2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지 1주당 순손익가치(A) 1주당 순자산가치(B) 이 사건 주식 1주당 평가액(A×3+B×2)/5 피고가 2012. 12. 3. 원고에 대하여 한 2009 사업연도 법인세(가산세포함) 2,648,095,120원의 부과처분 중 1,440,289,870원을 초과하는 부분을 취소한다.

가. 원고(2004. 9. 9. 주식회사 00오토라는 상호로 설립되어 2005. 6. 10. 현재의 명칭으로 상호가 변경되었다)는 자동차부품 제조 및 판매업을 영위하는 회사이다.

나. 자동차부품 사업 등을 영위하고 있던 구 주식회사 AAAA(이하 '분할 전회사'이라 한다)는 2009. 1. 2. CC자동차부품 사업부를 물적분할하여 신 주식회사 AAAA(이하 'AAAA'라 한다)를, BB자동차부품 사업부를 물적분할하여 주식회사 RR시스템코리아(이하 'RR시스템'이라 한다)를 설립하고, 상호를 주식회사 AAAA홀딩스(이하 '홀딩스'라 한다)로 변경하여 지주회사로 존속하였다.다. 원고는 2009. 9. 25. 원고의 대표이사인 000의 아버지로서 원고와 특수관계자에 해당하는 000로부터 홀딩스의 주식 10,000주(지분율 25%, 이하 '이 사건 주식'이라 한다)를 증여받고, 구 상속세 및 증여세법(2010. 1. 1. 법률 제9916호로 개정되기 전의 것, 이하 '구 상속세및증여세법'이라 한다) 제63조 제1항 제1호 다목, 구 상속세 및 증여세 법 시행령(2010. 2. 18. 대통령령 제22042호로 개정되기 전의 것, 이하 '구 상속세및증여세법 시행령'이라 한다) 제54조, 제56조 제1항 제1호에 따라 이 사건 주식의 1주당 가액을 아래와 같이 1,146,692원으로 평가하여 11,466,920,000원(=1,146,692원 × 10,000주)을 원고의 자산수증이익으로 계상하여 법인세를 신고납부하였다. 회사명 순자산가액 배분비율 홀딩스 8,124,402,350원 15.97% AAAA 27,759,780,861원 54.56% RR시스템 14,991,221,959원 29.47% 합계 50,875,405,170원 100% 구분 2006 2007 2008

○ 분할 전 회사의 순자산가액비율 산정

○ 이 사건 주식의 1주당 순손익가치의 산정312,390원 2,398,147원 1,146,692원

라. 원고는 이 사건 주식의 1주당 가액을 평가하면서, 구 상속세 및 증여세법 시행규칙(2010. 3. 31. 기획재정부령 제141호로 개정되기 전의 것, 이하 '구 상속세및증여세법 시행규칙'이라 한다) 제10조의2 제1항에 따라 분할 전 회사의 2006, 2007, 2008년도의 순손익액을 홀딩스, AAAA, RR시스템의 분할 당시의 순자산가액 비율로 안분하여 이 사건 주식의 1주당 순손익가치를 산정하였는데, 원고는 홀딩스의 순자산가액에 홀딩스의 소유자산 중 지분법적용투자주식1)인 AAAABB(CC) 유한공사2)의 주식(이하 'BBBB'이라 한다)의 평가가액 33,841,409,121원을 제외한 후 홀딩스, AAAA, RR시스템의 분할 당시의 순자산가액 비율을 정하여 이 사건 주식의 1주당 순손익가치를 산정하였다. 원고가 산정한 이 사건 주식의 1주당 순손익가치의 산정방법은 다음과 같다.

