가. 청구법인은 2014.9.1. 주식회사 OOO의 자동차부품 제조부문에 대한 인적분할을 통해 설립되어 자동차부품 제조업을 영위하는 법인으로 2015사업연도부터 2016사업연도까지 지출한 모든 연구․인력개발비를 「조세특례제한법」상 일반연구․인력개발비로 보아 관련 세액공제를 적용하여 법인세를 신고․납부하였다가,

2018.12.7. 2015사업연도 OOO원, 2016사업연도 OOO원의 연구ㆍ인력개발비는 OOO과 관련된 연구개발비로서 「조세특례제한법」상 신성장동력연구개발비에 해당한다는 이유로 2015사업연도 법인세 OOO원, 2016사업연도 법인세 OOO원 합계 OOO원의 감액을 구하는 경정청구를 하였다.

나. 처분청은 경정청구 대상 중 일부 금액은 세액공제 대상인 신성장동력연구개발비에 해당되나 2015사업연도 OOO원, 2016사업연도 OOO원의 연구ㆍ인력개발비(이하 “쟁점해외위탁연구비”라 한다)는 국외 소재 기관에 위탁하여 발생하였으므로 신성장동력연구개발비에 해당되지 않는다는 이유 등으로 2019.7.16. 청구법인이 경정청구한 세액 중 2015사업연도 법인세 OOO원, 2016사업연도 법인세 OOO원을 감액하고, 2015사업연도 법인세 OOO원, 2016사업연도 법인세 OOO원의 감액을 거부하는 내용의 통지를 하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2019.10.8. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 「조세특례제한법」의 개정에 따라 2017.1.1. 이후 개시하는 과세연도부터 신성장동력연구개발업무를 위탁함에 따라 발생한 신성장동력연구개발비는 국내에 소재한 기관에 위탁한 경우에만 세액공제 대상이 되고, 해당 개정법령은 그 이전 과세연도로 소급하여 적용되지 않으므로 2015∼2016사업연도에 발생한 쟁점해외위탁연구비는 세액공제 대상으로 보아야 한다.

(가) 신성장동력연구개발 관련 위탁연구대상기관의 경우 2017.2.7. 대통령령 제27848호로 개정된 「조세특례제한법 시행령」제9조 제1항 및 2017.3.17. 기획재정부령 제614호로 신설된 같은 법 시행규칙 제7조 제6항에 따라 국내에 소재한 기관으로 한정되는 것으로 개정되었다.

(나) 위 개정된 시행령의 부칙 제2조에 따르면, 법인세에 관한 개정규정은 법률 제14390호 「조세특례제한법」 일부개정법률 시행 이후 개시하는 과세연도 분부터 적용한다고 규정하고 있고, 위 일부개정법률의 시행일은 2017.1.1.이므로 위탁한 신성장동력개발 관련 위탁연구대상기관을 국내에 소재한 기관으로 한정한다는 규정은 2017.1.1. 이후 개시하는 과세연도 분부터 적용된다.

(다) 또한, 「국세기본법」제18조 제2항은 국세를 납부할 의무가 성립한 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래에 대해서는 그 성립 후의 새로운 세법에 따라 소급하여 과세하지 아니한다고 규정하고 있다.

(라) 쟁점해외위탁연구비는 2017.1.1. 이전에 개시한 사업연도에 발생한 비용이므로 2017년 개정된 신성장동력개발 관련 위탁연구대상기관을 국내에 소재한 기관으로 한정한다는 규정을 적용하여 쟁점해외위탁연구비를 세액공제 대상이 되지 않는다고 볼 수 없다.

(2) 내국법인이 국외기업의 전담부서에 위탁하여 수행한 연구개발비는 연구·인력개발비에 해당하는 것이므로 쟁점해외위탁연구비는 세액공제 대상이 되는 신성장동력연구개발비에 해당한다.

(가) 세액공제 대상이 되는 신성장동력연구개발비는 「조세특례제한법 시행령」제9조 제1항 제1호, 제2호에 해당하는 비용으로 제1호는 “기획재정부령으로 정하는 연구소 또는 전담부서”에서 별표 7에 따른 신성장동력산업 분야별 대상기술의 연구개발업무에 종사하는 연구원 등의 인건비로 규정하고 있고, 같은 법 시행규칙 제7조 제2항은 “기획재정부령으로 정하는 연구소 또는 전담부서”란 전담부서등 및 연구개발서비스업을 영위하는 기업으로서 같은 법 시행령 제9조 제1항 제1호 가목에 따른 신성장동력·원천기술연구개발업무만을 수행하는 국내 소재 전담부서등 및 연구개발서비스업을 영위하는 기업을 말한다고 규정하고 있다.

특히 「조세특례제한법 시행령」제9조 제1항은 당초 세액공제 대상을 자체기술개발비용에만 한정하다가, 2012.2.2. 하나의 기업이 모든 R＆D용역을 수행하지 않는 현실을 감안하여 위탁 및 공동연구개발한 경우에도 세액공제 대상이 되는 신성장동력연구개발비로 인정하는 것으로 개정되었다.

(나) 한편 신성장동력연구개발비는 연구·인력개발비에 포함되는 것이고, 연구·인력개발비는 「조세특례제한법」제9조 제2항 제1호, 같은 법 시행령 제8조 제1항 및 별표 6의 비용으로 정의되어 있다.

