2.항소비용은 원고가 부담한다.

가. 원고는 인도에서 설립된 회사로서, 2006.8.30.사업장 및 본점소재지를 "○○시 ○○읍 ○○리 1-2로"로, 사업의 종류 중 업태를 "도매"로, 종목을 "무역, 기계류 판매 및 시공업"으로, 개업일을 "2006.9.1."로 정하여 외국법인 지점으로 사업자등록을 마친 후 피고로부터 사업자등록번호 "000-00-00000"가 부여된 사업자 등록증을 교부받았다[갑 제4호증].

나. 피고는 2008.5.16.원고가 외국법인의 국내 영업소로서 조직 및 설비 등의 실체를 갖추지 못하였고, 법인세, 부가가치세 및 원천징수세액의 신고와 납부 등 세법상의 의무를 이행하지 않고 있으며, 실제로도 전혀 영업활동을 하지 않았고, 사실상 김AA 개인이 영업행위를 하고 있다는 이유로, 구 부가가치세법(2008.12.26.법 제9268호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제5조 제5항에 따라 원고의 사업자등록을 2007.12.31.자로 소급하여 직권으로 말소하였다(이하 '이 사건 말소행위')[을 재1,2호증].

2.관계 법령

별지와 같다.

3.이 사건 소의 적법 여부에 대한 판단

가. 본안 전 항변

피고는, 원고가 이 사건 소로써 취소를 구하는 이 사건 말소행위는 행정소송의 대상이 되는 행정처분이라고 볼 수 없으므로 이 사건 소는 부적법하다고 주장한다.

나. 이 사건 말소행위가 행정처분인지 여부

(1)사업자등록 제도의 입법취지

구 부가가치세법 제5조 제1항, 2항은 사업을 개시하는 사업자가 사업개시일로부터 20일 이내에 사업장 관할 세무서장에게 구 부가가치세법 시행령(2008.7.24.대통령령 제20929호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)제7조 제2항에서 정한 서류를 첨부하여 사업자등록신청서를 제출하면, 관할세무서장은 등록번호가 부여된 사업자등록증을 교부하여야 한다고 규정하는데, 부가가치세법상의 사업자등록은 과세관청으로 하여금 부가가치세의 납세의무자를 파악하고 그 과세자료를 확보하게 하려는 데 그 입법취지가 있다(대법원 1983.7.26.선고 83누228 판결 등 참조).

(2)사업자등록의 직권말소

사업자가 폐업한 때에는 사업장 관할 세무서장은 지체 없이 그 등록을 말소하고, 등록증을 회수하여야 하며, 회수할 수 없는 경우에는 등록말소의 사실을 공시하여야 한다(구 부가가치세법 제5조 제5항, 구 부가가치세법 시행령 제12조).

구 부가가치세법 시행규칙(2009.3.26.기획재정부령 제62호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)제6조 제1항은 폐업일이란 당해 사업을 실질적으로 폐업하는 때라고 하여 그 형식 여하에 불구하고 실질관계에 따라 판단하도록 하고 있다. 즉 부가가치세법상 사업자란 부가가치를 창출해 낼 수 있는 사업 형태를 갖추고 계속・반복적인 의사로 재화 또는 용역을 공급하는 자를 뜻하는 것으로서 이러한 사업의 개시, 폐지 등은 법령상의 등록, 신고 여부와는 관계없이 그 해당 사실의 실질에 의하여 결정된다(대법원 1996.5.28.선고 95누14480 판결, 대법원 1998.9.18.선고 97누20625 판결 등 참조).

따라서 사업자등록의 직권말소는 사업자가 실제 폐업상태에 있음에도 폐업신고를 하지 아니한 채 방치하고 있는 경우, 사업자의 실질(폐업상태)과 형식(사업자등록이유지되는 상태)을 공권적 행위에 의하여 일치시키려는 행정목적을 위한 공부 기재 조치임과 아울러 사업자등록증을 남용하여 부실한 세금계산서를 수수함으로써 거래 질서가 문란해지는 것을 방지하고 선의의 제3자를 보호하기 위한 조치이다.

