이 사건 각 양도을 일괄양도로 보아 공시지가로 안분한 당초 처분은 정당함.[국승]
이 사건 각 양도을 일괄양도로 보아 공시지가로 안분한 당초 처분은 정당함.
이 사건 각 양도는 부당행위계산에 해당하므로 이 사건 각 양도을 일괄양도로 보아 공시지가로 안분하여 당초 처분은 정당하다.
법인세법 제52조부당행위계산의 부인
1. 원고 손○○의 피고 ○○○세무서장에 대한 소를 각하한다.
2. 원고 주식회사 ○○○○식품, ○○○가구의 피고 ○○○세무서장에 대한 각 청구 및
손○○의 피고 ○○○세무서장에 대한 청구를 각 기각한다.
3. 소송비용은 원고들이 부담한다.
○○○
○식품
대구 ○○구
○○동 466
①
토
지
이
사
건
각
토
지
대
5,825
1,584
43억
2억
3,000만
45억
3,000만
같은 동 466-1
대
453
248
같은 동 467-1
답
83
\u3000원고
○○○
가구
같은 동 465-2
②
토
지
대
2,740
1,696
15억
6,000만
15억
6,000만
손○○
같은 동 463
③
토
지
대
947
526
265억
5,000만
1억
5,000만
267억
최○○
같은 동 435-1
답
38
7억
7,000만
7억
7,000만
합계(이 사건 각 부동산 = 이 사건 각 토지 + 건물 + 최○○ 토지)
331억
2,000만
335억
6,000만
다. 한편 원고 손○○은 2005. 10. 26. ○○○○건설으로부터 이 사건 매매계약상 잔
금지급 지체를 이유로 연체료 명목으로 5억 2,500만 원을 수령하여 개인적인 용도로
사용하였다.
라. 피고들은 원고 ○○○○식품, ○○○가구의 각 대표이사이던 원고 손○○이 ○○
○○건설과 협의하여 이 사건 각 토지의 전체 매매가격을 일괄적으로 정한 후 ①, ②
토지의 매매가액은 낮게, ③토지 매매가격은 높게 나눈 매매계약서를 작성함으로써 원
고 ○○○○식품, ○○○가구의 각 법인 소득금액을 부당하게 감소시켰다고 보아, 법인
세법 제52조, 구 법인세법 시행령(2006. 2. 9. 대통령령 제19328호로 개정되기 전의
것, 이하 같다) 제88조 제1항 제9호 등에 기하여 이 사건 각 토지에 해당하는 매매가
액을 위 각 토지의 공시지가로 안분한 금액과 원고 ○○○○식품, ○○○가구의 2005
년 귀속 법인세 신고금액과의 각 차액을 법인소득금액에 각 익금으로 산입하였다.
마. 이에 따라 피고 ○○○세무서장은 2011. 3. 7. 원고 ○○○○식품에 대하여 2005
년 귀속 법인세 7,286,735,670원, 원고 ○○○가구에 대하여 2005년 귀속 법인세
1,992,203,000원을 각 경정‧고지하고, 위 각 익금산입액을 당시 대표이사인 손○○에
대한 인정상여로 소득처분하여 같은 날 원고 ○○○○식품에 대하여 16,157,652,000원,
○○○가구 및 손○○에 대하여 각 4,690,871,000원의 각 소득금액변동통지
를 하였다.
바. 한편 피고 ○○○세무서장은 위 연체료 수입의 신고누락분을 법인소득금액에 익
금산입하여 2011. 2. 17. 원고 ○○○○식품에 대하여 2005년 귀속 법인세
136,068,990원, 원고 ○○○가구에 대하여 2005년 귀속 법인세 40,654,880원을 각 경
정‧고지하고, 위 익금산입액을 당시 대표이사인 손○○에 대한 인정상여로 소득처분하
여 2011. 2. 21. 원고 ○○○○식품에 대하여 340,866,763원, 같은 날 원고 ○○○가구
및 원고 손○○에 대하여 각 102,728,092원의 각 소득금액변동통지를 하였다.
사. 피고 ○○○세무서장은 2011. 3. 11. 원고 손○○에 대한 소득금액변동통지액 합계
4,793,599,092원(= 4,690,871,000원 + 102,728,092원)에 따라 변동된 소득금액을 반영하
손○○에게 2005년 귀속 종합소득세 1,588,531,470원을 경정‧고지하였다(이하
아래 각 처분 중 피고 ○○○세무서장의 원고 손○○에 대한 각 소금금액변동통지처분
을 제외한 나머지 처분을 '이 사건 각 처분'이라 한다).
과세관청
(피고)
사유
세목
처분 상대방
(원고)
처분일자
세액(원)
소득금액변동통
지금액(원)
○○○세
무서장
부당행
위계산
부인
관련
2005년
귀속 법인세
○○○○식품
2011. 3. 7.
7,286,735,670
\u3000○○○가구
2011. 3. 7.
1,992,203,000
\u3000소득금액변
동통지
○○○○식품
2011. 3. 7.
\u300016,157,652,000
○○○가구 및 손○○
2011. 3. 7.
\u3000각 4,690,871,000
연체료
수입관
련
2005년
귀속법인세
○○○○식품
2011. 2. 17.
136,068,990
\u3000○○○가구
2011. 2. 17.
40,654,880
\u3000소득금액변
동통지
○○○○식품
2011. 2. 21.
\u3000340,866,763
○○○가구 및 손○○
2011. 2. 21.
\u3000각 102,728,092
○○○세
무서장
\u30002005년
귀속
종합소득세
손○○
2011. 3. 11.
1,588,531,470
아. 원고들은 이에 불복하여 2011. 5. 16. 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2013.
5. 31. 청구기각 결정을 하였다.
인정근거다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 3, 10호증, 을 제1 내지 6, 9, 10호증(각 가지
번호 포함)의 각 기재 및 영상, 변론 전체의 취지
2. 원고 손○○의 피고 ○○○세무서장에 대한 소의 적법 여부
직권으로 원고 손○○의 피고 ○○○세무서장에 대한 소의 적법 여부를 살펴본다.
