가. 청구법인은 OOOO OOO OOO OO OOOOOOO에서 ‘영농대행 및 육우사육’ 등을 영위하는 법인으로, 2005사업연도 법인세 신고시 조세특례제한법 제68조 제1항에서 규정한 OOOOOO에 대한 법인세 감면세액을 계산하면서 이자수익 109,485,516원을 “농업소득 외의 소득”으로 분류하여 이에 대한 법인세 감면(50%)신청을 하였다.

나. 처분청은 청구법인이 농업소득 외의 소득으로 신고한이자수익을 감면대상 소득으로 보지 아니하고2007.7.6 청구법인에게 2005사업연도 법인세 10,564,980원을 고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2007.9.11 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) OOOOOO의 소득은 “농업소득”과 “농업외소득” 두 가지로 분류한다. 이 건 관련법령인 조세특례제한법 제68조 제1항에서는 OOOOOO의 경우 2006년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지 농업소득에 대해서는 법인세를 면제하고, 농업소득 외의 소득에 대해서는 같은 법 제6조 제1항의 규정을 준용하여 법인세를 감면한다고 규정하고 있어 청구법인은 이자수익을 감면대상인 ‘농업외소득’으로 분류하여 이자수익에 대한 법인세 50%를 감면신청하였다. 한편, 2006년 12월 30일 개정된 조세특례제한법 제68조 제1항에서는 OOOOOO의 경우, 2009년 12월 31일 이전에 종료하는 사업연도까지 농업소득에 대한 법인세를 면제하고, 농업외소득 중 대통령령이 정하는 소득에 대한 법인세를 제6조 제1항의 규정을 준용하여 감면한다고 규정하면서 같은 법 시행령 제65조 제1항에서는 법 제68조 제1항에서 “대통령령이 정하는 소득”이라 함은 농업· 농촌기본법 시행령 제21조에 따른 OOOOOO의 부대사업에서 발생한 소득을 말한다고 규정하고 있으며, 농업· 농촌기본법 시행령 제21조에서는 OOOOOO의 부대사업에 대해 ① 영농에 필요한 자재의 생산·공급, ② 영농에 필요한 종자생산 및 종균배양사업, ③ 농산물의 구매·비축사업, ④ 농업기계 기타 장비의 임대·수리·보관사업, ⑤ 소규모개관시설의 수탁·관리사업이라고 규정함으로써 OOOOOO의 농업외소득에 대한 범위를 명확히 하고 있다. 이와 같이, 2006년 12월 30일 관련법령이 개정되기 전에는 OOOOOO의 소득으로 농업소득은 법인세가 비과세되고 농업외소득은 모두 감면할 수 있도록 규정하고 있다가 2006년 12월 30일 이에 대한 법령이 개정되면서 농업외소득 중 감면받을 수 있는 소득에 대해 명확히 규정하고 있다.

(2) 앞에서 본 바와 같이 2006년 12월 30일 조세특례제한법 제68조가 개정되기 전에는 농업소득은 전액 면제, 농업외소득은 법인세 50%를 감면한다고 규정하고 있다가 동 법령이 개정된 후에는 농업외소득에 대한 감면범위를 축소하여 제한하고 있으므로, 처분청이 2006.12.30 개정된 새로운 법령을 적용하여 이자수익을 농업외소득으로 보지 아니하고 이 건 법인세를 부과처분한 것은 국세기본법 제18조 및 15조에서 규정한 소급과세금지원칙 또는, 신의성실원칙에 위배된다. 더욱이, 처분청이 농업외소득으로 보지 아니한 이자수익은 농업소득의 금융자산을 일시적으로 은행에 예치하여 발생된 수익이므로 농업과 관련된 농업외소득으로 보아야 한다.

