2. 원고의 피고 진주세무서장에 대한 나머지 청구 및 피고 서울지방국세청장에 대한 청구를 모두 기각한다.

3. 소송비용 중 원고와 피고 진주세무서장 사이에서 생긴 부분은 그 중 85%는 원고가, 나머지는 피고 진주세무서장이 부담하고, 원고와 피고 서울지방국세청장 사이에서 생긴 부분은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고 진주세무서장이 2011. 4. 4. 원고에 대하여 한 2007년 제2기 부가가치세 OOOO원 및 가산세 OOOO원의, 2008년 제2기 부가가치세 OOOO원의 각 부과처분을 취소한다. 피고 진주세무서장이 2013. 3. 7. 원고에 대하여 한 2008년 제1기 가산세 OOOO원의, 2008년 제2기 가산세 OOOO원의 부과처분을 취소한다. 피고 서울지방국세청장이 2011. 4. 4. 원고에 대하여 한 소득자 하BB, 소득종류 상여, 소득금액 2006년 귀속 OOOO원, 2007년 귀속 OOOO원, 2008년 귀속 OOOO원의 각 소득금액변동통지 처분을 취소한다.

가. 원고는 종합건설업을 영위하는 법인으로서 2006년경부터 ① CC메디컬센터 신축공사를, 2007년경부터 ② OO동 DDD마을 신축공사, ③ OO시 OO 2-88호선 도로개설공사, ④ EEE센터 연계시설 FFF 호텔 시설공사 등을 수행하였다.

나. 피고 서울지방국세청장은 원고에 대하여 2005 ~ 2009 사업연도 법인통합조사를 실시한 후 피고 진주세무서장에게 다음과 같은 내용이 포함된 과세자료를 통보하였다.

" (1) 원고가 2006 사업연도에 한 CC메디컬센터 신축공사와 관련하여 당초 공사대금 OOOO원을 OOOO원으로 변경하면서 공급가액 OOOO원 및 이에 대한 부가가치세 OOOO원이 포함된 허위의 세금계산서를 CC메디컬센터에 교부하고, 이에 대응하여 주식회사 GGG 외 10개 업체(이하GGG 등'이라 한다)로부터 실물거래가 없는 공급가액 OOOO원 및 부가가치세 OOOO원이 기재된 허위의 세금계산서를 교부받은 다음 위 금원을 GGG 등에게 지급하고, GGG 등으로부터 위 금원 중 OOOO원(= 공급가액 OOOO원 + 부가가치세 OOOO원)을 다시 회수하면서 회수시점에 이를 장부상 주주 ・ 임원 ・ 종업원 단기대여금(이하주임종 단기대여금'이라 한다)이 현금으로 회수된 것으로 회계처리하였다.", " (2) 원고가 2007 사업연도에 한 OO동 DDD마을 신축공사(이하DDD마을 신축공사'라고 한다)와 관련하여 HHH 주식회사 등 3개 업체(이하HHH 등'이라 한다)로부터 실물거래가 없는 공급가액 OOOO원 및 부가가치세 OOOO원이 기재된 허위의 세금계산서를 교부받은 다음 위 금원을 HHH 등에게 지급하고, HHH 등으로부터 OOOO원(= 공급가액 OOOO원 + 부가가치세 OOOO원)을 다시 회수하면서 회수시점에 이를 장부상 주임종 단기대여금이 회수된 것으로 회계처리하였다.", " (3) 원고가 2007 ~ 2008 사업연도에 한 OO시 OO 2-OO호선 도로개설공사(이하OO시 OO 도로개설공사'라고 한다)와 관련하여 주식회사 II종합조경 외 5개 업체 (이하II종합조경 등'이라 한다)로부터 실물거래가 없는 공급가액 OOOO원 및 부가가치세 OOOO원이 기재된 허위의 세금계산서를 교부받은 다음 위 금원을 II종합조경 등에게 지급하고, II종합조경 등으로부터 위 금원 중 OOOO원(= 공급가액 OOOO원 + 부가가치세 OOOO원)을 다시 회수하면서 회수시점에 이를 장부상 주임종 단기대여금이 회수된 것으로 회계처리하였다.", " (4) 주식회사 JJJ(이하JJJ'이라고 한다)은 2007 ~ 2008 사업연도에 EEE센터 시설공사를 시행함에 있어서 거래처 주식회사 KKK 외 42 개 업체(이하KKK 등'이라 한다)와 직접 거래하였음에도 원고가 위 KKK 등으로부터 재화 또는 용역을 제공받아 이를 다시 JJJ에게 제공하는 것처럼 세금계산서를 수수하여 거래관계를 위장하였다.", " 다. 피고 진주세무서장은 피고 서울지방국세청장으로부터 위와 같이 통보받은 과세 자료에 따라 2011. 4. 4. 원고에 대하여 2006 사업연도 법인세 OOOO원, 2007 사업연도 법인세 OOOO원, 2006년 제2기 부가가치세 OOOO원, 2007년 제1기 부가가치세 OOOO원, 2007년 제2기 부가가치세 OOOO원(가산세 OOOO원 포함), 2008년 제1기 부가가치세 OOOO원(가산세 OOOO원 포함), 2008년 제2기 부가가치세 OOOO원(가산세 OOOO원 포함), 2009년 제2기 부가가치세 OOOO원을 각 부과하였고(위 부과처분 중 2007년 제2기 부가가치세 OOOO원, 2008년 제1기 부가가치세 OOOO원, 2008년 제2기 부가가치세 OOOO원의 부과처분을이 사건 부가가치세 부과처분'이라 한다), 피고 서울지방국세청장은 2011. 4. 4. 법인소득금액 계산상 익금산입한 2006 사업연도분 OOOO원, 2007 사업연도분 OOOO원, 2008 사업연도분 OOOO원 등 합계 OOOO원을 대표자 상여로 소득처분하여 원고에게 소득금액변동통지를 하였다(이하이 사건 소득금액변동통지 처분'이라고 한다. 이 사건 부가가치세 부과처분과 이 사건 소득금액변동통지 처분을 합하여이 사건 처분'이라 한다).", 라. 원고는 이에 불복하여 2011. 7. 1. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2012. 5. 25. 원고의 심판청구를 기각하였다.

