2. 원고의 청구를 기각한다.

3. 소송총비용은 원고가 부담한다.

피고가 2006.1.3. 원고에 대하여 한 2004년 귀속 종합소득세 109,498,160원(111,157,312원의 오기로 보인다)의 부과처분을 취소한다.

2. 항소취지

제1심 판결을 취소한다. 원고의 청구를 기각한다.

이 법원의 판결이유는, 제1심 판결문 중 제7쪽 마지막 줄의 "인정할 증거가" 이하 부분을 다음과 같이 고쳐 쓰는 외에는 제1심 판결문의 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 인용한다.

2. 고쳐 쓰는 부분

인정할 증거가 없고, 오히려 갑 12호증, 을 4호증의 1 내지 4, 을 5호증의 1, 2, 을 6, 7호증, 을 8호증의 1 내지 4의 각 기재에 의하면, 원고가 이 사건 법인의 경영에 실질적으로 관여한 사실을 인정할 수 있으므로, 원고가 이 사건 법인의 명의상 대표이사에 불과하다는 주장은 받아들이지 아니한다.

(2) 예비적 주장에 대한 판단

법인세법 제66조 제3항 단서, 법인세법 시행령 제104조 제1항에 의하면, 소득금액을 계산함에 있어서 필요한 장부 또는 증빙서류가 없거나 그 중요부분이 미비 또는 허위인 경우에는 법인세법 시행령 제104조 제2항의 방법에 의하여 법인세의 과세표준과 세액을 추계할 수 있도록 되어 있고, 그와 같이 법인세의 과세표준과 세액을 추계하는 경우에는 천재지변 등으로 장부 기타 증빙서류가 멸실되어 추계하는 경우가 아닌 한 법인세법 제68조에 의하여 결손금이나 외국납부세액 등을 과세표준에서 공제하지 않는 것으로 정하고 있는바, 앞서 본 바와 같이 이 사건 법인의 폐업으로 인해 소득금액을 계산함에 있어서 필요한 장부 또는 증빙서류를 제출하지 못한 이상, 이 사건 법인에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 추계의 방법으로 정한 것은 정당하고, 또한 이 사건의 경우 천재지변 등으로 장부 기타 증빙서류가 멸실되어 추계하는 경우에 해당하지 아니하므로 원고의 주장과 같은 결손금이 인정된다고 하더라도 이를 과세표준에서 공제하지 아니한 것은 적법한 것이므로, 이를 다투는 원고의 주장은 이유 없다.

한편, 법인세법 시행령 제106조 제2항 본문은 '추계조사·결정에 의하여 결정된 과세표준과 법인의 대차대조표상의 당기순이익과의 차액(법인세상당액을 공제하지 아니한 금액을 말한다)은 대표자에 대한 이익처분에 의한 상여로 한다'고 규정하고 있는바, 이 사건의 경우와 같이 무단폐업으로 인하여 과세표준에서 공제되어야 할 당기순이익이 없을 것으로 추정되는 경우에는 당기순이익의 존재에 관하여 납세의무자가 적극적으로 주장·입증할 필요가 있다고 보아야 할 것이므로(대법원 1988.5. 24. 선고 86누121 판결, 대법원 2008.1.18. 선고 2005두8030 판결 등 참조), 그와 같은 주장·입증이 없는 이상 당기순이익을 전혀 공제하지 않았다고 하여 이를 조세법률주의의 원칙에 어긋나는 것으로서 위법하다고 볼 수는 없다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없어 이를 기각하여야 할 것인바, 이와 결론을 달리한 제1심 판결은 부당하므로 이를 취소하고, 원고의 청구를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다. 끝.

[서울행정법원2007구합7987 (2007.08.16)]

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

가. 주식회사 ○○○○(○○시 ○○구 ○○동 00-00에 소재하여 냉난방기 제조 및 판매, 수출입업 등을 목적으로 하는 법인이다. 이하 '이 사건 법인'이라고 한다)는 1999. 8. 16. 설립되어 2004. 4. 30. 폐업되었고, 2004사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 신고하지 아니하였다.