1) 지분법적용투자주식이란 주식 중 다른 회사에 중대한 영향력을 행사할 수 있는 주식을 말하며, 지분법으로 평가된다. 보통 다른 회사에 20% 이상을 투자한 경우, 20% 미만을 투자했어도 중대한 영향력을 행사할 수 있는 경우를 지분법 적용투자로 분류한다. 2) 홀딩스가 지분 100%를 보유한 BB 현지법인이다. 분할 전 회사의 분할 전 순손익액 5,500,252,927원 7,832,452,122원 8,595,027,603원 순자산가액비율 배분순손익액

878,347,163원 1,250,781,044원 1,372,558,355원 각 사업연도 월수 12 12 12연 단위 환산순손익액

878,347,163원 1,250,781,044원 1,372,558,355원 사업연도말 주식 수 40,000 40,000 40,000 1주당 순손익액 21,958원 31,269원 34,313원 가중치 1 2 3 1주당 순손익액의 가중평균액

31,239원 할인율 10% 1주당 순손익가치 312,390원 명칭 금액

현금 6억 원단기대여금 141억 원미수금 37억 원지분법적용투자주식 937억 원 기타 21억 원 총 자산 1,142억 원부채 183억 원 순자산가액 합계(=총 자산 - 부채) 959억 원 1주당 순자산가치

(=순자산가액 합계 ÷ 40,000주) 2,398,147원

○ 이 사건 주식의 1주당 순자산가치의 산정

마. SS지방국세청장은 2012. 5.경부터 2012. 9.경까지 원고에 대한 법인세 통합조사를 실시한 후, 원고가 홀딩스의 분할 당시의 순자산가액에 홀딩스의 소유자산 중 BB 주식의 평가가액 33,841,409,121원을 제외한 채 분할 전 회사의 순손익액을 안분한 것은 잘못되었다고 판단한 후, BB주식의 평가가액을 포함한 홀딩스의 순자산가액을 기준으로 이 사건 주식의 1주당 순손익가치를 969,060원으로 다시 산정하여 이 사건 1주당 순손익가치(A) 1주당 순자산가치(B) 이 사건 주식 1주당 평가액(A×3+B×2)/5 969,060원 2,398,147원 1,540,694원 회사명 순자산가액 배분비율 홀딩스 41,965,811,471원 49.54% AAAA 27,759,780,861원 32.77% RR시스템 14,991,221,959원 17.70% 합계 84,716,814,291원 100% 구분 2006 2007 2008분할 전 회사의 분할 전 순손익액 5,500,252,927원 7,832,452,122원 8,595,027,603원 순자산가액비율 배분순손익액

2,724,637,125원 3,879,928,817원 4,257,682,620원 각 사업연도 월수 12 12 12

○ 분할 전 회사의 순자산가액비율 산정

○ 이 사건 주식의 1주당 순손익가치의 산정

주식의 가액을 아래와 같이 1주당 1,540,694원으로 평가하고, 이 사건 주식의 자산수증 이익 과소계상분 3,940,020,000원(=15,406,940,000원 - 11,466,920,000원)을 익금에 산입하여, 2012. 12. 3. 원고에 대하여 2009 사업연도 법인세(가산세 포함) 2,648,095,120원을 경정・고지하였다[위 부과처분 2,648,095,120원 중 이 사건과 관련하여 부과된 금액은 1,207,805,250원(본세 866,804,400원 + 가산세 341,000,850원)이고, 이하 위 부과처분 중 피고가 이 사건과 관련하여 부과한 부분을 '이 사건 처분'이라 한다)].

바. 이 사건 처분을 함에 있어 피고가 행한 이 사건 주식의 1주당 순손익가치의 산정방법은 다음과 같다.

연 단위 환산순손익액

2,724,637,125원 3,879,928,817원 4,257,682,620원 사업연도말 주식 수 40,000 40,000 40,000 1주당 순손익액 68,115원 96,998원 106,442원 가중치 1 2 3 1주당 순손익액의 가중평균액

96,906원 할인율 10% 1주당 순손익가치 969,060원

사. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2013. 3. 4. 조세심판원에 조세심판을 청구하였으나, 조세심판원은 2014. 5. 15. 원고의 청구를 기각하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2호증, 을 제1, 2, 4, 7호증(가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 원고의 주장 및 관계법령

가. 원고의 주장

원고는, 피고의 이 사건 처분은 다음과 같은 점에서 위법하고, 구 상속세및증여세법 시행령에서 마련한 보충적 평가방법 중의 하나인 구 상속세및증여세법 시행령 제56조 제1항 제2호에서 정한 추정이익을 근거로 이 사건 주식의 순손익가치를 다시 산정하여 이 사건 주식의 가액이 평가되어야 한다는 취지로 주장한다.

