2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

3. 소송비용 중 6/10은 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

청 구 취 지

피고가 원고에 한, 2013. 7. 1.자 2008년 제1기 부가가치세 42,140,470원(가산세 포함), 2013. 12. 2.자 2008년 제2기 부가가치세 101,840,900원(가산세 포함), 2009년 제1기 부가가치세 148,011,110원(가산세 포함)의 각 부과처분을 모두 취소한다.

가. 원고는 2007. 3. 30. 00공사(이하 '00공사'라 한다)로부터 아래 표 기재와 같이 구성된 신내2지구(이하 '이 사건 사업지구'이라 한다) 택지개발사업 단지조성공사(토공, 우수공, 오수공, 상수도공, 포장공 등)를 공사금액 13,324,094,050원에 **건설 주식회사(이하 '**건설'이라 한다)와 공동으로(원고 49%, **건설 51%) 도급받았다(위 도급계약을 '이 사건 도급계약'이라 한다).

총 공급면적 210,113㎡

유상공급면적 135,547㎡

무상공급면적 74,566㎡

국민주택건설용지

56,101㎡

기타 79,446㎡

도로, 근린공원, 완충녹지, 하천

등 74,566㎡

나. 위 공사대금은 전체 건설용역 중 총 공급면적에서 국민주택건설용지 공급면적이 차지하는 비율(이하 '이 사건 제1비율'이라 한다)에 상응하는 공사용역 부분을 구 조세특례제한법(2010. 1. 1. 법률 제9921호로 개정되기 전의 것, 이하 '조세특례제한법'이라 한다) 제106조 제1항 제4호가 정한 국민주택 건설용역으로서 면세 대상으로 보아 결정되었다. 그러나, 서울특별시는 00공사가 시행하는 국민주택건설용역사업에 대한 부가가치세 납부실태 및 개선방안에 대하여 검토한 결과, 한 사업지구 내에서 국민주택규모의 국민주택과 그 초과규모의 공동주택을 함께 건설하는 경우 '전체 건설용역에 대한 부가가치세 중 총 유상공급면적(00공사가 유상으로 공급하는 면적)에서 국민주택건설용지 면적이 차지하는 비율(이하 '이 사건 제2비율'이라 한다)에 상응하는 부가가치세'는 면제된다는 결론을 내리고, 2007. 9. 3.경 00공사에게 위와 같은 결론에 따라 아직 부가가치세 상당액이 지급되지 않은 국민주택 건설사업과 관련하여서는 시공사와의 도급계약 변경을 통해 공사대금 감액조치를 취하라고 지시하였다.

"다. 원고는 2007. 12. 31. 서울특별시의 위 지침내용을 반영하여 변경계약(이하 '이 사건 변경계약'이라 한다)을 체결하였다.",라. 원고는 2008년 제1기 내지 2009년 제1기에 관하여 공급가액 3,710,556,889원 상당의 공사용역(이하 '이 사건 공사용역'이라 한다)을 제공하였고, 그 중, 이 사건 제2비율에 해당하는 공사용역 부분(이하 '이 사건 용역부분'이라 한다)은 부가가치세 면제 대상으로 보아 계산서를 발행하고, 나머지 부분은 과세 대상이라고 보아 세금계산서를 발행하였다.

마. 피고는 이 사건 공사용역이 전부 부가가치세 과세 대상이라고 보아 원고에, 청구취지 기재와 같이 2013. 7. 1. 2008년 제1기 부가가치세, 2013. 12. 2. 2008년 제2기 및 2009년 제1기 부가가치세를 각 경정・고지하였다(이하 '이 사건 처분'이라 한다).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 13호증(가지번호 있는 것은 가지번호를 포

함한다, 이하 같다), 을 제1 내지 4호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 관계법령

별지 관계법령 기재와 같다.

3. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 본세 부분

1) 이 사건 공사용역이 국민주택 건설용역에 해당하는지

가) 조세특례제한법 제106조 제1항 제4호는 대통령령으로 정하는 국민주택과 그 주택의 건설용역에 대하여는 부가가치세를 면제한다고 규정하고 있고, 구 조세특례제한법 시행령(2010. 2. 18. 대통령령 제22037호로 개정되기 전의 것, 이하 '시행령'이라 한다) 제106조 제4항은 '대통령령으로 정하는 국민주택 및 그 주택의 건설용역'이란 '주택법에 따른 국민주택 규모 이하의 주택', '건설산업기본법, 전기공사업법, 소방법, 정보통신공사업법, 주택법, 하수도법, 가축분뇨의 관리 및 이용에 관한 법률에 의하여 등록을 한 자가 공급하는 국민주택 규모 이하의 주택의 건설용역'을 말한다고 규정하고 있으므로, 위 규정에 의해 부가가치세가 면제되는 것은 국민주택 그 자체의 공급과 그 국민주택의 건설에 있어 필수적인 건설용역이나 전기공사용역, 소방용역 등의 관련 건설용역의 공급이다(대법원 1992. 2. 11. 선고 91누7040 판결 등 참조).

나) 앞서 본 사실 및 증거에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 다음과 같은 사정에 비추어 보면, 이 사건 공사용역 중 국민주택 건설용지에서 이루어진 부분(이하 '이 사건 공사부분'이라 한다)이 구 조세특례제한법 제106조 제1항 제4호에 의하여 부가가치세가 면제되는 국민주택 건설용역에 해당한다고 볼 수 없다. 이는 무상공급용지 중 이 사건 제2비율에 해당하는 부분에 관하여도 마찬가지이다. 갑 제14 내지 19호증의 각 기재만으로는 이를 뒤집기에 부족하다.

① 이 사건 공사용역은 택지개발사업의 단지조성공사로서 이 사건 사업지구 전체에 대한 기존의 건축물 등 지장물의 철거 및 반출, 토지 내 상하수도 등 기반시설 설치공사, 주택건설단지 밖의 도로포장공사 등 토공, 우수공, 오수공, 상수도공, 포장공, 구조물공, 하천공, 부대공, 교량공, 영구저류지공사, 지구외 묵동천 차집관로공사, 상암DMC도로포장공사를 포함하고 있고, 주택건설단지에 대한 절토 및 성토 등 토공사는 포함되지 않았다. 즉, 원고가 주택건설단지의 지장물 철거 및 반출 등 택지조성공사(이하 '이 사건 토지공사'라 한다)를 완료한 후에 아파트 시공업체가 주택건설단지에 대한 부지정지 등 토공사를 실시하였다. 이 사건 토지공사는 택지로서의 기반을 마련하기 위한 용역으로서 국민주택 건설을 위해 필요하고 전제가 되는 용역이기는 하나 건설용역 자체의 개념에 포함된다고 보기는 어렵다.

② 이 사건 공사용역은 이 사건 사업지구 전체를 하나의 단위로 하여 시행된 것이므로, 이 사건 토지공사도 위 일련의 공사의 한 부분일 뿐 이를 따로 떼어서 평가하는 것은 부자연스럽다(위와 같은 일련의 단지조성공사 중 국민주택용지에 관한 공사비를 산정하면서 위 용지에서 실제로 이루어진 공사의 비용을 구별하여 산정하지 아니한 채 단순히 총 공사비 중 국민주택용지면적 비율에 해당하는 정도라고 볼 수도 없다). 또한 이 사건 토지공사가 필연적으로 국민주택이 건설될 것을 전제로 하여 이루어지는 것도 아니므로, 택지개발사업 전체 단지조성공사 중 특정 부분인 이 사건 토지공사가 우연히 국민주택의 단지 내로 포섭되었다고 하여 사후적으로 국민주택에 필수적인 건설용역이 된다고 보기는 어렵다.