「조세특례제한법 시행령」별표 6 제1호 가목 1)은 자체연구개발의 경우 연구개발 또는 문화산업 진흥 등을 위한 기획재정부령으로 정하는 연구소 또는 전담부서에서 근무하는 직원 등의 인건비를 연구·인력개발비에 포함시키는 한편, “자체연구개발의 경우 연구개발 또는 문화산업 진흥 등을 위한 기획재정부령으로 정하는 연구소 또는 전담부서”를 그 이하에서 “전담부서등”이라 하는 것으로 정하고 있고,

「조세특례제한법 시행령」별표 6 제1호 나목 1) 마)는 위탁 및 공동연구개발의 경우 국내외 기업의 연구기관 또는 “전담부서등”에 과학기술 분야의 연구개발용역을 위탁함에 따른 비용 등을 연구·인력개발비에 포함시키고 있다.

그리고 「조세특례제한법 시행규칙」제7조 제1항은 시행령 별표 6 제1호 가목 1)에 따른 연구소 또는 전담부서를 각 호의 어느 하나에 해당하는 연구소 및 전담부서로 정하고, 같은 항 제1호는 「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행령」 제16조 제1항 및 제2항에 따라 미래창조과학부장관의 인정을 받은 기업부설연구소 또는 연구개발전담부서로 정하고 있다.

(다) 결국 「조세특례제한법 시행령」별표 6 제1호 나목 1) 마)는 위탁 및 공동연구개발의 경우 국내외 기업의 연구기관 또는 “전담부서등”에 과학기술 분야의 연구개발용역을 위탁함에 따른 비용 등을 연구·인력개발비에 포함시키고 있는 반면, 별표 6 제1호 가목 1) 및 같은 법 시행규칙 제7조 제1항은 국내법에 따라 미래창조과학부장관의 인정을 받은 기관만 “전담부서등”에 포함된다고 규정하고 있어 국외 소재 기업의 연구기관 또는 전담부서등에 연구개발용역을 위탁하거나 해당 기관 등과 공동연구개발을 수행한 경우 관련 비용이 세액공제 대상이 되는 신성장동력연구개발비에 해당하는지 여부에 대한 상반된 입장이 있을 수 있다.

(라) 이에 대하여 과세관청은 국외 기업의 연구기관 또는 전담부서등에 위탁함으로써 발생한 연구개발비는 세액공제 대상에 해당한다는 입장을 견지하고 있다.

OOO에 의하면, 국세청은 국외기업에 지급한 연구비가 「조세특례제한법 시행령」별표 6 제1호 나목 1) 마)에서 규정한 국내외 기업의 연구기관 또는 전담부서등에 지출한 비용으로서 세액공제 대상이 되는 연구·인력개발비에 해당하는지에 관한 질의에 대해 “내국법인이 국외 기업의 연구기관(과학기술분야를 연구하는 경우에 한함)에 기술개발용역 등을 위탁함에 따른 비용은 연구·인력개발비에 대한 세액공제를 적용받을 수 있는 것임”이라고 회신한 바 있고,

재정경제부 OOO에 의하면, 재정경제부는 국외기업 전담부서와의 공동기술개발 수행 시 지급한 비용이 위탁 및 인력개발비 세액공제 대상인지에 관한 질의에 대해 “내국법인이 국외기업의 전담부서와 공동기술개발을 수행함에 따라 실질적으로 부담하는 비용 중「조세특례제한법 시행령」별표 6의 구분 1. 나. 위탁 및 공동기술개발란의 공동기술개발비용에 대하여 내국법인은 「기술개발촉진법 시행규칙」제7조·제8조에 따른 신고 요건을 갖추었으나, 공동기술개발을 수행하는 국외기업의 전담부서는「기술개발촉진법」상 신고대상이 되지 아니하여 과학기술부장관으로부터 권한을 위탁받은 한국산업기술진흥협회장에게 신고를 할 수 없는 경우 내국법인이 부담한 공동기술개발비용은 「조세특례제한법」제10조의 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제를 적용받을 수 있는 것입니다.”라고 회신한 바 있다.

OOO에서도, 국세청은 내국법인이 국외 연구기관에 지급하는 연구개발위탁비용은 「조세특례제한법」제10조의 연구·인력개발비에 해당하는 것이라고 해석한 바 있는데, 특히 해당 질의는 바이오시밀러를 개발·생산하는 업체로서 2014년 해외 글로벌 임상시험수탁기관에 임상시험 위탁을 의뢰한데 대한 것이었고, 해당 바이오시밀러 기술은 2010년 신성장동력연구개발비 세액공제 규정이 신설된 때부터 신성장동력산업 분야별 대상기술에 해당하므로 해당 사전답변에 의하면, 신성장동력산업분야의 해외위탁연구개발비도 세액공제 대상에 해당하는 것이다.

(3) 처분청은 관련 법령의 개정 연혁과 취지를 근거로 쟁점해외위탁연구비가 세액공제 대상인 신성장동력연구개발비에 해당하지 않는다는 의견이나, 그러한 해석은 조세법률주의의 원칙에 위배되는 것으로, 관련 법령의 문언 해석상 쟁점해외위탁연구비는 세액공제 대상인 신성장동력연구개발비에 해당한다.