마. 한편, 피고는 이 사건 소송이 계속 중인 2013. 3. 7. 이 사건 부가가치세 부과처분 중 가산세 부분의 고지절차상의 하자를 이유로 2008년 제1기분 가산세 OOOO원, 2008년 제2기분 가산세 OOOO원의 부과처분을 직권으로 취소하고, 같은 날 가산세의 종류 및 산출근거 등을 명시하여 동일한 세액의 가산세를 다시 부과하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 3, 갑 제24호증, 을 제27호증(각 가지번호 있는 것은 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

원고는 다음과 같은 사유로 이 사건 처분이 위법하다고 주장한다.

(1) 이 사건 소득금액변동통지 처분의 위법성

(가) 원고가 CC메디컬센터 신축공사와 관련하여 GGG 등에게 지급한 금원, 원고가 DDD마을 신축공사와 관련하여 HHH 등에게 지급한 금원 및 원고가 OO시 OO 도로개설공사와 관련하여 II종합조경 등에게 지급한 금원은 비록 재화 또는 용역의 거래 없이 지급된 것이지만, 당해 대금의 지급이 당초부터 회수를 전제로 한 것이었고, 실제로 대금 상당액의 금원이 즉시 원고에게 회수되었으며, 위와 같이 형식적인 금원의 이동만으로는 원고가 별도의 채무를 부담한다고 볼 수 없으므로, 위 금원이 법인 이외의 자에게 유출된 것으로 볼 수 없다.

(나) 원고의 대표이사 하BB 명의의 계좌는 원고의 공사대금 입출금 등 모두 원고의 사업과 관련되어 사용되었으므로 위 계좌를 하BB 개인의 계좌로 볼 수 없고, 따라서 위 계좌에 입금된 금원이 하BB에게 귀속된 것으로 볼 수 없다.

(다) 원고는 위 금원의 이동 과정에서 원고에게 입금된 금액을 하BB에 대한 가지급금의 회수 또는 가수금의 증가로 회계처리 하였으나, 이는 원고가 법인의 계좌와 하BB 명의의 계좌를 함께 사용하면서 명목상 회계처리한 것에 불과하다.

(라) 따라서 위 각 금원이 사외로 유출된 것으로 볼 수 없음에도 이와 다른 전제로 이루어진 이 사건 소득금액변동통지 처분은 위법하다.

(2) 이 사건 부가가치세 부과처분 중 본세 부분의 위법성

" (가) 원고는 2007. 12. 10. JJJ과 사이에 EEE센터 연계시설 FFF 호텔 시설공사(이하이 사건 호텔 시설공사'라고 한다)와 관련하여 도급인 JJJ, 수급인 원고, 공사기간 2007. 12. 15. ~ 2008. 4. 30., 공사대금 OOOO원으로 하는 내용의 건설공사 표준도급계약을 체결하였고, 2008. 4. 30. 및 2008. 8. 31. 각 공사도급 변경합의를 하였는데, 위 건설공사 표준도급계약은 원고가 JJJ에게 하도급을 통하여 시설공사 용역을 제공하는 것을 허용하고 있다. 이에 따라 원고는 KKK 등과 하도급계약을 체결하였고 KKK 등을 통하여 JJJ에게 이 사건 호텔 시설공사의 공사용역을 제공한 것이다. 따라서 이 사건 호텔 시설공사와 관련하여 KKK 등이 원고에게 발급한 세금계산서 및 원고가 JJJ에게 발급한 세금계산서는 KKK 등과 원고 사이의 하도급계약, 원고와 JJJ 사이의 도급계약에 따른 세금계산서이므로 사실과 다른 세금계산서라고 볼 수 없다.", " (나) 이 사건 호텔 시설공사는 JJJ을 시행사로, 주식회사 LLL(이하LLL'라고 한다)를 건설사업관리인으로, 원고를 시공사로 하여 진행되었고, 실비정산식 도급계약 방식 중 실비정액 보수가산식이 적용되었다. LLL는 이 사건 호텔 시설공사의 건설사업관리인으로서 공정 및 원가관리의 일환으로, 원고가 공사에 소요된 실제비용을 부풀리지 못하도록 하기 위하여 하도급업체의 선정 및 하도급 계약서의 작성 등에 적극적으로 관여하였고, 원고가 하도급업체에게 함부로 공사비를 지급하지 못하도록 원고의 통장을 관리하면서, 하도급업체의 납품을 확인한 후에 하도급업체에게 공사비를 지급하도록 한 것이다.", (다) 원고는 이 사건 호텔 시설공사의 시공사로서 KKK 등 하도급업체와 원고 명의로 공사계약을 체결하였고, 하도급업체들로부터 계약보증보험증권과 하자보증보험증권을 교부받았으며, 하도급업체의 공사용역 결과의 검수 업무를 수행하였다. 뿐만 아니라 원고는 이 사건 호텔 시설공사의 일부 토목공사 및 하도급업체 지원 업무를 직접 수행하였고, 행정청으로부터 대기환경보전법 위반에 따른 행정제재도 받았으며, 이 사건 호텔의 시설공사와 관련된 고용보험과 산업재해보상보험에 가입하였고, 하도급업체들로부터 수 차례 공사비용 납입최고를 받기도 하였다. 이와 같이 원고는 이 사건 호텔 시설공사를 수급받아 하도급업체들을 통하여 JJJ에게 공사용역을 제공하였으므로, 원고가 공사용역의 제공 없이 세금계산서를 교부한 것이 아니다.