나. ◇◇세무서장은 이 사건 법인이 소득금액 계산에 필요한 장부 기타 증빙서류를 제출하지 못하자, 법인ㅇ세법 제66조 제1항, 제3항 단서, 법인세법 시행령 제104조 제2항, 제106조 제2항에 따라 이 사건 법인의 2004사업연도 법인세의 과세표준을 308,249,717원으로 결정하고, 당시 이 사건 법인의 대차대조표가 없었음에도 대차대조표상 당기순이익을 0원으로 보고, 법인세의 과세표준과 대차대조표상의 당기순이익의 차액인 308,249,000원을 이 사건 법인의 대표이사인 원고에 대한 이익처분에 의한 상여로 처분한 후, 2005. 2. 23. 원고에게 소득금액변동통지를 하였다

다. 피고는 ◇◇세무서장으로부터 원고에 대한 소득금액변동통지사실을 통보받고 2005. 9. 27. 원고에게 과세예고통지를 한 후, 2006. 1. 3. 원고에게 2004년 귀속 종합소득세 111,157,312원을 결정·고지하는 이 사건 처분을 하였다.

라. 원고는 이 사건 과세처분에 대하여 2006. 2. 15. 이의신청을 거쳐, 2006. 6. 23. 국세심판원에 국심 2006서2245호로 심판청구를 제기하였으나, 위 심판원은 2006. 11. 23. 원고의 심판청구를 기각하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑1, 2, 6∼9. 11의 각 기재

2. 주장 및 판단

가. 원고의 주장

(1) 주위적 주장 : 원고는 이 사건 법인의 명의상 대표이사에 불과하고 실질적인 대표자는 XXX임에도 원고에게 이 사건 처분을 한 것은 실질과세의 원칙에 위배된다.

(2) 예비적 주장 : 이 사건 법인의 2004년 과세표준은 이월결손금 4,865,489,569원으로 인하여 0원이고, 대차대조표가 존재하지 아니함에도 법인세법 시행령 제106조 제2항에 의하여 추계과세를 한 것은 위법이다.

나. 관계 법령

○ 법인세법

제13조(과세표준) 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준은 각 사업연도의 소득의 범위 안에서 다음 각 호의 규정에 의한 금액과 소득을 순차로 공제한 금액으로 한다.

1. 각 사업연도의 개시일전 5년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금으로서 그 후의 각 사업연도의 과세표준 계산에 있어서 공제되지 아니한 금액

제57조(외국납부세액공제등)

①내국법인의 각 사업연도의 과세표준에 국외원천소득이 포함되어 있는 경우 그 국외원천소득에 대하여 대통령령이 정하는 외국법인세액(이하 이 조에서 "외국법인세액"이라 한다)을 납부하였거나 납부할 것이 있는 때에는 제21조 제호의 규정에 북구하고 다음 각 호의 방법중 하나를 선택하여 적용받을 수 있다.

1. 제55조의 규정에 의하여 산출한 당해 사업연도의 법인세액(토지등양도소득에 대한 법인세액을 제외한다)에 국외원천소득이 당해 사업연도의 과세표준에서 차지하는 비율(조세특례제한법 기타 법률에 의하여 면제 또는 세액감면을 적용받는 경우에는 대통령령이 정하는 비율)을 곱하여 산출한 금액을 한도(이하 이 조에서 "공제한도"라 한다)로 외국법인세액을 당해 사업연도의 법인세액에서 공제하는 방법

2. 국외원천소득에 대하여 납부하였거나 납부할 외국법인세액을 각 사업연도의 소득금액 계산에 있어서 손금에 산입하는 방법

② 외국정부에 납부하였거나 납부할 외국법인세액이 공제한도를 초과하는 경우 그 초과하는 금액은 당해 사업연도의 다음 사업연도의 개시일부터 5년 이내에 종료하는 각 사업연도에 이우러하여 그 이월된 사업연도의 공제한도 범위안에서 이를 공제받을 수 있다.

