성립에 각 다툼이 없는 갑제1, 3호증(각 심사결정서), 갑제2, 4호증의 1, 2(심판결정 및 그 통지), 갑제9호증의 1 내지 6(법인수익용 기본재산교환허가, 교환허가신청, 사유서, 재산목록, 수익용기본재산현황, 재산수입산출내역), 갑제10호증의 1, 2(각 감정평가서0, 갑제17호증의 1 내지 10(법인세과세표준 및 세액신고서, 법인세과세표준 및 세액조정계산서, 가산세액계산서, 특별부가세, 방위세과세표준 및 세액계산서, 계산근거, 세액면제신청서, 수익용재산취득명세서, 대차대조표, 손익계산서), 을제6호증의 1 내지 23(법인세, 방위세과세표준금액 및 세액결정결의서, 계산서, 가산세액계산서, 소득금액조정합계표, 특별부가세과세표준 및 세액계산서, 과소신고소득 및 미달세액계산서, 자본금과적립금계산서, 조사서, 양도토지 및 건물시가산정표, 소득금액변동통지서, 인정상여에 대한 갑근세계산서), 을제7호증의 1 내지 5(법인세과세표준 및 세액신고서, 조정계산서, 가산세액계산서, 특별부가세, 방위세과세표준 및 세액계산서)의 각 기재에 별론의 전취지를 합쳐보면 원고는 사립학교법 제10조에 따라 설립된 학교법인으로 ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 산 47의 1에서 ㅇㅇ여자상업고등학교를 설치하여 운영하고 있는데 소외 이ㅇㅇ가 1973. 7. 6. 원고에게 출연하여 소유권이전등기를 마친 그 소유의 수익용 기본재산인 ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 145의 12 대 1,281㎡ 및 그 지상 건물(아래, 이건 교환양도부동산이라 한다)을 원고학원의 출연자이고 현재 이사장인 이ㅇㅇ의 아들인 소외 이ㅇㅇ 소유인 ㅇㅇ 동래구 ㅇㅇ동 395 ㅇㅇ아파트 5동 1107호 47평형 대지권 및 건물과 이ㅇㅇ 및 같은 소외 이ㅇㅇ 소유인 ㅇㅇ 동래구 ㅇㅇ동 675의 13 대 및 같은동 675의 15 대지 292.8㎡ 및 그 지상 5층건물(아래, 이건 교환양수부동산이라한다)과 서로 교환하기로 하여 ㅇㅇ감정평가사 합동사무소 박ㅇㅇ에게 감정평가를 의뢰하여 이건 양도부동산은 643,452,900, 이건 양수부동산은 688,810,100원이라는 감정평가가 나왔으나 차액은 위 소외인들이 포기하고 1990. 1. 11. 교환하기로 하여 이건 양도부동산에 대하여는 소외인들 앞으로, 이건 양수부동산에 대하여는 원고앞으로 각 소유권이전등기를 마치고 원고법인은 법인세법 제1조 제1항 제6호, 제59조의2 제2항에 따라 이건 교환에 대하여 특별부가세를 부담하여야 할 것이나 조세감면규제법 제67조의3 제1항에 의하여 특별부가세를 면제받기 위하여 제4항에 의한 세액면제신청을 한 사실, 피고는 원고법인과 위 이ㅇㅇ, 이ㅇㅇ와는 위 이ㅇㅇ의 아들인 이ㅇㅇ는 원고법인의 재단이사장, 다른 아들인 이사용은 원고법인 ㅇㅇ ㅇㅇ여자상업고등학교의 교장으로 모두 원고법인과 법인세법시행령 제46조 제1항 제1, 2호에 정한 특수관계에 있는 자에 해당하고 원고법인의 이건 교환거래는 이건 양도부동산의 저가양도, 이건 양수부동산의 고가매입을 하여 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정하여 법인세법 제20조에 따를 이를 부인하고 그 시행규칙 제16조의2에 정한 시가가 불분명하고 감정가액이 없는 경우에 해당한다고 하여 상속세법시행령 제5조 제2항 내지 제6항에 따라 기준시가를 기준으로 하여 이건 양도 및 양수부동산의 가액을 평가하여 별지기재와 같이 원고법인의 위 사업연도의 익금에 가산함과 동시에 양도, 양수부동산가액의 차익에 대하여는 먼저 원고에게 특별부가세를 과하기로 하고 나아가 법인세법시행령 제94조의2 제1항 제1호 나목에 의하여 귀속자인 이ㅇㅇ, 이ㅇㅇ에 대한 상여로 처분하고 그에 대한 소득세법시행령 제198조 제1항에 의한 원천징수의무자인 원고에 대하여 갑종근로세를 부과하기로 하여 별지기재와 같은 내역으로 청구취지 기재와 같이 1991. 1. 4. 법인세 및 방위세를, 같은해 2. 18. 갑종근로소득세 및 방위세를 부과, 고지한 사실을 인정할 수 있다(피고는 이건 과세처분이 계산착오로 적게 부과되었다고 주장하면서 별지와 같이 정당한 세액을 계산하고 있으나 구체적으로 부과하지 않았으므로 원처분대로의 세액을 대상으로 한다).

