2. 소송비용은 원고가 부담한다.

가. 코스닥 상장법인인 주식회사 XX로직스(이하 '소외회사'라 한다)는 2007. 4. 10. 이사회를 개최하여 기명식 보통주식 4,262,430주를 1주당 11.500원에 원고를 비롯한 총 49명에게 제3자 배정방식에 의하여 발행하기로 하는 유상증자를 결의하였다.

나. 원고가 위 유상증자에 참여하여 2007. 5. 4. 신주 42,120주를 인수하고 같은 날 인수대금 484,380,000원을 납입한 것을 비롯하여 총 49명이 신주 합계 4,262,430주를 인수하고 그 인수대금 합계 49,017,945,000원을 납입하였다.

다. 피고는 주금납입일의 전날인 2007. 5. 3.을 기준으로 하여 그 이전의 기간을 대 상으로 하여 '증자전의 1주당 평가가액'을 평가한 소외회사 주식 1주당 가액이 13,609 원이어서 원고가 시가보다 낮은 가액으로 신주를 취득하여 결과적으로 위 유상증자를 통하여 기존 주주들로부터 합계 88,831,081원을 증여받은 것으로 보고, 원고에 대하여 상속세 및 증여세법(2007. 12. 31. 법률 제8828호로 개정되기 전의 것, 이하 '증여세법' 이라 한다) 제39조 제1항 제1호 가목 및 다목에 따라 별지 목록 기재와 같이 증여세 합계 14,137,390원(가산세 5,254,360원 포함) 부과처분을 하였다(이하 '이 사건 처분'이라 한다).

라. 원고는 2011. 3. 22. 조세심판원에 이 사건 처분에 대한 심판청구를 하였고, 조세 심판원으로부터 같은 해 8. 26. 기각결정을 받았다.

[인정근거 : 다툼이 없거나, 갑 제1 내지 3, 5 내지 8호증, 갑 제4호증의 1 내지 16, 을 제1호증의 1 내지 16, 을 제2호증의 각 기재, 변론 전체의 취지]

2. 피고의 본안 전 항변에 대한 판단

가. 피고의 항변

원고는 이 사건 처분에 대한 심사청구를 제기하지 아니한 채 심판청구를 제기함과 동시에 제기한 이 사건 소는 전심절차를 거치지 아니한 것이어서 부적법하다.

나. 판단

1) 행정심판전치주의의 근본취지가 행정청에게 반성의 기회를 부여하고 행정청의 전문지식을 활용하는데 있는 것이므로 제소당시에 비록 전치요건을 구비하지 못한 위법이 있다 하여도 사실심 변론종결당시까지 그 전치요건을 갖추었다면 그 흠결의 하자는 치유되었다고 볼 것이다(대법원 1987. 4. 28. 선고 86누29 판결 참조). 또한, 국세기본법 제81조, 제55조, 제56조, 제65조에 의하면 동일한 처분에 대해서는 심사청구와 심판청구를 중복하여 제기할 수 없고 제55조에 규정된 위법한 처분에 대한 행정소송은 이 법에 따른 심사청구 또는 심판청구와 그에 대한 결정을 거치지 아니하면 제기할 수 없으며 심판청구에 대하여 심판청구를 한 날로부터 90일 이내에 결정의 통지를 받지 못한 경우에는 결정의 통지를 받기 전이라도 그 결정기간이 지난날부터 행정소송을 제 기할 수 있다.

2) 이 사건에 돌아와 보건대, 앞에서 본 바와 같이 원고는 2011. 3. 22. 조세심판원에 이 사건 처분에 대한 심판청구를 한 다음 같은 해 3. 23. 이 사건 소를 제기하였으나 위 심판청구를 한 날로부터 90일이 경과하였음이 역수상 명백한 같은 해 8. 26. 에야 심판청구를 기각하는 결정을 한 사실을 인정할 수 있는바, 위 인정사실에 의하면 이 사건 소는 이 사건 변론종결일 현재 행정심판 전치주의의 요건을 갖추었다할 것이므로, 피고의 위 항변은 결국 이유 없다.

3. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

다음과 같은 이유로 이 사건 처분은 위법하다.

1) 증여세법 제39조 제1항이 증권거래법(2007. 8. 3. 법률 8635호로 폐지되기 전의 것, 이하 같다) 제2조 제3항의 규정에 의한 유가증권의 모집방법으로 신주를 발행, 배 정하는 경우에는 증여세 과세대상에서 이를 제외하도록 규정하고 있음에도 피고는 일 반 공모방식에 의하여 신주를 배정한 경우에만 비과세대상에 해당한다고 자의적으로 축소 해석함으로써 조세법률주의나 엄격해석의 원칙에 위반하여 이 사건 처분을 하였다.