과세관청의 소득처분과 그에 따른 소득금액변동통지가 있는 경우 법인은 소득금액변
동통지서를 받은 날에 그 통지서에 기재된 소득의 귀속자에게 당해 소득금액을 지급한
것으로 의제되고 그 때 원천징수하는 소득세 등의 납세의무가 성립함과 동시에 확정되
어 원천징수세액을 납부할 의무를 부담하게 되므로 원천징수의무자인 법인은 항고소송
으로써 소득금액변동통지의 취소를 구할 법률상 이익이 있다(대법원 2006. 4. 20. 선고
2002두1878 전원합의체 판결 참조). 그러나 소득처분에 따른 소득의 귀속자의 원천납
세의무는 법인에 대한 소득금액변동통지와 상관없이 국세기본법 제21조 제1항 제1호,
소득세법 제39조 제1항, 소득세법 시행령 제49조 제1항 제3호 등에 의하여 당해 소득
이 귀속된 과세기간의 종료시에 성립하는 점, 과세관청이 원천납세의무자에게 소득세
등을 부과할 경우 원천납세의무자는 이에 대한 항고소송으로써 직접 불복할 수 있는
기회가 별도로 보장되어 있는 점 등에 비추어 보면, 원천징수의무자에 대한 소득금액
변동통지는 원천납세의무의 존부나 범위와 같은 원천납세의무자의 권리나 법률상 지위
에 어떠한 영향을 준다고 할 수 없으므로 소득처분에 따른 소득의 귀속자는 법인에 대
한 소득금액변동통지의 취소를 구할 법률상 이익이 없다(대법원 2013. 4. 26. 선고
2012두27954 판결 참조).
손○○과 ○○○○식품, ○○○가구는 특수관계인이지만, 들과 거래한
상대방은 ○○○○건설이고 ○○○○건설은 원고들의 특수관계인이 아니므로, 원고들
과 ○○○○건설 사이의 이 사건 각 토지의 양도는 법인세법상 부당행위계산 부인의
대상이 아니다.
나) 개별양도가 아니라는 주장
원고들은 이 사건 양도 시 별도로 매매계약서를 작성하였고, 이 사건 각 토지의 매매
가액을 개별적으로 결정하였으며, ○○○○건설은 이 사건 각 토지를 매수한 후 ①, ②
토지에서 폐기물이 발견되자 원고 ○○○○식품, ○○○가구만을 상대로 폐기물 처리를
요청하고 그와 관한 손해배상청구의 소를 제기하였으며, 피고가 일괄양도의 근거로 제
시한 매매합의서와 각서는 ○○○○건설 공동대표이사였던 김○○이 원고 손○○의 사
무실에 와서 컴퓨터를 자유롭게 사용하면서 일방적으로 작성하였던 것으로 원고들은 그
내용을 알지 못하였다. 따라서 원고들은 ○○○○건설과 이 사건 각 토지에 관하여 개
별적으로 매매계약을 체결하였으므로 부당행위계산 부인의 대상이 되지 아니한다.
다) 경제적 합리성을 결여한 비정상적인 거래가 아니라는 주장
㉠ ③토지는 ①, ②토지와 달리 10차선 도로에 접해 있어 그 입지적 조건에 따른 경
제적 가치가 훨씬 크고, ○○○○건설이 ③토지를 제외하고 매입할 경우 10차선 대로
와 통하는 부분이 53m에 불과하여 주상복합아파트의 교통 등의 편의기능이 현저히 떨
어지게 되는 점, ㉡ ①토지는 주유소 부지이므로 구 주택건설기준등에 관한 규정(2007.
7. 24. 대통령령 제20189호로 시행되기 전의 것, 이하 같다) 제9조 제2항에 따라 공동
주택사업자인 ○○○○건설은 위 토지의 경계로부터 25m 이상 떨어진 곳에 공동주택
을 배치하여야 하므로, ①토지를 매수하는 경우 그 경계로부터 25m나 더 큰 토지를
취득하는 셈이 되는 점, ㉢ ①토지에 위치한 주유소에서 보증금 1억 원, 월 800만 원
의 임대수익이 발생하고 있으므로 ①토지는 ②, ③토지와 질적으로 다른 현저히 우월
한 경제적 가치를 보유하고 있는 점, ㉣ 피고들 주장과 같이 기준시가에 따라 매매가
액을 안분하는 경우, ①, ②토지는 취득가액 대비 9.7배, 4.7배가 되는 반면, ③토지는
취득가액 대비 1.3배에 불과하여 그 경제적 합리성이 전혀 없는 점, ㉤ 원고가 ○○○
○건설에 2006. 3. 17. 대구 ○○구 ○○동 465-1 및 같은 동 465-6 토지를, 2006. 9.
14. 같은 동 465-7 토지를 각 양도하였는데, 위 각 양도에 대해서는 개별계약에 의한
것으로 보아 부당행위계산 부인의 대상으로 보지 않은 점, ㉥ 구○○는 같은 동 458-1
토지를, 주식회사 ○○○(대표이사 구○○, 이하 '○○○'라 한다)는 같은 동 457-2 토
지를 2005. 10. 7. ○○○○건설에 각 양도하면서 ○○○ 소유 토지는 공시지가의
201%, 맹지인 구○○의 소유 토지는 공시지가의 1,702%로 그 매매가액을 정하였음에
도 위 양도에 대해서는 부당행위계산 부인의 대상으로 보지 않은 점, ㉦ 주식회사 ○
○○감정평가법인(이하 '○○○감정'이라 한다)의 ①, ②토지에 대한 감정가액에 의하면
○○○○식품, ○○○가구가 신고한 양도가액은 특수관계인 손○○이 개입
되지 않은 경우에도 형성될 수 있는 정상적인 거래가격이므로 조세부담의 감소가 있었
다고 볼 수 없는 점 등을 종합하면, 원고들의 이 사건 각 토지의 양도는 건전한 사회
통념이나 상관행상 경제적 합리성을 갖추었으므로 부당행위계산 부인의 대상이 되지
아니한다.
2) 조세법률주의 위반 주장
피고들이 이 사건 각 토지의 양도를 일괄양도로 보아 이 사건 매매계약에서 정한 매
매가액을 무시하고 이를 모두 합산한 후 기준시가의 비율에 따라 안분하여 양도가액을
계산한 행위는 침익적 행정행위임에도 그에 대한 법적 근거가 없는 자의적 조치이므로
조세법률주의, 행정법상 법률유보의 원칙에 위배된다.
나. 관계법령
별지 관계법령 기재와 같다.
다. 인정사실
1) ○○지방국세청 조사공무원은 이 사건 매매계약 관련 세무조사(이하 '이 사건
조사'라 한다) 과정에서 원고 손○○이 운영하는 대구 ○구 ○○동 65-5 소재 '○○○
○○○불한증막' 개인사무실 컴퓨터에서 다음과 같은 내용의 매매합의서(최종 수정한
■ 매매합의서(을 제7호증의1)
1. 위 각서인은 위 부동산 전체의 매매대금을 합계금 삼백삼십오억육천만원(평균가액 평
당 일천일백만원)으로 정하여 지급하기로 한다.
2. 제1항의 전체 매매대금이 확정되면 각 필지별 매매가격은 쌍방이 협의하여 정하며,
향후 위 각서인은 이에 대하여 어떠한 이의도 제기하지 못한다.
3. 위 각서인은 위 각 필지별 매매가격을 비롯하여 본건 매매계약 일체에 대하여 대외적
으로 비밀을 엄수하며, 만일 위 각서인의 발설로 비밀이 누설됨으로써 토지소유자가
입게 되는 손해를 배상하여야 한다.
