2. 소송비용은 피고가 부담한다.

가. 원고의 과세·면세사업 겸영

1) 원고는 1984. 5. 18. 농수산물 유통 및 가격안정에 관한 법률과 서울특별시 농수산물도매시장 조례에 따라 설립된 지방공사로서 가락시장(소재지 : 서울 송파구 (주소 생략) 일대), 서울친환경유통센터, 강서시장, 양곡시장 등의 사업장을 운영하고 있다.

2) 원고는 위 가락시장 사업장(이하 ‘이 사건 사업장’이라 한다)에서 조세특례제한법제106조 제1항 제6호 , 같은 법률 시행령 제106조 제7항 제21호 , 제8항 , 같은 법률 시행규칙 제48조 제1항 및 별표 10 제21호에 따라 부가가치세가 면세되는 도매시장관리사업 및 그 부대사업(이하 ‘면세사업’이라 한다)과 임대업, 주차장업 등의 과세사업(이하 ‘과세사업’이라 한다)을 겸영하고 있다.

나. 가락시장 현대화 사업

1) 원고는 2010. 7. 1. 서울특별시장으로부터 도시계획시설(시장) 사업시행자로 지정받고(서울특별시 고시 제2010-246호), 그 무렵 이 사건 사업장에서 ‘가락시장 현대화 사업’을 3단계로 나누어 시행하는 내용의 자체 계획을 입안하였다.

2) 위 자체 계획은 이 사건 사업장 중 아래 각 해당 부지에서 1단계(기간 : 2011년 ~ 2013년, 부지 : 30,389.16㎡), 2단계(기간 : 2013년 ~ 2015년, 부지 : 77,424.50㎡), 3단계(기간 : 2015년 ~ 2018년, 부지 : 155,328.54㎡)로 나누어 판매동, 관리업무동, 청과동으로 사용할 건물 등을 신축하는 것을 내용으로 하고 있고, 총 예정사용면적은 405,597.02㎡, 면세사업에 관련된 예정사용면적은 144,868.99㎡이다.

- 단계별 사업부지 -

3) 원고는 위 자체 계획 수립 후 서울특별시장에게 ‘가락시장 현대화 사업’ 중 1단계 사업에 관하여 사업 실시 계획 인가 신청을 하여 2011. 2. 17. 인가 결정을 받았다(서울특별시 고시 제2011-47호).

4) 원고가 인가받은 1단계 사업 계획은, 이 사건 사업장 중 위 1단계 사업부지에 판매동 6동(합계 면적 99,007㎡, 이하에서 통틀어 ‘이 사건 각 판매동’이라 한다)과 관리업무동 1동(면적 8,978.17㎡, 이하 ‘이 사건 관리업무동’이라 한다)의 총 7개 건물{이하 통틀어 ‘이 사건 각 건물’이라 한다. 합계 면적 107,985.17㎡(= 99,007㎡ + 8,978.17㎡)}을 신축하는 내용이다.

5) 원고는 2011. 6. 16. 소외 대림산업 주식회사를 시공사로 선정하여 1단계 사업 시행에 착수하였고, 2015년경 위 사업을 완료하였다. 이 사건 각 건물의 준공 사진은 아래와 같다.

6) 원고가 2010년 2기부터 2013년 1기까지의 부가가치세 과세기간(이하 ‘이 사건 과세기간’이라 한다) 중 1단계 사업과 관련하여 공급받은 재화·용역의 가액은 아래 표 1. 중 ‘매입세액’란 기재 금액과 같다.

7) 원고는 이 사건 과세기간 중 이 사건 사업장에서 과세·면세사업을 모두 영위하였다. 그 총 공급가액과 면세사업 부문의 공급가액, 그리고 총 공급가액 대비 면세사업 공급가액의 비율은 아래 표 2.과 같다.

8) 한편 원고는 1단계 사업을 완료할 때까지 1단계 사업 실시 계획만을 인가받은 상태였고, 1단계 사업이 완료된 이후에 비로소 2단계 사업 실시 계획을 인가받았으며, 이 사건 변론종결일까지 3단계 사업에 관하여는 실시 계획 인가 신청을 하지 아니하였다.