③ 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 1998. 3. 27. 선고 97누20090 판결, 대법원 2012. 3. 15. 선고 2011두14524 판결 등 참조). 조세특례제한법 시행령 제106조 제4항 제2호에서 부가가치세의 면제대상을 '국민주택 건설을 위한 용역'이나 '국민주택 건설과 관련된 용역'이 아닌 '국민주택의 건설용역'으로 규정하고 있는 이상 이는 국민주택 자체의 건설용역만을 의미한다고 보아야 하고, 이 사건 공사와 같이 국민주택 등의 건설에 앞서 독자적으로 진행된 단지 전체에 대한 기반시설 공사까지 이에 포함되는 것으로 볼 수는 없다. 주택 건설에 필요하고 수반된다는 이유로 이러한 공사 단계에서부터 국민주택 건설용역에 모두 포함된다고 볼 경우, 위와 같이 주택건설용지 외부에서 이루어지는 공공시설의 건설 공사를 포함하여 면세의 범위가 무분별하게 확대될 위험이 있다.

④ 00공사는 이 사건 사업지구에 관하여, 택지개발사업 단지조성공사 도급계약은 원고 및 **건설과 체결하였고, 주택개발사업 주택건설공사 도급계약은 xx건설 주식회사 및 주식회사 cc과 체결함으로써 택지공사와 주택건설공사를 구별하여 각각 다른 업체에 도급을 주었다.

⑤ 시행령 제106조 제4항은 국민주택의 건설용역을 '건설산업기본법, 전기공사업법, 소방법, 정보통신공사업법, 주택법, 하수도법, 가축분뇨의 관리 및 이용에 관한 법률에 의하여 등록을 한 자가 공급하는 국민주택 규모 이하의 주택의 건설용역'이라고 규정하고 있는데, 위 시행령 규정문언을 보더라도 위 건설용역을 주택 자체의 건설 및 주택 자체에서 직접 필요한 설비 등의 설치공사 등을 하는 것 외에 일반토목공사까지도 포함하는 것으로 확장하여 해석할 근거가 없다.

⑥ 구 조세특례제한법 제106조 제1항 제4호의 입법취지가 국민주택의 수요자인 서민들에게 보다 저렴한 가격으로 주택을 공급받을 수 있도록 지원하는데 있다고 하더라도, 이는 국민주택 건설용역 자체에 대하여 부가가치세를 면제하는 방법을 통해서도 상당 부분 달성될 수 있고, 위 규정이 그 범위를 넘어서서 국민주택의 건설과 관련 있는 모든 용역에 대해 부가가치세를 면제하려는 취지의 규정이라고 보기는 어렵다. 이 사건 공사용역에 대한 공사비가 주택조성원가로 이 사건 사업지구 내 국민주택 분양가격 산정에 반영되어 국민주택구매자를 포함한 이 사건 사업지구 내 주택의 수요자가 그 비용을 지불하였다고 하더라도, 그 사정만으로 이 사건 공사용역을 국민주택 건설용역에 포함시켜 부가가치세가 면제되어야 한다고 볼 수는 없다.

2) 이 사건 공사용역이 국민주택 건설용역의 부수용역인지에 대하여

가) 구 부가가치세법 제1조 제4항은 주된 거래인 용역의 공급에 필수적으로 부수되는 재화 또는 용역의 공급은 주된 거래인 용역의 공급에 포함되는 것으로 규정하고, 같은 법 제12조 제3항에서는 '부가가치세가 면세되는 재화 또는 용역의 공급에 필수적으로 부수되는 재화 또는 용역의 공급은 면세되는 재화 또는 용역의 공급에 포함되는 것으로 본다'고 규정하고 있으며, 같은 법 시행령 제3조 제1, 2호에서는 '주된 거래인 재화 또는 용역의 공급에 포함되는 것으로 보는 재화 또는 용역'으로 '당해 대가가 주된 거래인 재화 또는 용역의 공급대가에 통상적으로 포함되어 공급되는 재화 또는 용역', '거래의 관행으로 보아 통상적으로 주된 거래인 재화 또는 용역의 공급에 부수하여 공급되는 것으로 인정되는 재화 또는 용역'을 규정하고 있다.