그리고 법인세법 제20조는 정부는 대통령령이 정하는 바에 의하여 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령이 정하는 특수관계에 있는 자와의 거래에 있어서 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산에 불고하고 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다고 규정하고 있다.

2. 이건 과세처분의 적법여부

가. (1) 주장

원고는 위 이ㅇㅇ가 교환계약당시에 원고법인의 재단이사장이고, 이ㅇㅇ는 원고법인이 운영하는 ㅇㅇ여자상업고등학교의 교장으로 있었을 뿐이고 학교법인의 재단이사장, 학교교장은 법인세법시행령 제46조에서 학교법인과 특수관계에 있는 자로 규정하고 있지 아니한데도 원고법인과 위 교환을 특수관계에 있는 자와의 거래로 보고 법인세법 제20조를 적용하여 한 피고의 이건 처분은 위법하다고 주장한다.

(2) 판단

법인세법시행령 제46조 제1항은 법제20조에서 특수관계에 있는 자라 함은 다음 각 호의 관계에 있는 자를 말한다고 한 다음, 그 제1호에서 출자자와 그 친족, 그 제2호에서 법인 또는 출자자의 사용인(출자자에 있어서는 영리법인인 경우에는 임원에 한하고 비영리법인인 경우에는 이사 및 설립자에 한한다. 이하 이 조에서 같다)이나 사용인이외의 자로서 법인 또는 출자자의 금전 기타 자산에 의하여 생계를 유지하는 자와 이들과 생계를 함께 하는 친족을 들고 있다. 위 법조에 의하여 부당행위계산으로 부인할 수 있는 거래의 상대방에 해당하는 특수관계에 있는 자라 함은 본법시행령 제46조 제1항 각호에서 열거한 관계에 있는 자에 한정된다고 할 것이고 이는 세법 법령해석의 일반원칙에 따라 엄격히 해석하여야 하고 유추해석이나 확대적용은 허용될 수 없다고 할 것이다(대법원 1986. 3. 25. 선고 86누30 판결). 그런데 앞서 든 증거에 의하면 원고법인은 소외 이ㅇㅇ가 출연하여 설립하였고 현재 이ㅇㅇ가 이사장으로 있으며 이ㅇㅇ, 이ㅇㅇ는 모두 이ㅇㅇ의 아들들로서 이ㅇㅇ는 이건 교환거래 당시에 원고 법인의 재단이사장, 이ㅇㅇ는 원고법인이 운영하는 ㅇㅇ여자상업고등학교의 교장으로 근무하고 있은 사실을 인정할 수 있는 바, 위 인정사실에 의하면 이ㅇㅇ, 이ㅇㅇ는 문리해석으로도 위 시행령 제1호에 정한 출자자의 친족에 바로 해당한다고 할 것이고 제2호에 정한 법인의 사용인에도 해당한다고 할 것이므로 위 원고의 주장은 이유없다.

나. (1) 주장

원고는 이건 양도부동산이 오래된 건물로서 원고법인의 운영에 도움이 될 만큼 수익을 얻지 못하여 이ㅇㅇ, 이ㅇㅇ의 이건 교환양수부동산과 교환하기로 하여 ㅇㅇ감정평가사무소에 의뢰하여 그 정당한 감정평가에 따라 이ㅇㅇ, 이ㅇㅇ의 이건 교환양수부동산이 이건 양도부동산보다 고가로 평가된 부분을 포기하기로 하고 교환거래를 한 것으로 위 교환거래는 정당한 감정결과에 터잡은 정당한 것으로 그에 대하여는 조세감면규제법 제67조의3에 따라 특별부가세를 면제하여야 할 것이고, 이건 교환계약으로 인하여 이ㅇㅇ, 이ㅇㅇ가 이득을 얻지 못하므로 원천징수의무자로서 원고에 대하여 갑종근로세를 부과할 수 없다고 할 것임에도 피고가 이건 양도, 양수부동산에 대하여 국세청장이 정한 기준시가를 적용하여 이건 양도, 양수부동산에 대하여 국세청장이 정한 기준시가를 적용하여 이건 양도, 양수부동산의 가액에 차이가 있어 이ㅇㅇ, 이ㅇㅇ에게 이득이 생겼다고 보고 한 이건 법인세, 갑종근로세등의 부과처분은 위법하다고 주장한다.

