원고에 대하여, 피고 ○○세무서장이 2014. 7. 24. 한 2010년 귀속 종합소득세 ***,***,***원의 부과처분 중 ***,***,***원을 초과하는 부분, 피고 □□세무서장이 2014. 10. 14. 한 2010년 귀속 종합소득세 가산세 **,***,***원의 부과처분 중 **,***,***원을 초과하는 부분을 모두 취소한다.

2. 원고의 나머지 항소를 기각한다.

3. 소송비용은 각자 부담한다.

이 법원이 이 부분에 관하여 설시할 이유는 제1심 판결의 해당 부분 이유 기재와 같으므로 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 인용한다.

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

1) 원고는 ☆☆종건에 대한 채권을 확보할 목적에서 형식적으로 ☆☆종건의 공동대표이사로 취임한 것일 뿐 ☆☆종건의 업무나 운영에 일체 관여한 바가 없고 이 사건 토지 지분의 매매나 대금지급 과정에도 전혀 관여하지 아니하였으므로 ☆☆종건의 귀속불명 소득을 원고에게 귀속시켜 종합소득세를 부과할 수 없다. 또한 ☆☆종건은 원고가 공동대표이사로 취임하기 전에 이미 이 사건 토지 지분 양도대금 중 2,830,000,000원을 지급받았고, 원고가 공동대표이사로 취임한 후 ☆☆종건이 2009. 6. 1.부터 2010. 4. 12.까지 사이에 지급받은 나머지 양도대금 3,695,950,000원(양도대금 6,525,950,000원 - 2,830,000,000원)도 ◎◎물류센타에 지급된 잔대금 1,400,000,000원을 제외한 2,295,950,000원(3,695,950,000원 - 1,400,000,000원)을 △△△이 사용하였으므로 원고에게 귀속시킬 ☆☆종건의 귀속 불명 소득은 없다. 따라서 이와 다른 전제에서 이루어진 이 사건 처분은 위법하다.

2) 이 사건 처분의 과세표준은 ■■■세무서장의 추계결정에 의해 산출된 것인바, 피고들이 위 추계결정의 필요성과 합리성을 증명하지 못하는 한 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관계 법령

이 법원이 이 부분에 관하여 설시할 이유는 제1심 판결의 해당 부분 이유 기재와 같으므로 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 인용한다.

다. 판단

1) 첫째 주장에 관한 판단

가) 구 법인세법 시행령(2016. 2. 12. 대통령령 제26981호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제106조 제1항이 규정하고 있는 대표자에 대한 인정상여 제도는 그 대표자에게 그러한 소득이 발생한 사실에 바탕을 두는 것이 아니라, 법인에 의한 세법상의 부당행위를 방지하기 위하여 그러한 행위로 인정될 수 있는 일정한 사실에 대해 그 실질과 관계없이 무조건 대표자에 대한 상여로 간주하도록 하는 데 그 취지가 있는 것으로서, 그 대표자는 실질적으로 그 회사를 사실상 운영하는 대표자이어야 하므로 비록 회사의 법인등기부상 대표이사로 등재되어 있는 사람이라고 하더라도 당해 회사를 실질적으로 운영한 사실이 없다면 그 회사의 귀속불명 소득을 그에게 귀속시켜 종합소득세를 부과할 수 없다(대법원 2010 . 12. 23. 선고 2008두10461 판결 참조). 그런데 법인등기부상 대표이사로 등재된 사람은 실질적으로 회사를 운영하고 있는 것으로 추정할 수 있으므로 법인등기부상의 대표이사가 실질적으로 회사를 운영하지 아니하였다는 사실은 이를 주장하는 측에서 입증하여야 한다(대법원 2008. 4. 24. 선고 2006두187 판결 참조). 한편, 장부에 기재되지 않고 사외유출된 법인의 수입금은 그 귀속이 분명하지 않은 한 과세관청이 법인세법 제67조, 같은 법 시행령 제106조 제1항 제1호 단서의 규정에 의하여 대표자에 대한 상여로 소득처분할 수 밖에 없는 것이고, 이 경우 그 귀속이 분명하다는 점에 관한 증명책임은 이를 주장하는 납세의무자에게 있다(대법원 2013. 3. 28. 선고 2010두20805 판결 참조).