(3) 처분청은 이 건 답변서에서 농업· 농촌기본법 제16조 및 같은 법 시행령 제21조에서 OOOOOO의 설립, 사업의 범위, 부대사업을 명시하고 있기 때문에 조세특례제한법 제68조 제1항을 적용함에 있어서 OOOOOO의 농업소득에 대하여는 법인세를 면제하고, 농업소득 외 소득에 대하여는 농업· 농촌기본법 시행령 제21조의 부대사업에 열거되지 아니한 금융기관에서 일시적으로 발생한 이자수익은 감면되는 농업소득 외의 소득으로 볼 수 없다고 주장하지만, 농업· 농촌기본법 제16조 및 같은 법 시행령 제21조에서는 OOOOOO의 설립, 사업의 범위, 부대사업을 명시하여 농업회사의 설립과 사업범위를 명확히 한 것으로 보이고, OOOOOO의 법인세 면제나 감면은 조세특례제한법 제68조 제1항에서 규정하고 있으므로, 처분청이 농업·농촌기본법과 조세특례제한법을 혼돈하거나 확대해석하여 OOOOOO의 사업수익인 농업소득을 일시적으로 은행에 예치하여 발생한 필수적 부수수익인 이자수익을 감면소득에서 제외한 것은 부당하다. 다만, OOOOOO의 소득 중 법인세가 면제되는 농업소득과 농업소득 외의 소득의 범위를 보다 명확히 하기 위하여 2006.12.30 조세특례제한법 제68조 제1항이 개정된 것이므로 동 법령이 개정되기 전에는 소득의 구분이 불분명하므로 이자수익을 농업소득 외의 소득으로 보아 법인세를 감면함이 타당하다.

나. 처분청 의견

(1) 조세특례제한법 제68조에서 규정한 OOOOOO에 대한 법인세의 면제 등의 규정은 농업 및 농촌의 발전을 도모하고 이와 관련된 사업을 효율적으로 추진하기 위한 조세정책적 차원에서 OOOOOO에 대한 조세감면을 규정한 것으로서, 농업소득에 대하여는 법인세를 면제하고 농업소득 외의 소득에 대하여는 조세특례제한법 제6조 제1항의 규정을 준용하여 법인세 50%를 감면하고 있다. 또한, 농업·농촌기본법에서 규정한 OOOOOO은 동법 제16조에 의거 농업경영, 농산물 유통·가공·판매, 농작업 대행을 영위하는 법인이며, 동법 시행령 제21조에서는 OOOOOO의 부대사업에 대하여 규정하고 있다. 이와 같이, 조세특례제한법 제68조에서 법인세 감면대상을 OOOOOO으로 한정하고 있고 OOOOOO의 사업범위에 대해서는 농업· 농촌기본법 제16조에서 규정하고 있으며, 농업외사업인 부대사업에 대해서는 동법 시행령 제21조에서 명확히 규정하고 있다. 따라서, 청구법인이 OOOOOO의 농업외소득에 대하여 어떤 소득인지를 불문하고 모두 농업외소득으로 분류하여 감면신청을 한 것은 타당하지 아니하다. 또한, 2006.12.30 개정된 조세특례제한법 제68조 제1항에서 규정한 농업외소득에 대한 범위 역시 농업· 농촌기본법 제21조의 ‘부대사업’으로 규정하고 있는 바, 이는 농업·농촌기본법에서 허용하고 있는 사업에서 발생한 소득에 대해서만 조세감면을 적용하겠다는 당초 법률취지를 명확히 한 것으로서, 이는 종전에 OOOOOO의 사업범위가 농업·농촌기본법에 이미 규정되어 있는 것을 재차 확인한 것에 불과하므로 농업·농촌기본법에서 규정한 사업범위를 벗어난 모든 소득을 농업외소득으로 보아야 한다는 청구주장은 받아들이기 어렵다.

(2) 청구법인은 이자수익의 경우 농업소득과 관련된 부수수익에 해당하므로 농업소득과 관련된 소득으로 보아 감면대상 소득으로 보아야 한다고 주장하지만, 법인세법 제113조 및 법인세법 기본통칙 113-156......6(개별손익·공통손익의 계산)에서는 이자수익을 감면배제 대상인 개별익금으로 구분하고 있으므로, 이자소득을 농업소득의 부수수익으로 보아야 한다는 청구주장은 받아들이기 어렵다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

청구법인의 농업소득에 대한 법인세 감면세액을 계산하면서 이자수익을 “농업소득 외의 소득”으로 보지 아니하고 과세한 처분의 당부

나. 관련법령

(1) 조세특례제한법 제68조(2003.12.30 개정된 것)【OOOOOO에 대한 법인세의 면제 등】① 농업ㆍ농촌기본법에 의한 OOOOOO(이하 “OOOOOO”이라 한다)에 대하여는 2006년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지 농업소득에 대한 법인세를 면제하고 농업소득 외의 소득에 대한 법인세를 제6조 제1항의 규정을 준용하여 감면한다.