1) 피고의 이 사건 주식가액의 평가방법은 구 상속세및증여세법이 마련한 보충적 평가방법의 준용이 아님

원고가 취득한 이 사건 주식은 분할 전 회사로부터 AAAA와 RR시스템이 2009. 1. 2. 물적분할된 후 존속한 법인인 홀딩스의 주식으로, 이 사건 주식가액에 대한 평가방법으로 구 상속세및증여세법 시행령 제56조 제1항 후단, 같은 법 시행규칙 제17조의3 제1항 제3호의 규정(당해법인이 평가기준일 전 3년이 되는 날이 속하는 사업연도 개시일부터 평가기준일까지의 기간 중 분할을 한 경우)에 의하여 같은 법 시행령 제56조 제1항 제1 호의 보충적 평가방법을 그대로 적용할 수 없고, 같은 법이 마련한 보충적 평가방법을 준용하여 그 주식가치를 가장 잘 반영할 수 있는 객관적이고 합리적인 방법을 준용하여 산정하여야 한다.

그런데, 피고와 같이 분할 전 회사의 순손익액을 분할 후의 존속법인인 홀딩스, 분할신설법인인 AAAA, RR시스템의 분할 당시의 순자산가액비율로 각 안분하여 홀딩스의 순손익액을 계산한 것은 구 상속세및증여세법 시행규칙 제10조의2 제1항을 유추 적용한 것으로, 이러한 평가방법은 구 상속세및증여세법에서 마련한 보충적 평가방법의 준용이라 할 수 없고, 구 상속세및증여세법령상 아무런 근거가 없는 평가방법이다.

2) 홀딩스의 순손익액을 계산할 때 북경주식을 자산가액에 포함시키는 것은 객관적이고 합리적인 평가방법으로 볼 수 없음

피고와 같이 분할 전 회사의 순손익액을 분할 후의 존속회사인 홀딩스, 분할신 설회사인 AAAA, RR시스템의 분할 당시의 순자산가액비율로 각 안분하여 홀딩스의 순손익가치를 계산하면서 홀딩스의 순자산가액에 지분법적용투자주식으로서 분할 전 회사의 최근 3년간(2006년~2008년)의 순손익액과 전혀 무관한 자산인 북경주식을 포함시켜 이 사건 주식의 가액을 평가한 것은 손익 배분의 왜곡이 발생되므로 위와 같은 평가방법은 객관적이고 합리적인 평가방법으로 볼 수 없다.

나. 관계법령

별지 관계법령 기재와 같다.

3. 이 사건 처분의 적법여부

가. 관련 법리

구 상속세및증여세법 제63조 제1항 제1호 다목은 비상장주식의 평가는 당해 법인의 자산 및 수익 등을 감안하여 대통령령이 정하는 방법에 의하여 평가한다고 규정하고 있다.

이러한 법률의 위임에 따라 같은 법 시행령 제54조 제1항은 비상장주식은 1주당 순손익가치와 순자산가치를 3:2의 비율로 가중평균한 가액에 의하고, 1주당 순손익가치는 1주당 최근 3년간의 순손익액의 가중평균액을 국세청장이 정한 순손익가치 환원율을 적용하여 산정한 가액이라고 정하고 있고, 같은 법 시행령 제56조 제1항 전단, 제1호는 1주당 최근 3년간의 순손익액은 평가기준일 이전 1년, 2년, 3년이 되는 각 사업연도의 1주당 순손익액을 3:2:1로 가중평균한 가액(제1호 가액)에 의하고, 같은 조 제1항 후단, 제2호는 제1호의 가액에 의하는 것이 불합리한 것으로 기획재정부령이 정하는 경우에는 기획재정부령이 정하는 신용평가전문기관 또는 공인회계사법에 의한 회계법인 중 2 이상의 신용평가전문기관 또는 회계법인이 기획재정부령이 정하는 기준에 따라 산출한 1주당 추정이익의 평균가액(제2호 가액)에 의하되 납세의무자가 증여세과세표준신고의 기한 내에 이를 신고한 경우에 한하는 것으로 정하고 있다. 이러한 시행령의 위임에 따라 같은 법 시행규칙 제17조의3 제1항 제3호는 평가기준일전 3년이 되는 날이 속하는 사업연도 개시일부터 평가기준일까지의 기간 중 합병・분할・증자 또는 감자를 하였거나 주요업종이 바뀐 경우 제2호 가액으로 할 수 있다고 정하고 있다.