2) 증여세법 시행령 제29조 제3항 제1호에 따라 증자이익을 계산함에 있어 증자공시일(2007. 4. 10.)을 기준으로 하던 기존 국세 행정의 관행과는 달리 피고는 주금납입 일 전일을 기준으로 '증자 전의 1주당 평가가액'을 산정함으로써 소급과세금지원칙 및 이를 구체화한 국세기본법 제18조 제3항에 위반하여 이 사건 처분을 하였다.

3) 증여세법 제39조 제2항은 증여자별로 과세단위가 성립함을 전제로 하고 있으므로 주금납입일인 2007. 5. 4.을 기준으로 증여세를 부과할 경우 2007. 5. 4.자 주주명부 에 따라 증여자별 증여액을 산정하여야 함에도 피고는 2006. 12. 31.자 주주명부를 기준으로 증여자별 증여액을 산정하였다.

4) 원고는 보호예수를 조건으로 소외회사와 신주인수계약을 체결하여 해제조건부로 주식을 취득한 것이어서 증여세법 제65조에 따라 원고가 인수한 주식을 평가하여야 함에도 피고는 증여세법 제63조에 따라 원고가 인수한 주식을 평가하여 이 사건 처분을하였다.

5) 피고는 원고가 소외회사로부터 주식을 인수할 무렵 신주인수에 대한 증여세를 부과함에 있어 증자공시일을 기준으로 '증자 전의 l주당 평가가액'을 산정하고 있었기 때문에 원고로서는 피고의 위와 같은 과세관행에 따라 증자공시일을 기준으로 원고가 인수한 주식을 평가하여 증여세를 신고・납부하지 않은 것이어서 원고에게 그 의무 해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있으므로 이 사건 처분 중 가산세 부분은 위법하다.

나. 관계법령

별지 관계법령 기재와 같다.

다. 판단

1) 첫 번째 주장에 대하여

가) 증여세법 제39조 제1항 제l호 가목 및 다목은 법인이 자본을 증가시키기 위하여 신주를 시가보다 낮은 가액으로 발행하는 경우 당해 법인의 주주가 아닌 자가 당해 법인으로부터 신주를 직접 배정받음으로써 이익을 얻은 경우에 당해 이익에 상당하는 금액을 그 이익을 얻은 자의 증여재산가액으로 하여 증여세를 부과하도록 규정하면서, 다만 증권거래법에 의한 주권상장법인 또는 협회등록법인이 증권거래법 제2조 제3항의 규정에 의한 유가증권의 모집방법으로 신주를 배정하는 경우에는 이를 제외하도록 규정하고 있고 증권거래법 제2조 제3항은 '유가증권의 모집이라 함은 대통령령이 정하는 바에 따라 신규로 발행되는 유가증권의 취득의 청약을 권유함을 말한다'고 규정하고 있으며, 증권거래법 시행령(2008. 1. 18. 대통령령 제20551호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제2조의4 제1항은 '법 제2조 제3항의 규정에 의한 유가증권의 모집을 함에 있어서는 신규로 발행되는 유가증권의 취득의 청약을 권유받는 자의 수가 50인 이상이어야 한다'고 규정하고 있고, 제3항은 '50인의 수를 산정함에 있어서는 당해 청약의 권유를 하는 날부터 과거 6월 이내에 당해 유가증권과 동일한 종류의 유가증권에 대하여 모집 또는 매출에 의하지 아니하고 청약의 권유를 받은 자를 합산하되 발행인 과 특수관계에 있는 자 등 각호에 열거한 자를 제외한다'고 규정하고 있으며, 제5항은 '제3항에서 청약의 권유라 함은 권유받는 자에게 유가증권을 취득하도록 하기 위하여 신문 ・ 방송 ・ 잡지 등을 통한 광고, 안내문 ・ 홍보전단 등 인쇄물의 배포, 투자설명회의 개최, 전자통신 등의 방법으로 유가증권을 발행 또는 매도한다는 사실을 알리거나 취득의 절차를 안내하는 활동을 말한다'고 규정하고 있다. 한편, 증권거래법 시행령 제2 조의4 제4항은 '제3항의 규정에 의하여 산정한 결과 청약의 권유를 받는 자의 수가 50 인 미만으로서 유가증권의 모집에 해당되지 아니할 경우에도 당해 유가증권이 발행일로부터 1년 이내에 50인 이상의 자에게 양도될 수 있는 경우로서 금융감독위원회가 정하는 전매기준에 해당하는 때에는 유가증권의 모집으로 본다'고 규정하고 있다.