4. 위 각서인은 위 부동산 전체의 매매대금 합계금액을 지불함에 있어서 각 필지별 소유
자가 요구하는 사항에 대하여 모든 협력을 다하여야 한다.
2005.. . 매도인 손○○ 매수인 ㈜○○○○건설
날짜: 2005. 6. 14.) 파일과 2006. 2. 16.자 각서 파일을 발견하였다.
■ 각서(을 제8호증의1)
일금 육억원정
상기금액은 대구 ○○구 ○○동 463, 465-7의 손○○ 소유의 부동산을 ㈜○○주택에 매
매함에 있어 고가로 매입하는 조건에서 위 금액을 영수하고 위 금액을 ○○주택 대표이
사 박○○과 반반 나누어서 가지는 것으로 한다.
차후, 위 토지의 세금 및 법률적인 문제가 발생시 적극적으로 협조하여 주기로 한다.
2) ○○○○건설의 공동대표이사 박○○은 이 사건 조사 과정에서 다음과 같이 진
■ 박○○ 문답서(을 제9호증)
문: 위 각 토지 등의 매매가격 33,560백만 원은 구체적으로 어떻게 결정된 것인가요
답: 각 필지별(466, 466-1, 467-1은 일괄)로 매매계약서 4매를 작성하였는데, 필지별
매매가격에 대해서는, 본인은 주택 사업시행을 하기 위해서 토지를 매입해야할 약자
이고, 손○○의 요구대로 각 필지별 매매가액을 결정할 수밖에 없어서, 466번지 등
의 매매계약서와 465-2번지 매매계약은 손○○이 경매로 싸게 취득한 대지라 하여
그 매매가액을 낮게 하겠다고 하였고, 나머지 각 매매계약은 각 토지를 비싸게 취득
하여 비싸게 매매해야 한다고 요구하여 그 매매가액을 결정한 것입니다. 본인은 위
에 대해서 토지 전체가액이 33,560백만 원(평균 평당 11백만 원)으로 동 매매가액은
다소 비쌌지만 당사의 매입예산 범위 내에 들어와 1차 토지매입 전체 가액을
33,560백만 원으로 하여 매수하게 된 것입니다.
문: 귀하의 위 답변사항을 종합해보면 1차로 매입한 손○○ 관련 토지는 ㎡당 3,327,384
원으로 하여 총 33,560백만 원에 같은 날 일괄매입한 것이고 각 필지에 대한 부동
산 가격은 전적으로 손○○의 요구에 의해 결정되어 각 매매계약서를 작성한 것으로
보이는데 어떤가요
답: 예 그렇습니다.
문: 귀하는 매수자의 입장에서 1차 거래분 각 필지의 특성상 그 중 463 및 435-1의 토
지에 대해서 주변시세보다 5배 이상 높은 가격으로 매입해야 할 만큼 그 토지의 특
별한 가격형성 요인이 있다고 보는지요
답: 특별한 요인은 없고, 다만 매수자인 손○○이 그렇게 요구한 것일 뿐입니다.
문: ○○동 435-1은 최○○ 명의의 부동산인데, 매매대금을 최○○에게 지급하지 않고
제3자인 손○○에게 지급한 이유는 구체적으로 무엇인가요
답: 최○○은 손○○의 처남으로 묵시적으로 손○○의 토지로 알고 손○○에게 지급하였
술하였다.
으며, 약자인 저희로서는 최○○의 위임장을 가져오라고 할 입장이 안되어 위임장을
요구하지 않고 손○○에게 지급하였다.
3) 원고 손○○ 소유의 ③토지와 입지조건이 비슷한 인근 토지의 실지거래가액 사
순번
소재지
면적(㎡)
거래일자
거래가액(원)
㎡당 가액
비고
1
○○동 478
1028
2013. 3. 23.
1,680,000,000
1,634,241
건물가액포함
2
○○동 170-7
330.6
2011. 6. 24.
1,800,000,000
2,785,084
건물가액포함
○○동 170-20
315.7
\u30003
○○동 170-1
619.7
\u30001,893,073,180
3,054,822
\u30004
○○동 473-5
179
2012. 1. 31.
546,546,670
3,053,333
협의취득
5
○○동 476
433
2010. 7. 12.
938,311,000
2,167,000
협의취득
6
○○동 171-5
513.2
2009. 4. 23.
2,200,000,000
4,286,828
건물가액포함
례는 다음과 같다.
4) 원고 ○○○○식품은 2000. 12. 26. ①토지 및 건물에 관하여 임의경매로 인한
매각을 원인으로 소유권이전등기를 마쳤고, 원고 ○○○가구는 2001. 11. 30. 정○○으
로부터 ②토지 및 건물을 매수하여 2002. 2. 9. 소유권이전등기를 마쳤으며, 원고 손○
○은 2003. 11. 11. 천○○으로부터 ③토지 및 건물을 매수하여 2003. 12. 1. 소유권이
전등기를 마쳤다.
5)\u3000 원고 손○○이 피고 ○○○세무서장에 제출한 2005년 1기분 부가가치세 신고서
에는 원고 손○○은 2005. 1. 1.~2005. 6. 30. ③토지 및 그 지상 건물을 보증금 3,000
만 원, 월세 700만 원에 임대하여 임대료수입 합계 42,535,561원을 얻은 것으로 기재
되어 있고, 이○○가 제출한 표준손익계산서(을 제16호증의 2)에는 2005년경 ③토지
및 그 지상 건물을 임차하여 ○○○○주유소를 운영하면서 2005. 1. 1.~2005. 12. 31.
당기순이익이 38,009,638원인 것으로 기재되어 있다.
6) ○○○○건설은 2010. 2. 3. ○○지방국세청장에게 자신이 추진한 대구 ○○구
○○동 아파트사업(이하 '이 사건 사업'이라 한다) 부지 매입과 관련하여 이 사건 각
토지 인근의 토지매입 평당가격 등을 기재한 다음과 같은 토지비지급현황서(을 제17호
순
번
소재지
대지
(㎡)
건물
(㎡)
취득일자
양도자
평당금액
(천 원/평)
계약일
소유권이전일
1
○○동
466
5,825
1,584
05. 6. 14.
05. 10. 27.
○○○○식품(손○
○)
2,354
466-1
453
246
467-1
83
\u30002
435-1
38
\u300005. 6. 14.
05. 10. 27.
최○○(손○○)
66,986
3
465-2
2,740
1,696
05. 6. 14.
05. 10. 27.
○○○가구(손○○)
1,882
4
463
947
526
05. 6. 14.
05. 10. 27.
손○○
93,204
5
465-1
768
\u300005. 12. 26.
06. 3. 17.
김○○(손○○)
1,980
6
465-6
509
1,208.72
05. 12. 26.
06. 3. 17.