(3)사업자미등록으로 인한 불이익

사업자등록이 직권으로 말소된 경우 그 사업자는 사업자등록이 미등록인 상태가 되는데(대법원 1993.12.10 선고 93누17355 판결), 그 경우 아래와 같은 불이익이나 제약이 생길 수 있다.

(가)미등록사업자에 대해서는 구 부가가치세법 제22조 제1항 제1호에 따라 공급가액의 100분 1에 해당하는 미등록가산세가 부과된다.

(나)미등록사업자로부터의 매입세액은 세금계산서의 필요적 기재사항인 사업자등록번호가 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액에 해당하는 등의 사유로 매출세액에서 공제할 수 없게 된다(구 부가가치세법 제17조 제2항 제1의 2호, 제5호).

(다)사업자등록이 직권으로 말소되었다는 사실을 알고도 말소되기 전의 사업자등록번호를 기재하여 세금계산서를 발급한 경우에는 조세범처벌법 제10조 제1항 제1호의 규정에 따라 1년 이하의 징역 또는 공급가액에 부가가치세의 세율을 적용하여 계산한 세액의 2배 이하에 상당하는 벌금에 처해질 수 있다.

(라)면허 기준으로서 일정 기간 이상 사업자등록을 할 것을 요건으로 하는 경우(건설업법 시행령 제10조 제2항 제5호), 경쟁입찰의 참가자격요건의 증명을 사업자등록증에 의하도록 하는 경우('국가를 당사자로 하는 계약에 관한 법률 시행령' 제12조 제1항 제4호, '국가를 당사자로 하는 계약에 관한 법률 시행규칙' 제14조 제1항, 제2항), 감정가격 등을 산정하는 감정평가사의 자격요건으로 사업자등록증을 교부받을 것을 요구하는 경우('국가를 당사자로 하는 계약에 관한 법률 시행규칙 '제10조 제1호, '지방자치단체를 당사자로 하는 계약에 관한 법률 시행규칙 '제10조 제1호), 그 밖에 입찰 참가자의 자격요건으로 사업(시공)의 실적 또는 납세의 실적을 요구하는 경우에는 사업자등록이 말소되면 그 사업자는 더 이상 계약을 체결할 수 없게 되어 계속기업으로서의 존속이 불가능하게 된다.

(마)과세당국의 실무도 거래상대방이 직권폐업된 경우 그로부터 교부받은 세금계산서는 구 부가가치세법 제17조 제2항 제1의2에 의한 '사실과 다른 세금계산서'로 보거나 같은 조 제2항 제5호에 의한 사업자미등록 상태의 매입세액으로 보아 매입세액을 공제하지 않는다. 또한 부가가치세법상 사업자가 아닌 자(폐업자 포함)로부터 교부받은 세금계산서의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 않고 가산세를 적용한다. 폐업일 이후에는 사업자에 해당하지 아니하므로 대손세액공제 신고를 할 수 없도록 하고 있다. 그에 따라 사업자등록의 직권말소를 국세기본법 제55조 제1항에 의한 심사청구 내지 심판청구의 대상이 되는 처분으로 보아 처리해 왔고, 착오로 직권말소한 경우 이를 취소하여 말소되기 전의 상태로 회복하는 조치를 취하기도 하였다.

(4)행정처분인지 여부의 판단기준

항고소송의 대상이 되는 행정청의 처분이라 함은 원칙적으로 행정청의 공법상의 행위로서 특정사항에 대하여 법규에 의한 권리의 설정 또는 의무의 부담을 명하거나 기타 법률상의 효과를 직접 발생하게 하는 등 국민의 권리의무에 직접관계가 있는 행위를 말하므로, 행정청의 내부적인 의사결정 등과 같이 상대방 또는 관계자들의 법률상 지위에 직접적인 법률적 변동을 일으키지 아니하는 행위는 그에 해당하지 아니한다(대법원 1999.8.20.선고 97누6889 판결 등 참조).