(라) 따라서 이 사건 호텔 시설공사와 관련하여 원고가 KKK 등으로부터 교부받은 세금계산서 및 원고가 JJJ에게 교부한 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서임을 전제로 하여 이루어진 이 사건 부가가치세 부과처분은 위법하다.

(3) 이 사건 부가가치세 부과처분 중 가산세 부분의 위법성

(가) 이 사건 부가가치세 부과처분 중 가산세 부분은 앞에서 본 바와 같이 부가가치세 본세 부분의 부과처분이 위법하므로, 본세와 함께 취소되어야 한다.

(나) 가산세 부과처분이라고 하여도 그 종류와 세액의 산출근거 등을 밝히지 않고 가산세의 합계액만을 기재한 경우 그 부과처분은 위법함을 면치 못하는바, 이 사건 부가가치세 부과처분 중 2007년 제2기분 가산세 OOOO원의 부과처분은 가산세의 종류와 산출근거를 명시하지 않았으므로 위법하다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

(1) 이 사건 소득금액변동통지 처분의 적법 여부

(가) 인정사실

1) 가) 원고는 CC메디컬센터 신축공사를 하는 과정에서 2006. 8. 25.부터 2006. 8. 30.까지 사이에 GGG 등으로부터 실물거래가 없는 공급가액 OOOO원 및 부가가치세 OOOO원이 기재된 허위의 세금계산서를 교부받은 다음, OOOO원(= OOOO원 + OOOO원)을 FFF 등에게 지급하였다.

나) FFF 등은 2006. 12. 22.부터 2007. 1. 9.까지 사이에 원고로부터 지급받은 허위의 매입대금 중 OOOO원을 원고의 대표이사인 하BB 명의의 계좌로 송금하였고, 하BB은 위와 같이 자신의 계좌로 송금된 돈을 다시 원고의 계좌로 송금하였다. 한편 허위의 매입처 중 일부 업체(GGG, MM전기소방, 주식회사 NN 이엔지)는 허위의 매입대금 중 OOOO원을 원고 명의의 계좌로 직접 송금하였다. 이로써 원고가 GGG 등에게 허위의 매입대금으로 지급한 OOOO원 중 OOOO원(= OOOO원 + OOOO원)이 원고 명의의 계좌로 다시 입금되었다.

다) 원고는 허위의 매입대금이 다시 원고의 계좌로 입금되었을 때 대표이사에 대한 대여금채권이 회수된 것으로 보아 이를 장부상 주임종 단기대여금 계정으로 회계처리하였다.

2) 가) 원고가 DDD마을 신축공사를 하는 과정에서 2007. 10. 2.부터 2007. 12. 20.까지 사이에 HHH 등으로부터 실물거래가 없는 공급가액 OOOO원 및 부가가치세 OOOO원이 기재된 허위의 세금계산서를 교부받은 다음, OOOO원 (= OOOO원 + OOOO원)을 HHH 등에게 지급하였다.

나) HHH 등은 2007. 12. 26.부터 2007. 12. 31.까지 사이에 원고로부터 지급받은 허위의 매입대금 OOOO원을 원고의 대표이사인 하BB 명의의 계좌로 송금하였고, 하BB은 위와 같이 자신의 계좌로 송금된 돈을 다시 원고의 계좌로 송금 하였다. 한편 허위의 매입처 중 PP산업은 허위의 매입대금 중 OOOO원을 원고 명의의 계좌로 직접 송금하였다. 이로써 원고가 HHH 등에게 허위의 매입대금으로 지급한 OOOO원 모두 원고 명의의 계좌로 다시 입금되었다.

다) 원고는 허위의 매입대금이 다시 원고의 계좌로 입금되었을 때 대표이사에 대한 차입금이 발생한 것으로 보아 이를 장부상 주임종 단기차입금 계정으로 회계처리하였다.