(가) 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법률의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석해야 하며, 합리적인 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하는 것이며OOO, 법률 해석의 방법에 있어서도, 법률의 문언 자체가 비교적 명확한 개념으로 구성되어 있다면 원칙적으로 더 이상 다른 해석방법은 활용할 필요가 없거나 제한될 수밖에 없고, 어떠한 법률의 규정에서 사용된 용어에 관하여 그 법률 및 규정의 입법취지와 목적을 중시하여 문언의 통상적 의미와 다르게 해석하려 하더라도 전체 법체계와의 조화를 무시할 수는 없는 것이다OOO

(나) 이 사건의 경우 당초 기획재정부령으로 정하는 연구소 또는 전담부서를 국내 소재한 기관으로 한정한다는 문구가 없었고, 2017.3.17. 「조세특례제한법 시행령」제7조 제2항 개정 후에야 “국내 소재”라는 문구가 추가되었으므로 2015사업연도와 2016사업연도를 기준으로 쟁점해외위탁연구비가 세액공제 대상이 되는 신성장동력연구개발비에 해당하는지를 판단하여야 하는 것이고, 그 당시 법률의 문언과 개정취지를 통해서는 해외위탁연구개발비를 세액공제 대상에서 배제해야 한다고 판단할 수 없다.

(다) 처분청은 「조세특례제한법 시행령」별표 6 제1호 나목 1) 마)는 2013.2.15. 개정을 통해 신성장동력연구개발비에 적용되던 전담부서등의 요건을 일반연구·인력개발비까지 적용하는 것으로 확대적용된 것으로, 신성장동력연구개발비에 대한 전담부서등의 요건을 완화하거나 삭제된 것이 아니라는 의견이나, 이것이 곧 위탁 연구개발 기관을 국내에 소재한 기관으로 한정한 것은 아니고, 청구법인이 주장하는 해외위탁연구개발비와는 무관한 내용이다.

(라) 처분청은 관련 법령의 개정 연혁과 취지에 비추어 해외위탁연구개발비는 신성장동력연구개발비에 해당하지 않는 것으로 세액공제 대상이 되지 않는다는 의견이나, 2015사업연도와 2016사업연도에 적용되는 법조문에 대한 해석을 그 이후의 개정취지와 연혁을 통해 해석하는 것은 조세법률주의의 원칙에 위배될 뿐만 아니라, 납세자의 신뢰보호를 침해할 수도 있는 것이어서 신의성실의 원칙에도 위배되는 것이다.

나. 처분청 의견

(1) 신성장동력연구개발비는 「조세특례제한법 시행규칙」제7조 제2항에 따라 “전담부서등”이 수행한 경우에 한하여 인정되는 것이고, “전담부서등”은 「조세특례제한법 시행령」별표 6 및 같은 법 시행규칙 제7조 제1항에 따라 미래창조과학부장관의 인정을 받은 기업부설연구소 또는 연구개발전담부서에 한정되는 것이므로, 쟁점해외위탁연구비는 세액공제 대상이 되는 신성장동력연구개발비에 해당되지 않는다.

(가) 「조세특례제한법」(2016.12.20. 법률 제14390호로 개정되기 전의 것) 제10조 제1항에서는 내국인이 각 과세연도에 연구·인력개발비가 있는 경우 해당 과세연도의 법인세에서 이를 공제한다고 규정하면서, 같은 법 시행령 제9조 제1항에서는 기획재정부령으로 정하는 연구소 또는 전담부서에서 영 별표 7에 따른 신성장동력사업 분야별 대상기술의 연구개발업무 관련 인건비, 견본품, 부품, 원재료와 시약류 구입비 등을 세액공제 대상으로 열거하고 있고, 같은 법 시행규칙 제7조 제2항은 기획재정부령으로 정하는 연구소 또는 전담부서의 범위에 관하여 기술하고 있다.

(나) 여기서 연구·인력개발비는 「조세특례제한법」제9조 제2항 제1호 및 같은 법 시행령 제8조 제1항에 따라 해당 시행령 별표 6의 비용을 말하는 것으로, 별표 6 제1호 가목 1)은 전담부서등을 “연구개발 또는 문화산업 진흥 등을 위한 기획재정부령으로 정하는 연구소 또는 전담부서”로 규정하고 있고, 같은 법 시행규칙 제7조 제1항은 이를 「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행령」제16조 제1항 및 제2항에 따라 미래창조과학부장관의 인정을 받은 기업부설연구소 또는 연구개발전담부서로 한정하고 있으며, 위탁 및 공동연구개발한 연구개발비에 관하여 규정한 별표 6 제1호 나목 1) 마)에 의하면, “국내외 기업의 연구기관 또는 전담부서등(전담부서등에서 직접 수행한 부분에 한정한다)”에 과학기술 분야의 연구개발용역을 위탁함에 따른 비용을 연구·인력개발비에 포함시키고 있다.

