판시요지

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다음 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑제3호증, 갑제10호증의 1, 2, 을제1호증의 1 내지 7, 을제3호증의 1 내지 9의 각 기재에 변론의 전취지를 종합하면 이를 인정할 수 있다.

가. 원고회사는 트레일러운송사업과 화물차량지입업을 경영하는 법인인데, 1992. 9. 16. 그 소유였던 ㅇㅇ ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇㅇ의72 대 264㎡(이하 이 사건 제1토지라 한다)에 관하여 주주인 소외 최ㅇㅇ 명의로, 같은 동 ㅇㅇ의75 대 102㎡(이하 이 사건 제2토지라 한다)에 관하여 주주인 소외 최ㅇ웅(이하 소외 최ㅇㅇ, 최ㅇ웅을 소외인들이라고 한다)명의로 각 1989. 7. 21. 매매를 원인으로 한 소유권이전등기가 경료되었고, 그 매매대금 합계 16,733,000원 중 11,000,000원이 1992. 3. 9.에 , 잔금 5,733,000원이 같은 해 6. 30.에 원고회사에 입금처리되었다.

나. 이에 피고는, 원고회사가 특수관계에 있는 자인 소외인들에게 이 사건 토지들을 잔금을 수령한 날인 1992. 6. 30. 당시 개별공시지가를 기준으로 계산한 166,920,000원에 미달하는 합계 16,733,000원에 양도한 것은 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로서 부당행위계산에 해당한다는 이유로 이를 부인하여 그 차액을 익금산입함과 아울러 위 개별공시지가 166,920,000원을 양도가액으로 보아 그 양도차익을 계산하여 1995. 1. 3. 원고회사에 대하여 92사업년도 법인세 55,095,359원과 특별부가세 53,281,028원을 합한 법인세 108,376,380원을 부과하는 처분을 하였다.

다. 이에 원고회사가 불복하여 1995. 2. 20. 부산지방국세청장에게 이의신청을 제기하였고, 부산지방국세청장이 원고회사의 이의신청을 받아들여 원고회사에게 결정고지한 92사업년도 법인세 108,376,387원은 실질적인 소유권 양도시기가 언제인지를 재조사, 확인하여 결정하라는 결정을 함에 따라, 피고는 같은 해 4. 22. 원고회사가 1989. 2. 10. 소외인들에게 이 사건 토지들을 각 매매하기로 합의하였다고 보고 그 당시 배율방법에 의하여 평가한 시가 합계 67,893,000원과 위 매매대금 합계 16,733,000원과의 차액만을 익금산입하여 부당행위계산부인액을 산정하였으나, 특별부가세의 과세표준을 산정함에 있어서는 원고회사가 잔금을 수령한 날인 1992. 6. 30.을 이 사건 토지들의 양도시기로 보고 그 당시 개별공시지가를 기준으로 계산한 166,920,000원을 양도가액으로 보이 그 양도차익을 계산한 당초 결정이 정당하다는 이유로 원고회사에 대하여 부과할 92사업년도 법인세를 법인세 1,812,717원 및 특별부가세 55,578,558원을 합한 57,391,275원으로 감액경정결정을 하고 같은 해 5. 6. 이를 고지하였다(이하 위 특별부가세 55,578,550원의 부과처분을 이 사건 처분이라고 한다).