3) 가) 원고는 OO시 OO 도로개설공사를 하는 과정에서 2007. 6. 30.부터 2008. 8. 31.까지 사이에 II종합조경 등으로부터 실물거래가 없는 공급가액 OOOO원 및 부가가치세 OOOO원이 기재된 허위의 세금계산서를 교부받은 다음, OOOO원(= OOOO원 + OOOO원)을 II종합조경 등에게 지급하였다.

나) II종합조경 등은 2007. 8. 23.부터 2008. 9. 30.까지 사이에 원고로부터 지급받은 허위의 매입대금 중 OOOO원을 원고의 대표이사인 하BB 명의의 계좌로 송금하였고, 하BB은 위와 같이 자신의 계좌로 송금된 돈을 다시 원고의 계좌로 송금하였다. 이로써 원고가 II종합조경 등에게 허위의 매입대금으로 지급한 OOOO원 중 OOOO원이 원고 명의의 계좌로 다시 입금되었다.

다) 원고는 허위의 매입대금이 다시 원고의 계좌로 입금되었을 때 대표이사에 대한 차입금이 발생한 것으로 보아 이를 장부상 주임종 단기차입금 계정으로 회계처리하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 을 제3, 4, 22, 23, 24, 25, 26, 28, 30, 31호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

(나) 판단

1) 법인이 매출사실이 있음에도 불구하고 그 매출액을 장부에 기재하지 아니 한 경우에는 특별한 사정이 없는 한 매출누락액 전액이 사외로 유출된 것으로 보아야하고, 이 경우 그 매출누락액이 사외로 유출된 것이 아니라고 볼 특별사정은 이를 주장하는 법인이 입증하여야 하며, 법인이 매출에 의하여 수령한 대금을 내용이 확정되지 아니한 임시계정인 가수금 계정에 계상함으로써 그 상대계정인 현금이 일단 법인에 들어온 것으로 회계처리를 하였다고 하더라도, 만일 그 가수금 계정의 내용이 대표이사로부터의 단기 차입금 거래를 기장한 것으로서 장차 이를 대표이사에게 반제해야 할 채무라는 것이 밝혀진 경우에는 그 가수금 거래는 법인의 순자산의 변동 내지 증가를 수반하지 아니하는 것으로서 법인의 수익이나 비용과는 무관한 것이므로, 그 가수금 채무가 애당초 반제를 예정하지 아니한 명목만의 가공채무라는 등의 특별한 사정이 없는 한, 장부에 법인의 수익으로서 기재되었어야 할 매출누락액은 이미 사외로 유출되어 위 가수금 거래의 상대방인 대표이사에게 귀속된 것으로 보아야 하는바(대법원 2002. 1. 11.선고 2000두3726 판결 참조), 이와 같은 법리는 법인이 가공의 비용을 장부에 계상한 경우에도 마찬가지로 적용된다고 보아야 한다.

2) 위와 같은 법리에 비추어 이 사건에 관하여 살피건대, 위 인정사실에 의하면, 원고는 CC메디컬센터 신축공사, DDD마을 신축공사, OO시 OO 도로개설공사를 하는 과정에서 다수의 거래처로부터 실물거래가 없는 허위의 세금계산서를 교부받고 위 거래처에게 세금계산서상의 허위의 매입금액을 지급한 다음, 위 거래처들로부터 원고가 지급한 허위의 매입대금 전부 또는 대부분을 원고 회사의 대표이사인 하BB 명의의 계좌를 통하거나 원고 명의의 계좌로 직접 다시 송금받으면서 회수한 금원을 장부상 가지급금(주임종 단기대여금)이 회수되었거나 가수금(주임종 단기차입금)이 증가된 것으로 회계처리하였으므로, 특별한 사정이 없는 한 원고가 위 공사와 관련하여 회수한 OOOO원(= CC메디컬센터 신축공사와 관련 OOOO원 + DDD마을 신축공사와 관련 OOOO원, OO시 OO 도로개설공사와 관련 OOOO원)은 사외로 유출된 것으로 봄이 타당하다.

나아가 원고의 주장과 같이 하BB 명의의 계좌를 하BB 개인의 계좌로 볼 수 없고, 원고에게 입금된 가공 매입대금에 대한 가지급금(주임종 단기대여금) 또는 가수금(주임종 단기차입금)이 명목상의 가공채권 또는 가공채무에 불과하여 위 금원이 사외로 유출된 것이 아니라고 볼 만한 특별한 사정이 있는지에 관하여 살피건대, 위 인정사실 및 앞에서 든 증거들에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정들, 즉 ① 원고는 거래처들에게 지급한 허위의 매입대금을 반환받음에 있어서 대부분의 금원을 원고 명의 계좌로 직접 송금받은 것이 아니라 원고의 대표이사인 하BB의 계좌로 송금받은 후 이를 원고의 계좌로 다시 송금받은 점, ② 하BB 명의의 계좌에는 대출이자, 전기 요금, 통신사용 요금, 해외송금 등 개인적인 지출로 보이는 거래도 다수 포함되어 있어 하BB 명의의 계좌를 원고의 계좌와 동일시할 수 없는 점, ③ 원고가 CC메디컬센터 신축공사와 관련하여 회수된 금원을 대표이사에 대한 가지급금이 회수된 것으로 회계 처리한 이상, 하BB은 실제로 원고에게 갚아야 할 가지급금을 변제한 것과 동일한 경제적 이익을 얻게 되는 점, ④ 원고가 DDD마을 신축공사 및 OO시 OO 도로개설공사와 관련하여 회수된 금원을 대표이사 가수금이 증가된 것으로 회계처리한 이상, 하BB은 원고에 대한 채권자로서 언제든지 회사자금을 인출하여 사용하는 것이 가능한 것으로 보이는 점, ⑤ 을 제28호증의 기재에 의하면 원고와 대표이사 사이에 가지급금의 지급과 반제가 수시로 일어나고 있는 점 등을 종합하면, 하BB 명의의 계좌를 원고의 계좌와 동일시할 수 없고, 원고의 대표이사에 대한 가지급금 또는 가수금이 명목상의 가공채권 또는 가공채무에 불과하다고 볼 수 없다.