(다) 한편, 2013.2.15. 개정되기 전 「조세특례제한법 시행령」별표 6 제1호 나목 1) 마)는 위 괄호 부분을 “신성장동력산업 연구개발업무 또는 원천기술개발업무의 경우 기획재정부령으로 정하는 전담부서등만 해당한다.”로 규정하고 있었다가 2013.2.15. “전담부서등에서 직접 수행한 부분에 한정한다.”로 개정한 것으로, 이와 같이 개정된 이유는 위탁 및 공동연구개발의 경우 일반연구·인력개발비까지 전담부서등의 요건을 확대적용하기 위한 것이지, 신성장동력연구개발비에 대한 전담부서등의 요건을 완화하거나 삭제한 것이 아니다.

(라) 즉, 「조세특례제한법 시행령」별표 6 제1호 나목 1) 마)에서 언급하고 있는 ‘전담부서등’은 별표 6 제1호 가목 1)의 ‘전담부서등’과 동일하고, 여기서 ‘전담부서등’은 같은 법 시행규칙 제7조 제1항에 따라 「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행령」제16조 제1항 및 제2항에 따라 미래창조과학부장관의 인정을 받은 기업부설연구소 또는 연구개발전담부서로 한정되므로, 국외에 소재한 기관에 연구개발용역을 위탁한 경우 연구·인력개발비에 해당하지 않는 것이고, 연구·인력개발비에 해당하지 않는 이상 신성장동력연구개발비에 해당하지 않는 것이다.

(마) 신성장동력연구개발비 대상은 납세의무자의 자체연구개발만 인정하는 것에서 2012.1.1. 위탁 및 공동연구개발도 인정하는 것으로 확대되었고, 2017년에는 신약 임상 위탁연구개발에 한해 국외 기관이 포함되는 것으로 확대되었으며, 2019년 세법 개정 시 내국법인이 직·간접적으로 지배하고 있는 외국법인에까지 확대될 예정인바, 이와 같은 관련 법령의 개정 연혁 및 취지에 비추어볼 때에도 국외에 소재한 기관에 위탁한 연구개발비는 법령에서 규정한 전담부서등에 해당하지 아니하여 세법공제의 대상이 되는 신성장동력연구개발비에 해당하지 않는 것이다.

(2) 청구법인이 제시한 질의회신은 일반연구·인력개발비에 관한 것이어서, 신성장동력연구개발비에 해당되는지 여부가 쟁점인 이 사건에 적용할 수 없는 것이다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점해외위탁연구비가 「조세특례제한법」제10조 제1항 제1호의 신성장동력연구개발비에 해당되는지 여부

나. 관련 법령

(1) 조세특례제한법(2016.12.20. 법률 제14390호로 개정된 것)

제10조【연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제】① 내국인이 각 과세연도에 연구·인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 이 경우 제1호는 2018년 12월 31일까지 발생한 해당 연구·인력개발비에 대해서만 적용한다.

1. 연구·인력개발비 중 대통령령으로 정하는 신성장동력 분야의 연구개발비 또는 원천기술을 얻기 위한 연구개발비(이하 이 조에서 "신성장동력·원천기술연구개발비"라 한다)에 대해서는 해당 과세연도에 발생한 신성장동력·원천기술연구개발비에 다음 각 목의 구분에 따른 비율을 곱하여 계산한 금액

가. 중소기업의 경우: 100분의 30

나. 중소기업에 해당하지 아니하는 경우: 다음의 계산식에 따른 비율(100분의 30을 한도로 한다)

100분의 20 + (해당 과세연도의 수입금액에서 신성장동력·원천기술연구개발비가 차지하는 비율 × 대통령령으로 정하는 일정배수)

부칙＜제14390호, 2016.12.20.＞ 제1조【시행일】이 법은 2017년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제89조의2 제1항의 규정은 2017년 4월 1일부터 시행한다.

제2조【일반적 적용례】 ① 이 법 중 소득세(양도소득세는 제외한다) 및 법인세에 관한 개정규정은 이 법 시행 이후 개시하는 과세연도 분부터 적용한다.

(2) 조세특례제한법(2016.12.20. 법률 제14390호로 개정되기 전의 것)

제9조【연구ㆍ인력개발준비금의 손금산입】② 제1항에 따라 손금에 산입한 연구ㆍ인력개발준비금은 다음 각 호에 따라 익금에 산입한다.

1. 해당 준비금을 손금에 산입한 과세연도가 끝나는 날 이후 3년이 되는 날이 속하는 과세연도가 끝나는 날까지 연구ㆍ인력개발에 필요한 비용(새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 연구개발의 경우 자체 연구개발에 필요한 비용만 해당한다) 중 대통령령으로 정하는 비용(이하 "연구·인력개발비"라 한다)에 사용한 금액에 상당하는 준비금은 그 3년이 되는 날이 속하는 과세연도부터 각 과세연도의 소득금액을 계산할 때 그 준비금을 36으로 나눈 금액에 해당 과세연도의 개월 수를 곱하여 산출한 금액을 익금에 산입한다.

⑤ 제1항에 따른 연구개발은 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동과 새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 활동을 말하고, 인력개발은 내국인이 고용하고 있는 임원 또는 사용인을 교육·훈련시키는 활동을 말하며 그 구체적인 범위는 대통령령으로 정한다.

제10조【연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제】① 내국인이 각 과세연도에 연구·인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 이 경우 제1호 및 제2호는 2018년 12월 31일까지 발생한 해당 연구·인력개발비에 대해서만 적용한다.