2. 이 사건 처분의 적법여부

가. 법인세법 제20조는 정부는 대통령령이 정하는 바에 의하여 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령이 정하는 특수관계있는 자와의 거래에 있어서 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산에 불구하고 그 법인의 각 사업년도의 소득금액을 계산할 수 있다고 규정하고, 그 시행령 제46조 제1항은 법 제20조에서 특수관계 있는 자 라 함은 다음 각 호의 관계에 있는 자를 말한다고 규정하면서 그 제1호(1993. 12. 31. 대통령령 제14080호로 개정되기 전의 것)에서 출자자와 그 친족을 들고 있고, 그 제2항은 법 제20조에서 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우 라 함은 다음 각 호의 1에 해당하는 경우를 말한다고 규정하면서 그 제4호에서 출자자등으로부터 자산을 시가를 초과하여 매입하거나 출자자등에게 자산을 시가에 미달하게 양도한 때를 들고 있으며, 그 시행규칙 제16조의2(1989. 9. 22. 건설부령 제453호로 개정된 이후의 것)는 영 제40조 제1항, 제41조 제1항, 제46조 및 제116조 제2항, 제4항의 규정을 적용함에 있어서 시가가 불분명한 경우에는 지가공시및토지등의평가에관한법률에 의한 감정평가법인의 감정한 가액에 의하고, 감정한 가액이 없는 경우에는 상속세법시행령 제5조 제2항 내지 제6항의 규정을 준용하여 평가한 가액에 의한다고 규정하고 있고(다만, 종전에는 위와 같은 경우에 감정평가에관한법률 제6조의 규정에 의한 인가를 받은 감정회사가 감정한 가액에 의하고, 감정한 가액이 없는 경우에는 상속세법시행령 제5조 제2항 내지 제6항의 규정을 준용하여 평가한 가액에 의한다고 규정하였다), 토지의 평가에 관한 상속세법시행령 제5조 제2항 제1호(1990. 5. 1. 대통령령 제12933호로 개정된 이후의 것) 가목은 나목의 경우를 제외하고는 시장, 군수, 구청장의 지가공시및토지등의평가에관한법률 제10조의 규정에 의하여 공시지가를 기준으로 하여 산출한 개별필지에 대한 지가(이하 개별공시지가 라 한다)에 의한다. 다만, 개별공시지가가 없는 토지에 있어서는 인근 유사토지의 개별공시지가를 참작하여 재무부령이 정하는 방법에 의하여 평가한 가액으로 한다고 규정하고 있으며, 그 나목은 국세청장이 지정하는 지역에 있어서는 배율방법에 의하여 평가한 가액에 의한다고 규정하고 있고(다만, 종전에는 국세청장이 정하는 특정지역에 있어서는 배율방법에 의하여 평가한 가액에 의한다고 규정하고, 그 이외의 지역에 있어서는 지방세법상의 과세시가표준엑에 의한다고 규정하였다), 한편, 법인세법 제59조의2 제1항은 특별부가세의 과세표준은 대통령령이 정하는 토지, 건물, 부동산에 관한 권리, 주식 또는 출자지분(이하 토지등 이라 한다)의 양도로 인하여 발생한 양도차익으로 한다고 규정하고 있으며, 그 제3항(1994. 12. 22. 법률 제4804호로 개정되기 전의 것)은 제1항의 규정에 의한 양도차익은 양도가액에서 다음 각호에 게기하는 금액을 공제한 금액으로 하되, 다만, 양도가액과 취득가액이 불분명한 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 결정한 양도당시의 기준시가에 의한 금액과 취득당시의 기준시가에 의한 금액을 각각 양도가액과 취득가액으로 한다고 규정하고 있고, 그 제4항(1994. 12. 22. 법률 제4804호로 개정되기 전의 것)은 토지등의 양도차익을 계산함에 있어 그 취득시기 및 양도시기에 관하여는 대통령령으로 정한다고 규정하고 있으며, 그 시행령 제124조의2 제7항은 제46조 제1항에 규정하는 특수관계 있는 자와의 거래에 있어서 토지등을 시가를 초과하여 취득하거나 시가에 미달하게 양도함으로써 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 때에는 그 취득가액 또는 양도가액을 시가에 의하여 계산한다고 규정하고 있고, 그 제8항(1994. 12. 31. 대통령령 제14468호로 삭제되기 전의 것)은 법 제59조의2 제3항에 규정하는 기준시가는 소득세법시행령 제115조에 규정하는 기준시가에 의한다고 규정하고 있으며, 그 제13항(1995. 12. 30. 대통령령 제14861호로 개정되기 전의 것)은 법 제59조의2 제4항의 취득시기 및 양도시기에 관하여는 소득세법시행령 제53조의 규정을 준용한다고 규정하고 있고, 소득세법시행령(1994. 12. 31. 대통령령 제14467호로 전문개정되기 전의 것, 이하 같다) 제53조는 원칙적으로 자산의 취득시기 및 양도시기는 당해자산의 대금을 청산한 날로 하도록 규정하고 있으며, 그 제115조는 원칙적으로 토지의 경우 개별공시지가에 의하여 기준시가를 결정하도록 규정하고 있다.