3) 따라서 원고가 CC메디컬센터 신축공사, DDD마을 신축공사 및 OO시 OO 도로개설공사와 관련하여 회수한 OOOO원은 사외로 유출되었다고 봄이 타당하므로, 이와 같은 전제에서 이루어진 이 사건 소득금액변동통지 처분은 적법하고, 원고의 주장은 이유 없다.

(2) 이 사건 부가가치세 부과처분의 적법 여부

(가) 심리 및 판단의 범위

원고가 CC메디컬센터 신축공사, DDD마을 신축공사 및 OO시 OO 도로개설공사와 관련하여 거래처들로부터 수취한 허위의 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서로서 매입세액 불공제 대상이라는 점은 원고도 다투지 않으므로, 이 사건 부가가치세 부과처분의 적법 여부에 대한 심리 및 판단 대상은 원고가 주장하는 바에 따라 이 사건 호텔 시설공사와 관련하여 원고가 KKK 등으로부터 교부받은 세금계산서 및 원고가 JJJ에게 교부한 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서에 해당하는지 여부에 한정하기로 한다.

(나) 인정사실

1) JJJ은 2007. 3. 31. LLL와 사이에 이 사건 호텔 시설공사의 건설사업관리(CM, Construction Management) 용역과 관련하여 용역기간 2007. 4. 1.부터 2008. 12. 31.까지, 용역금액 OOOO원으로 하는 내용의 용역계약을 체결하였고, 2007. 9. 1.과 2009. 3.경 용역기간과 용역금액을 변경하는 변경계약을 체결하였다.

" 2) 원고는 2007. 12. 10. JJJ과 사이에 이 사건 호텔 시설공사와 관련하여 도급인 JJJ, 수급인 원고, 공사기간 2007. 12. 15. ~ 2008. 4. 30., 공사대금 OOOO원(부가가치세 포함)으로 하는 내용의 건설공사 도급계약(이하이 사건 도급계약'이라 한다)을 체결하였다. 이 사건 도급계약은 2008. 4. 30., 2008. 5. 29., 2008. 6. 29. 공사기간을 연장하는 것으로 변경되었다가, 2008. 8. 31. 공사대금이 OOOO원에서 OOOO원으로 감액되는 것으로 변경되었다. 한편 원고는 2007. 12. 15.경 이 사건 호텔 시설공사와 관련하여 고용보험과 산업재해보상보험에 가입하고 2008. 3. 31.경 보험료를 납입하였다.", 3) 원고는 2007. 12.경부터 2008. 6.경까지 사이에 KKK를 비롯한 총 43개의 하도급업체와 하도급계약을 체결하였고, 일부 하도급업체들로부터 이행(계약)보증 보험증권이나 이행(하자)보증보험증권을 교부받았다.

4) 원고는 2008. 1. 10.과 2008. 3. 12. JJJ에게 공사기성금을 청구하였고, JJJ은 QQ은행으로부터 시설자금대출을 받아 원고 명의의 계좌에 공사 대금을 송금하였다.

5) 원고는 이 사건 호텔 시설공사와 관련하여 2007년 제2기부터 2008년 제2기 까지의 기간 동안에 JJJ에게 공급가액 OOOO원(2008년 제1기 OOOO원 + 2008년 제2기 OOOO원) 및 부가가치세 OOOO원의 세금계산서를 교부하였고, KKK 등으로부터 공급가액 OOOO원(2007년 제2기 OOOO원 + 2008년 제1기 OOOO원 + 2008년 제2기 OOOO원) 및 부가가치세 OOOO원의 세금계산서를 교부받았다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제 10, 22, 26, 27, 28, 29, 30, 32, 33호증, 을 제1, 6, 8 호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함)의 각 기재 변론 전체의 취지