(2) 관계법령의 검토

법인세법 제20조의 규정은 앞서 본 바와 같고, 법인세법시행령 제46조 제2항은 법제20조에서 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우 라 함은 다음 각 호의 1에 해당하는 경우를 말한다고 하고, 그 제4호에서 출자자등으로부터 자산을 시가를 초과하여 매입하거나 출자자등에게서 자산을 시가에 미달하게 양도한 때를 들고 있고, 그 시행규칙(1991. 12. 28. 개정되기 전의 것) 제16조의2는 …영제46조…의 규정을 적용함에 있어서 시가가 불분명한 경우에는 감정평가에관한법률 제6조의 규정에 의한 인가를 받은 감정회사가 감정한 가액에 의하고, 감정평가한 가액이 없는 경우에는 상속세법시행령 제5조 제2항 내지 제6항의 규정을 준용하여 평가한 가액에 의한다고 규정하고, 상속세법 시행령(1990. 12. 31. 개정되기 전의 것)제5조 제2항은 유형재산의 평가는 다음 각 호에 의한다고 한 다음 그 제1호에서 토지, 건물의 평가라고 하고 (가)목에서 국세청장이 정하는 특정지역에 있어서는 배율방법에 의하여 평가한 가액에 의한다. (나)목에서 (가)이외의 지역에 있어서는 지방세법상의 과세시가표준액에 의한다고 한다. 그리고 위 시행령 제46조 제2항 제4호는 출자자등으로부터 시가를 초과하여 자산을 매입한 때를 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우의 하나로 들고 있어 시가가 고가매입여부에 대한 판정의 기준이 되고 있고 이 때의 시가에 대한 입증책임은 과세관청에게 있다(대법원 1987. 4. 14. 선고 86누378 판결). 조세감면규제법 제67조의3 제1항은 사립학교법에 의하여 설립된 학교법인의 다음 각 호의 1에 해당하는 소득에 대하여는 대통령령이 정하는 바에 의하여 특별부가세를 면제한다고 하고, 그 제1호에서 학교법인이 소유하는 기본재산인 토지등 교육사업에 사용할 목적으로 양도함으로써 발생하는 소득, 제2호에서 학교법인이 1985. 12. 31. 이전에 취득한 토지등을 다른 수익용재산을 취득하기 위하여 양도함으로써 발생하는 소득을 들고, 제2항에서 제1항의 규정에 의하여 특별부가세를 면제받은 학교법인이 대통령령이 정하는 바에 따라 교육사업에 사용하지 아니하거나 수익용재산을 취득하지 아니한 때에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 계ㅇㅇ 세액을 추징한다고 하고, 조세감면규제법시행령 제55조의3 제2항은 법제67조의3 제2항의 규정에 의하여 면제받은 세액을 추징할 수 있는 경우로 제1호에서 양도금액을 3년이내에 교육사업에 사용하지 아니하거나 교육사업이외의 목적에 사용한 경우등을 들고 있으며 그 제3항에서 법제67조의3 제2항의 규정에 의하여 추징할 세액은 면제세액에 제2호 각 호 본문에 해당하는 금액이 토지등의 양도가액에서 차지하는 비율을 곱하여 계ㅇㅇ 금액으로 한다고 규정하고 있다.

(3) 판단

(가) 법인세법시행령 제46조 제2항 제4호를 적용하여 부당행위를 부인하려면 그 시가에 대하여는 피고가 입증하여야 할 것이나 원고는 ㅇㅇ감정평가사무소 박ㅇㅇ의 이건 양수.도 부동산에 대한 감정평가가 정당하여 시가에 해당한다고 할 것이므로 그에 따른 이건 교환계약은 정당하다고 주장하고, 피고는 앞서 1에서 본 바와 같이 이를 시가로 보지 아니하고 이건 교환계약에 있어 교환양수.도부동산에 관하여 법인세법시행규칙 제16조의2에 정한 시가가 불분명한 경우이고 감정한 가격이 없는 경우에 해당하므로 상속세법시행령 제5조 제2항에 따라 국세청장의 기준시가에 의하여야 한다고 주장하므로 위 박ㅇㅇ가 감정평가한 가액을 시가로 볼 수 있는가부터 차례로 살펴본다.