나) 구 부가가치세법 제12조 제3항의 규정에 따라 부가가치세가 면세되는 재화 또는 용역의 공급에 필수적으로 부수되는 재화 또는 용역의 공급으로서 면세되는 재화 또는 용역의 공급에 포함되는 것으로 보는 것의 범위는 부가가치세가 면세되는 주된 재화 또는 용역을 공급하면서 그에 필수적으로 부수되는 어느 재화 또는 용역을 공급하는 사업자 자신의 거래로만 국한하여야 하고(대법원 2001. 3. 15. 선고 2000두7131 전원합의체 판결, 대법원 2002. 11. 8. 선고 2001두4849 판결 등 참조), 이는 구 조세특례제한법으로 면세되는 재화 또는 용역에 대하여도 마찬가지다.

다) 앞서 본 사실에 의하면, 원고는 이 사건 사업지구에서 이 사건 공사용역만 수행하였을 뿐 주된 용역이라 할 수 있는 국민주택 건설공사는 수행하지 않았고, 다른 시공사들이 위 건설공사를 수행하였다. 이와 같이 용역의 공급주체가 상이한 이상 원고가 통상적 부수성의 근거로 주장하는 공급대가의 포함 여부 및 거래관행에 관하여 더 나아가 살필 필요 없이 원고가 독립적으로 00공사에게 제공한 이 사건 공사용역은 구 조세특례제한법 제106조 제1항 제4호로 부가가치세가 면제되는 국민주택 건설용역의 부수용역이라고 볼 수 없다(원고가 들고 있는 대법원 2013. 6. 28. 선고 2013두932 판결의 원심판결인 서울고등법원 2012. 12. 7. 선고 2011누24820 판결에서도 부가가치세법 및 동법 시행령에 의하여 부가가치세가 면제되는 장의용역의 공급자와 장례식장에서의 음식물 공급자가 다른 경우 음식물 공급 용역에 대하여 면세 규정이 적용되지 않음을 분명히 하고 있고, 위 대법원 판결 역시 이러한 판단을 뒤집은 것으로 보이지 아니하므로, 위 판결을 '부수 재화 또는 용역이 주된 재화 또는 용역과는 별개의 사업자에 의하여 독립적으로 거래되는 경우에도 부가가치세를 면제할 수 있다'는 취지로해석할 수는 없다).

나. 가산세 부분

1) 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 법이 정하는 바에 따라 부과하는 행정상 제재로서 납세자의 고의・과실은 고려되지 않는 것이나, 이와 같은 제재는 납세의무자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시할 수 있는 사정이 있거나 그 의무의 이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 부과할 수 없다(대법원 2008. 10. 23. 선고 2006두11750 판결 등 참조).

2) 앞서 본 사실 및 증거에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 다음과 같은 사실 및 사정에 비추어 보면, 원고가 이 사건 공사용역과 관련하여 부가가치세를 신고‧납부하지 아니한 데에 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다고 봄이 타당하다.

① 서울특별시는 00공사가 시행하는 국민주택건설용역사업에 대한 부가가치세 납부실태 및 개선방안에 대하여 검토한 결과, 한 사업지구 내에서 국민주택규모의 국민주택과 그 초과규모의 공동주택을 함께 건설하는 경우 전체 건설용역에 대한 부가가치세 중 이 사건 제2비율에 상응하는 부가가치세는 면제된다는 결론을 내리고, 2007. 9. 3.경 00공사에게 위 기준에 따라 기존에 체결된 계약의 적정여부를 검토하고, 새로운 계약을 체결할 경우 위 기준에 따라 계약을 체결하도록 지시하였다. 서울특별시의 지시를 받은 00공사는 위 기준에 따라 2007. 12. 31. 원고와 이 사건 변경계약을 체결하였다. 원고로서는 서울특별시와 지방공기업인 00공사가 과세관청을 포함한 관련기관의 검토를 거쳐 적정하게 법령해석을 하였을 것이라 신뢰하고 이에 따랐을 것으로 보이며, 이는 단순한 법령의 부지・착오와는 달리 볼 여지가 있다.