위 관계규정을 종합하여 보면, 증여세법 제39조 제1항 제1호 가목 및 다목은 법인이 자본을 증가시키기 위하여 신주를 시가보다 낮은 가액으로 발행하는 경우에 이를 배정받은 자는 시가와 차액 상당의 이득을 얻는 것이고, 그 이득 상당금액을 증여재산 가액에 포함시킴으로써 증여세를 부과하도록 하는 한편, 증권거래법에 따른 유가증권 모집 방법에 의한 신주배정의 경우에는 이를 제외하도록 함으로써 할인발행으로 인하여 그 이득을 취하는 자가 있더라도 공모의 경우에는 증여세 부과를 면제하도록 하고 있는바, 이는 주권상장법인 또는 협회등록법인이 증권거래법 등 관계법령에 따라 공모 절차에 의하여 신주를 발행하는 경우에는 할인발행을 하더라도 불특정 다수인 간에 한국증권거래소 또는 협회중개시장 내에서 공정한 경쟁매매과정을 거쳐 다시 적정한 가액이 결정되는 것이고, 일반인 및 제3자의 투자보호를 위하여 정당한 방법으로 공시, 홍보 등을 취하게 된다는 점과 또 일정한 한도 내에서의 할인발행은 증권거래법 등 관계법령이 주권상장법인 또는 협회등록법인의 자금조달을 용이하게 하기 위하여 허용하는 것인 점 등을 고려하여 이러한 경우는 주식의 발행가액이 비록 시가보다 낮게 결정 된다 하더라도 주권상장법인 또는 협회등록법인이 그 차액 상당을 주식을 배정받은 제 3자에게 증여한 것이라고 보기 어려워 증여세의 과세대상에서 이를 제외하려는 취지라 고 봄이 상당하다.

한편, 증권거래법 시행령 제2조의4 제4항의 간주모집 규정은 과거에 발행인이 50인 마만의 소수인을 상대로 1차로 신주를 발행한 다음 이를 다시 50인 이상에게 2차적으로 전매하는 경우 등은 공모의 개념에 포함되지 않아 투자자보호를 위한 발행공사규제를 회피하는 것을 방지하기 위하여 1998. 2. 24. 일부 개정 당시 새롭게 도입된 제도이므로, 증여세법 제39조 제1항 제1호 가목 및 다목 소정의 저가발행으로 인한 이득을 증여재산가액에 포함시키지 않는 예외사유인 '유가증권의 모집방법에 의한 배정'에는 투자자보호 목적으로 발행공시규제를 회피하는 것을 방지하기 위한 간주모집에 의한 배정은 포함되지 않고, 증권거래법 시행령 제2조의4 제l항 소정의 신규로 발행되는 유가증권의 취득의 청약을 권유받은 자의 수가 50인 이상인 경우의 일반적인 공모의 경우만을 가리키는 것으로 제한적으로 해석하는 것이 증여세법 제39조 제1항 제1호 가목 및 다목 규정의 취지에 부합한다고 할 것이다.

나아가 증여세법 제39조 제1항 제1호 가목 및 다목 소정의 저가발행으로 인한 이득을 증여재산가액에 포함시키지 않는 예외사유인 '유가증권의 모집방법에 의한 배정'에 해당되기 위해서는 증권거래법 시행령 제2조의4 제5항의 규정에 따른 청약의 권유절차, 즉 신문・방송・잡지 등을 통한 광고, 안내문・홍보전단 등 인쇄물의 배포, 투자설명회의 개최, 전자통신 등의 방법에 국한되는 것은 아니나 적어도 이에 준하거나 이와 유사한 방법으로 유가증권을 발행 또는 매도한다는 사실을 알리거나 취득의 절차를 안내하는 활동이 있어야만 할 것이다.

나) 또한, 세법은 그 규율대상 자체가 급변하고 다양한 경제현상인 한편 여러 가지 경제정책적 목적 및 사회보장적 목적을 수행하고 있으므로, 조세법률주의가 지향하는 법적 안정성 및 예측가능성을 크게 해치지 않는 범위 내에서는 입법의 동기, 취지 및 목적 등을 고려한 합목적적인 해석은 허용되어야 하므로 증여세법 제39조 제1항 제 1호 가목 및 다목을 위와 같이 해석하는 것이 조세법률주의나 엄격해석의 원칙에 반한 다고 볼 수 없다(대법원 2008. 2. 15. 선고 2007두4438 판결 등 참조).