다. 이 사건 처분

1) 신고납부

원고는 이 사건 과세기간 중 이 사건 사업장의 부가가치세를 신고·납부하여 왔다. 원고는 당시 다음과 같은 기준에 따라 이 사건 매입세액 중 구 부가가치세법(2013. 6. 7. 법률 제11873호로 전문개정되기 전의 것) 제17조 제2항 제2의 2호 , 제7항 , 구 부가가치세법(2013. 1. 1. 법률 제11608호로 일부개정되기 전의 것) 제17조 제2항 제6호 , 제7항 에 따라 매출세액에서 공제되지 아니하는 부분의 금액(이하 ‘불공제 매입세액’이라 한다)을 계산하였다.

『① 이 사건 과세기간 중 1단계 사업과 관련한 매입세액은 표 1. 중 ‘자진신고납부 및 경정신청시 상정한 매입세액’란 기재 금액과 같고, 위 금액은 그 전부가 과세·면세사업에 공통적으로 사용되어 실지 귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액에 해당한다. ② 원고가 이 사건 과세기간 중 이 사건 사업장에서 과세·면세사업을 모두 영위하였으므로, 위 공통매입세액 중 불공제 매입세액은 구 부가가치세법 시행령(2013. 6. 28. 대통령령 제24638호로 전부개정되기 전의 것, 이하 ‘시행령’이라고만 한다) 제61조 제1항 이 정한 산식에 따라 산정하여야 한다. ③ 불공제 매입세액은 위 ‘자진신고납부 및 경정신청시 상정한 매입세액’란 기재 금액 중 이 사건 과세기간별로 위 표 2. 기재 각 해당 비율{43 내지 47%(단수 버림, 이하 같다)}에 상당하는 금액이다.』

2) 감액경정 신청

원고는 2013. 10. 25. 피고에게 별지 내역표 환급결정세액란과 환급청구세액란 기재 각 금액을 합산한 금액(경정청구세액란 기재 금액)에 관한 감액 경정 신청을 하였다(이하 ‘이 사건 경정신청’이라 한다). 원고는 당시 다음과 같은 기준에 따라 불공제 매입세액을 계산하였다.

『① 이 사건 과세기간 중 1단계 사업과 관련한 매입세액은 표 1. 중 ‘자진신고납부 및 경정신청시 상정한 매입세액’란 기재 금액과 같고, 위 금액은 그 전부가 공통매입세액에 해당한다. ② 위 공통매입세액 중 불공제 매입세액은 시행령 제61조 제4항 제3호 에 따라 산정하여야 한다. ③ 시행령 제61조 제4항 제3호 를 적용할 때 ‘총예정사용면적’과 ‘면세사업에 관련된 예정사용면적’은 실시 계획 인가를 받은 1단계 사업만을 기준으로 정해야 한다. ④ 1단계 사업 계획에 따르면, ‘총예정사용면적’대비 ‘면세사업에 관련된 예정사용면적’의 비율은 7.76%이다. ⑤ 불공제 매입세액은 위 ‘자진신고납부 및 경정신청시 상정한 매입세액’란 기재 금액에다가 7.76%를 곱한 금액이다.』

3) 이 사건 처분

피고는 위 감액 경정 신청 중 별지 내역표 환급결정세액란 기재 각 금액의 감액을 구하는 부분은 받아들였으나, 2013. 12. 20. 원고에 대하여 별지 내역표 환급청구세액란 기재 금액의 감액경정 신청은 거부한다는 뜻을 통지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다). 피고는 당시 다음과 같은 기준에 따라 불공제 매입세액을 산정하였다.

