7조 [중소기업에 대한 특별세액감면]을 적용하여 OOO원을 신고·납부하였다.

(6)청구법인의 신고내역과 처분청의 경정내역은 아래 <표3>과 같다.

<표3> 청구법인의 2015사업연도 법인세 신고 및 경정 내역

(7) 소유와 경영의 독립성을 중소기업의 요건으로 하고 이를 유예대상에서 제외하는 구 「중소기업기본법 시행령」 제3조, 제3조의2, 제9조및 구 조특법 시행령 제2조의 개정규정은 2012.1.1.부터 시행되었고, 청구법인은 2013사업연도에 매출액이 OOO원을 초과하여 2014사업연도부터 중소기업 유예를 적용받았으며, 2014.7.4. 청구법인이 쟁점법인 주식을 30%이상 보유하게 되어 구 「중소기업기본법 시행령」제3조 제2항 제2호 다목의 관계기업에 의한 중소기업 제외대상에 해당되었고, 구 조특법 시행령(2015.2.3. 대통령령 제26070호로 개정된 것) 제2조 제2항 제3호의 괄호를 신설하면서 「중소기업기본법 시행령」제3조 제2항 제2호 다목에 해당하는 기업의 중소기업 유예기간 적용을 배제하던 종전 규정을 개정하여 유예기간을 적용받을 수 있게 하였으나, 부칙 제4조는 2015.1.1. 이후에 중소기업에서 제외되는 사유가 발생한 기업부터 적용하도록 하였다.

(7) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 이미 유예기간 중에 있는 기업에 대한 그 유예기간의 실효 여부는 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석함이 타당하다 할 것인바, 2012.1.1.시행된 개정 조특법 시행령은 ‘관계기업에 속하는 기업’에 대한 규정을 두어 중소기업의 요건으로 새로 인정하면서도, 이미 유예기간 중에 있는 기업이 ‘관계기업에 속하는 기업’으로서의 중소기업 요건을 충족하지 못하는 경우에 유예기간이 실효되는지 여부에 대하여는 아무런 규정을 두고 있지 아니하고, 동 조특법 시행령 제2조 제2항 단서 및 제2호는 ‘중소기업’과 ‘유예기간 중에 있는 기업’을 구분하여 사용하고 있는데, 위 단서는 위 제2호 사유 외에는 ‘중소기업’이 각 호의 어느 하나의 사유로 ‘중소기업’에 해당하지 아니하게 된 경우를 ‘유예기간을 적용하지 아니하는 사유’로 명시하고 있으므로 이러한 사정에 비추어 제2호 사유를 제외하고 ‘유예기간을 적용하지 아니하는 사유’에 대하여 정한 위 단서 규정을 가지고 이미 진행 중이던 유예기간의 실효규정으로까지 해석하기는 어렵다 할 것(대법원 2016.8.29. 선고 2016두33902 판결, 조심 2016중2352 2017.6.21. 합동회의, 같은 뜻임)이므로 처분청이 청구법인을 중소기업유예 대상이 아니라고 보아 법인세를 과세한 이 건 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.