④ 제1항 및 제3항의 규정을 적용받고자 하는 자는 대통령령이 정하는 바에 따라 신청을 하여야 한다.

(1)′조세특례제한법(2006.12.30 개정된 것) 제68조【OOOOOO에 대한 법인세의 면제 등】① 농업ㆍ농촌기본법에 따른 OOOOOO(이하 “OOOOOO”이라 한다)에 대하여는 2009년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지 농업소득에 대한 법인세를 면제하고 농업소득 외의 소득 중 대통령령이 정하는 소득에 대한 법인세를 제6조 제1항의 규정을 준용하여 감면한다.

(1-1)′조세특례제한법 시행령(2007.2.28 개정된 것) 제65조【OOOOOO에 대한 세액 감면 등】① 법 제68조 제1항에서 “대통령령이 정하는 소득”이라 함은 농업ㆍ 농촌기본법 시행령 제21조에 따른 OOOOOO(이하 이 조에서 “OOOOOO”이라 한다)의 부대사업에서 발생한 소득을 말한다.

(2) 조세특례제한법 제6조【창업중소기업 등에 대한 세액감면】① 2006년 12월 31일 이전에 수도권정비계획법 제6조 제1항 제1호의 규정에 의한 과밀억제권역(이하 “수도권 과밀억제권역”이라 한다)외의 지역에서 창업한 중소기업(이하 “창업중소기업”이라 한다)과 중소기업창업지원법 제5조 제2항의 규정에 의하여 창업보육센터사업자로 지정받은 내국인에 대하여는당해 사업에서 최초로 소득이 발생한 날이 속하는 과세연도(괄호생략)와 그 다음 과세연도의 개시일부터 3년 이내에 종료하는 과세연도까지 당해 사업에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다.

(3) 조세특례제한법 제143조【구분경리】① 내국인은제6조, 제7조, 제12조 제1항, 제3조의 2, 제31조 제4항·제5항, 제32조 제4항，제55조의 2 제4항, 제63조, 제63조의 2 제2항, 제64조，제68조, 제102조, 제104조의 9, 제121조의 2, 제121조의 4, 제121조의 8，제121조의 9 제2항, 제121조의 17 제2항, 제122조와 법률 제5584호 조세감면규제법 개정법률 부칙 제11조 및 제12조 제4항의규정을 적용받는 사업과 기타 사업을 겸영하는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 구분하여 경리하여야 한다.

(3-1) 조세특례제한법 시행령 제136조【구분경리】① 법 제143조의규정에 의한 구분경리에 관하여는 법인세법 제113조의 규정을 준용한다.

② 법 제143조의 규정에 의한 감면사업의 사업별 소득금액은 소득세법 제19조의 규정을 준용하여 계산한다.

(4) 법인세법 제113조【구분경리】① 비영리법인이 수익사업을 영위하는 경우에는 자산ㆍ부채 및 손익을 당해 수익사업에 속하는 것과 수익사업이 아닌 기타의 사업에 속하는 것을 각각 별개의 회계로 구분하여 경리하여야 한다.

④ 제1항 내지 제3항의 규정에 의한 구분경리의 방법 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(4-1) 법인세법 시행령 제156조【구분경리】법 제113조 제1항 내지 제3항의 규정에 해당하는 법인은 구분하여야 할 사업 또는 재산별로 자산ㆍ부채 및 손익을 법인의 장부상 각각 독립된 계정과목에 의하여 기획재정부령이 정하는 바에 따라 구분경리하여야 한다.

(4-2) 법인세법 시행규칙 제75조【구분경리의 범위】① 영 제156조의 규정에 의한 구분경리를 할 때에는 구분하여야 할 사업 또는 재산별로 자산ㆍ부채 및 손익을 각각 독립된 계정과목에 의하여 구분기장하여야 한다. 다만, 각 사업 또는 재산별로 구분할 수 없는 공통되는 익금과 손금은 그러하지 아니하다.