『① 이 사건 과세기간 중 1단계 사업과 관련한 매입세액은 표 1. 중 ‘자진신고납부 및 경정신청시 상정한 매입세액’란 기재 금액과 같고, 위 금액은 그 전부가 공통매입세액에 해당한다. ② 위 공통매입세액 중 불공제 매입세액은 시행령 제61조 제4항 제3호 에 따라 산정하여야 한다. ③ 다만, 시행령 제61조 제4항 제3호 를 적용할 때 ‘총예정사용면적’과 ‘면세사업에 관련된 예정사용면적’은 1단계 사업만을 기준으로 할 것이 아니라 가락시장 현대화 사업 전체를 기준으로 정해야 한다. ④ 가락시장 현대화 사업에 관한 원고의 자체 계획에 따르면, 총 예정사용면적은 405,597.02㎡이고 면세사업에 관련된 예정사용면적은 144,868.99㎡이다. ⑤ 불공제 매입세액은 위 ‘자진신고납부 및 경정신청시 상정한 매입세액’란 기재 금액에다가 35.72%(144,868.99㎡ ÷ 405,597.02㎡)를 곱한 금액이다.』

4) 전심절차

원고는 이 사건 처분에 불복하여 2014. 3. 18. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 2014. 9. 18. 기각결정을 받았다.

【인정근거】다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 9호증, 을 제1 내지 6호증(이상 가지번호 있는 것은 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 당사자 주장

(1) 원고의 주장

가) 이 사건 과세기간 중 1단계 사업과 관련한 매입세액은 표 1. 중 ‘자진신고납부 및 경정신청시 상정한 매입세액’란 기재 금액보다 적은 ‘매입세액’란 기재 각 금액이다(이하 ‘이 사건 매입세액’이라 한다).

나) 원고의 1단계 사업 계획에 따르면, 이 사건 각 판매동에서는 오로지 과세사업인 임대업만을 영위하는 것으로 되어 있고, 관리업무동 16층 중 732㎡ 부분에서는 과세사업과 관련한 사무실이 설치될 예정이었으며, 관리업무동의 나머지 부분에서는 과세사업을 영위하기로 되어 있었으므로, 이 사건 매입세액 중 이 사건 각 건물의 총 면적 중 이 사건 각 판매동의 총 면적이 차지하는 비율에 상응하는 금액은 과세사업을 위하여 실지 사용되었다고 보아야 하므로, 이 부분 금액은 실지 귀속에 따라 과세사업에 관련된 매입세액에 해당하여 이 사건 사업장의 매출세액에서 공제되어야 하고, 이 사건 매입세액 중 이 사건 총 면적 중에서 관리업무동 면적이 차지하는 비율에 상응하는 금액만 실지 귀속을 알 수 없는 공통 매입세액에 해당한다고 보아야 한다.

다) 그리고, 이 사건 과세기간 중 1단계 사업에서 예정한 과세·면세사업을 아직 영위하지 아니하여 그 매출이 발생하지 않았으므로, 위 공통매입세액(이 사건 매입세액 중 이 사건 총 면적 중에서 관리업무동 면적이 차지하는 비율에 상응하는 금액) 중 불공제 매입세액은 시행령 제61조 제1항 이 아니라 시행령 제61조 제4항 제3호 에 따라 산정하여야 한다. 이에 따르면, 원고가 납부하여야 할 정당한 부가가치세액은 원고가 당초 자진납부한 세액에서 별지 내역표 환급결정세액란과 환급청구세액란 기재 각 금액을 모두 차감한 금액보다 적은 금액이다. 시행령 제61조 제1항 을 적용하더라도 원고가 납부하여야 할 정당한 부가가치세액은 원고가 당초 자진납부한 세액에서 별지 내역표 환급결정세액란과 환급청구세액란 기재 각 금액을 모두 차감한 금액보다 적은 금액임은 마찬가지이다.

(2) 피고의 주장

가) 이 사건 매입세액은 그 전부가 실지귀속을 알 수 없는 공통매입세액에 해당한다.