(다) 판단

" 1) 구 부가가치세법(2010. 1. 1. 법률 제9915호로 개정되기 전의 것) 제17조 제2항은 세금계산서의 기재 내용이 사실과 다른 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다고 규정하고 있는바 이 경우에 사실과 다르다는 의미는과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다'고 규정한 국세기본법 제14조 제1항의 취지에 비추어, 세금계산서의 필요적 기재사항의 내용이 재화 또는 용역에 관한 당사자 사이에 작성된 거래계약서 등의 형식적인 기재내용에 불구하고 그 재화 또는 용역을 실제로 공급하거나 공급받는 주체와 가액 및 시기 등과 서로 일치하지 아니하는 경우를 가리키는 것이고(대법원 1996. 12. 10. 선고 96누617 판결 등 참조), 부가가치세법에 의하여 공급하는 사업자로부터 세금계산서를 교부받고 공급받는 사업자에게 세금계산서를 교부하며 나아가 부가가치세를 납부하여야 하는 자는 공급하는 사업자 또는 공급받는 사업자와 명목상의 법률관계를 형성하고 있는 자가 아니라 공급하는 사업자로부터 실제로 재화 또는 용역을 공급받거나 공급받는 자에게 실제로 재화 또는 용역을 공급하는 거래행위를 한 자라고 보아야 한다(대법원 2003. 1. 10. 선고 2002도4520 판결 등 참조). 또한, 부가가치세 납세의무자가 매입세액 공제의 근거로 제출한 세금계산서가 실물거래 없이 허위로 작성되었다거나 세금계산서의 기재내용이 사실과 다르다는 점이 과세관청에 의해 상당한 정도로 증명되어 그것이 실지매입인지 여부 또는 세금계산서의 기재내용의 진위가 다투어지고, 납세의무자가 주장하는 세금계산서에 기재된 공급자와의 거래가 허위임이 상당한 정도로 증명 된 경우에는 세금계산서에 기재된 공급자와의 거래가 실제로 있었다는 점에 관하여 장부와 증빙 등 자료를 제시하기가 용이한 납세의무자가 이를 증명할 필요가 있다(대법원 2009. 8. 20. 선고 2007두1439 판결 등 참조).", 2) 위와 같은 법리에 비추어 이 사건을 살피건대, 위 인정사실에 의하면, 원고는 JJJ과 사이에 이 사건 호텔 시설공사에 관한 도급계약을 체결하였고, KKK를 비롯한 43개의 하도급업체들과 사이에 위 시설공사 중 일부에 대한 하도급계약을 체결하였으며 JJJ은 원고의 공사기성금 청구에 따라 공사대금을 원고의 계좌로 송금하였고 이와 같이 송금된 공사대금이 KKK 등에게 하도급 공사대금으로 지급되었다.

그러나 갑 제3호증, 을 제4, 5, 6, 7, 9호증, 을 제12 내지 17호증, 을 제20 호증(각 가지번호 있는 것은 가지번호 포함)의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들을 종합하면, 위와 같은 사정들 및 원고가 주장하는 사정들만으로는 원고와 JJJ 사이 및 KKK 등과 원고 사이에 세금계산서 기재와 같이 실제 거래가 있었다는 점을 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 만한 증거가 없다.

① JJJ의 대표이사인 하RR은 LLL를 실제로 운영하고 있으며 원고의 대표이사 하BB은 하RR의 동생이다.

② JJJ은 당초 이 사건 호텔 시설공사를 건축공사를 담당한 SS건설에게 일괄적으로 도급하였다가 SS건설과 공사비에 관한 분쟁이 생기자 이 사건 호텔 시설공사만을 따로 떼어서 원고와 이 사건 도급계약을 체결하였다.

③ 원고의 대표이사인 하BB은 서울지방국세청의 조사에서 다음과 같이 진술하였다.

○ 2010. 11. 24.자 문답서(을 제13호증)

- 원고가 직영한 인테리어 공사대금은 약 OOOO원 정도 되는 것으로 알고 있으며 재하청 공사금액은 약 OOOO원 정도이다. 원고가 납품계약서에 의한 대금을 한 번도 받은 적이 없고 그 대금 전액이 JJJ에서 거래처에 직접 지급된 것으로 알고 있다.

○ 2010. 11. 30.자 문답서(을 제14호증)

- 원고가 전문건설업체인 TTT 주식회사 등 10개 업체(TTT 주식회사, UUU 주식회사, VV기술개발 주식회사, 주식회사 WWW, 주식회사 XXX, SS타일, YYY 주식회사, 주식회사 ZZZ, 주식회사 aa산업개발, 주식회사 bbb시스템)에 하도급을 준 합계 OOOO원만이 원고가 직접 투입한 원가이다.

- 원고는 TTT 주식회사 등 10개 업체 이외의 나머지 ccc 등 33개 업체의 공사내역, 납품내역, 업체 선정, 공사원가 산정 등에 대하여 알지 못한다. JJJ이 시설공사 및 납품업체를 직접 선정한 후 OO시 OO동에 소재한 JJJ의 사무실에서 도급인을 원고로, 수급인을 JJJ에서 선정한 업체로 하여 직접 계약서를 작성한 다음, 그 선정된 업체의 사장이나 직원이 원고의 hh호텔 현장사무실 및 JJJ의 창원 CM팀 사무실을 방문하면 본인은 계약서에 원고의 법인 사용인감으로 날인하였을 뿐이다.

- ccc 등 33개의 업체와 관련된 세금계산서는 JJJ 창원 CM팀에서 JJJ이 직접 선정한 업체로부터 공급받는 자를 원고로 하여 발행된 세금계산서를 직접 수취한 후 원고의 사무실로 가져다 주었다.

