피고의 상고를 기각한다.

1. 원고의 상고이유에 대하여

「부가가치세법」제1조 제1항 제1호는 부가가치세 과세대상으로서 '재화의 공급'을 규정하고 있고, 제6조 제1항은 '재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 재화를 인도 또는 양도하는 것으로 한다'고 규정하고 있는바, 부가가치세가 다단계 거래세로서의 특성이 있는 점 등에 비추어 볼 때,「부가가치세법」제6조 제1항에 정한 '인도 또는 양도'는 실질적으로 얻은 이익의 유무에 불구하고 재화를 사용・소비할 수 있는 권한을 이전하는 일체의 원인행위를 모두 포함한다고 할 것이고(대법원 1985. 9. 24. 선고 85누286 판결, 대법원 2001. 3. 13. 선고 99두9247 판결 등 참조), 이 경우 어느 일련의 거래과정 가운데 특정 거래가「부가가치세법」에 정한 재화의 공급에 해당하는지 여부는 각 거래별로 거래당사자의 거래의 목적과 경위 및 태양, 이익의 귀속주체, 대가의 지급관계 등 여러 사정을 종합하여 개별적・구체적으로 판단하여야 하며, 그 특정 거래가 실질적인 재화의 인도 또는 양도가 없는 명목상의 거래라는 이유로 그 거래과정에서 수취한 세금계산서가 매입세액의 공제가 부인되는「부가가치세법」제17조 제2항 제1호의2가 규정하고 있는 '사실과 다른 세금계산서'에 해당한다는 점에 관한 증명책임은 과세관청이 부담함이 원칙이다(대법원 1992. 9. 22. 선고 92누2431 판결, 대법원 2006. 4. 14. 선고 2005두16406 판결 등 참조).

원심이 적법하게 확정한 사실 및 기록에 의하면, 원고는 2003. 7. 11.부터 2004. 11. 11.까지 국제금은 주식회사를 비롯한 8개 사업자(이하 '이 사건 공급자'라 한다)로부터 공급가액 합계 52,342,612,840원 상당의 금지금(이하 '이 사건 금지금'이라 한다)을 각 매입하고 매입 당일 이 사건 금지금을 인도받은 다음 그 대금을 모두 지급(이하 '이 사건 거래'라 한다)하고 이 사건 공급자로부터 이 사건 거래에 따른 세금계산서들(이하 '이 사건 세금계산서'라 한다)을 각 교부받은 사실, 원고는 이 사건 금지금을 매입한 직후 그 전부를 홍콩 소재 수입상에게 수출한 사실을 알 수 있다.

이러한 사실 및 기록에 나타나는 여러 사정을 앞서 본 법리에 비추어 살펴보면, 이 사건 금지금이 수입되어 수출되기까지 일련의 전체거래(이하 '이 사건 전체거래'라 한다)가 모두 하루 혹은 2˜3일의 단기간에 이루어지고, 그 중간 단계에 부가가치세가 면제되는 금지금을 매입한 다음 면세추천 받지 아니한 자에게 부가가치세 과세대상이 되는 금지금으로 공급하면서 세금계산서를 작성・교부하고 그 부가가치세 상당액을 납부하지 않는 이른바 폭탄업체가 존재하고 있는 점 등의 사정만으로는 이 사건 전체거래 중의 하나인 이 사건 거래가 명목상의 거래로서 부가가치세 과세대상이 되는 재화의 공급이 아니라고 단정하기는 어렵다 할 것이다.

그런데도, 원심은 이 사건 거래가 이른바 폭탄업체가 개재된 이 사건 전체거래 속에 포함된 하나의 거래라고 하는 등 그 판시와 같은 사정만을 들어 재화의 공급이 없는 명목상의 거래에 불과하다고 보아 이 사건 세금계산서 중 그 판시 일부가 '사실과 다른 세금계산서'에 해당한다고 판단하였으니, 이러한 원심판결에는 '재화의 공급' 및 '사실과 다른 세금계산서'에 관한 법리 등을 오해하여 판결에 영향을 미친 위법이 있다.

이를 지적하는 상고이유의 주장은 이유 있다.

2. 피고의 상고이유에 대하여

구「법인세법」(2006. 12. 30. 법률 제8141호로 개정되기 전의 것) 제76조 제5항(이하 '증빙미수취 가산세 규정'이라 한다), 제116조 제2항 제2호에 의하면, '납세지 관할세무서장은 법인이 사업과 관련하여 사업자로부터 재화를 공급받고 부가가치세법 제16조의 규정에 의한 세금계산서를 수취하지 아니한 경우에는 그 수취하지 아니한 금액의 100분의 2에 상당하는 금액을 가산한 금액을 법인세로서 징수하여야 한다'고 규정하고 있고, 구「부가가치세법」(2006. 12. 30. 법률 제8142호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제16조에 의하면, '납세의무자로 등록한 사업자가 재화를 공급하는 때에는 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭, 공급받는 자의 등록번호, 공급가액과 부가가치세액 등을 기재한 세금계산서를 공급을 받은 자에게 교부하여야 한다'고 규정하고 있다.

앞서 본 바와 같이 이 사건 거래가 부가가치세 과세대상이 되는 재화의 공급이 아니라고 볼 수 없는 이상 그에 따라 수취한 이 사건 세금계산서 역시 구「부가가치세법」제16조의 규정에 의한 적법한 세금계산서라고 봄이 상당하다고 할 것인바, 피고가 이 사건 세금계산서를 '사실과 다른 세금계산서'라고 보아 증빙미수취 가산세 규정을 적용하여 한 법인세 부과처분에 대하여, 원심이 실제거래를 위장한 명목상의 거래에는 증빙미수취 가산세 규정을 적용할 수 없다는 이유로 위법하다고 판단한 것은 이유 설시에 적절하지 아니한 점은 있지만 그 결론은 정당하다.

원심판결에는 상고이유의 주장과 같은 증빙미수취 가산세 규정에 관한 법리를 오해하는 등으로 인하여 판결에 영향을 미친 위법이 없다.

3. 결론

그러므로 원심판결 중 부가가치세 부과처분 부분을 파기하고, 이 부분 사건을 다시 심리⋅판단하게 하기 위하여 원심법원에 환송하며, 피고의 상고를 기각하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.