나) 이 사건 과세기간 중 원고는 이 사건 사업장에서 과세·면세사업을 모두 영위하였으므로, 이 사건 매입세액 중 불공제 매입세액은 시행령 제61조 제1항 이 정한 산식에 따라 계산하여야 한다. 이에 따르면, 원고가 납부하여야 할 정당한 세액은 원고가 당초 자진납부한 세액에서 별지 내역표 환급결정세액란 기재 각 금액을 차감한 금액을 초과한다. 시행령 제61조 제4항 제3호 를 적용하더라도 ‘총예정사용면적’과 ‘면세사업에 관련된 예정사용면적’은 1단계 사업만을 기준으로 할 것이 아니라 가락시장 현대화 사업 전체를 기준으로 정해야 하므로, 불공제 매입세액은 이 사건 매입세액에다가 35.72%를 곱한 금액이 되고, 이 경우 원고가 납부하여야 할 정당한 세액은 원고가 당초 자진납부한 세액에서 별지 내역표 환급결정세액란 기재 각 금액을 차감한 금액과 같다.

나. 관계법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

1) 이 사건 매입세액의 실지귀속을 구분할 수 있는지 여부

구 부가가치세법(2013. 6. 7. 법률 제11873호로 전문개정되기 전의 것) 제17조 제2항 제2의 2호 , 제7항 , 구 부가가치세법(2013. 1. 1. 법률 제11608호로 일부개정되기 전의 것) 제17조 제2항 제6호 , 제7항 및 시행령 제61조 제1항 에 의하면, 사업자가 과세· 면세사업을 겸영하는 경우에 매출세액에서 공제하지 아니하는 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 원칙적으로 실지귀속에 따라야 하는데( 대법원 2009. 7. 9. 선고 2007두10389 판결 등), 과세사업과 면세사업을 겸영하는 사업자가 건물을 신축하는 경우에 그 건물 신축과 관련한 매입세액 중 그 건물 중 과세사업에 사용될 예정인 부분과 관련한 매입세액만을 별도로 산출해 낼 수 없는 이상에는 그 건물신축과 관련한 매입세액 중 건물의 총 면적 중 과세사업에 사용될 예정인 부분이 차지하는 면적에 상응하는 비율에 해당하는 금액이 과세사업에 실지로 사용된 것으로 볼 수 없다( 대법원 1987. 6. 9. 선고 86누251 판결 , 대법원 1996. 2. 23. 선고 95누13319 판결 등 참조).

원고는 이 사건 매입세액 중 과세사업에 사용할 부분을 신축하는 데에 투입된 비용을 별도로 산출해 낼 수 있는 아무런 객관적인 자료가 없음을 인정하고 있다. 따라서 이 사건 매입세액은 그 전부가 실지귀속을 알 수 없는 공통매입세액에 해당한다고 보아야 한다.

2) 이 사건 매입세액 중 불공제 매입세액의 계산방법

가) 관련법리

(1) 시행령 제61조 는 매입세액의 안분계산에 관하여, 제1항 본문에서 “사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 ‘공통매입세액’이라 한다)은 총공급가액 중 면세공급가액이 차지하는 비율에 따라 공통매입세액을 안분하여 면세사업에 관련된 매입세액을 계산한다.”고 정하고, 제4항 에서 “ 제1항 의 규정을 적용함에 있어서 당해 과세기간 중 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 당해 과세기간에 있어서의 안분계산은 다음 각 호의 순에 의한다. 다만, 건물을 신축 또는 취득하여 과세사업과 면세사업에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 제3호 를 제1호 및 제2호 에 우선하여 적용한다.”고 정하면서 제1호 로 ‘총매입가액(공통매입가액을 제외한다)에 대한 면세사업에 관련된 매입가액의 비율’을, 제2호 로 ‘총예정공급가액에 대한 면세사업에 관련된 예정공급가액의 비율’을, 제3호 로 ‘총예정사용면적에 대한 면세사업에 관련된 예정사용면적의 비율’을 들고 있다.