나. 그러므로 살피건대, 먼저 법인세법 제20조에서 규정하는 부당행위계산의 부인이라 함은 법인이 특수관계에 있는 자와의 거래에 있어 정상적인 경제인의 합리적인 방법에 의하지 아니하고 그 시행령 제46조 제2항 각 호에 열거된 제반 거래형태를 빙자하여 남용함으로써 조세부담을 부당하게 회피하거나 경감시켰다고 하는 경우에 과세권자가 이를 부인하고 법령에 정하는 방법에 의하여 객관적이고 타당하다고 보여지는 소득이 있는 것으로 의제하는 제도로서, 경제인의 입장에서 볼 때 부자연스럽고 불합리한 행위계산을 함으로 인하여 경제적 합리성을 무시하였다고 인정되는 경우에 한하여 적용되는 것이고, 특별부가세에 있어서 특수관계에 있는 자와의 거래에 있어 부당행위계산을 부인하는 제도인 법인세법시행령 제124조의2 제7항의 법리도 이와 마찬가지라고 할 것이며, 경제적 합리성의 유무에 대한 판단은, 당해 거래행위의 대가관계만을 따로 떼내어 단순히 특수관계자가 아닌 자와의 거래형태에서는 통상 행하여지지 아니하는 것이라 하여 바로 이에 해당되는 것으로 볼 것이 아니라, 거래행위의 제반사정을 구체적으로 고려하여 과연 그 거래행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결한 비정상적인 것인지의 여부에 따라 판단하여야 할 것인바(대법원 1996. 7. 26. 선고 95누8751 판결 참조), 갑제7, 8, 11, 12, 17, 18호증, 갑제10, 19호증의 각 1, 2, 을제4호증의 1 내지 7의 각 기재 및 증인 최ㅇㅇ의 증언에 변론의 전취지를 종합하면, 이 사건 토지들은 원래 소외인들의 아버지로서 원고회사의 주주 겸 이사인 소외 최ㅇ반의 소유였는데 원고회사가 이를 매수하였고 소외인들 및 최ㅇ반은 원고회사의 총 주식 40,000주 중 12,000주(최ㅇ반 4,200주 + 최ㅇ웅 4,000주 + 최ㅇㅇ 3,800주)를 소유하고 있는 대주주인 사실, 원고회사의 이사회회의록(갑제7호증)에 의하면 1988. 12. 20. 개최된 이사회에서 이 사건 토지들을 차고지로 인가신청하였으나 부적합하여 반려됨으로써 주주들인 소외인들에게 매매하기로 결의한 것으로 기재되어 있으나 원고회사는 그 이전인 같은 해 4. 18. 이미 부산직할시장으로부터 이 사건 제2토지를 차고지로 인가받았고 1989. 6.경 부산직할시장에게 이 사건 제1토지를 차고지로 증설한다는 내용의 인가를 신청한 사실, 원고회사는 1989. 2. 10. 소외 최ㅇㅇ에게 이 사건 제1토지를 12,500,000원에, 소외 최ㅇ웅에게 이 사건 제2토지를 4,233,000원에 각 매도하기로 하되 같은 해 7. 20.이 경과하면 별도의 의사표시없이 당연히 매매계약이 성립된 것으로 하며 예약당일에 그 증거금으로 최ㅇㅇ이 8,000,000원을, 최ㅇ웅이 3,000,000원을 지급하기로 하는 내용의 매매예약을 각 체결하고 같은 달 24. 이 사건 토지들에 관하여 소외인들 명의로 가등기를 각 경료하여 주었는데, 그 증거금 합계 11,000,000원은 그 예약당일로부터 3년 이상이 지난 1992. 3. 9.에야 비로소 원고회사에 이를 입금처리된 사실, 한편 소외인들은 같은 해 4. 6. 비로소 부산지방법원에 잔금 합계 5,733,000원을 공탁한 후 위 가등기에 기한 소유권이전등기청구소송을 각 제기하여 같은 해 5.경 같은 법원으로부터 의제자백에 기한 승소판결을 받고 그 무렵 그 판결이 각 확정되자 원고회사는 같은 해 6. 30. 그 공탁금을 수령하고 같은 해 9. 16. 이 사건 토지들에 관하여 소외인들 명의로 소유권이전등기를 각 경료하여 준 사실, 원고회사가 소외인들로부터 지급받은 위 매매대금 합계 16,733,000원은 소외인들이 잔금을 공탁한 날인 1992. 4. 6. 및 원고회사가 그 공탁금을 수령한 날인 같은 해 6. 30.이 속하는 1992년도 개별공시지가 합계 166,920,000원에 미달할 뿐만 아니라 위 매매예약일인 1989. 2. 10. 당시 배율방법에 의하여 평가한 시가 합계 67,893,000원에도 훨씬 미달하는 금액인 사실 더구나 원고의 주장처럼 위 매매예약당시 이 사건 토지들의 거래가격을 평당 250,000원 내지 300,000원으로 본다고 하더라도 이 사건 토지들의 거래가격은 최소한 합계 27,678,750원{250,000 (264㎡ + 102㎡) 0.3025}이 됨이 계산상 명백하므로 위 매매대금 16,733,000원은 이에도 미달되는 금액이다]을 인정할 수 있고 달리 반증이 없는바, 위 인정사실을 종합하면 원고회사와 소외인들 사이의 이 사건 토지들의 각 매매행위는 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결한 비정상적인 것이라고 할 것이고, 비록 이 사건 토지들이 변두리 낙후지역에 위치하고 있고 지적오류등록지로서 등록사항정정 대상토지이며 도시계획상 전용공업지역으로서 항만시설보호지구로 지정되어 있다고 하여 달리 볼 것은 아니므로 결국 원고회사와 소외인들 사이의 이 사건 토지들의 각 매매행위는 앞서 본 법인세법 제20조, 그 시행령 제46조 제2항 제4호 및 제124조의2 제7항 소정의 부당행위계산부인의 대상이 된다고 할 것이다.