② 더욱이 이 사건 공사도급계약 체결 전에 서울특별시가 추진하고 있던 다른 도시개발지구에서도 동일한 이유로 공사대금 중 부가가치세 상당액을 감액하는 내용으로 도급계약의 변경이 이루어졌고, 일부 공사업체는 과세관청으로부터 이에 따라 부가가치세를 환급받기도 하였다.

③ 서울특별시의 00공사에 대한 지침(갑 제9호증)에 첨부된 '국민주택 건설용역 부가세 산정방법개선' 보고자료상 국세청이 '국민주택건설용역의 범위는 택지조성과 국민주택에 부수되는 부대시설의 건설용역을 포함하는 것이나, 시설녹지, 공원, 도로 등이 국민주택의 부대시설 건설용역에 해당되는지 여부는 사실판단에 따른다'는 다소 유보적인 입장을 밝힌 것은 사실이나, 위 보고자료는 서울특별시가 00공사에 보낸 내부 문서로서 원고가 이 사건 변경계약의 체결 및 관련 부가가치세 신고・납부 당시 위와 같은 국세청의 검토 내용을 알았다고 보기 어렵다.

④ 이 사건 공사용역에는 국민주택 건설용지에 해당하는 부분에 대하여 절토 및 성토 등 토공사를 제외한 택지조성공사가 포함되어 있는 것으로 보이고, 국민주택 건설용역에 선행하는 기반시설공사용역으로서 그 비용 또한 국민주택 공급가격에 포함 되었으며, 이 사건 변경계약에서 뿐만 아니라 당초 이 사건 도급계약에서도 직접공사비에 이 사건 제1비율을 곱하여 산출한 금액이 국민주택 건설용역의 공급가액으로서 부가가치세가 면제되는 것을 전제로 하여 계약을 체결하였다는 점에서 이 사건 용역부분을 국민주택 건설용역이거나 부수용역이라고 오인할 만한 객관적인 사정이 존재하였다고 볼 여지가 있다.

⑤ 원고는 00공사로부터 부가가치세 상당액을 징수하여 이를 그대로 과세관청에 납부하는 지위에 있을 뿐, 이 사건 공사용역에 대한 부가가치세의 납부 여부에 따라 별도의 이익을 얻는 것이 아니어서 원고에게 부가가치세의 신고・납부를 해태할 의도가 있었다고 보기 어렵고, 원고가 독자적으로 계약내용에 대하여 이의를 제기하거나 00공사로부터 부가가치세 상당액을 지급받지 못한 상황에서 스스로의 판단과 부담으로 이를 납부할 것을 기대하기도 어렵다.

⑥ 원고는 2007. 3. 30. 이 사건 도급계약 체결 후 2008년 제1기부터 2009년 제1기까지 이 사건 공사용역을 제공하고 기성고에 맞추어 과세기간별로 과세부분과 면세부분을 나누어 부가가치세를 신고하였는데, 당초 서울특별시가 00공사가 시행하는 국민주택건설용역사업에 대한 부가가치세 납부실태 및 개선방안에 대하여 검토한 후 00공사에 지침을 전달하는 과정에서 과세관청은 서울특별시와의 협의를 통하여 해당 내용을 인지하고 있었을 것임에도 원고의 부가가치세 신고에 대하여 전혀 잘못을 지적한 바 없다가 2013. 5.경 00공사에 대한 세무조사결과를 토대로 이 사건 처분을 하였다. 이렇듯 오랜 시간이 경과한 상태에서 부가가치세를 납부하지 아니한 기간 전부에 대하여 고율의 납부불성실가산세 등을 부과하는 것은 지나치다.

3) 따라서 이 점을 지적하는 원고의 주장은 이유 있고, 이 사건 처분 중 가산세 부과처분은 위법하다.

4. 결론

원고의 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 이를 인용하고, 나머지 청구는 이유 없으므로 이를 기각한다.