(2) 부가가치세법의 위임에 따라 매출세액에서 공제하지 아니하는 매입세액의 범위를 정하기 위하여 공통매입세액의 안분계산방식 등을 규정한 시행령 제61조 제1항 , 제4항 은 법률에서 구체적으로 범위를 정하여 위임받은 사항에 관하여 헌법 제75조 에 따라 대통령이 발한 법규명령이라 할 것이고, 한편 시행령 제61조 제1항 , 제4항 의 내용 및 입법 취지 등에 비추어 보면, 위 각 규정은 거기서 정하고 있는 안분계산방식과 순서에 구애됨이 없이 언제든지 다른 방식으로 공통매입가액을 안분할 수 있는 예시규정에 불과한 것으로 볼 수는 없으므로, 실지귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액은 위 각 규정에서 정한 안분계산방식과 순서에 따르는 것이 현저하게 불합리하다고 볼 만한 특별한 사정이 없는 한 위 각 규정에 따라 안분계산하여야 한다( 대법원 2010. 3. 25. 선고 2007두18017 판결 , 대법원 2012. 11. 29. 선고 2010두4810 판결 등 참조).

(3) 그리고 구 부가가치세법 시행규칙(2013. 6. 28. 기획재정부령 제355호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제18조의2 제1항 은 ‘ 영 제61조 제1항 및 제3항 에서 “총공급가액”이라 함은 공통매입세액에 관련된 당해 과세기간의 과세사업에 대한 공급가액과 면세사업에 대한 수입금액의 합계액을 말하며, “면세공급가액”이라 함은 공통매입세액에 관련된 당해 과세기간의 면세사업에 대한 수입금액을 말한다.’고 규정하고 있는데, 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라 정함이 원칙인 점, 당해 과세기간 중 기존의 과세사업과 면세사업의 공급가액이 공통매입세액과 아무런 관련성이 없는 경우에도 그 비율을 공통매입세액의 안분기준으로 삼는 것은 실지귀속의 원칙과는 일치하지 않는 측면이 있는 점, 시행령 제61조 제1항 에서 면세사업에 “관련된” 매입세액의 계산은 ‘공통매입세액 × (면세공급가액/총공급가액)’의 수식으로 계산하도록 규정하고 있으므로, 여기서 말하는 총공급가액과 면세공급가액도 공통매입세액과 관련성이 인정되는 것으로 한정하는 것이 합리적이라고 볼 수 있는 점 등을 고려하면, 비록 구 부가가치세법 시행규칙 제18조의2 제1항 이 부가가치세법이나 그 시행령의 위임을 받은 것이 아니어서 법원을 구속하는 법규명령에 해당하지 않는다고 하더라도 그 규정의 취지를 존중하여, 당해 과세기간 중 하나의 사업장에서 발생한 기존 과세사업과 면세사업의 공급가액이 공통매입세액과 관련이 없는 경우라면 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없는 것으로 보아 시행령 제61조 제4항 에 따라 공통매입세액 중 불공제되는 면세사업에 관련된 매입세액을 계산하여야 한다고 해석함이 타당하다.

나) 판단

위와 같은 법리에 따라 이 사건에 관하여 본다.

(1) 원고가 이 사건 과세기간 동안 이 사건 사업장에서 과세·면세사업을 모두 영위하면서 일정한 매출이 있었던 사실은 앞서 본 바와 같으나, 그 매출은 모두 종전에 건립되어 있던 건물에서 이루어지던 도매시장관리사업 및 그 부대사업(면세사업)과 판매장 임대업, 주차장업(과세사업)과 관련하여 발생한 것으로 보이고, 그 당시 1단계 사업에 따른 이 사건 각 건물의 신축공사는 완료되지 않아 위 각 건물에서 어떠한 매출이 있었다고 볼 수 없으며, 달리 이 사건 매입세액과 관련한 공급가액이 있었다고 인정할 자료도 없으므로, 이 사건 과세기간 동안 발생한 매출은 이 사건 매입세액과 관련된 것으로 볼 수 없다. 결국 이 사건 매입세액은 모두 1단계 사업에 따른 건물 신축과 관련하여 지출된 것으로서 당해 과세기간 중 이와 관련된 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 해당하므로, 이 사건 매입세액 중 불공제 매입세액을 계산함에 있어서는 시행령 제61조 제4항 제3호 를 적용하여야 한다.