다) 이 사건에 관하여 보건대, 앞에서 본 바와 같이 소외회사가 2007. 4. 10. 원고를 비롯한 총 49명에 대하여만 신주를 발행할 것을 이사회에서 결의하고 이에 따라 신주를 발행한 것은 증여세법 제39조 제1항 제1호 가목 및 다목 소정의 유상증자로 인한 증여의제의 예외인 '유가증권의 모집방법에 의한 배정'에 해당된다고 할 수 없을 뿐만 아니라 소외회사가 증권거래법 시행령 제2조의4 제5항 상의 '청약의 권유' 절차를 거쳤다고 볼 아무런 자료가 없으므로, 원고의 위 주장은 이유 없다.

2) 두 번째 주장에 대하여

가) 증여세법 제39조 제1항 제1호 가목 및 다목 소정의 저가발행으로 인하여 증여받은 것으로 보는 이익의 계산에 관하여 동법 시행령 제29조 제3항 제1호는 '[(증자 전의 1주당 평가가액×증자전의 발행주식총수)+(신주 1주당 인수가액×증자에 의하여 증가한 주식수)]÷증자전의 발행주식총수+증자에 의하여 증가한 주식수)'(가목)에서 '신 주 1주당 인수가액'(나목)을 차감한 가액에 '배정받은 실권주수 또는 신주수'(다목)를 곱하여 계산한 금액으로 한다고 규정하고 있고, 동법 시행령 제29조 제4항(2002. 12. 30. 신설되었다)은 제3항의 규정에 의한 이익의 계산은 주식대금 납입일을 기준으로 한다고 규정하고 있다.

위 각 규정의 문언 내용과 입법 취지, 증자에 따른 주식 취득의 효과는 신주인수인이 그 주금을 납입함으로써 생기므로 신주인수인이 인수한 주식의 가액은 특별한 사정이 없는 한 주금납입의 시점을 기준으로 산정하여야 할 것이라는 점 등을 종합하여 보면, 제3자 배정방식의 증자에 따른 이익의 계산방법에 관하여 증여세법 시행령 제29조 제3항 제1호 가목에 정한 산식 중 '증자전의 1주당 평가가액'을 평가함에 있어서는 동법 시행령 제29조 제4항에 따라 증자에 관한 이사회 결의일이 아니라 주금납입 일의 전날을 기준으로 하여 그 이전의 기간을 대상으로 하여야 한다(대법원 2009. 8. 20. 선 고 2007두7949 판결 등 참조).

한편, 국세기본법 제18조 제3항이 정하는 소급과세금지의 원칙은 합법성의 원칙을 희생하여서라도 납세자의 신뢰를 보호함이 정의에 부합하는 것으로 인정되는 특별한 사정이 있을 경우에 한하여 적용된다고 할 것이고, 그 조항에서의 일반적으로 납세자에게 받아들여진 국세행정의 관행이란 비록 잘못된 관행이라도 특정납세자가 아닌 불특정한 일반납세자에게 정당한 것으로 이의 없이 받아들여져 납세자가 그와 같은 관행을 신뢰하는 것이 무리가 아니라고 인정될 정도에 이른 것을 말하고, 단순히 세법의 해석기준에 관한 공적 견해의 표명이 있었다는 사실만으로 그러한 관행이 있다고 볼 수는 없는 것이며, 그러한 해석 또는 관행의 존재에 대한 입증책임은 그 주장자인 납세자에게 있다고 할 것이다(대법원 2006. 6. 29. 선고 2005두2858 판결 등 참조).