따라서 같은 법 시행규칙 제17조의3 제1항 각 호에 규정된 사유가 있다면, 특별한 사정이 없는 한 같은 법 시행령 제56조 제1항 제1호에서 정한 '1주당 최근 3년간의 순손익액의 가중평균액'(제1호 가액)을 기초로 1주당 순손익가치를 산정할 수 없고, 나아가 같은 항 제2호에서 정한 가액(제2호 가액)이 산정되지 아니하였다거나 제2호 가액이 적용될 수 있는 요건을 갖추지 못하여 제2호 가액을 적용할 수 없는 경우라 하더라도 제1호 가액에 의하는 것이 불합리한 이상 마찬가지라 할 것이며, 이러한 경우에는 순자산가치만에 의하여 평가할 수 있도록 한 같은 법 시행령 제54조 제4항의 방법 등 상속세및증여세법이 마련한 보충적 평가방법 중에서 객관적이고 합리적인 방법을 준용하여 평가할 수 있을 것이다(대법원 2013. 11. 14. 선고 2011두31253 판결 등 참조). 나. 판단

1) 피고의 이 사건 주식가액의 평가방법이 적법한지 이 사건 주식의 평가기준일은 이 사건 주식의 취득일인 2009. 9. 25.인데, 그 전 3년이 되는 날(2006. 9. 25.)로부터 평가기준일(2009. 9. 25.)까지의 기간 중인 2009. 1. 2. 분할 전 회사로부터 AAAA, RR시스템이 분할되고 분할 전 회사가 상호변경하여 홀딩스로 존속한 사실, 피고가 구 상속세및증여세법 시행령 제56조 제1항 제1호, 같은 법 시행규칙 제10조의2 제1항에 따라 홀딩스가 보유한 북경주식의 평가액을 홀딩스의 순자산가액에 포함시켜 홀딩스의 순자산가액을 정하고, 이를 기준으로 분할 전 회사의 순손익을 홀딩스, AAAA, RR시스템의 순자산가액 비율로 안분하여 홀딩스의 1주당 순손익가치를 산정한 후, 이를 순자산가치와 3:2의 비율로 가중평균하여, 1주당 가액을 1,540,694원으로 산정한 사실은 앞에서 본 바와 같고, 원고가 증여세 과세표준 신고의 기한 내에 증여세 신고를 하거나 1주당 추정이익의 평균가액을 신고한 적은 없는 사실은 당사자 사이에 다툼이 없다.

위 사실관계를 앞에서 본 규정과 법리에 비추어 보면, 홀딩스는 구 상속세및증여세법 시행규칙 제17조의3 제1항 제3호가 규정한 '평가기준일전 3년이 되는 날이 속하는 사업연도 개시일부터 평가기준일까지의 기간 중 분할한 경우'에 해당하므로 홀딩스의 주식 1주당 순손익가치를 같은 법 시행령 제56조 제1항 제1호의 가액을 기초로 산정하는 것은 위법하고, 나아가 피고가 물적분할 전의 순손익액을 분할 전 회사 전체의 순손익액 중 분할 전 회사 전체의 순자산에서 홀딩스로 이전된 사업부문의 순자산이 차지하는 비율에 따라 산출한 것은 아무런 법적 근거가 없을 뿐만 아니라(피고가 제시하고 있는 국세청 예규는 행정관청 내부의 지침에 불과하여 법원이나 국민을 기속하는 법규적 효력이 있다고 볼 수 없다) 사업부문의 수익이 자산비율로 발생하는 것이 아니므로 합리성이 있다고 보기도 어려우므로, 위 가액을 기초로 1주당 순손익가치를 산정한 것도 위법하다(대법원 2015. 2. 26. 선고 2014두39203 판결, 대법원 2012. 4. 26. 선고 2010두26988 판결 등 참조).