③ 국외원천소득이 있는 내국법인이 조세조약의 상대국에서 당해 국외원천소득에 대하여 법인세를 감면 받은 세액상당액은 당해 조세조약이 정하는 범위안에서 제1항의 규정에 의한 세액공제 또는 손금산입의 대상이 되는 외국법인세액으로 본다

④내국법인의 각 사업연도의 소득금액에 외국자회사로부터 받은 이익의 배당이나 잉여금의 분배액(이하 이 조에서 "수입배당금액"이라 한다)이 포함되어 있는 경우 그 외국자회사의 소득에 대하여 부과된 외국법인세액 중 당해 수입배당금액에 대응하는 것으로서 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액은 조세조약이 정하는 범위안에서 제1항의 규정에 의한 세액공제 또는 손금산입되는 외국법인세액으로 본다.

⑤ 제4항에서 "외국자회사"라 함은 내국법인이 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 20 이상을 출자하고 있는 외국법인으로서 대통령령이 정하는 요건을 갖춘 법인을 말한다.

⑥ 제1항 내지 제4항의 규정에 의한 세액공제 또는 손금산입에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제66조 (결정 및 경정)

① 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인이 제60조의 규정에 의한 신고를 하지 아니한 때에는 당해 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 결정한다.

② 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제60조의 규정에 의한 신고를 한 내국법인이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다.

1. 신고내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

2. 제120조 또는 제120조의2의 규정에 의한 지급조서, 제121조의 규정에 의한 매출·매입처별계산서합계표 또는 매출·매입세금계산서합계표의 전부 또는 일부를 제출하지 아니한 때

3. 제117조 및 부가가치세법 제32조의2의 규정에 의하여 신용카드가맹점가입대상자 또는 현금영수증가맹점가입대상자로 지정된 법인이 정당한 사유없이 신용카드가맹점 또는 현금영수증가맹점으로 가입하지 아니한 경우로서 시설규모나 업황을 감안하여 신고내용이 불성실하다고 판단되는 때

4. 내국법인이 증권거래법 제186조의2의 규정에 의한 사업보고서 및 주식회사의 외부감사에 관한 법률 제8조의 규정에 의한 감사보고서를 제출함에 있어서 수익 또는 자산을 과다계상하거나 손비 또는 부채를 과소계상하는 등 사실과 다른 회계처리를 함으로 인하여 당해 내국법인·그 감사인 또는 그에 소속된 공인회계사가 대통령령이 정하는 경고·주의 등의 조치를 받은 경우로서 과세표준 및 세액을 과다하게 계상하여 국세기본법 제45조의2의 규정에 의하여 경정을 청구한 때

③ 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 법인세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정한 후 그 결정 또는 경정에 오류 또는 탈루가 있는 것을 발견한 때에는 즉시 이를 다시 경정한다.

○ 법인세법 시행령

제104조 (추계결정 및 경정)

① 법 제66조 제3항 단서에서 "대통령령이 정하는 사유"라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다.

1. 소득금액을 계산함에 있어서 필요한 장부 또는 증빙사류가 없거나 그 중요한 부분이 미비 또는 허위인 경우

2. 기장의 내용이 시설규모, 종업원수, 원자재·상품·제품 또는 각종 요금의 시가 등에 비추어 허위임이 명백한 경우

3. 기장의 내용이 원자재사용량·전력사용량 기타 조업상황에 비추어 허위임이 명백한 경우

② 법 제66조 제3항 단서의 규정에 의한 추계결정 또는 경정을 하는 경우에는 다음 각 호의 2의 방법에 의한다.

1. 사업수입금액에서 다음 각 목의 금액을 공제할 금액을 과세표준으로 하여 그 세액을 결정 또는 경정하는 방법. 이 경우 공제할 금액이 사업수입금액을 초과하는 경우에는 그 초과금액은 없는 것으로 본다.