(2) 그리고 앞서 인정한 사실관계에 나타난 다음과 같은 사정, 즉 가락시장 현대화 사업은 단계별로 시기를 달리하여 진행하기로 함으로써 1단계 사업에 대하여만 먼저 실시계획인가를 받아 공사를 진행하였고, 1단계 사업이 완료된 후 순차적으로 2, 3단계 사업에 대한 실시계획인가를 받아 공사를 진행할 예정이었으므로 각 단계 사업에 투입된 공통매입세액은 사업단계별로 구분할 수 있는데, 이러한 경우에까지 이 사건 매입세액과 직접적인 관련성이 없는 2, 3단계 사업의 총예정사용면적에 대한 면세사업에 관련된 예정사용면적의 비율까지 함께 고려하여 이 사건 매입세액 중 면세사업에 관련된 매입세액을 계산하는 것은 공통매입세액의 실지귀속원칙에 비추어 보아도 부당한 점, 원고는 이 사건 경정신청 당시 1단계 사업뿐만 아니라 2, 3단계 사업에 투입된 비용이나 전체 사업에 공통적으로 투입된 비용에 대하여도 1단계 사업과 관련된 공통매입세액에 포함시켰다가 이 사건 소송 과정에서 2, 3단계 사업과 관련하여 미리 지출된 비용과 가락시장 현대화 사업 전체에 공통적으로 투입된 비용을 모두 공통매입세액에서 제외하여 이 사건 매입세액을 산정하였는바, 이 사건 매입세액에는 순수하게 1단계 사업에 투입된 매입세액만 포함되어 있는 점 등에 비추어 보면, 시행령 제61조 제4항 제3호 를 적용하여 이 사건 매입세액 중 면세사업에 관련된 매입세액을 계산함에 있어서 1단계 사업에 따른 총예정사용면적에 대한 면세사업에 관련된 예정사용면적의 비율만을 기준으로 산정함이 타당하다.

3) 소결론

그런데 피고는 이 사건 처분 당시 시행령 제61조 제4항 제3호 를 적용하면서도 1단계 사업에 국한하지 않고, 가락시장 현대화 사업 전체를 기준으로 총예정사용면적에 대한 면세사업에 관련된 예정사용면적의 비율을 계산하였고, 이 사건 소송 과정에서 추가한 처분사유에서는 시행령 제61조 제1항 을 적용하였는바, 피고가 처분 당시 제시한 처분사유나 이 사건 소송과정에서 추가한 처분사유 모두 정당한 불공제 매입세액 계산 방법에 따른 것이라고 볼 수 없으므로, 이 사건 처분은 위법하다고 할 것이다.

그리고, 원고가 제출한 자료에 의할 때, 1단계 사업을 기준으로 한 총예정사용면적에 대한 면세사업에 관련된 예정사용면적의 비율이 가락시장 현대화 사업 전체를 기준으로 한 위 비율보다 낮은 사실은 인정할 수 있으나, 현 단계까지 제출된 자료만으로는 1단계 사업을 기준으로 한 총예정사용면적에 대한 면세사업에 관련된 예정사용면적의 정확한 비율을 특정할 수는 없으므로, 이 사건 처분 전부를 취소할 수밖에 없다.

[원고가 이 사건 각 판매동은 오로지 면세사업인 임대업에 제공하고, 이 사건 관리업무동은 가락시장 현대화 사업 전체와 관련된 직원의 사무실에 제공하고, 이 사건 관리업무동의 총 면적 중 면세사업에 사용될 예정사용면적비율이 원고의 자체 계획상 총예정사업면적 중 면세사업에 사용될 예정사용면적비율인 35.72%와 같다고 가정할 경우, 이 사건 관리업무동의 총 면적 중 면세사업에 사용될 예정사용면적은 3,206.94㎡(8,978㎡×35.72%)이 되고, 이는 1단계 사업의 총예정사용면적 107,985.19㎡ 중 2.9698%에 상당하는 것인데, 위 비율을 기준으로 정당한 불공제 매입세액과 정당한 환급세액을 계산하면, 별지 가정 계산표 각 해당란 기재와 같게 된다.]

3. 결 론

그렇다면, 원고의 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

[별지 생략]

판사 김병수(재판장) 강효인 장인혜

심급 사건

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