따라서 피고가 이 사건 주식의 가액을 같은 법 시행령 제56조 제1항 제1호에서 정한 '1주당 최근 3년간의 순손익액의 가중평균액'을 기초로 산정한 것은 위법하다 할 것이다.

2) 정당한 세액의 계산

가) 관련 법리

과세처분의 취소를 구하는 소송에서 그 과세처분의 위법 여부는 그 과세처분에 의하여 인정된 세액이 정당한 세액을 초과하는지 여부에 의하여 판단하여야 할 것이므로, 과세관청이 과세표준과 세액의 산출・결정과정에서 잘못을 저질러 과세처분이 위법한 경우라도 그와 같이 하여 부과고지된 세액이 정당한 산출 세액의 범위를 넘지 아니하고 잘못된 방식이 과세단위와 처분사유의 범위를 달리하는 정도의 것이 아니라면 정당세액 범위 내의 부과고지처분이 위법하다 하여 이를 취소할 것이 아니다(대법원 2006. 6. 15. 선고 2004두3823 판결 등 참조). 나) 판단

(1) 앞에서 본 바와 같이 피고가 이 사건 주식의 가액을 같은 법 시행령 제56조 제1항 제1호의 가액을 기초로 1주당 1,540,695원으로 산정하고, 이 사건 주식의 자산수증이익 과소계상분 3,940,020,000원을 익금에 산입하여 이 사건 처분을 한 것은 위법하나, 이 사건 주식의 정당한 평가가액이 1주당 1,540,695원을 초과한다면, 피고의 이 사건 처분은 정당세액 범위 내에서 이루어진 것으로서 이를 취소할 수 없다 할 것이다.

(2) 그러므로 살피건대, 앞에서 본 법리에 의하면, 같은 법 시행규칙 제17조의3 제1항 각 호에 규정된 사유가 존재하여 같은 법 시행령 제56조 제1항 제1호에서 정한 가액을 기초로 1주당 순손익가치를 산정할 수 없거나 같은 항 제2호에서 정한 가액이 적용될 수 있는 요건을 갖추지 못하여 제2호 가액을 적용할 수 없는 경우에는 순자산가치만에 의하여 평가할 수 있도록 한 같은 법 시행령 제54조 제4항의 방법 등 상증세법이 마련한 보충적 평가방법 중에서 객관적이고 합리적인 방법을 준용하여 평가할 수 있다고 할 것이므로(위 대법원 2013. 11. 14. 선고 2011두31253 판결 등 참조), 이 사건 주식의 평가기준일 당시의 가액은 구 상속세및증여세법령에 규정된 보충적인 평가방법 중에서 객관적이고 합리적인 방법을 준용하여 평가할 수밖에 없다고 할 것이다.

그런데, 앞에서 든 증거에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정들을 종합하여 보면, 이 사건 주식의 평가기준일 당시의 가액은 구 상속세및증여세법 시행령 제54조 제4항에 따라 평가기준일 당시 홀딩스의 순자산가액을 홀딩스의 발행주식총수로 나누는 방법, 즉 순자산가치만에 의하여 평가하도록 하는 방법에 따라 평가하여야 한다고 봄이 상당하다.