1. 연구·인력개발비 중 대통령령으로 정하는 신성장동력산업 분야의 연구개발비(이하 이 조에서 "신성장동력연구개발비"라 한다)에 대해서는 해당 과세연도에 발생한 신성장동력연구개발비에 100분의 20(중소기업의 경우에는 100분의 30)을 곱하여 계산한 금액

2. 연구·인력개발비 중 대통령령으로 정하는 원천기술을 얻기 위한 연구개발비(이하 이 조에서 "원천기술연구개발비"라 한다)에 대해서는 해당 과세연도에 발생한 원천기술연구개발비에 100분의 20(중소기업의 경우에는 100분의 30)을 곱하여 계산한 금액

3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하거나 제1호 및 제2호를 선택하지 아니한 내국인의 연구·인력개발비(이하 이 조에서 "일반연구·인력개발비"라 한다)의 경우에는 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액. 다만, 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 일반연구·인력개발비가 발생하지 아니하거나 직전 과세연도에 발생한 일반연구·인력개발비가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구·인력개발비의 연평균 발생액보다 적은 경우에는 나목에 해당하는 금액

가. 해당 과세연도에 발생한 일반연구·인력개발비가 직전 과세연도에 발생한 일반연구·인력개발비를 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 40(중소기업의 경우에는 100분의 50)에 상당하는 금액

나. 해당 과세연도에 발생한 일반연구·인력개발비에 다음의 구분에 따른 비율을 곱하여 계산한 금액

1) 중소기업인 경우: 100분의 25

2) 중소기업이 대통령령으로 정하는 바에 따라 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우: 다음의 구분에 따른 비율

가) 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 과세연도의 개시일부터 3년 이내에 끝나는 과세연도까지: 100분의 15

나) 가)의 기간 이후부터 2년 이내에 끝나는 과세연도까지: 100분의 10

3) 대통령령으로 정하는 중견기업이 2)에 해당하지 아니하는 경우: 100분의 8

4) 1)부터 3)까지의 어느 하나에 해당하지 아니하는 경우: 다음 계산식에 따른 비율(100분의 3을 한도로 한다)

100분의 2 + 해당 과세연도의 수입금액에서 일반연구·인력개발비가 차지하는 비율 × 2분의 1

② 제1항 제3호에 따른 4년간의 일반연구·인력개발비의 연평균 발생액의 구분 및 계산과 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

③ 제1항을 적용받으려는 내국인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 세액공제신청을 하여야 한다.

④ 제1항 제1호 및 제2호를 적용받으려는 내국인은 일반연구·인력개발비와 신성장동력연구개발비, 원천기술연구개발비를 대통령령이 정하는 바에 따라 구분경리(區分經理)하여야 한다.

(3) 조세특례제한법 시행령(2017.2.7. 대통령령 제27848호로 개정된 것)

제9조【연구 및 인력개발비에 대한 세액공제】① 법 제10조 제1항 제1호 각 목 외의 부분에서 “대통령령으로 정하는 신성장동력 분야의 연구개발비 또는 원천기술을 얻기 위한 연구개발비”란 다음 각 호의 구분에 따른 비용(이하 이 조에서 “신성장동력ㆍ원천기술연구개발비”라 한다)을 말한다. 다만, 제8조 제1항 각 호에 해당하는 비용은 제외한다.

1. 자체 연구개발의 경우: 다음 각 목의 비용

가. 기획재정부령으로 정하는 연구소 또는 전담부서에서 별표 7에 따른 신성장동력ㆍ원천기술 분야별 대상기술의 연구개발업무(이하 이 조에서 “신성장동력ㆍ원천기술연구개발업무”라 한다)에 종사하는 연구원 및 이들의 연구개발업무를 직접적으로 지원하는 사람에 대한 인건비. 다만, 기획재정부령으로 정하는 사람에 대한 인건비는 제외한다.)

나. 신성장동력ㆍ원천기술연구개발업무를 위하여 사용하는 견본품, 부품, 원재료와 시약류 구입비

2. 위탁 및 공동연구개발의 경우: 기획재정부령으로 정하는 기관에 신성장동력ㆍ원천기술연구개발업무를 위탁(재위탁을 포함한다)함에 따른 비용(전사적 기업자원 관리설비 등 시스템 개발을 위한 위탁비용은 제외한다) 및 이들 기관과의 공동연구개발을 수행함에 따른 비용

부칙＜제27848호, 2017.2.7.＞ 제1조【시행일】이 영은 공포한 날부터 시행한다.

제2조【일반적 적용례】① 이 영 중 소득세(양도소득세는 제외한다) 및 법인세에 관한 개정규정은 법률 제14390호 조세특례제한법 일부 개정법률 시행 이후 개시하는 과세연도 분부터 적용한다.

(4) 조세특례제한법 시행령(2016.2.5. 대통령령 제26959호로 개정되기 전의 것)

제8조【연구 및 인력개발준비금의 범위 등】① 법 제9조 제2항 제1호에서 "대통령령으로 정하는 비용"이란 법 제9조 제5항에 따른 연구개발 및 인력개발을 위한 비용으로서 별표 6의 비용을 말한다. 다만, 다음 각 호에 해당하는 비용은 제외한다.