손○○
7,339
7
465-7
783
1,176.15
05. 12. 30.
06. 9. 15.
손○○
39,729
8
458-1
979
\u300005. 8. 5.
05. 10. 10.
구○○
22,748
458-2
274
\u30009
457-2
2,135
1,201.38
05. 10. 7.
06. 4. 12.
○○○(구○○)
4,492
457-3
708
10
456-5
318
05.
05. 12. 2.
신○○(구○○)
8,982
11
456-4
925
592.92
\u300006. 2. 7.
신○○
23,945
12
459
2,327
05. 10. 7.
05. 10. 27.
최○○
11,176
(㎡당 3,386)
461
3,398
678-4
58
13
436-3
1,316
191.67
05. 10. 28.
05. 11. 10.
조○○
14,997
(㎡당 4,544)
14
437-3
3,120
356.04
05. 9.
05. 9. 14.
○○하우징
9,661
465-5
438
15
437-2
577
03. 3. 26.
03. 4. 4.
박○○
6,075
453-2
2,797
16
462
3,220
450.20
03. 3. 5.
03. 9. 9.
김○○
4,825
증의 2)를 제출하였다.
03. 3. 4.
심○○
17
455-4
2,017
839.04
03. 1. 29.
03. 6. 2.
조○○
4,638
7) 이 사건 각 토지의 위치는 별지 도면(1), (2) 표시와 같고, ○○○○건설은 ③토
지 위쪽으로 대로와 접하는 다른 토지들(대구 ○○구 ○○동 461, 436-3 토지 등) 등
도 추가로 취득하여 별지 도면(3) 표시와 같은 아파트 건축부지를 마련하였다. 한편 이
손○○ 소유의 ③토지의 매매가격은 시가보다 높게 정한 이상, 이 사건 매매계약
은 결국 특수관계자 외의 자인 ○○○○건설을 통하여 이루어진 특수관계자 사이의 거
래라고 봄이 타당하다(대법원 2013. 2. 28.자 2012두24580 판결, 부산고등법원 2012.
10. 10. 선고 2012누553 판결 참조). 따라서 원고들의 이 부분 주장도 이유 없다.
다) 경제적 합리성을 결여한 비정상적인 거래인지 여부
부당행위계산이라 함은 납세자가 정상적인 경제인의 합리적 거래형식에 의하지 아니
하고 우회행위, 다단계행위, 그 밖의 이상한 거래형식을 취함으로써 통상의 합리적인
거래형식을 취할 때 생기는 조세의 부담을 경감 내지 배제시키는 행위계산을 말하고,
법인세법 제52조에서 부당행위계산 부인 규정을 둔 취지는 법인과 특수관계 있는 자와
의 거래가 같은 법 시행령 제88조 제1항 각 호에 정한 제반 거래형태를 빙자하여 남용
함으로써 경제적 합리성을 무시하였다고 인정되어 조세법적인 측면에서 부당한 것이라
고 보일 때 과세권자가 객관적으로 타당하다고 인정되는 소득이 있었던 것으로 의제하
여 과세함으로써 과세의 공평을 기하고 조세회피행위를 방지하고자 하는 것인바, 같은
법 시행령 제88조 제1항이 조세의 부담을 부당하게 감소시키는 것으로 인정되는 경우
에 관하여 제1호 내지 제8호에서는 개별적・구체적인 행위유형을 규정하고, 제9호에서
는 '기타 제1호 내지 제8호에 준하는 행위 또는 계산 및 그 외에 법인의 이익을 분여
하였다고 인정되는 경우'라고 하여 개괄적인 행위유형을 규정하고 있으므로, 제9호의
의미는 제1호 내지 제8호에서 정한 거래행위 이외에 이에 준하는 행위로서 특수관계자
에게 이익분여가 인정되는 경우를 의미한다 할 것이고, 경제적 합리성 유무에 대한 판
단은 제반 사정을 구체적으로 고려하여 그 거래행위가 건전한 사회통념이나 상관행에
비추어 경제적 합리성을 결한 비정상적인 것인지의 여부에 따라 판단하여야 하며, 한
편 부당행위계산 부인에 있어 반드시 조세부담을 회피하거나 경감시킬 의도가 있어야
만 하는 것은 아니다(대법원 2006. 11. 10. 선고 2006두125 판결 등 참조).
위 인정사실 및 앞서 든 증거에 의하여 알 수 있는 다음의 각 사정에 비추어 보면,
원고들이 원고 손○○ 소유의 ③토지는 과대평가하고, 원고 ○○○○식품, ○○○가구
소유의 ①, ②토지는 과소평가하여 이 사건 각 토지의 매매대금을 정하는 방법으로 특
수관계인인 원고 손○○에게 경제적 합리성을 결한 비정상적인 이익을 분여하고 원고
○○○○식품, ○○○가구의 법인세 부담을 감소시켰으므로, 이는 구 법인세법 시행령
제88조 제1항 제9호 소정의 '이익 분여'로서 부당행위계산 부인의 적용대상이라고 봄
이 타당하다. 따라서 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.
㉠ 원고들이 ○○○○건설과 이 사건 매매계약을 체결하면서 이 사건 각 토지
의 개별적인 매매대금을 정함에 있어 감정평가를 의뢰하는 등 개별토지의 객관적인 가
치산정을 위한 조치를 취한 바가 없어 보인다.
㉡ 원고 손○○은 구 소득세법(2005. 12. 31. 법률 제7837호로 개정되기 전의
것) 제96조 제1항에 기하여 자신 소유의 ③토지의 매매와 관련하여 양도소득세를 신고
‧납부할 당시 실지거래가액이 아닌 기준시가에 따라 양도소득을 계산하는 것이 가능하
였고, 실제 그렇게 하였던 것으로 보인다.
㉢ 원고 손○○의 개인사무실 컴퓨터에서 발견된 2006. 2. 16.자 각서에는 ○
○○○건설에서 원고 손○○ 소유 토지를 고가로 매입하는 대가로 김○○이 6억 원을
영수한다는 내용이 기재되어 있고, ○○○○건설의 공동대표이사 박○○은 이 사건 조
사 시 이 사건 각 부동산의 개별가격은 전적으로 원고 손○○의 요구에 의해 결정되었
는데, 원고 손○○ 소유의 토지를 주변시세보다 높은 가격으로 매입해야 할 특별한 가
격형성 요인은 없었다고 진술하였다.
㉣ ○○○○건설은 이 사건 사업을 위한 부지로 이 사건 각 토지를 포함한 일
단의 토지를 매입할 필요가 있었으므로, 이 사건 각 토지의 개별 필지별 위치나 가격
보다 전체 토지의 매매대금, 면적 등이 계약체결의 더 중요한 요소였을 것으로 보인다.