나) 위와 같은 법리에 의하면, 원고는 △△△과 함께 ☆☆종건의 공동대표이사로 등재되어 있던 2009. 4. 10.부터 2010. 4. 30.까지 ☆☆종건을 실질적으로 운영하였던 것으로 추정되는바, 원고가 제출한 갑7, 10, 13 내지 21, 33 내지 39호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재만으로는 원고가 실질적으로 ☆☆종건을 운영하지 아니하였다고 단정하기 어렵고 달리 이를 인정할 증거가 없다. 오히려 갑22 내지 25호증, 을7호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고는 2009. 2.경 이 사건 토지에 대한 토지거래허가구역 지정이 해제되고 1번 내지 3번 분양계약에 따른 잔금 지급이 가시화되기 시작하자 ☆☆종건이 지급받을 잔금으로 ☆☆종건에 대한 자신의 채권 등을 변제받기 위하여 ☆☆종건의 공동대표이사로 취임한 사실, 그 후 ☆☆종건과 ※※※ 등은 이 사건 토지 지분 등이 경매로 처분될 위험에 처하자(수원지방법원 2009타경43323호) 이 사건 토지 중 5,280평을 추가로 매수한 수 이를 처분한 대금등으로 경매를 취소시킬 계획을 세웠는데, 위 추가 매수 당사자 중 주식회사 ◇◇◇물류는 원고가 조카 ⓔⓔⓔ과 설립하여 원고가 그 공동대표이사였으며, 주식회사 ▼▼물류는 원고에계 투자관계를 일임하여 왔던 ☉☉☉이 동대표이사였던 사실 등 원고가 ☆☆종건의 이 사건 토지 관련 사업에 실질적으로 관여하였던 것으로 보이는 정황들이 인정되므로, 원고가 공동대표이사로서 ☆☆종건을 실질적으로 운영하지 아니하였다는 원고의 주장은 이유 없다.

다) 한편 조세심판원은 원고가 ☆☆종건의 공동대표이사로 취임하기 전에 1번 내지 3번 분양계약에 기하여 지급받은 계약금과 중도금을 2,040,000,000원(계약금 1,080,000,000원 + 중도금 960,000,000원)으로 인정하였고 이 사건 처분도 조세심판원이 위와 같이 인정한 내용에 기하여 이루어졌으나, 갑11, 26, 27, 28호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 그 외에도 원고가 ☆☆종건의 공동대표이사로 취임하기 전 1번 분양계약의 중도금으로 2004. 2. 17. 100,000,000원, 2005. 5. 11. 150,000,000원, 2005. 5. 16. 40,000,000원, 2번 분양계약의 중도금으로 2004. 3. 31. 500,000,000원 합계 790,000,000원이 더 지급된 사실을 인정할 수 있으므로, 원고가 ☆☆종건의 공동대표이사로 취임하기 전 위 각 분양계약에 의하여 ☆☆종건에 지급된 계약금과 중도금은 합계 2,830,000,000원(2,040,000,000원 + 790,000,000원)이 된다.

이에 기하여 원고가 ☆☆종건의 공동대표이사로 등기되어 있던 기간 중 이 사건 토지 지분의 양도대금 중 귀속 불명 소득을 계산하면 1,395,950,000원(= 이 사건 토지 지분의 양도대금 6,525,950,000원 - 원고의 공동대표이사 취임 전 기 지급된 계약금과 중도금 2,830,000,000원 - ☺☺☺ 등이 ◎◎물류센타에 지급한 1,400,000,000원 -△△△의 횡령금액 900,000,000원)이 되는 한편 갑11, 12, 36 내지 39호증의 각 기재만으로는 위 귀속 불명 소득이 모두 △△△에게 귀속되었다고 보기 어렵고 달리 그 귀속관계를 확인할 만한 증거가 없으므로, 결국 그 중 원고에게 귀속되어야 할 부분은 697,975,000원(= 1,395,950,000원 ÷ 2)으로 산정된다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 위 인정 범위 내에서 이유 있다.

라) 과세처분 취소소송에 있어 처분의 적법 여부는 정당한 세액을 초과하느냐의 여부에 따라 판단되는 것으로서, 당사자는 사실심 변론종결 시까지 객관적인 과세표준과 세액을 뒷받침하는 주장과 자료를 제출할 수 있고, 이러한 자료에 의하여 적법하게 부과될 정당한 세액이 산출되는 때에는 그 정당한 세액을 초과하는 부분만 취소하여야 한다(대법원 2001. 6. 12. 선고 99두8930 판결 참조).

위 귀속 불명 소득 중 원고에게 귀속되어야 할 부분을 697,975,000원으로 하여 정당한 세액을 계산하면 별지 정당세액표 기재와 같이 원고의 2010년 귀속 종합소득세는 212,530,820원, 가산세는 42,988,710원이 되므로, 피고 ○○세무서장이 2014. 7. 24. 한 2010년 귀속 종합소득세 343,866,670원의 부과처분 중 212,530,820원을 초과하는 부분 및 피고 □□세무서장이 2014. 10. 14. 한 2010년 귀속 종합소득세 가산세 69,492,290원의 부과처분 중 42,988,710원을 초과하는 부분은 취소되어야 한다.

2) 둘째 주장에 관한 판단

이 법원이 이 부분에 관하여 설시할 이유는 제1심 판결의 해당 부분 이유 기재와 같으므로 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 인용한다.

3. 결론

그렇다면 원고의청구는 위 인정범위 내에서 이유 있으므로 이를 인용하고, 나머지 청구는 이유 없으므로 이를 기각할 것인바, 제1심 판결은 이와 일부 결론을 달리 하여 부당하므로, 제1심 판결 중 위 인정범위에 해당하는 원고 패소 부분을 취소하여 이 사건 처분 중 위 인용 부분을 취소하고, 원고의 나머지 항소는 이유 없어 이를 기각한다.