대법원-2016-두-51788(2017.01.25.)

서울행정법원-2014-구합-74824(2016.01.29.)

단계별 순환개발방식의 시설현대화 사업에서 발생한 공통매입세액은 공급가액 비율에 따라 안분하여 계산

이 사건 매입세액은 과세사업과 면세사업의 각 공급가액이 총공급가액에서 차지하는 비율에 따라 안분하여 계산함이 타당하다.

구부가가치세법(2013. 6. 7. 법률 제11873호로 전부 개정되기 전의 것)제17조 제7항 [납부세액 공제되지아니하는 매입세액 ]

부가가치세법시행령 제61조 제1항 [매입세액의 안분계산]

2017누34799부가가치세경정거부처분취소

서울특별시OOOOO공사

○○세무서장

2017.4.20.

2017.5.11.

1. 제1심 판결을 취소한다.

2. 원고의 청구를 기각한다.

3. 소송총비용은 원고가 부담한다.

1. 청구취지

피고가 2013. 12. 20. 원고에 대하여 한 별지 내역표 '과세기간'란 기재 각 기간의 부

가가치세 중 '환급청구세액'란 기재 각 금액에 관한 감액경정 신청 거부처분을 취소한

다.

2. 항소취지

주문과 같다.

1. 제1심 판결의 일부 인용

이 법원의 판결 이유 중 "1. 처분의 경위"부터 "2. 이 사건 처분의 적법 여부, 가. 당

사자 주장, (1) 원고의 주장, (2) 피고의 주장, 나. 관계법령"까지는, 제1심 판결문 제5

면 표 아래 제2~3행의 "1단계"부터 "아니하였다."까지를 "2단계 및 3단계 사업은 사업계획만 수립되어 있는 상태이며, 2단계 및 3단계 사업 예정 부지에서는 여전히 농수산물 도・소매업이 영위되고 있다."로 고치고, 제14면 밑에서 제6행부터 제15면 제2행까지 및 제20면을 각 삭제하며, 제7면 밑에서 제3행 "9" 다음에 ", 14"를, 제13면 마지막행 "점" 다음에 ", AA시장 시설현대화 사업은 하나의 사업으로서 원고의 자체 계획상으로는 단계별 사업의 총 예정사용면적과 면세사업에 관련된 예정사용면적이 정해져있으나, 원고의 자체 계획 입안 당시 2, 3단계 사업 예정 건축 면적과 2011. 2. 17. 1단계 사업 인가 당시 2, 3단계 예정 건축 면적이 상이한 점을 고려하면 현재 2단계 사업 실시 계획도 인가받지 못한 상태에서는 각 단계별 예정사용면적이 확정되어 있다고 할 수 없어 정확한 면적을 산정할 수 없는 점"을 각 추가하는 외에는 제1심 판결 이유 중 각 해당부분(제1심 판결문 제2면 제5행부터 제9면 제16행까지 및 제16면부터 제20면까지) 기재와 같으므로 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본분에 의하여 이를 인용한다.

2. 제1심 판결과 달라지는 부분

다. 판단

1) 구 부가가치세법(2013. 6. 7. 법률 제11873호로 전부 개정되기 전의 것) 제17조

제7항, 그 시행령(2013. 6. 28. 대통령령 제24638호로 전부 개정되기 전의 것, 이하 '시행령'이라고 한다) 제61조 제1항 본문에 의하면, 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지 귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용하여 실지 귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 '공통매입세액'이라고 한다)은 과세사업 관련 부분과 면세사업 관련 부분으로 안분하여야 하고, 그 안분은 원칙적으로 면세사업의 공급가액이 총공급가액에서 차지하는 비율에 따라 산정하여야 한다. 다만 이처럼 공급가액의 비율에 따라 공통매입세액을 안분하는 것은 그 공통매입세액이 발생한 사업 부분과 공급가액이 발생한 사업 부분 사이에 관련성이 있을 경우에 한하고, 그 각 사업 부분이 서로 분리・독립되어 있다면 공급가액을 기준으로 공통매입세액을 안분할 것은 아니다. 이 경우 위 각 사업 부분이 서로 관련된 것인지 여부는 공통매입세액의 발생사유인 재화 등을 공급받은 경위와 목적, 사업운영의 형태, 공통매입세액과 공급가액이 발생한 사업장의 장소적 연관성, 업종의 특성 등 관련 사정을 종합적으로 고려하여 판단할 것이다.

한편 공통매입세액이 발생한 사업 부분과 공급가액이 발생한 사업 부분이 서로 분

리・독립되어 있다는 등의 사유로 해당 과세기간 중 과세사업과 면세사업의 공급가액

이 없거나 그중 어느 한 사업의 공급가액이 없을 때에는 공통매입세액은 공급가액의

비율에 따라 안분할 수 없으므로, 매입가액의 비율, 예정공급가액의 비율 등을 적용하

여 안분하되, 건물을 신축 또는 취득하여 과세사업과 면세사업에 제공한 경우에 그 예

정면적을 구분할 수 있을 때에는 총예정사용면적에 대한 면세사업에 관련된 예정사용

면적의 비율에 따라 안분한다(시행령 제61조 제4항).

2) 앞서 인정한 사실관계와 더불어 앞서 든 증거에 의하여 알 수 있는 다음과 같은

사정들을 앞에서 본 법리에 비추어 살펴보면, 이 사건 과세기간 동안의 1단계 사업은

원고가 같은 기간에 AA시장 사업장 내에서 운영한 기존 사업과 구분되는 별개의 독

립된 사업 부분이라고 보기 어려우므로, 이 사건 매입세액은 시행령 제61조 제1항에

따라 AA시장 사업장에서 발생한 과세사업과 면세사업의 각 공급가액이 총공급가액에

서 차지하는 비율에 따라 안분하여 계산함이 타당하다.

가) 원고가 추진한 AA시장 현대화 사업은 농수산물의 초과 반입 및 도・소매 시

설의 혼재로 인한 혼잡과 유통비용의 증가를 해소하기 위해 3단계에 걸쳐 주요시설을

재건축하는 내용으로 진행되었다.

나) 원고는 그 과정에서 기존 상인들의 영업이 일시에 중단되지 않고 계속 유지될

수 있도록 단계별 순환개발 방식을 택하여, 위 현대화 사업이 진행되는 단계에 맞추어

단일사업장인 AA시장 사업장의 부지를 3분하여, 1단계가 진행되는 중에는 1단계 해

당 부지에서 영업을 하던 상인들이 AA시장 사업장 내의 다른 부지로 옮겨 영업을 계

속할 수 있게 하였고, 이후 2, 3단계가 순차적으로 진행되는 중에도 같은 방식으로 각

해당 부지에서 영업을 하던 상인들로 하여금 이미 공사가 마쳐졌거나 시행되기 전의

부지로 옮겨 영업을 지속할 수 있도록 할 예정이었다.

다) 이와 같이 원고는 1단계 사업이 진행되는 중에도 기존의 사업을 계속적으로 영

위 하였고, 이 사건 사업은 AA시장 사업장 내의 시설을 현대화하는 등 기존 사업의

영업여건을 개선하기 위해 추진된 것일 뿐이다.

3) 앞서 본 바에 따르면, 원고가 납부하여야 할 정당한 세액은 원고가 당초 자진 납

부한 세액에서 별지 내역표 환급결정세액란 기재 각 금액을 차감한 금액을 초과한다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 이를 기각할 것인바, 제1심 판결은 이와

결론을 달리하여 부당하므로 피고의 항소를 받아들여 제1심 판결을 취소하고, 원고의

청구를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.