㉤ 구 주택건설기준 등에 관한 규정 제7조 제3항, 제9조에서는 상업지역 안에
주택을 건설하는 경우에는 위험물저장 및 처리시설 중 주유소로부터 25m 이내에 공동
주택등을 배치할 수 없다는 규정이 적용되지 않는다고 규정하고 있으므로, 중심상업지
역인 이 사건 각 토지 인근에는 25m 거리 제한 규정이 적용되지 않는다.
㉥ ①, ②토지와 ③토지를 개별적으로 평가한다면 대로에 접한 ③토지의 ㎡당
가격이 상당히 더 높겠으나, 이 사건 사업을 시행하는 ○○○○건설의 입장에서는 이
사건 사업 부지의 중심부 쪽에 더 가까이 위치한 ①, ②토지도 ③토지 못지않게 반드
시 필요한 토지로 보이며, 여기에 ①, ②토지(6,361㎡, 2,740㎡)와 ③토지(947㎡)의 면
적 차이 등을 감안하면, 비록 위치상 우월한 점 등이 있더라도 원고들이 주장하는 ③
토지의 매매가격(265억 5천만 원)은 ①, ②토지의 매매가격(43억 원, 15억 원)에 비하
여 비정상적으로 높게 책정되었다고 할 것이다.
㉦ ○○○○건설은 원고 손○○로부터 ③토지를 매수한 후 ③토지 위쪽으로
같은 대로에 접해있는 대구 ○○구 ○○동 461 토지를 2005. 10. 7. 최○○으로부터
㎡당 3,386,666원(평당 11,176,000원)에, 같은 동 436-3 토지를 2005. 11. 10. 조○○로
부터 ㎡당 4,544,545원(평당 14,997,000원)에 각 매수하였는바, 원고들이 주장하는 ③
토지의 ㎡당 매매가격인 28,035,902원과는 현저한 차이를 보이고 있다.
㉧ 원고들이 주장하는 ③토지 매매가격은 입지조건이 비슷한 인근 토지의 실
지거래가액과 비교하더라도 6.5배 내지 17배나 차이가 나고, ○○○○건설이 이 사건
사업을 위하여 매입한 부지 매입가와 비교하더라도 ③토지 매매가격은 압도적으로 높
은 가격에 해당한다.
㉨ 원고들이 주장하는 ③토지의 임대수입인 보증금 1억 원, 월 800만 원은 정
기예금이자율(연 5%)을 기준으로 환산해보면 약 20억 원에 해당하는 수익인바, 위 20억
원은 ③토지 매매가격의 약 1/13에 불과하고, 원고 ○○○○식품이 ①토지를 ○○자동
차운전학원에 임대하고 받은 월 임료 2,700만 원에도 훨씬 미치지 못하는 금액이다.
㉩ 원고들은 기준시가로 매매가액을 안분하는 경우 취득가액 대비 매매가액의
차이가 심하다고 주장하나, 원고들 소유의 이 사건 각 토지의 취득시기 및 취득방법이
상이하므로 취득가액과 단순 비교하는 것은 특별한 의미가 있다고 할 수 없고, 과세관
청이 구○○와 ○○○의 매매사례에 대하여 부당행위계산 부인 규정을 적용하여 과세
하지 않았다는 이유만으로 바로 위 거래가 정상적인 경제인의 합리적 거래라고 단정할
수는 없다.
㉪ 원고들이 이 사건 양도 이후에 의뢰한 ○○○감정, ○감정원의 각 감정
평가는 그 가격시점이 서로 상이할 뿐만 아니라, 전자는 인근에 유사 거래사례가 상당
수 존재하였을 것임에도 기타요인 보정을 전혀 하지 않은 반면, 후자는 일반적이고 통
상적인 부동산 시장에서 형성되는 적정가격이 아닌 아파트 예정부지 매입이라는 특정
한 거래를 전제로 평가함으로써 그 산정방법과 전제를 전혀 달리하고 있다. 따라서 양
자를 단순 비교할 수 없을 뿐만 아니라, 일반적인 시가 산정의 원칙을 제대로 준수하
지 않은 것으로 보인다.
㉫ 법원감정에 의하면 2005. 10. 27. 기준으로 ①토지는 7,852,600,000원, ②토
지는 2,794,800,000원, ③토지는 3,068,280,000원으로 평가되었는바, 원고들이 주장하는
③토지의 매매가격과는 약 8.6배의 차이를 보이고, 위 매매가액과 달리 ①토지 평가액
이 ③토지 평가액의 약 2.5배에 이르는 등 ○○○감정, ○○감정원의 각 감정평가액과
도 현저한 차이를 보인다.
2) 둘째 주장에 관한 판단
구 법인세법 시행령 제89조 제2항은 법 제52조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 시
가가 불분명한 경우에는「부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률」(이하 '부동산가격
공시법'이라 한다)에 의한 감정평가법인이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액(제1호),
61조 내지 제64조의 규정을 준용하여 평가한 가액(제2호)을 순차로 적용하여 계산한
금액에 의한다고 규정하고 있다.
상속세및증여세법 제60조는 재산의 가액은 평가기준일 현재의 시가에 따르고(제1항), 이에 따
른 시가는 불특정 다수인 사이에 자유롭게 거래가 이루어지는 경우에 통상적으로 성립
된다고 인정되는 가액으로 하고 수용가격ㆍ공매가격 및 감정가격 등 대통령령으로 정
하는 바에 따라 시가로 인정되는 것을 포함하며(제2항), 제1항을 적용할 때 시가를 산
정하기 어려운 경우에는 해당 재산의 종류, 규모, 거래 상황 등을 고려하여 제61조부터
제65조까지에 규정된 방법으로 평가한 가액을 시가로 본다(제3항)고 규정하고, 제61조
제1항 제1호는 토지는 부동산가격공시법에 따른 개별공시지가에 의하여 평가한다고 규
정하고, 상속세및증여세법 시행령 제49조 제1항 제1호는 법 제60조 제2항에서 수용ㆍ공매가격
및 감정가격 등 대통령령이 정하는 바에 의하여 시가로 인정되는 것이라 함은 평가기
준일 전후 6개월 이내의 기간 중 해당 재산에 대한 매매사실이 있는 경우에는 그 거래
가액을 말한다고 규정하고, 제49조 제4항은 제1항 각호의 가액에 2 이상의 재산가액이
포함됨으로써 각각의 재산가액이 구분되지 아니하는 경우에는 각각의 재산을 법 제61
조 내지 제65조의 규정에 의하여 평가한 가액에 비례하여 안분계산하되 각각의 재산에
대하여 감정가액(동일감정기관이 동일한 시기에 감정한 각각의 감정가액을 말한다)이
있는 경우에는 감정가액에 비례하여 안분계산한다고 규정하고 있다.