행정청의 어떤 행위를 행정처분으로 볼 것이냐의 문제는 추상적, 일반적으로 결정할 수 없고, 구체적인 경우 행정청이 공권력의 주체로서 행하는 구체적 사실에 관한 법집행으로 국민의 권리의무에 직접적으로 영향을 미치는 행위에 해당하는지 여부를 염두에 두고, 관련 법령의 내용 및 취지와 그 행위가 주체・내용・형식・절차 등에 있어서 어느정도로 행정처분으로서의 성립 내지 효력요건을 충족하고 있는 지 여부, 그 행위와 상대방 등 이해관계인이 입는 불이익과의 실질적 견련성, 그리고 법치행정의 원리와 당해 행위에 관련한 행정청 및 이해관계인의 태도 등을 참작하여 개별적으로 결정하여야 한다(대법원 2007.6.14.선고 2005두4397 판결).

또한 어떤 행정청의 행위가 행정소송의 대상이 되는 행정처분에 해당하는가는 그 행위의 성질, 효과 외에 행정소송 제도의 목적 또는 사법권에 의한 국민의 권리 보호의 기능도 충분히 고려하여 합목적적으로 판단되어야 할 것이다(대법원 1984.2.14.선고 82누370 판결).

(5)이 사건 말소행위가 행정처분인지 여부

앞에서 살펴본 사업자등록 제도의 입법취지, 사업자등록의 직권말소의 근거 및 내용, 미등록 사업자에 대한 제재와 불이익 및 과세당국이 사업자등록의 직권말소에 대하여 취해온 태도와 관행, 국민을 위한 조기 권리구제의 현실적 요청, 과세당국에 의한 자의적 사업자등록 직권 말소에 대한 방어수단의 미비, 이에 대한 과세당국이 시정수단의 미흡 등의 제반 사정을 종합하여 위 행정처분의 판단기준에 관한 법리에 비추어보면, 사업자 등록의 직권말소는 아래와 같이 국민의 권리의무에 직접적・구체적으로 영향을 주는 법적행위의 외형과 실질을 갖추고 있다고 할 것이다.

(가)사업자의 실질이 폐업상태인 경우 사업자등록의 직권말소 조치는 국민의 권리의무에 직접영향을 미친다고 볼 수 없으나, 사업자가 실제로 계속 사업을 영위하는데도 과세당국이 사업자등록을 직권말소한 경우에는 미등록가산세의 부과, 매입세액 불공제의 불이익과 그로 인한 거래상의 제약, 사업실적 또는 사업자등록증의 교부 등을 요구하는 거래에의 참가 제한을 받게 될 뿐 아니라, 사업자등록이 직권으로 말소된 사실을 알면서도 세금계산서를 발급한 경우 조세범처벌법에 의한 형사처벌까지 받을 수 있다. 따라서 사업자등록의 직권말소는 국민의 권리의무에 직접적・구체적으로 영향이 있는 법적행위로 볼 수 있고, 위와 같은 국민의 불이익을 제거시켜 주기 위한 구제수단의 마련이 필요하므로 이를 단순히 행정편의를 위한 공부상의 기재행위에 그친다고 할 수 없다.

(나)미등록가산세의 부과, 매입세액 불공제, 세금계산서 교부의 제한 등의 불이익처분 및 부가가치세법의 관련 규정을 종합해 볼 때, 사업자등록의무는 사업자의 과세당국에 대한 단순한 협력의무를 넘어 일정한 법적 효과를 수반하는 법적 지위를 설정・확보하기 위한 것으로 볼 수 있다.