1. 법 제10조의2에 따른 연구개발출연금등을 지급받아 연구개발비로 지출하는 금액

2. 국가, 지방자치단체, 「공공기관의 운영에 관한 법률」에 따른 공공기관 및 「지방공기업법」에 따른 지방공기업으로부터 연구개발 등을 목적으로 출연금 등의 자산을 지급받아 연구개발비로 지출하는 금액

② 제1항의 연구개발에는 다음 각 호의 활동을 포함하지 아니한다.

1. 일반적인 관리 및 지원활동

2. 시장조사와 판촉활동 및 일상적인 품질시험

3. 반복적인 정보수집 활동

4. 경영이나 사업의 효율성을 조사·분석하는 활동

5. 특허권의 신청·보호 등 법률 및 행정 업무

6. 광물 등 자원 매장량 확인, 위치확인 등을 조사·탐사하는 활동

7. 위탁받아 수행하는 연구활동

제9조【연구 및 인력개발비에 대한 세액공제】① 법 제10조 제1항 제1호에서 "대통령령으로 정하는 신성장동력산업 분야의 연구개발비"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 비용(이하 이 조에서 "신성장동력연구개발비"라 한다)을 말한다. 다만, 제8조 제1항 각 호에 해당하는 비용은 제외한다.

1. 기획재정부령으로 정하는 연구소 또는 전담부서에서 별표 7에 따른 신성장동력산업 분야별 대상기술의 연구개발업무(이하 이 조에서 "신성장동력산업연구개발업무"라 한다)에 종사하는 연구원 및 이들의 연구개발업무를 직접적으로 지원하는 사람에 대한 인건비. 다만, 기획재정부령으로 정하는 사람에 대한 인건비는 제외한다.

2. 신성장동력산업연구개발업무를 위하여 사용하는 견본품, 부품, 원재료와 시약류 구입비

[별표 6] ＜개정 2014.2.21.＞

연구·인력개발비 세액공제를 적용받는 비용(제8조 제1항 관련)

(5) 조세특례제한법 시행규칙(2017.3.17. 기획재정부령 제614호로 개정된 것)

제7조【연구 및 인력개발비의 범위】① 영 별표 6 제1호 가목 1)에 따른 연구소 또는 전담부서란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 연구소 및 전담부서(이하 "전담부서등"이라 한다)를 말하며, 영 별표 6의 제1호 가목 1)에 따른 연구개발서비스업이란 「국가과학기술 경쟁력 강화를 위한 이공계지원 특별법」 제18조 제2항에 따라 미래창조과학부장관에게 신고한 연구개발서비스업 중 같은 법 제2조 제4호 가목에 따른 연구개발업(이하 이 조에서 "연구개발서비스업"이라 한다)을 말한다.

1. 「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률」 제14조의2 제1항에 따라 미래창조과학부장관의 인정을 받은 기업부설연구소 또는 연구개발전담부서

2. 「문화산업진흥 기본법」 제17조의3 제1항에 따른 기업부설창작연구소 또는 기업창작전담부서

② 영 제9조 제1항 제1호 가목에서 "기획재정부령으로 정하는 연구소 또는 전담부서"란 전담부서등 및 연구개발서비스업을 영위하는 기업으로서 영 제9조 제1항 제1호 가목에 따른 신성장동력·원천기술연구개발업무(이하 이 항에서 "해당업무"라 한다)만을 수행하는 국내 소재 전담부서등 및 연구개발서비스업을 영위하는 기업(이하 이 조에서 "신성장동력·원천기술연구개발 전담부서등"이라 한다)을 말한다. 다만, 일반연구개발을 수행하는 전담부서등 및 연구개발서비스업을 영위하는 기업으로서 해당업무에 관한 별도의 조직을 구분하여 운영하는 경우에는 그 내부 조직을 신성장동력·원천기술연구개발 전담부서등으로 본다.

⑥ 영 제9조 제1항 제2호에서 "기획재정부령으로 정하는 기관"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기관을 말한다. 다만, 제4호부터 제6호까지의 기관에 신성장동력·원천기술 분야별 대상기술의 연구개발업무를 위탁하는 경우(영 별표 7의 제7호 가목 6)에 따른 임상1상 시험과 같은 목 7)에 따른 임상2상 시험 및 「희귀질환관리법」 제2조 제1호에 따른 희귀질환의 진단 및 치료를 위한 의약품 개발을 위하여 실시하는 임상시험의 경우는 제외한다)에는 국내에 소재한 기관으로 한정한다.

5. 기업의 연구기관 또는 전담부서등(신성장동력ㆍ원천기술연구개발업무만을 수행하는 전담부서등에서 직접 수행한 부분에 한정한다)

부칙＜제614호, 2017.3.17.＞ 제1조【시행일】이 규칙은 공포한 날부터 시행한다.