나) 이 사건에 돌아와 보건대, ① 피고가 '증자전의 1주당 평가가액'을 평가함에 있어서는 이사회 결의일인 2007. 4. 10.이 아니라 주금납입일의 전날인 2007. 5. 3.을 기준으로 하여 그 이전의 기간을 대상으로 한 것은 앞에서 본 바와 같은 점, ② 위에 서 든 증거에 의하면, 증여세법 기본통칙 39-29…2는 증여세법 시행령 제29조 제3항 제1호 내지 제3호의 산식에서 상장법인과 동법 제63조 제1항 제1호 나목에 의한 코스닥상장법인의 경우 '증자 전의 1주당 평가가액'은 당해 증자에 따른 권리락이 있은 날 의 전일까지 공표된 한국증권선물거래소 최종시세가액의 평균액으로 한다고 규정하고 있고, 국세청이 위 기본통칙에 대한 2004. 6. 28.자 질의회선에서 권리락일은 그 사실 을 공사한 날로 보는 것이 타당하다는 내용의 회신을 한 사실 등을 인정할 수 있으나, 앞에서 본 바와 같이 2002. 12. 30. 신설된 증여세법 시행령 제29조 제4항이 제3항의 규정에 의한 이익의 계산은 주식대금 납입일을 기준으로 한다고 명시적으로 규정하고 있었던 이상, 이러한 사실만으로는 '증자 전의 1주당 평가가액'을 당해 증자에 따른 권리락일을 기준으로 산정한다는 국세행정의 관행이 성립되었다고 보기에는 부족하고 달 리 이를 인정할 증거가 없는 점 등에 비추어 보면, 피고가 '증자 전의 1주당 평가가액' 을 주식대금 납입일을 기준으로 한 것은 증여세법 시행령 제29조 제4항에 따른 것으로 써 적법하다고 봄이 상당하므로, 원고의 위 주장도 이유 없다.

3) 세 번째 주장에 대하여

갑 제7호증, 을 제2호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 피고는 소외회사의 2006. 12. 31.자 주주명부를 기준으로 2007. 1. 1.부터 2007. 5. 3.까지의 주식 세부변동내역을 조사한 결과 소외회사의 주식 67,740주(전체발행주식의 2.35%)를 보유하고 있던 김AA가 위 주식 중 2007. 4. 17. 27,740주, 2007. 4. 23. 10,000주 합계 37,740주를 양도하여 2007. 5. 4. 현재 증여세법 제39조 제2항이 정한 소액주주가 된 사실을 확인하고 위와 같이 변동된 주식소유내역을 반영하여 이 사건 처분을 한 사실, 피고가 파악한 위와 같은 주식소유내역은 실제 주식소유상황과 일치하는 사실 등을 인정할 수 있으므로, 원고의 위 주장도 결국 이유 없다.

4) 네 번째 주장에 대하여

가) 증여세법 제65조 제1항의 '조건부 권리'에서의 조건이란 법률행위의 효력의 발생 또는 소멸을 장래의 불확실한 사실의 성부에 의존케 하는 법률행위의 부관을 말한다. 따라서 '조건부 권리'란 조건의 성취 여부가 확정되지 않은 권리로서 당사자 일방이 조건의 성취로 일정한 이익을 얻게 될 기대 내지 가능성을 가지게 되는 권리를 의미한다(민법 제149조 참조).

나) 이 사건에 돌아와 보건대, 갑 제1 내지 3, 5호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고가 2007. 5. 4. 인수한 소외회사의 신주 42,120주는 발행 후 6개월간 증권예탁원에 보호예수되어 있었던 사실을 인정할 수 있는바, 이는 소외회사와 원고 사이의 약정에 의하여 일정기간 동안 위 신주의 처분이 제한된 것에 불과하여 위 신주의 취득이라는 법률행위의 효력의 발생이 장래 불확실한 사실의 성부에 의존하는 것이라고는 할 수 없어 위 신주에 대한 권리는 증여세법 제65조 제1항의 '조건부 권리'에 해당한다고 볼 수 없다고 봄이 상당하므로, 원고의 위 주장도 이유 없다.

5) 다섯 번째 주장에 대하여

가) 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 법이 정하는 바에 따라 부과하는 행정상 제재로서 납세자의 고의 ・ 과실은 고려되지 아니하고 법령의 부지 ・ 착오 등은 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 아니한다(대법원 1999. 8. 20. 선고 99두3515 판결, 2004. 6. 24. 선고 2002두10780 판결 등 참조).

나) 이 사건에 돌아와 보건대, 앞에서 본 바와 같이 증여세법 기본통칙 39-29…2가 코스닥상장법인의 경우 '증자 전의 1주당 평가가액'을 권리락이 있은 날의 전일을 기준으로 산정한다고 규정하고 있었던 사정 등이 있었으나, 2002. 12. 30. 신설된 증여 세법 시행령 제29조 제4항이 제3항의 규정에 의한 이익의 계산은 주식대금 납입일을 기준으로 한다고 명시적으로 규정하고 있었던 이상, 앞에서 본 사실만으로는 원고에게 신고 ・ 납세 의무 위반을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다고 볼 수 없으므로, 원고의 위 주장도 이유 없다.

4. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 모두 이유 없어 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.