(다)사업자등록의 직권말소를 국세기본법에 의한 심사청구 또는 심판청구의 대상으로 처리해 온 것이 종전 과세당국의 실무였고, 이 사건의 경우에도 원고가 심판청구를 거쳤을 뿐 아니라, 조세심판원장은 2009.2.27.원고에게 조세심판결정 통지를 하면서 "이 재결에 대하여 이의가 있는 때에는 이 결정서를 받은 날부터 90일 이내에 행정법원에 행정소송을 제기할 수 있다"고 고지하였고[갑 제8호증], 이 사건 말소행위 당시에도 원고에게 안내문을 발송하였으며[을 제1호증], 과세당국이 사업자등록의 직권말소를 직권으로 취소할 수 있는 등 이 사건 말소행위를 행정처분으로 볼 만한 충분한 외형을 갖추어 이를 통지받은 원고로서도 이를 행정처분으로 인식하고 있었던 것으로 보인다.

(라)사업자등록을 직원으로 말소하더라도 사업자가 실제 사업을 계속 영위해 왔다면 그 사업자에 대하여 미등록 가산세를 부과할 수 없고, 매입세액은 매출세액에서 공제할 수 있으나(대법원 1993.12.10.선고 93누17355 판결), 과세당국으로부터 미등록가산세가 적용되고 매입세액을 매출세액에서 공제하지 아니한 부가가치세의 과세처분이 있기를 기다려 그 때 과세처분의 취소를 구하기보다는 과세당국에 의한 사업자등록의 직권말소 통지가 있은 때에 곧바로 그 직권말소의 취소를 구할 수 있게 하는 것이 국민의 권익구제에 보다 더 도움이 된다.

(마)사업자등록의 직권 말소 조치가 명백히 잘못되었을 경우에도 과세당국의 자발적 시정조치만을 기대할 수밖에 없다면, 이는 국민의 권익구제를 방임하는 것과 다음 없는 결과가 될 수 있다.

(바)과세당국은 사업자등록이 직권말소된 후 실제 폐업이 아닌 것으로 확인되면 폐업취소 처리를 하는데, 그 경우에도 말소된 기간은 휴업으로 간주하여 그 기간이 1년이 넘었을 경우에는 재개업에 의한 신청으로 처리하고, 그 기간이 1년 미만인 경우에는 폐업취소 처리를 하면서 새로운 사업자등록번호를 교부하고 있다[변론 전체의 취지].그러나 실제 사업자가 계속 사업을 영위하는 경우를 휴업으로 간주한다는 것은 그 실질에 부합하지 않고, 폐업취소 처리를 하면서 새로운 사업자등록번호가 교부되는 것은 최초의 사업자등록번호를 그대로 유지할 이익이 있는 사업자에게는 부당한 불이익이 된다. 또한 위와 같은 조치는 어는 것이나 사업자등록의 직권말소 자체를 취소하여 직권말소되기 전의 상태로 되돌리는 효과를 가져오는 것이 아니므로 사업자등록이 직권말소된 사업자를 위한 권리구제조치로서는 미흡하다.

(6)소결론

따라서 이 사건 말소행위는 행정소송법 제2조 제1항 제1호에 의한 "처분 등"에 해당한다고 봄이 상당하므로, 이 사건 말소행위가 행정처분에 해당하지 않는다는 피고의 본안전 항변은 이유 없다.

4. 이 사건 말소행위의 적법여부

가. 원고의 주장

원고는 실제 사업을 계속 영위하였는데도 피고가 사업을 영위하지 않고 있다고 보아 한 이 사건 말소행위는 위법하다고 주장한다.

나. 판단

법인등기부상 원고는 2006.8.24.국내 영업소 소재지를 ○○시 ○○읍 ○○리 1-2로 하고, 대한민국에서의 대표자를 인도 국적의 BB로 하여 국내 영업소 설치의 등기를 한 것으로 기재되어 있고, '수입신고필증'에 수입자 "원고", 공급자 ☆☆, 품명 ♤♤\u3000 또는 ◇◇, 과세가격 100만 내지 200만 원으로 되어 있는 사실은 인정된다[갑 제14,15호증 가지번호 포함].