(6) 조세특례제한법 시행규칙(2017.3.17. 기획재정부령 제614호로 개정되기 전의 것)

제7조【연구 및 인력개발비의 범위】① 영 별표 6 제1호 가목 1)에 따른 연구소 또는 전담부서란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 연구소 및 전담부서(이하 "전담부서등"이라 한다)를 말하며, 영 별표 6의 제1호 가목 1)에 따른 연구개발서비스업이란 「국가과학기술 경쟁력 강화를 위한 이공계지원 특별법」 제18조 제2항에 따라 미래창조과학부장관에게 신고한 연구개발서비스업 중 같은 법 제2조 제4호 가목에 따른 연구개발업(이하 이 조에서 "연구개발서비스업"이라 한다)을 말한다.

1. 「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행령」 제16조 제1항 및 제2항에 따라 미래창조과학부장관의 인정을 받은 기업부설연구소 또는 연구개발전담부서

2. 「문화산업진흥 기본법」 제17조의3 제1항에 따른 기업부설창작연구소 또는 기업창작전담부서

② 영 제9조 제1항 제1호 및 같은 조 제2항 제1호에서 "기획재정부령으로 정하는 연구소 및 전담부서"란 전담부서등 및 연구개발서비스업을 영위하는 기업으로서 영 제9조 제1항 제1호 및 같은 조 제2항 제1호에 따른 신성장동력산업연구개발업무 및 원천기술연구개발업무(이하 이 항에서 "해당업무"라 한다)만을 수행하는 전담부서등 및 연구개발서비스업을 영위하는 기업(이하 이 조에서 "신성장동력산업ㆍ원천기술연구개발 전담부서등"이라 한다)을 말한다. 다만, 일반연구개발을 수행하는 전담부서등 및 연구개발서비스업을 영위하는 기업으로서 해당업무에 관한 별도의 조직을 구분하여 운영하는 경우에는 그 내부 조직을 신성장동력산업ㆍ원천기술연구개발 전담부서등으로 본다.

(7) 국세기본법(2018.12.31. 법률 제16097호로 개정되기 전의 것)

제18조【세법 해석의 기준 및 소급과세의 금지】② 국세를 납부할 의무(세법에 징수의무자가 따로 규정되어 있는 국세의 경우에는 이를 징수하여 납부할 의무. 이하 같다)가 성립한 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래에 대해서는 그 성립 후의 새로운 세법에 따라 소급하여 과세하지 아니한다.

제21조【납세의무의 성립시기】① 국세를 납세할 의무는 다음 각 호의 구분에 따른 시기에 성립한다.

1. 소득세·법인세: 과세기간이 끝나는 때. 다만, 청산소득에 대한 법인세는 그 법인이 해산을 하는 때

(8) 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행령(2016.9.22. 대통령령 제27506호로 개정되기 전의 것)

제16조【특정연구개발사업 참여기관 등의 기준】① 법 제14조 제1항 제2호에서 "연구 인력ㆍ시설 등 대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 기업부설연구소"란 다음 각 호의 구분에 따라 해당 연구소에서 근무하는 연구전담요원을 늘 확보하고 미래창조과학부령으로 정하는 세부기준에 적합한 연구시설을 갖춘 기업부설 연구기관으로서, 미래창조과학부령으로 정하는 사항을 신고하여 미래창조과학부장관의 인정을 받은 기관을 말한다. 이 경우 미래창조과학부장관은 연구과제의 특수성 또는 기업의 규모를 고려하여 필요하다고 인정할 때에는 연구전담요원의 수를 조정할 수 있다.

1. 「중소기업기본법」 제2조에 따른 중소기업자가 설립한 기업부설연구소: 5명 이상. 다만, 「중소기업기본법 시행령」 제8조제1항에 따른 소기업자가 설립한 기업부설연구소는 3명 이상으로 하되, 해당 기업의 창업일부터 3년까지는 2명 이상으로 한다.

2. 국외에 있는 기업부설연구소: 5명 이상

3. 제1호에도 불구하고 미래창조과학부령으로 정하는 과학기술 분야연구기관의 연구원 및 대학의 교원이 창업한 연구개발형 중소기업 또는 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제2조에 따른 벤처기업이 설립한 기업부설연구소: 2명 이상

4. 「중견기업 성장촉진 및 경쟁력 강화에 관한 특별법」 제2조제1호에 따른 중견기업으로서 직전 3개 사업연도의 평균매출액(사업연도가 1개인 경우에는 해당 사업연도의 매출액으로, 2개인 경우에는 2개 사업연도의 평균매출액으로 하며, 사업기간이 1년 미만인 사업연도의 매출액은 1년으로 환산하여 계산한다)이 5천억원 미만인 중견기업이 설립한 기업부설연구소: 7명 이상

5. 그 밖의 기업부설연구소: 10명 이상

② 법 제14조 제1항 제2호에서 "연구 인력ㆍ시설 등 대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 기업의 연구개발전담부서"란 해당 부서에서 근무하는 연구전담요원을 1명 이상 늘 확보하고 미래창조과학부령으로 정하는 세부기준에 적합한 연구시설을 갖춘 연구개발부서로서, 미래창조과학부령으로 정하는 사항을 신고하여 미래창조과학부장관의 인정을 받은 연구개발전담부서(이하 "전담부서"라 한다)를 말한다.

(9) 국가과학기술 경쟁력 강화를 위한 이공계지원 특별법(2017.7.26. 법률 제14839호로 개정되기 전의 것)

제2조【정의】이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

4. "연구개발서비스업"이란 다음 각 목의 업종을 말한다.