상속세및증여세법 제49조 제4항의 입법취지나 내용에 비추어 보면, 토지, 건물 등 수개의 자
산을 일괄거래한 경우로서 그 전체의 실지거래가액은 확인되지만 각각의 실지거래가액
에 대한 구분이 불분명한 때에 그 가액의 합리적인 산정방법으로 기준시가의 비례에 의
한 안분계산방법을 규정한 것인바, 전체 토지를 각 필지별 가치의 우열을 구분・특정함
이 없이 전체로서 거래가액을 정한 것이라면, 필지별 실지양도가액은 전체의 실지거래
가액을 기준시가에 의하여 안분한 가액이라 할 수 있다(대법원 2013. 2. 28.자 2012두
24580 판결, 부산고등법원 2012. 10. 10. 선고 2012누553 판결, 대법원 2013. 2. 14.
선고 2012두22119 판결, 대법원 1994. 6. 14. 선고 93누10019 판결 등 참조).
위 인정사실에 의하여 알 수 있는 다음의 각 사정, 즉 ㉠ 원고들은 ○○○○건설에
이 사건 각 토지를 일괄하여 매매하였는데, 전체의 실지거래가액은 확인되지만 각각의
실지거래가액에 대한 구분은 불분명한 점, ㉡ 원고들의 의뢰에 따른 ○○○감정, ○○감
정원의 각 감정평가액은 감정주체, 감정시기, 가격시점, 감정방법 등을 전혀 달리하여
위 각 감정평가액에 따라 매매가액을 안분할 수 없는 점, ㉢ 더욱이 ○○○감정, ○○감
정원의 각 감정평가액은 이 사건 각 토지의 시가를 적정하게 평가하였다고 볼 수도 없
는 점 등에 비추어 보면, 피고들이 이 사건 각 토지의 전체 매매가액을 공시지가로 안
분하여 위 각 토지의 실지거래가액을 산정한 것은 적법하다고 할 것이므로, 피고의 이
사건 처분이 조세법률주의 원칙, 법률유보의 원칙에 위배된다는 등의 원고들의 위 주장
은 모두 이유 없다.
4. 결론
그렇다면 원고 손○○의 피고 ○○○세무서장에 대한 소는 부적법하여 각하하고, 원
고 ○○○○식품, ○○○가구의 피고 ○○○세무서장에 대한 각 청구와 원고 손○○의
○○○세무서장이 원고 주식회사 ○○○○식품(이하 '원고 ○○○○식품'이라
한다)에 대하여 한 2011. 3. 7.자 16,157,652,000원 및 2011. 2. 21.자 340,866,763원의
소득금액변동통지처분과 2011. 3. 7.자 2005 사업년도 법인세 7,286,735,670원 및
2011. 2. 17.자 2005 사업년도 법인세 136,068,990원의 각 부과처분을 각 취소한다. 피
고 ○○○세무서장이 원고 주식회사 ○○○가구(이하 '원고 ○○○가구'라 한다)에 대
하여 한 2011. 3. 7.자 4,690,871,000원 및 2011. 2. 21.자 102,728,092원의 각 소득금
액변동통지처분과 2011. 3. 7.자 2005 사업연도 법인세 1,992,203,000원 및 2011. 2.
17.자 2005 사업연도 법인세 40,654,880원의 각 부과처분을 각 취소한다. 원고 손○○
에 대하여, 피고 ○○○세무서장이 한 2011. 3. 7.자 4,690,871,000원 및 2011. 2. 21.자
102,728,092원의 각 소득금액변동통지처분과 피고 ○○○세무서장이 한 2011. 3. 11.자
종합소득세 1,588,531,470원의 부과처분을 각 취소한다.
○○○세무서장은 원고 손○○ 및 원고 ○○○가구에 대하여, 2011. 2. 21. 각
102,728,092원, 2011. 3. 7. 각 4,690,871,000원의 각 소득금액변동통지처분을 한 사실
은 앞서 본 바와 같으나, 피고 ○○○세무서장의 원고 손○○에 대한 위 각 소득금액
변동통지는 원천납세의무의 존부나 범위와 같은 원천납세의무자인 원고 손○○의 권리
나 법률상 지위에 어떠한 영향을 준다고 할 수 없으므로, 원고 손○○은 위 각 소득금
액변동통지의 취소를 구할 법률상 이익이 없다. 따라서 원고 손○○의 피고 ○○○세
무서장에 대한 소는 부적법하다.
3. 이 사건 각 처분의 적법 여부
가. 원고들의 주장
1) 부당행위계산 부인요건 미충족 주장
원고들의 ○○○○건설에 대한 이 사건 각 토지의 양도는 다음과 같은 이유로 법인
세법 제52조, 같은 법 시행령 제88조에 따른 부당행위계산 부인요건을 충족하지 못하
였다.
가) 특수관계 있는 자와의 거래가 아니라는 주장
○○○세무서장에 대한 청구는 모두 이유 없으므로 각 기각하기로 하여 주문과
같이 판결한다.
1. 처분의 경위
가. 원고 손○○은 2000. 3. 7.~2009. 3. 4., 2009. 11. 6.~2011. 3. 2. 원고 ○○○○ 식품의 대표이사였고, 2006. 12. 29. 원고 ○○○가구가 해산되기 전까지 같은 회사의 대표이사로 재직하다가 같은 날 청산인으로 취임하였다.
나. 원고들과 원고 손○○의 처남인 최○○은 2005. 6. 14. 주식회사 ○○○○건설(이하 '○○○○건설'이라 한다)과 사이에 다음과 같은 매매계약(이하 '이 사건 매매계약'이라 한다)을 체결하고(매매계약서는 매도인별로 각각 작성함), 원고 손○○이 ○○○○건설로부터 매매대금으로 2005. 6. 14. 계약금 3,500,000,000원, 2005. 7. 11. 중도 금 7,000,000,000원, 2005. 10. 26. 잔금 23,060,000,000원 합계 33,560,000,000원을 모두 지급받은 후, 같은 달 27. 이 사건 각 부동산에 관하여 ○○○○건설 앞으로 소유권이전등기를 모두 마쳐주었다(이하 '이 사건 각 양도'라 한다).
양도인
소재지
이하
약칭
지
목
면적(㎡)
매매대금(원)
토지
건물
토지
건물
합계
각 토지를 포함한 인근 주변 토지는「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」상 용도
지역이 중심상업지역이다.
8) ○○○○건설은 2007. 3. 29. ①, ②토지 등에 매립된 폐기물 처리비용과 관련
하여 원고 ○○○○식품, ○○○가구, 심○○ 등을 상대로 손해배상청구의 소(대구지방
법원 2007가합4152호)를 제기하였고, 위 법원은 2010. 1. 29. 폐기물 매립 여부, 폐기
물의 양을 입증할 증거가 없다는 이유로 청구기각 판결을 선고하였고, ○○○○건설이
항소(대구고등법원 2010나1808호)하였으나 2010. 2. 16. 강제조정결정이 확정되었다(이
하 '관련 민사소송'이라 한다).