② 법률에 의하여 법인세가 감면되는 사업과 기타의 사업을 겸영하는 법인은 제1항과 제76조 제6항 및 제7항의 규정을 준용하여 구분경리하여야 한다. 이 경우 제76조 제6항 제2호 및 제3호의 규정에 의한 업종의 구분은 한국표준산업분류에 의한 소분류에 의하되, 소분류에 해당 업종이 없는 경우에는 중분류에 의한다.

(4-3) 법인세법 시행규칙 제76조【비영리법인의 구분경리】① 비영리법인이 법 제113조 제1항의 규정에 의하여 구분경리하는 경우 수익사업과 기타의 사업에 공통되는 자산과 부채는 이를 수익사업에 속하는 것으로 한다.

⑥ 비영리법인이 법 제113조 제1항의 규정에 의하여 수익사업과 기타의 사업의 손익을 구분경리하는 경우공통되는 익금과 손금은 다음 각호의 규정에 의하여 구분계산하여야 한다.다만, 공통익금 또는 손금의 구분계산에 있어서 개별손금(공통손금 외의 손금의 합계액을 말한다. 이하 이 조에서 같다)이 없는 경우나 기타의 사유로 다음 각호의 규정을 적용할 수 없거나 적용하는 것이 불합리한 경우에는 공통익금의 수입항목 또는 공통손금의 비용항목에 따라 국세청장이 정하는 작업시간ㆍ사용시간ㆍ사용면적 등의 기준에 의하여 안분계산한다.

(5) 소득세법 제19조【사업소득】① 사업소득은 당해 연도에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

1.농업(작물재배업을 제외한다. 이하 같다)·수렵업 및 임업(산림소득에 해당하는 사업을 제외한다. 이하 같다)에서 발생하는 소득

(5-1) 소득세법 시행령 제30조【작물재배업의 범위】법 제19조 제1항 제1호에서 “작물재배업”이라 함은 한국표준산업분류상의 작물재배업을 말한다.

(5-2) 지방세법 제197조【정 의】이 절에서 “농업소득”이라 함은 통계법 제17조의 규정에 의하여 통계청장이 작성ㆍ고시하는 한국표준산업분류표상의 농업 중 대통령령이 정하는 작물(이하 이 절에서 “작물”이라 한다)의 재배로 발생하는 소득을 말한다.

(5-3) 지방세법 시행령 제147조【농업의 범위】법 제197조에서 “대통령령이 정하는 작물”이라 함은 작물재배업의 분류에 속하는 작물(곡물 및 기타 식량작물 재배업으로 분류되는 작물의 경우에는 벼에 한한다)을 말한다.

(6) 농업· 농촌기본법 제16조【OOOOOO의 육성】① 기업적으로 농업을 경영하거나 농산물의 유통·가공·판매를 하고자 하는 자 또는 농업인의 농작업을 대행하고자 하는 자는 대통령령이 정하는 바에 의하여 OOOOOO을 설립할 수 있다.

(6-1) 농업· 농촌기본법 시행령 제2조【농업의 범위】농업·농촌기본법(이하 “법”이라 한다) 제3조 제1호의 규정에 의한 농업은 다음 각호와 같다.

1. 농작물생산업 : 식량작물생산업·원예작물생산업·특용작물생산업·양잠업 및 종자생산업

2. 축산업 : 가축의 사육업·부화업 및 종축업

3. 임업 : 영림업(자연휴양림의 조성 또는 관리·운영업을 포함한다)·임산물생산업 및 야생조수사육업

(6-2) 농업· 농촌기본법 시행령 제21조【부대사업】OOOOOO은 부대사업으로 다음 각호의 사업을 할 수 있다.

1. 영농에 필요한 자재의 생산·공급

2. 영농에 필요한 종자생산 및 종균배양사업

3. 농산물의 구매·비축사업

4. 농업기계 기타 장비의 임대·수리·보관사업

5. 소규모 관개시설의 수탁·관리사업

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청의 이 건 ‘법인세 과세표준 및 세액경정결의서’에는 청구법인이 2005사업연도 법인세 신고시 이자수익 109,485,516원을 조세특례제한법 제68조 제1항에서 규정한 “농업소득 외의 소득”으로 분류하여 이에 대한 법인세 50%를 감면신청한 데 대하여, 처분청은 이를 감면대상 소득으로 보지 아니하고 감면세액을 계산하여 이 건 법인세를 경정한 것으로 나타난다.