그러나 원고의 대표이사는 2007.9.경 대한민국에서 출국한 이래 한 번도 재입국한 적이 없고, 그 이외에 현재 원고를 대표할 만한 이사 등 임원은 전혀 없으며, 그 동안 원고 명의로 국내에서 이루어진 거래 및 이 사건 말소행위 이후 ○○세무서에 고충처리 민원을 제기하고 국세청 홈페이지에 시정을 촉구하거나 조세심판원에 행정심판을 제기한 일련의 행위는 모두 원고의 인도 본사와 사이에 대한민국 내 사업계약을 체결한 김AA이 주도한 사실, 원고가 인도 본사의 '국내지점(사업자등록증의 기재)또는 '국내영업소(법인등기부의 기재)로서 활동한 실적은 2007년도에 주식회사 순천지하수개발 등과 한 거래 등 설립 초기의 몇 건에 지나지 않고, 그 이후 거의 모든 거래는 위 김AA이 처리해 왔으며, 김AA은 위 조세심판에 이르는 과정에서 세무서측의 계속적인 촉구에도 불구하고 원고와 인도 본사 사이의 거래내역, 금전출납내역서, 보고나 지시에 관한 자료를 전혀 제출하지 못한 사실, 원고는 2006 및 2007 사업연도의 법인세를 신고한 바 없고, 2006년 2기분 부가가치세 18,750,000원, 2007년 1기분 부가가치세 4.846.681원, 2007년 2기분 부가가치세 27,587,853원을 각 신고하였으나, 2006.9.1.사업개시일 이후 위 신고한 세금을 포함하여 부가가치세 및 법인세를 전혀 납부한 실적이 없으며, 체납한 부가가치세만 92,608,860원에 이르는 사실, 원고와 인도의 본사 사이에 체결된 약정에 의하면, 원고의 사업운영 과정에서 발생하는 세금은 모두 본사가 부담하도록 되어 있으나, 인도 본사도 세금을 납부하기 위한 조치를 전혀 취하지 아니한 사실, 김AA은 2006.10.21.부터 2007.11.16.까지 47회에 걸쳐 원고가 국내의 여러 업체에 합계 694,800,000원 상당의 재화를 공급한 것처럼 허위의 세금계산서를 발행하였다는 이유로 2009.12.28.의정부지방법원고양지원에 조세범처벌법위반죄로 약식기소된 다음 정식 재판청구에 따라 같은 지원 2010고정353호로 재판이 진행 중인 사실, 2007.11.경 이후에는 원고의 거래실적이 전혀 없고, 부가가치세의 신고도 없었던 사실이 각 인정된다[을 제1 내지 7호증 가지번호 포함].

위와 같은 원고의 조직과 인원 구성, 사업 실적, 조세 체납이 지속된 기간, 거래가 중단된 이후의 경과 기간, 국내에서의 실질적 활동 주체 등을 종합하면, 앞서 본 수입신고필증에 2008.5.13부터 2008.10.6.까지 사이에 원고 명의로 인도 본사의 제품 수입이 이루어진 것처럼 되어 있다고 하더라도 그 실질적 수입주체가 원고라고 보기는 어렵다 할 것이고, 오히려 원고는 적어도 2007.11.경 이후에는 외국법인의 정상적인 국내지점이나 영어소인 사업장을 갖추고 계속・반복적으로 재화나 용역을 공급하는 사업자의 실질을 가지지 못한 폐업 상태에 있었다고 할 것이니, 피고가 이를 이유로 사업자등록을 직권으로 말소한 이 사건 처분은 정당하다고 할 것이다.

5.결 론

그렇다면, 원고의 청구는 이유 없어 기각할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 달리하여 소를 각하하였으므로 부당하다. 그러나 원고와 피고가 이 사건을 제1심 법원으로 환송하지 아니하고 당심에서 본안판결을 하는 데 동의하므로 본안에 대한 판단을 하기로 하되(행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제418조 단서), 소를 각하한 제1심 판결을 취소하고 청구를 기각하는 것은 불이익변경 금지의 원칙상 허용되지 아니하므로 원고의 항소를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.