① 구 상속세및증여세법에서는 비상장주식의 평가방법으로, ㉠ 같은 법 시행령 제54조 제1항, 제56조 제1항 제1호, 제2호에 따라 비상장법인의 1주당 순손익가치와 1주당 순자산가치를 가중평균한 가액에 의하여 평가하는 방법, ㉡ 같은 법 시행령 제54조 제4항에 따라 당해법인의 순자산가액을 발행주식총수로 나누는 방법으로 평가기준일 현재 비상장법인의 순자산가치만을 산출하여 평가하는 방법, ㉢ 같은 법 시행령 제56조의2에 따라 당해 법인의 자산・매출규모 및 사업의 영위기간 등을 감안하여 동종의 업종을 영위하고 있는 다른 법인(주권상장법인 등)의 주식가액과 비교할 때 같은 법 시행령 제54조 내지 제56조의 규정에 의하여 평가하는 것이 불합리하다고 인정되는 중소기업기본법 제2조에 의한 중소기업이 증여세 과세표준신고기한 만료 70일전까지 평가심의위원회에 비상장주식의 평가를 신청하는 경우 평가심의위원회가 제시하는 평가가액에 의하거나 동 위원회가 제시하는 평가방법 등을 감안하여 계산한 평가가액에 의할 수 있는 평가방법을 각 규정하고 있다.

② ㉠ 앞에서 본 바와 같이 이 사건에서 이 사건 주식의 순손익가치를 피고와 같이 같은 법 시행령 제56조 제1항 제1호의 가액인 '1주당 최근 3년간의 순손익액의 가중평균액'을 기초로 이 사건 주식의 가액을 산정하는 것은 위법하고, ㉡ 원고가 증여세 과세표준신고의 기한 내에 증여세 신고를 하거나 1주당 추정이익의 평균가액을 신고한 적은 없으므로, 같은 법 시행령 제56조 제1항 제2호의 1주당 추정이익의 평균가액을 순손익액으로 하여 이 사건 주식의 가액을 산정할 수도 없으며, ㉢ 원고가 증여세 과세표준신고의 기한 만료 70일전까지 평가심의위원회에 비상장주식의 평가를 신청하였음을 인정할 자료도 없으므로, 같은 법 시행령 제56조의2에 의하여 이 사건 주식의 가액을 산정할 수도 없다.

③ 구 상속세 및 증여세법 시행령(2003. 12. 30. 대통령령 제18177호로 개정되어 2004. 1. 1. 시행되기 전의 것) 제54조 제1항에서 비상장주식의 평가방법에 대하여 원칙적으로 순손익가치에 의하되, 순손익가치가 순자산가치보다 작은 경우에는 순자산가치에 의한다고 규정하였다가 2003. 12. 30. 대통령령 제18177호로 구 상속세및증여세법 시행령 규정과 같이 순손익가치와 순자산가치를 가중산술평균한 가액으로 평가하는 취지로 개정되었는바, 이 사건과 같이 홀딩스의 순손익가치를 산정할 수 없는 경우 이 사건 주식의 가액을 평가기준일 당시 홀딩스의 순자산가치에 의하여 산정한다고 하더라도 그 방식이 특별히 불합리하다고 볼 수 없다 할 것이다.

(3) 결국 이 사건 주식의 평가기준일 당시의 가액은 구 상속세및증여세법 시행령 제54조 제4항에 따라 이 사건 주식의 1주당 순자산가치가 된다 할 것이고, 홀딩스의 평가기준일 당시의 홀딩스의 순자산가액이 약 959억 원이고, 홀딩스의 발행주식총수가 40,000주로서 평가기준일 당시 이 사건 주식의 1주당 순자산가치가 2,398,147원(≒959억 / 40,000주)인 사실은 당사자 사이에 다툼이 없고, 위 가액이 피고가 산정한 이 사건 주식의 1주당 가액인 1,540,695원을 초과함은 계산상 명백하다.

따라서 이 사건 처분은 이 사건 주식가액의 평가방법의 선택을 잘못한 위법이 있으나, 원고에게 부과고지된 세액이 원고가 부담하여야 할 정당한 세액의 범위를 넘지 아니하고 잘못된 방식이 과세단위와 처분사유의 범위를 달리하는 정도의 것도 아니므로 위와 같은 위법이 있다 하여 이를 취소할 수 없다.

4. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.