9) 원고 ○○○○식품, ○○○가구의 의뢰에 따른 2006. 3. 31.자 ○○○감정의 감
정평가(가격시점: 2005. 10. 27., 을 제19, 20호증)에 의하면, ①, ②토지의 평가금액은
소재
지
지번
지목
용도지역
면적
평가금액
비고
공부
사정
단가
금액
대구
○○
구
○○
동
466
대
중심상업지역
5,005
5,514
880,000
4,852,320,000
일단지
\u3000\u3000\u3000\u3000847
616,000
521,752,000
도시계획도로 저촉부분
466-1
대
중심상업지역
453
\u3000\u3000\u3000\u3000466-4
대
중심상업지역
820
\u3000\u3000\u3000\u3000467-1
답
중심상업지역
83
\u3000\u3000\u3000\u3000 다음과 같은데, 기타조건 보정요인이 없는 것으로 평가하였다.
465-2
대
중심상업지역
2,409
2,234
650,000
1,452,100,000
일단지
\u3000\u3000\u3000\u3000175
455,000
79,625,000
도시계획도로 저촉부분
10) 원고 손○○의 의뢰에 따른 2012. 4. 2.자 ○○감정원의 감정평가(가격시점:
2005. 6. 14., 갑 제7호증)에서는, '일반적이고 통상적인 부동산 시장에서 형성되는 적
정가격이 아닌 아파트 예정부지 매입에 의한 특정 거래당사자간에 합리성을 가지는 특
정가격(한정가격) 거래'를 전제로 ③토지 단가를 10,600,000원/㎡, 시가를 10,038,200,000
원으로 평가하였다
11) 한편 이 법원의 감정인 최○○에 대한 감정촉탁 결과(이하 '법원감정'이라 한
다)에 의하면, 당해 토지와 유사한 이용가치를 지닌 인근지역 내 표준지의 공시지가를
기준으로 공시기준일(2005. 1. 1.자)부터 기준시점(2005. 10. 27.)까지의 지가변동추이
및 당해 토지의 가로의 폭・구조, 상업지역중심 및 교통시설과의 편의성, 고객의 유동
성과의 적합성 및 행정적조건 등 토지의 객관적 가치에 영향을 미치는 제 요인과 인근
지가수준 등을 감안하여 평가하되, 도시계획시설도로에 저촉되는 부분을 감안하여 이
감정물 지번
(○○동)
비
교
표
준
지
시점
수정
\u3000지
역
요
인
개별요인
기
타
요
인
적용단가
(원/㎡)
평가가액(원)
가
로
조
건
접
근
조
건
자
연
조
건
획지
조건
행정
조건
기
타
조
건
누계
①토
지
466
㉡
1.003
867
1
1
1.1
1.0
7
0.87
0.96
1
0.983
1.6
1,110,000
6,465,750,000
466
-1
㉠
1.003
867
1
1
1
1
0.85
1
1
0.85
2.4
2,750,000
1,245,750,000
467
-1
㉠
1.003
867
1
1
1
1
0.75
0.7
1
0.525
2.4
1,700,000
141,100,000
②토
지
465
-2
㉡
1.003
867
1
1
1
1
0.92
0.99
1
0.91
1.6
1,020,000
2,794,800,000
③토
지
463
㉠
1.003
867
1
1
1
1
1
1
1
1
2.4
3,240,000
3,068,280,000
435
-1
㉠
1.003
867
1
1
1
1
0.75
0.95
1
0.712
2.4
2,300,000
87,400,000
각 토지의 시가를 다음과 같이 평가하였다.
※비교표준지
㉠ ○○동 463 대 947㎡(이용상황: 상업용, 용도지역: 중심상업, 도로교통: 광대한면, 형상지세: 사다리평지,
공시지가: 1,300,000원/㎡)
㉡ ○○동 465-6 대 509㎡(이용상황: 상업용, 용도지역: 중심상업, 도로교통: 세로(가), 형상지세: 세장형평
지, 공시지가: 680,000원/㎡)
인정근거다툼 없는 사실, 갑 제4 내지 9호증, 을 제7, 8, 9, 12 내지 17, 19, 20,
22호증(각 가지번호 포함)의 각 기재, 이 법원의 감정인 최○○에 대한 감정촉탁
결과, 변론 전체의 취지
라. 판단
1) 첫째 주장에 관한 판단
가) 개별양도인지 여부
법률행위의 해석은 당사자가 그 표시행위에 부여한 객관적인 의미를 명백하게 확정
하는 것으로서 당사자 사이에 계약의 해석을 둘러싸고 이견이 있어 계약문서에 나타난
당사자의 의사해석이 문제되는 경우에는 문언의 내용, 그와 같은 약정이 이루어진 동
기와 경위, 약정에 의하여 달성하려는 목적, 당사자의 진정한 의사 등을 종합적으로 고
찰하여 논리와 경험칙에 따라 합리적으로 해석하여야 한다(대법원 2011. 12. 27. 선고
2011다5134 판결 등 참조).
원고들은 2005. 6. 14. ○○○○건설과 사이에 ①토지를 43억 원, ②토지를 15억 원,
③토지를 265억 5,000만 원에 각 양도한다는 내용의 각 매매계약서를 작성한 사실은
앞서 본 바와 같으나, 한편 위 인정사실 및 앞서 든 증거들에 의하여 알 수 있는 다음
의 각 사정에 비추어 보면, 원고들과 ○○○○건설 사이에 체결된 이 사건 매매계약은
이 사건 각 토지의 매매가액을 전체적으로 정하고 양도한 일괄계약으로 봄이 타당하
고, 갑 제3, 4, 5, 11호증(각 가지번호 포함)의 각 기재만으로는 위 인정을 뒤집기에 부
족하다(대법원 2013. 2. 28.자 2012두24580 판결, 대법원 2013. 2. 14. 선고 2012두
22119 판결, 대법원 2011. 2. 24.자 2010두23651 판결 등 참조). 따라서 원고들의 이
부분 주장은 이유 없다.
㉠ ○○지방국세청 조사공무원은 이 사건 조사 과정에서 원고 손○○의 개인
사무실 컴퓨터에서 이 사건 매매계약 체결일인 2005. 6. 14. 최종 수정한 것으로 확인
된 매매합의서 파일, 2006. 2. 16.자 각서 파일을 발견하였다.
㉡ 위 매매합의서에는 이 사건 각 부동산의 전체 매매대금을 335억 6,000만
원(평균가액 평당 1,100만 원)으로 정하고, 각 필지별 매매대금은 위 전체 매매대금 확
정 후 쌍방이 협의하여 정하며, 각 필지별 매매대금 등을 비밀로 하기로 한다는 내용
이 기재되어 있고, 위 각서에는 원고 손○○ 소유의 ③토지 및 대구 ○○구 ○○동
465-7 토지를 ○○○○건설에서 고가로 매입하는 조건으로 (김○○이) 6억 원을 영수
하여 ○○○○건설 대표이사 박○○과 반반 나누어 가지는 것으로 하며 차후 위 토지
의 세금 및 법률적인 문제가 발생 시 적극적으로 협조하여 주기로 한다는 내용이 기재
되어 있다.