성립에 각 다툼이 없는 을제9호증의 1, 2(감정평가서)의 각 기재와 증인 박ㅇㅇ의 증언에 의하면 박ㅇㅇ는 이건 교환양도부동산의 1989. 11. 28. 가격시점의 감정가격은 ㅇㅇ동 145의 12 대지 1,281.3㎡가 ㎡당 480,000원으로 합계 615,024,000원으로, 건물이 28,428,900원으로 감정평가되어 도합 643,452,900원이고, 이건 교환양수부동산의 1989. 11. 28. 가격시점의 감정가격은 ㅇㅇ동 675의 13 및 15 대지 292.4㎡가 ㎡당 1,300,000원으로 합계 380,640,000원, 그 지상 건물이 208,170,100원, ㅇㅇ동 395의 지상 아파트가 100,000,000원으로 도합 683,810,000원으로 감정평가한 사실, 그 구체적인 감정평가 내역은 이건 교환양도부동산 중 대지는 그 용도가 주거지역이고 인근에 주택이 대부분이어서 1989년 무렵의 지가도 상대적으로 낮게 형성되고 있고 대지면적이 넓어 한꺼번에 매각하는 경우 높은 금액을 받기도 어렵다고 보아 ㎡당 480,000원으로, 그 지상 건물은 지은지 15년이상된 낡은 블록조건물들은 가치가 거의 없어 위와 같이 평가하였고, 이건 교환양수부동산중 675의 13, 15 대지는 2필지가 하나로 연결된 토지로 ㅇㅇ로타리 인근에 위치한 상업지역으로 주변에 많은 상가가 들어서 상권이 이미 형성된 지역이라 ㎡당 1,300,000원으로 그 지상 5층건물은 지은지 얼마되지 않아 280,170,000원으로, 그리고 ㅇㅇ동에 있는 아파트는 100,000,000원으로 각 감정평가한 사실을 인정할 수 있다.

성립에 각 다툼이 없는 을제2호증의 1, 2, 3(개별공시지가)의 각 기재에 의하면 1990. 9. 1. 개별공시지가는 이건 교환양도부동산 중 대지 1,281.3㎡가 ㎡당 1,200,000원이고, 교환양수부동산인 675의 13 대지는 ㎡당 1,500,000원, 675의 15 대지는 ㎡당 1,200,000원인 사실을 인정할 수 있다.

그리고 성립에 다툼이 없는 갑제13호증(감정평가사)의 기재에 의하면 한국감정원은 1990. 1. 11. 가격시점의 이건 양수부동산의 가격은 ㅇㅇ동 675의 13, 15 대지 292.8㎡는 ㎡당 1,200,000원으로 합계 351,360,000원, 그 지상건물은 204,142,800원, 그리고 아파트는 100,000,000원으로 도합 655,502,800원으로 감정평가하였고, 한국감정원감정결과에 의하면 1990. 1. 11. 가격시험의 이건 양도부동산의 가격은 ㅇㅇ동 대지 1,281.3㎡가 ㎡당 950,000원으로 합계 1,217,235,000원, 건물은 36,638,810원으로 도합 1,253,873,810원으로 감정평가하였고 감정내용은 대지에 관하여 이건 대지는 진구 ㅇㅇ동에 있는 ㅇㅇ지하철역 북동측 인근 400m지점에 있고 서쪽으로 15m지점에서 ㅇㅇ시 간선도로인 중앙로가 있으며 주변은 일반점포 및 주택이 혼재하여 있으며 교통사정은 인근에 간선도로 및 시내각 방면 노선버스정류장, 1호선지하철역이 있고 모든 차량이 접근할 수 있어 매우 편리하며, 영도는 일반주거지역이나 상업지역으로 이행되어 가고 있고 1990. 1. 1. 건설부의 공시지가를 적용하여 시가를 산정하기 위한 표준지로는 ㅇㅇ동 145의 16과 같은동 144의 13 대지를 들 수 있는데, 145의 16 대지는 당시 공시지가가 ㎡당 2,200,000원, 144의 13 대지는 700,000원이고, 이에 시점수정, 지역요건 및 개별요인비교를 하여 보면 이건 교환양도대지는 1990. 1. 11.무렵 ㎡당 950,000원으로 평가한 사실을 인정할 수 있고, 그리고 원고는 이건 교환양수토지에 관하여는 앞선 박ㅇㅇ의 감정평가가 정당함을 입증하기 위하여 한국감정원에 감정평가를 의뢰하여 위와 같은 감정결과에 의하여 이건 교환양수부동산에 관하여는 그 정당성을 주장하면서 이건 교환양도부동산에 관하여는 감정의뢰조차 하지 아니하여 이 법원에 이르고 피고의 신청에 의하여 한국감정원에 감정의뢰를 하여 위와 같은 감정결과가 나오게 되었음은 기록상 알 수 있다.