- ccc 등 33개의 업체에 대한 공사대금과 관련하여, JJJ 본사에서 원고 명의의 QQ은행 통장을 직접 보관하면서 JJJ이 원고에게 통보한 후 원고의 공사대금을 입금시켰으며, 또한 위 33개의 업체에게 공사대금을 지급한다고 원고에게 통보한 후 JJJ에서 직접 출금 및 송금하였다.

○ 2010. 12. 27.자 전말서(을 제15호증)

- TTT 주식회사 등 10개 업체는 원고가 직접 발주하여 전문업체에서 조경공사 등을 한 것이며 ddd휘트니스 등 33개 업체는 JJJ 및 LLL CM팀에서 업체를 선정하여 원고의 사무실에 거래처를 통보해 주면 본인이 직접 계약서에 날인한 경우도 있고, 원고의 현장소장 유ee이 계약서에 날인한 경우도 있다.

- TTT 주식회사 등 10개 업체에 대한 공사대금은, JJJ의 안ff 이사가 출금하여 원고의 거래처에 송금한다고 본인에게 연람이 오면 회사에서 보관하고 있던 출금전표를 여직원이 직접 작성하여 법인사용인감을 날인한 후 등기우편으로 OO동에 있는 JJJ 안ff 이사 앞으로 발송하는 방법으로 지급되었고, 공사타절(2008. 8. 31.)까지 이러한 형식으로 전부 이루어졌다.

- 부가가치세 신고시 매입세금계산서는 거래처에서 직접 우편으로 OO에 있는 원고의 사무실로 보내주었다

- LLL와 계약관련 용역계약을 맺은 사실은 없다.

- 원고는 원고가 JJJ과 TTT 주식회사 등 10개 업체의 중간에 낀 이유를 모르고, 그 이유는 JJJ과 LLL만 알고 있다.

- 원고가 직접 발주하지 않아 공사를 하지 않은 ddd휘트니스 등 33개 업체에 대하여, 처음 계약 당시 JJJ과 LLL에서 계약을 한 상태였는데, JJJ과 LLL 측에서는 공사계약을 ddd휘트니스 등 33개 업체와 JJJ으로 하지 않고 원고로 계약을 한다고 본인한테 연락이 와서 연락을 받은 후 거래처들이 창원 호텔현장에서 공사 및 납품을 진행하던 중 거래처가 어디인지 알았으며, 33개 업체는 실제로 원고의 하도급공사를 하지 않았으며 원고에게 납품을 하지 않은 업체이다.

" - 호텔시설공사 계약금액이 2008. 8. 31. OOOO원 정도 감액된 것과 관련된단가 등 변경내역에 대하여, 창원 LLL 김gg 부사장과 유ee 소장이 같이 작성하여 JJJ에게 제출한 것으로 알고 있고, 본인은 감액된 세부내역을 전혀 모른다.", ○ 2011. 1. 7.자 전말서(을 제16호증)

- 호텔공사의 공사계약금액은 118억 3천만 원으로 결정하였고 공사원가는 구두상으로 JJJ과 합의하였으며 공사비 내역은 JJJ에서 작성하였기에 본인은 공사비의 자세한 내역은 전혀 모른다.

- 2008. 8. 31. 공사도급금액이 OOOO원 감액된 것과 관련하여, 미시공분과 미납품분이 있어 감액되었고 그 미시공분이나 미납품에 대한 자세한 내역은 정확하게 모른다. 변경내역서는 처음 보는 것이고 JJJ에서 임의대로 작성한 것이다.

- 2008. 1. 2. OOOO원, 2008. 2. 29. OOOO원, 2008. 6. 30. OOOO원, 2008. 8. 31. OOOO원 계 OOOO원의 매출세금계산서는 본인의 지시로 원고의 직원이 세금계산서를 발행하여 JJJ에게 우편으로 발송하여 교부하였다.

- JJJ이 거래처에게 입금할 금액을 원고의 진주사무실로 알려주면 출금전표를 그 금액에 맞춰 작성한 후 은행 사용인감 도장을 찍어서 서초동에 있는 JJJ 사무실에 등기로 발송하였다.

- 재하도급업체의 선정과 관련하여, JJJ 자회사인 LLL CM팀(그때 당시 OO공사 현장에서 전부 근무하였음)에서 직접 선정 및 도급금액을 확정한 후 원고의 현장소장 유ee에게 알려주면 그러한 줄만 알고 있었기에 본인이 업체를 선정할 권한이 거의 없었고, hh호텔 시설공사 및 납품업체 43개 업체와의 계약서는 전부 JJJ이 직접 작성하여 원고 명의로 계약을 한 것이다.

- hh호텔 시설공사의 공사계약 관련 및 공사대금 지급관련 모든 업무를 JJJ 및 그 자회사인 LLL에서 하였기 때문에 본인은 실제 JJJ의 hh호텔 시설공사를 주도하지 않았다.