㉢ 원고들은 ○○○○건설의 공동대표이사이던 김○○이 위 매매합의서와 각
서를 임의로 작성한 것이라고 주장하나, 갑 제11호증의 1, 2의 각 기재만으로는 이를
인정하기에 부족하고 달리 이를 인정할 증거가 없을 뿐만 아니라, 김○○(2010. 1.경
사망)이 원고 손○○의 개인사무실 컴퓨터에 자신이 작성한 서류 파일을 저장해둘 이
유가 없고, 더욱이 원고들이 요구하지 않는다면 ○○○○건설(김○○, 박○○) 측에서
위와 같은 문서를 작성할 아무런 이유가 없다.
㉣ ○○○○건설의 공동대표이사 박○○은 이 사건 조사 과정에서 자신은 이
사건 사업을 시행하기 위해서 토지를 매입해야 하는 약자로서 원고 손○○의 요구대로
이 사건 각 부동산의 매매가액을 결정할 수밖에 없었고, 위 각 부동산은 총액 335억
6,000만 원으로 일괄매입한 것이고, 각 필지에 대한 부동산 가격은 전적으로 원고 손
○○의 요구에 의해 결정되어 이 사건 매매계약서를 작성하였으며, 원고 손○○ 소유
의 ③토지를 주변시세보다 높은 가격으로 매입해야 할 특별한 가격형성 요인은 없었다
고 진술하였다.
㉤ ○○○○건설이 폐기물 처리비용 문제로 관련 민사소송을 제기한 시점은
이 사건 세금 문제가 불거지기 훨씬 전인 점과 위 매매합의서(필지별 매매가격 등 비
밀 엄수), 각서의 내용(고가 매입 대가로 6억 원 영수) 등을 감안하면, ○○○○건설은
그 당시에는 형식적으로 작성된 이 사건 매매계약서상의 내용대로 매매계약이 이루어
졌음을 전제로 폐기물이 발견된 토지의 소유자들만을 상대로 소송을 제기하였던 것으
로 보인다.
㉥ 원고 손○○은 이 사건 매매계약 체결 당시 원고 ○○○가구, ○○○○식
품의 대표이사로서 원고들은 특수관계에 있었으며, 원고 손○○이 이 사건 각 토지의
전체 매매가격, 각 필지별 매매가격 등을 실질적으로 모두 결정하였다.
㉦ 이 사건 매매계약서상 ①토지의 매매가액은 43억 원(㎡당 675,994원), ②토
지의 매매가액은 15억 원(㎡당 547,445원), ③토지의 매매가액은 265억 5,000만 원(㎡
당 28,035,902원)으로 기재되어 있으나, 법원감정에 의하면 2005. 10. 27. 기준으로 ①
토지는 7,852,600,000원(㎡당 446 토지 1,110,000원, 466-1 토지 2,750,000원, 467-1
1,700,000원), ②토지는 2,794,800,000원(㎡당 1,020,000원), ③토지는 3,068,280,000원
(㎡당 3,240,000원)으로 평가되었는바, 이 사건 매매계약서상 ③토지의 매매가액은 비
정상적으로 높게 책정되었다.
㉧ ○○○○건설은 이 사건 사업을 위한 부지로 이 사건 각 토지를 포함한 일
단의 토지를 매입할 필요가 있었으므로, 이 사건 각 토지의 개별 필지별 위치나 가격
보다 전체 토지의 매매대금이 계약체결의 가장 중요한 요소였을 것으로 보인다.
나) 특수관계 있는 자와의 거래인지 여부
법인세법 제52조 제1항은 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의
행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령으로 정하는 특수관계인과의 거래로 인하여 그
법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그
법인의 행위 또는 소득금액의 계산에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을
계산할 수 있다고 규정하고, 제4항은 제1항부터 제3항까지의 규정을 적용할 때 부당행
위계산의 유형 및 시가의 산정(算定) 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다
고 규정하고, 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 제1호 내지 제9호에서는 부당행위계산
의 유형을 규정하고, 제2항은 제1항의 규정은 그 행위 당시를 기준으로 하여 당해 법
인과 특수관계자간의 거래(특수관계자 외의 자를 통하여 이루어진 거래를 포함한다)에
대하여 이를 적용한다고 규정하고 있다.
위 인정사실 및 관계법령에 의하여 알 수 있는 다음의 각 사정, 즉 ㉠ 원고들과 ○
○○○건설은 특수관계에 있는 자가 아니나 원고들은 특수관계에 있는 자들인 점, ㉡
법인세법상의 부당행위계산 부인이 적용되지 않기 위해서는 특수관계자의 지위에 있는
원고들이 매수인인 ○○○○건설과 사이에서 처음부터 각자 자신 소유의 토지에 대하여
각각의 매매조건을 협의하여 각자의 소유 토지에 대한 매매대금을 결정하는 형식의 개
별적인 매매계약이어야 하는 점, ㉢ 그와 달리 원고들이 인접해 있는 자신들 소유의 이
각 토지를 함께 매도하는 기회에 원고 ○○○○식품, ○○○가구의 소유 토지 대
금을 낮게 평가하는 대신 원고 손○○ 소유 토지의 매매대금을 높여 주는 방식으로 매
매계약을 체결하였다면, 이는 구 법인세법 시행령 제88조 제2항의 특수관계자 외의 자
를 통하여 방법으로 이루어진 특수관계자간의 거래에 해당한다고 할 것인 점, ㉣ 특수
관계에 있는 원고들이 각자 소유하는 부동산을 매수인에게 매도하면서 그 대금을 각자
소유하는 부동산의 시가에 따라 적정하게 안분하지 아니하고, 원고 ○○○○식품, ○○
○가구에 지급되어야 할 대금 중 일부를 특수관계자인 원고 손○○에게 분배하여 특수
관계자로 하여금 자신이 소유하는 부동산의 시가에 상응하는 금액을 초과하여 대금을
지급받게 하는 것은, 원고 ○○○○식품, ○○○가구가 위 초과금액 상당의 대금을 지
급받아 특수관계자인 원고 손○○에게 무상으로 주어 결국 위 각 법인의 소득에 대한
조세의 부담을 감소시키는 것과 다름이 없는 점 등에 비추어 보면, 특수관계자인 원고
들이 ○○○○건설과 이 사건 각 토지에 관하여 일괄하여 매매계약을 체결하면서 형식
적으로 원고 ○○○○식품, ○○○가구 소유 ①, ②토지의 매매가격은 시가보다 낮게,