가. 영리를 목적으로 이공계 분야의 연구와 개발을 독립적으로 수행하거나 위탁받아 수행하는 연구개발업

나. 영리를 목적으로 기술정보 제공, 컨설팅, 시험ㆍ분석 등을 통하여 이공계 분야의 연구와 개발을 지원하는 연구개발지원업

제18조【연구개발서비스업의 육성ㆍ지원】② 연구개발서비스업자 중에서 국가연구개발사업 등에 참여하거나 정부의 각종 지원을 받으려는 자는 대통령령으로 정하는 전문인력 확보 등 일정한 기준을 갖추어 대통령령으로 정하는 바에 따라 미래창조과학부장관에게 신고하여야 한다. 신고한 사항 중 대통령령으로 정하는 사항을 변경하려는 경우에도 또한 같다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인의 2018.12.7.자 경정청구서에 의하면, 청구법인은 아래 ＜표1＞의 비용이 세액공제 대상이 되는 신성장동력연구개발비에 해당한다는 내용으로 경정청구를 한 사실이 확인된다.

OOO

(2) 처분청이 제출한 법인세 경정청구 검토서에 의하면, 처분청은 청구법인의 경정청구에 대하여 일부 비용은 세액공제 대상이 되는 신성장동력연구개발비에 해당되나, 미국, 유럽 해외자회사에 대한 해외위탁연구비용을 비롯한 일부 비용은 세액공제 대상이 되는 신성장동력연구개발비에 해당하지 않는다고 보아 아래 ＜표2＞에 기재된 금액을 제외한 금액만을 반영하여 청구법인의 과세표준 및 세액을 경정한 사실이 확인된다.

OOO

(3) 청구법인이 제출한 자료에 의하면, 쟁점해외위탁연구비를 사용한 기관은 아래 ＜표3＞과 같고, 이들이 「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행령」제16조 제1항 및 2항에 따라 미래창조과학부장관의 인정을 받은 기관에 해당하지 아니한다는 사실이 확인된다.

OOO

(4) 2016.12.28.자 기획재정부 보도자료의 2016년 세법개정 후속 시행령 개정자료에 의하면, 신성장동력연구개발비 세액공제 시 위탁 및 공동연구개발기관의 범위를 확대하기 위하여 「조세특례제한법」제9조 및 같은 법 시행규칙 제7조를 개정한 사실이 확인된다.

OOO

(5) 2020.1.6.자 기획재정부 보도자료의 2019년 세법개정 후속 시행령 개정자료에 의하면, 「조세특례제한법 시행령」별표 6 제1호 나목 1) 마)에 규정된 “국내외 기업의 연구기관 및 전담부서등”의 의미를 명확화하기 위해 시행령을 개정한 사실이 확인된다.

OOO

(6) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 쟁점해외위탁개발비를 신성장동력연구개발 세액공제 대상에 해당하지 아니한다고 보아 이 건 경정청구를 거부하였으나, 2012.2.2. 대통령령 제23590호로 일부 개정된 「조세특례제한법 시행령」제9조 제1항에서 “자체기술개발비용만 해당한다”라는 종전의 문구를 삭제한 취지는 기업의 위탁 및 공동연구개발에 대한 현실을 반영하여, 신성장동력연구개발 관련 위탁 및 공동연구개발비도 세액공제 적용대상으로 인정하기 위한 것인 점, 신성장동력연구개발비는 ‘연구·인력개발비’의 한 부분으로서 2014년에 발생한 신성장동력연구개발 세액공제 대상이 되는 위탁비용의 범위는 「조세특례제한법 시행령」[별표 6]에 따르는 것이고, 같은 법 시행령 [별표 6] 제1호 나목 1) 마)에 따라 “국내외 기업의 연구기관”에 위탁 또는 공동연구개발 비용도 세액공제의 대상으로 볼 수 있는 점, 2017.2.7. 대통령령 제27848호로 일부 개정된 「조세특례제한법 시행령」제9조 제1항 제2호 및 2017.3.17. 기획재정부령 제614호로 일부 개정된 「조세특례제한법 시행규칙」제7조 제6항에 의하면 국내에 소재한 기업의 전담부서등에 대한 위탁연구개발비만을 세액공제 대상으로 개정되었는바, 동 세법개정 이전에는 국외기업에 대한 위탁비용도 연구개발 세액공제의 대상이었다고 해석할 수 있는 점, 기획재정부 등 유권해석 사례OOO에 의하면, 「조세특례제한법 시행령」[별표 6]의 ‘국내외 기업의 연구기관’은 「조세특례제한법 시행규칙」제7조에서 규정한 “전담부서등”에 한정하지 아니한다는 취지로 해석하고 있는 점, 처분청은 동 유권해석 사례가 일반연구개발 세액공제에 대한 것으로 신성장동력연구개발 세액공제와는 다르다는 의견이나, 「조세특례제한법 시행령」[별표 6]에서 연구인력개발비 세액공제를 적용받은 비용을 규정하면서 일반연구개발 세액공제와 신성장동력연구개발 세액공제의 대상을 별도로 구별하고 있지 아니하여 달리 볼 이유가 없는 점 등에 비추어, 처분청의 이 건 경정청구 거부처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.