소멸시효는 객관적으로 권리가 발생하여 그 권리를 행사할 수 있는 때로부터 진행하고 그 권리를 행사할 수 없는 동안만은 진행하지 아니하는데, 여기서 권리를 행사할 수 없는 경우라 함은 그 권리행사에 법률상의 장애사유가 있는 경우를 말하는데 ( 대법원 1992. 3. 31. 선고 91다32053 전원합의체 판결 참조), 변상금 부과처분에 대한 취소소송이 진행중이라도 그 부과권자로서는 위법한 처분을 스스로 취소하고 그 하자를 보완하여 다시 적법한 부과처분을 할 수도 있는 것이어서 그 권리행사에 법률상의 장애사유가 있는 경우에 해당한다고 할 수 없으므로, 그 처분에 대한 취소소송이 진행되는 동안에도 그 부과권의 소멸시효가 진행된다고 할 것이다 ( 대법원 1988. 2. 23. 선고 85누688 판결 , 1988. 3. 22. 선고 86누269 판결 등 참조).

원심은 그 판결에서 들고 있는 증거들을 종합하여 그 판시와 같은 사실을 인정한 다음, 그 판시의 이 사건 재처분은 원고의 변상금 납부의무가 시효로 인하여 소멸한 후에 이루어진 것이어서 위법하다는 이유로 그 취소를 구하는 예비적 청구에 대하여 납입고지에 의한 소멸시효 중단의 효력은 그 납입고지에 의한 부과처분이 취소되더라도 상실되지 아니하고, 일단 중단된 소멸시효는 그 납입고지에 의한 부과처분에 대한 항고소송이 계속하고 있는 동안에는 진행하지 아니한다고 봄이 상당하므로 그 판시의 이 사건 처분일인 1997. 2. 13.부터 5년이 경과하였다 하더라도 이 사건 처분으로 소멸시효가 중단되었고, 그 후 이 사건 처분의 취소를 구하는 이 사건 소송이 대법원에서 파기환송되어 원심에 계속하고 있는 동안에 피고가 환송판결의 취지에 따라 이 사건 변상금 부과통지서에 그 산출근거를 명시하여 이 사건 재처분을 한 이상 이는 적법한 부과기간 내에 이루어진 것이라고 판단하여 원고의 소멸시효 완성 주장을 배척한 끝에 이 사건 토지 중 65평을 1992. 6. 23.부터 1996. 7. 8.까지 점유·사용한 데 대한 원고의 정당한 변상금은 28,893,004원이라는 이유로 위 금원을 초과하는 부분만을 취소하였다.

그러나 위에서 본 법리를 원심이 확정한 사실관계에 비추어 보면, 이 사건 변상금 부과권에 대한 소멸시효는 1997. 2. 13. 이 사건 처분으로 중단되었으나 그 때로부터 다시 소멸시효기간이 진행되어 이 사건 처분의 취소를 구하는 이 사건 소송이 대법원에서 파기환송되어 환송 후 원심에 계속하고 있던 2002. 2. 14. 소멸시효가 완성되었으므로 같은 해 3. 5.에 이루어진 이 사건 재처분은 소멸시효기간 경과 후에 이루어진 것임이 역수상 명백하여 이 사건 재처분은 위법하다고 할 것이다.

그럼에도 불구하고, 원심은 이와는 달리 그 판시와 같은 이유로 이 사건 재처분은 소멸시효가 완성되기 전의 처분으로서 적법하다고 인정하여 원고의 위 주장을 배척하고 말았으니, 거기에는 소멸시효의 중단에 관한 법리를 오해하여 판결 결과에 영향을 미친 위법이 있다고 할 것이고, 이 점을 지적하는 상고이유의 주장은 정당하다.

그러므로 원고의 나머지 상고이유 및 피고의 상고이유에 대한 판단을 생략한 채 원심판결 중 예비적 청구에 관한 부분을 파기하고, 이 부분 사건을 다시 심리·판단하게 하기 위하여 원심법원에 환송하기로 하여 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.