가. 매입비용(사업용고정자산의 매입비용을 제외한다. 이하 이 조에서 같다)과 사업용고정자산에 대한 임차료로서 증빙서류에 의하여 지출하였거나 지출할 금액

나. 대표자 및 임원 또는 사용인의 급여과 임금 및 퇴직급여로서 증빙서류에 의하여 지급하였거나 지급할 금액

다. 사업수입금액에 「소득세법 시행령」제145조의 규정에 의한 기준경비율(이하 "기준경비율"이라 한다)을 곱하여 계산한 금액

2. 기준경비율이 결정되지 아니하였거나 천재·지변 기타 불가항력으로 장부 기타 증빙서류가 멸실된 때에는 기장이 가장 정확하다고 인정되는 동일업종의 다른 법인의 소득금액을 참작하여 그 과세표준을 결정 또는 경정하는 방법. 다만, 동일업종의 다른 법인이 없는 경우로서 과세표준신고 후에 장부 기타 증빙서류가 멸실된 때에는 법 제60조의 규정에 의한 신고서 및 그 첨부서류에 의하고 과세표준신고 전에 장부기타 증빙서류가 멸실된 때에는 직전사업연도의 소득률에 의하여 과세표준을 결정 또는 경정한다.

3. 「조세특례제한법」제7조 제1항 제2호 가목의 규정에 의한 소기업이 폐업한 때에는 「소득세법 시행령」제143조 제3항 제1호의2의 규정을 준용하는 방법 등 합리적인 방법으로 인정되어 국세청장이 정하는 방법

③ 법 제34조 또는 「조세특례제한법」에 의하여 익금에 산입하여야 할 준비금 도는 충당금이 있는 법인에 대한 과세표준을 법 제66조 제3항 단서의 규정에 의하여 추계결정 또는 경정을 하는 경우에는 제2항의 규정에 의하여 계산한 금액에 그 익금에 산입하여야 할 준비금 또는 충당금을 가산한 금액을 과세표준으로 하여 그 세액을 결정 또는 경정한다.

제106조 (소득처분)

① 법 제67조의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액은 다음 각 호의 규정에 의하여 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다.

1. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각목에 의하여 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(제87조 제2항의 규정에 의한 소액주주가 아닌 주주등인 임원 및 그와 동조 제54항의 규정에 의한 특수관계에 있는 자가 소유하는 주식등을 합하여 당해 법인의 발행주식총수 또는 출자충액의 100분의 30 이상을 소유하고 있는 경우의 그 임원이 법인의 경영을 사실상 지배하고 있는 경우에는 그 자를 대표자로 하고, 「조세특례제한법」제46조 제12항의 규정에 의하여 법인에게 원천징수의무자가 면제되는 경우로서 주주등인 임원중에 당해 법인을 대표하고 있는 자가 따로 있다고 당해 법인이 신고한 때에는 그 신고한 자를 대표자로 하며, 대표자가 2인 이상인 경우에는 사실상의 대표자로 한다. 이하 같다)엥게 귀속된 것으로 본다.

가. 귀속자가 주주등(임원 또는 사용인인 주주등을 제외한다)인 경우에는 그 귀속자에 대한 배당

나. 귀속자가 임원 또는 사용인인 경우에는 그 귀속자에 대한 상여

다. 귀속자가 법인이거나 사업을 영위하는 개인인 경우에는 기타 사외유출. 다만, 그 분여된 이익이 내국법인 또는 법 제94조의 규정에 의한 외국법인의 국내사업장의 각 사업연도의 소득이나 거주자 또는 「소득세법」제135조의 구정에 의한 비거주자의 국내사업자의 사업소득을 구성하는 경우에 한한다.

라. 귀속자가 가목 내비 다목 외의 자인 경우에는 그 귀속자에 대한 기타소득

2. 익금에 산입할 금액이 사외에 유출되지 아니한 경우에는 사내유보로 할 것

3. 제1호의 규정에도 불구하고 다음 각 목의 금액은 기타 사외유출로 할 것

가. 법 제26조의 제4호의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액

나. 법 제24조의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액

다. 법 제25조 및 「조세특례제한법」제136조의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액

라. 법 제28조의 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의하여 익금에 산입한 이자 할인액 또는 차익에 대한 원천징수세액에 상당하는 금액

마. 법 제28조 제1항 제4호와 「조세특례제한법」제135조의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액

바. 「조세특례제한법」제137조의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액

사. 「조세특례제한법」제138조의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액

아. 제1호의 본문의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액이 대표자에게 귀속된 것으로 보아 처분한 경우 당해 법인이 그 처분에 따른 소득세 등을 대납하고 이를 손비에 계상하거나 그 대표자와의 특수관계가 소멸될 때까지 회수하지 아니함에 다라 익금에 산입한 금액