다. 다음으로 앞서 본 법인세법 제59조의2 제4항, 그 시행령 제124조의2 제13항, 소득세법시행령 제53조 제1항의 각 규정에 의하면, 법인에 대한 특별부가세 부과대상인 토지 등의 양도차익을 계산함에 있어 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명한 경우에는 대금청산일로 하여야 할 것이므로(대법원 1996. 7. 12. 선고 95누7260 판결 참조), 원고회사에 대한 특별부가세를 산출하기 위하여 이 사건 토지들의 양도차익을 계산함에 있어서 그 양도시기인 대금청산일은 소외인들이 잔금을 공탁한 날인 1992. 4. 6. 또는 원고회사가 그 공탁금을 수령한 날인 같은 해 6. 30.로 보아야 할 것이고, 그 양도가액은 그 당시 시가에 의하여야 할 것이나 이에 관한 아무런 입증이 없어 그 시가가 불분명한 이 사건의 경우에 있어서, 그 양도가액은 그 대금청산일이 속하는 1992년도 개별공시지가 합계 166,920,000원으로 보아야 할 것이며, 피고가 매매예약일인 1989. 2. 10. 당시 배율방법에 의하여 평가한 가액 67,893,000원과 그 매매대금 16,733,000원과의 차액만을 익금산입하여 부당행위계산부인액을 산정하였다고 하더라도, 법인의 토지등 양도에 대한 특별부가세는 양도소득세와 마찬가지로 양도행위를 과세요건으로 하고 양도차익을 과세대상으로 하는 것으로서 내국법인의 각 사업년도의 소득에 대한 법인세와는 다소 그 성질을 달리하므로 반드시 동일한 기준에 의하여 그 과세표준을 산정하여야 한다고 볼 것은 아니고, 위 각 규정이 법인세법시행령 제124조의2 제7항에 의하여 특별부가세를 부과하는 경우에는 적용되지 않는 규정이라고 볼 수도 없다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 청구는 이유없으므로 주문과 같이 판결한다.

1997. 8. 29.

심급 사건

참조조문

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