성립에 각 다툼이 없는 을제12호증의 1 내지 8(부가기치세신고서)의 각 기재에 의하면 원고가 이건 양도.양수부동산을 교환전의 수입금액은 교환양도부동산의 1989. 4월부터 1990년 3월가지 사이의 부가가치세 신고액이 13,465,296원이고, 이건 양수부동산은 12,499,993원으로 이건 교환양도부동산의 수입이 더 많은 사실을 인정할 수 있고, 성립에 각 다툼이 없는 갑제12호증(교환계약서), 을제12호증의 5 가운데 첨부된 임대차계약서의 각 기재에 의하면 원고가 이건 교환양수한 위 아파트는 교환전 위 이ㅇㅇ의 소유로 그 자신이 거주하고 있었는데 원고가 교환양수하고 나서 1990. 2. 22. 원고와 사이에 임대보증금 22,000,000원으로 하는 임대차계약을 맺고 이ㅇㅇ가 그대로 살고 있는 사실을 인정할 수 있다.

위 인정사실에 의하면 박ㅇㅇ의 감정평가는 먼저 감정평가법인의 감정도 아니고 그 감정평가 가운데 이건 교환양도대지에 관한 부분은 ㅇㅇ진구청에서 발표한 그 무렵의 개별공시지가와 비교하여도 이건 교환양수대지에 비하여 현저히 낮게 평가되어 있고 원고 스스로 이건 교환양도대지에 관하여는 한국감정원에 감정평가를 의뢰하지 않아 피고의 신청에 의한 감정결과에 의하여도 이건 교환양도대지를 저가로 평가하였음이 들어 났으며, 감정평가의 구체적인 내용에 있어서도 보다 구체적이고 정밀한 것으로 보이며, 더욱이 원고법인의 수익의 증대를 위하여 교환하기로 한다고 하면서 교환할 무렵의 부가가치세 신고서에도 이건 교환양도부동산의 수익성이 높은 것을 알고서도 지하철역부근에 있고 상가로 형성되어 가고 있는 이건 교환양도대지를 원고법인의 재단이사장 내지 산하 교장에게 양도하면서 학교장이 살고 있는 아파트를 수익재산으로 교환하여 취득한다는 것은 순경제인으로서 합리적인 거래형태로 보기도 어려운 점등을 합쳐보면 박ㅇㅇ의 감정가액을 위 시행령 제46조 제4호에 정한 시가로 인정할 수 없다고 할 것이므로 원고의 위 주장도 이유없고, 원고의 이건 교환거래에 관하여는 시가가 불분명한 경우이고 감정한 가액도 없으므로 상속세법시행령 제5조 제2항을 준용하여야 할 것이고 따라서 그에 의하여 이건 양도.양수부동산을 평가하여 과세한 피고의 이건 처분은 위법하다. 다만 이 법원에서 이건 교환양도부동산에 대하여도 한국감정원의 감정평가가 되었고 그 감정결과에 의하면 이건 양도부동산은 1,253,873,810원이고 양수부동산은 655,502,800원으로 그 차액이 적어 일응 원고에게 유리한 것처럼 보이므로 그 감정평가결과에 따라야 할 것이 아닌가 하는 의문이 있으나 원고가 납부하여야 할 특별부가세나 법인세 그리고 갑종근로세의 산정에 있어서는 이건 양도부동산의 양도가액과 취득가액과의 차이가 결정적이고 이건 양수부동산의 가액은 조세감면규제법시행령 제55조의3 제3항에서 추징할 액수를 계산함에 있어서 기준이 될 뿐이라 결과적으로 원고에게 불리하게 되므로 이를 기준으로 하지 아니한 점에서 피고의 처분은 적법하다.

3. 결론

그렇다면 원고의 이건 청구는 이유없어 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

1993. 7. 21.

심급 사건

참조조문

참조판례