자. 제88조 제1항 제8호의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액으로서 귀속자에게 「상속세 및 증여법」에 의하여 증여세과 과세되는 금액

차. 법 제94조의 규정에 의한 외국법인의 국내사업장의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액이 동 외국법인 본점에 귀속되는 소득

② 제104조 제2항의 규정에 의하여 결정된 과세표준과 법인의 대차대조표상의 당기순이익과 차액(법인세상당액을 공제하지 아니한 금액을 말한다)은 대표자에 대한 이익처분에 의한 상여로 한다. 다만, 법 제68조의 단서의 규정에 해당하는 경우에는 이를 기타 사외유출로 한다.

③ 제2항의 경우 법인이 결손시고를 한 때에는 그 결손은 없는 것으로 본다.

④ 내국법인이 「국세기본법」제454조의 수정신고 기한내에 매출누락, 가공경비 등 부당하게 사외유출된 금액을 회수하고 세무조정으로 익금에 산입하여 신고하는 경우의 소득처분은 사내유보로 한다. 다만, 세무조사의 통지를 받거나 세무조사에 착수된 것을 알게 된 경우 등 경정이 있을 것을 미리 알고 사외유출된 금액을 익금산입하는 경우에는 그러하지 아니한다.

제107조 (추계에 의한 과세표준계산의 특례) 법 제68조 단서에서 "대통령령이 정하는 바에 따라 추계하는 경우"라 함은 제104조 제2항 제2호의 규정에 의하여 추계결정 또는 경정하는 경우를 말한다.

다. 판단

(1) 주위적 주장에 대한 판단

실질과세의 원칙상 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 보아야 할 것이지만, 국세기본법 제14조 제1항의 실질과세의 원칙의 적용에서 과세의 대상이 되는 거래의 귀속이 명의일 뿐이고 사실상 그 거래가 귀속되는 자가 따로 있다는 점은 이를 주장하는 자가 입증하여야 한다.

살피건대, 원고 제출의 증거(갑3-19, 가지번호 포함)만으로는, XXX이 이 사건 법인의 유일한 실제 사업자로서 XXX에게 이 사건 법인의 사업소득이나 수익이 귀속되거나 그가 이 사건 법인의 경영으로 인하여 경제적 이익을 향유하는 위치에 있었고, 원고는 명의상 대표이사라는 점을 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없으므로, 원고의 위 주장은 받아들이지 아니한다.

(2) 예비적 주장에 대한 판단

조세법률주의의 원칙은 조세요건과 부과징수절차는 국민의 대표기간인 국회가 제정한 법률로서 이를 규정하여야 하고 그 법률의 집행에 있어서도 이를 엄격하게 해석, 적용하여야 하며 행정편의적인 확장해석이나 유추적용은 허용되지 않음을 의미한다(대법원 1982. 11. 23. 선고 82누221 전원합의체 판결 참조).

이 사건에서 피고는 이 사건 법인의 2004년도 대차대조표가 존재하지 아니함에도 법인세법 시행령 제106조 제2항을 적용하였고, 이 사건 법인의 2004년도 당기순이익을 0원이라고 보고, 이를 기초로 이 사건 처분을 하였으나, 법인세법 시행령 제106조 제2항은 대차대조표가 있는 경우에 한하여 적용될 수 있는 규정이고, 이 사건과 같이 법인의 대차대조표가 없어서 대차대조표상 당기순이익을 알 수 없는 경우에도 당기순이익을 0원이라고 간주하여 위 규정이유추적용될 수는 없다(이러한 경우에는 과세관청으로서는 법인세법 시행령 제106조 제1항에 의하여 처분을 할 수 밖에 없다)

따라서, 대차대조표가 없는 경우 당기순이익을 0원으로 간주하여 이 사건 법인의 과세표준과 위 당기순이익과의 차액을 원고에 대한 이익처분에 의한 상여로 본 것은 행정편의적인 조치일 뿐 법령상 정당한 근거를 찾을 수 없으므로, 피고의 이 사건 처분은 위법함을 면하지 못한다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로, 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.