(2) 국세청장은 2007.1.15 처분청에 OOOOOO인 청구법인이 받은 은행예금의 이자수익은 조세특례제한법 제68조 제1항에서 규정한 농업소득 또는 “농업소득 외의 소득”에 해당하지 아니하므로 이에 대한 법인세를 감면할 수 없다고 통보한 것으로 나타난다.

(3) 이를 바탕으로 하여, OOOOOO의 법인세 감면세액을 계산하면서 은행으로부터 영수한 이자수익을 감면대상 소득으로 보지 아니하고 법인세를 부과한 처분이 타당한지를 살펴본다.

(가) 조세특례제한법 제68조 제1항에서는 OOOOOO의 경우 2006년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지 발생한 농업소득은 법인세를 면제하고, 농업소득 외의 소득은 같은 법 제6조 제1항의 규정을 준용하여 법인세를 감면한다고 규정하고 있다가 2006년 12월 30일 개정된 조세특례제한법 제68조 제1항에서는 OOOOOO의 경우, 2009년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지 발생한 농업소득은 법인세를 면제하고, 농업소득 외의 소득 중 ‘대통령령이 정하는 소득’에 대해서는 제6조 제1항의 규정을 준용하여 법인세를 감면한다고 개정하면서 같은 법 시행령 제65조 제1항에서는 법 제68조 제1항에서 규정한 ‘대통령령이 정하는 소득’이라 함은 농업· 농촌기본법 시행령 제21조에 따른 OOOOOO의 부대사업에서 발생한 소득을 말한다고 규정하고, 농업· 농촌기본법 시행령 제21조에서는 OOOOOO의 부대사업에 대해 ① 영농에 필요한 자재의 생산·공급, ② 영농에 필요한 종자생산 및 종균배양사업, ③ 농산물의 구매·비축사업, ④ 농업기계 기타 장비의 임대·수리·보관사업, ⑤ 소규모개관시설의 수탁·관리사업이라고 규정하고 있다. 한편, 소득세법 제19조에서는 농업에서 발생한 소득을 사업소득의 하나로 규정하고 있고, 지방세법 제197조에서는 농업소득세 과세대상인 농업소득에 대하여 한국표준산업분류표상 농업 중 작물재배업의 분류에 속하는 작물의 재배로 발생하는 소득을 말한다고 규정하고 있다.

(나) 이와 같이, 조세특례제한법 제68조 제1항에서는 조세감면 대상을 OOOOOO의 농업소득 및 농업소득 외의 소득으로 한정하고 있고, OOOOOO의 사업범위에 대해서는 농업· 농촌기본법 제16조에서 규정하고 있으며, OOOOOO의 부대사업은 동법 시행령 제21조에서 명확히 규정하고 있는바, 청구법인이 OOOOOO의 농업소득 외의 소득에 대하여 OOOOOO의 농업소득과 관련된 것인지, 그러하지 아니하는 것인지 여부를 불문하고 OOOOOO의 이자수익을 농업소득 외의 소득으로 분류하여야 한다는 주장은 받아들이기 어렵다 할 것이다.

(다) 더욱이, 2006.12.30 개정된 조세특례제한법 제68조 제1항 및 2007.2.28 개정된 조세특례제한법 시행령 제65조 제1항에서는 OOOOOO의 농업소득 외의 소득에 대하여 농업· 농촌기본법 시행령 제21조에서 규정한 ‘부대사업’에서 발생한 소득으로 규정하고 있는바, 이는 조세당국이 농업·농촌기본법에서 규정한 OOOOOO의 사업에서 발생한 소득에 대해서만 조세감면을 허용하겠다는 것으로서 개정전 관련법령의 입법취지를 보충한 것에 불과하므로 청구법인이 농업·농촌기본법에서 규정한 사업범위를 벗어난 모든 소득을 농업소득 외의 소득으로 분류하여야 한다는 주장은 받아들이기 어렵다 할 것이다(OO OOOOOOOOO, OOOOOOOOO OO OO).

(라) 따라서, 처분청이 OOOOOO의 이자수익을 감면대상 소득으로 보지 아니하고 이 건 법인세를 부과한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.