" ④ 원고의 대표이사 하BB이 원고가 직접 발주하였다고 주장한 TTT 주식회사 등 10개 업체 중 9개 업체(TTT 주식회사, UUU 주식회사, VV기술개 발 주식회사, 주식회사 WWW, 주식회사 XXX, SS타일, YYY 주식회사, 주식회사 ZZZ, 주식회사 bbb시스템)는 서울지방국세청에LLL에 견적서를 제출한 후 LLL의 요구에 의하여 도급인을 원고로 하여 하도급계약서가 작성되었으며, 공사대금은 LLL에 청구하여 지급받았다. 원고의 사장 및 현장직원을 한 번도 만난 적이 없다.'는 취지의 확인서를 제출하였다.", " ⑤ LLL의 직원으로 하도급업체와의 계약체결 업무를 담당하였던 이ii은 2011. 1. 17. 서울지방국세청에서 조사를 받으면서LLL는 원고의 hh호텔 시설공사와 관련하여 원고의 계약서 작성 등 용역업무 계약을 체결한 사실이 없으며, 본인은 업체들로부터 견적을 받은 후 최종 공사금액 및 최종 업체를 선정하여 JJJ 하RR 회장의 결제를 받은 후 거래처와 계약서를 작성하였다'고 진술하였다.", " ⑥ 원고의 대표이사 하BB은 43개의 하도급업체 중 ccc 등 33개로부터 공사용역을 제공받지 않았다는 사실을 스스로 인정하고 있다. 또한 43개의 하도급업체 중 10개의 하도급업체로부터 공사용역을 제공받았다는 하BB의 진술은 위 업체들이 제출한 확인서의 내용에 비추어 볼 때 그대로 믿을 수 없다. 결국 원고의 대표이사 하BB의 진술, 하도급업체들이 제출한 확인서, LLL의 직원 이jj 등의 진술을 종합해 보면, 하도급업체의 선정은 LLL의 직원들이 주로 서울에 소재하는 업체들의 견적을 받은 다음 원고의 대표이사가 아닌 JJJ의 대표이사인 하RR의 결제를 받아 결정하였으며, LLL의 요구에 의하여 하도급계약서의 도급인만을 원고로 기재하여 작성하였을 뿐이다. 또한, LLL가 하도급업체를 선정하면서 작성 한 기안서 중 일부에원고를 통한 하도급계약 체결예정(관광 진흥 기금 신청)'이라고 기재되어 있는데, 원고가 직접 하도급업체를 결정하고 계약을 체결하였다면 위와 같은 문구가 기재되어 있을 이유가 없다.", ⑦ 원고의 대표이사 하BB은 2008. 1. 4. 및 2008. 2. 1. 원고 명의로 신규 개설한 QQ은행 통장(계좌번호 OOOO-OO-OOOOOOO 및 OOO-OO-OOOOOOO) 2개를 JJJ에게 건네주었고 JJJ의 직원이 원고 명의의 통장 2개를 OO시 OO동 사무실에서 직접 보관하면서 원고의 공사대금 상당액을 위 통장에 입금시킨 뒤 위 통장에 입금된 돈으로 하도급업체에게 송금하는 방법으로 하도급업체에 공사대금을 지급하였다.

" ⑧ 하도급업체와 관련된 계약서 원본은 원고가 아닌 JJJ의 경영지원팀에서 직접 보관 및 관리하고 있었고, LLL는 이 사건 호텔 시설공사의 하도급과 관련하여 업체명, 정산금액, 지급금액 및 미지급액 등을 기재한직발주정리표'와자금집행내역'을 작성하는 등 하도급업체를 실질적으로 관리하였다.", ⑨ 원고는, 원고가 시공사로서 이 사건 호텔 시설공사의 공사용역을 제공하였다고 주장하나, 원고가 이 사건 호텔 시설공사가 이루어질 무렵 이 사건 호텔에 인접한 OO시 OO 도로개설공사를 진행하고 있었던 점에 비추어 볼 때, 갑 제14 내지 18호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함)의 기재만으로는 원고의 위와 같은 주장을 인정할 수 없다.

" ⑩ 원고는 이 사건 호텔 시설공사가 설비정액 보수가산식을 적용하여 체결되었다고 주장하나 이를 인정할 만한 증거가 없다. 또한 원고는 LLL가 JJJ의 건설사업관리인으로서 공정 및 원가관리의 일환으로 원고의 하도급업체선정 및 공사대금의 지급에 관여하였다는 취지로 주장하나, 건설산업기본법 제2조 제8호는 건설사업관리를건설공사에 관한 기획, 타당성 조사, 분석, 설계, 조달, 계약, 시공관리, 감리, 평가 또는 사후관리 등에 관한 관리를 수행하는 것을 말한다'고 규정하고 있고, 이 사건 호텔 시설공사의 수급인인 원고가 실제로 하도급업체의 선정과 하도급대금의 지급에 있어서 실질적인 역할을 수행하지 못한 점 등에 비추어 볼 때, LLL가 JJJ의 지시하에 직접 하도급업체를 선정하여 하도급계약을 체결하고 하도급대금을 지급한 것을 두고 건설사업관리의 일환으로 이루어진 것이라고 볼 수 없다.", 3) 결국 이 사건 호텔 시설공사와 관련하여 원고와 JJJ 사이 및 KKK 등과 원고 사이에 세금계산서 기재와 같이 실제 거래가 있었다고 볼 수 없으므로, 원고가 KKK 등으로부터 교부받은 세금계산서 및 원고가 JJJ에게 교부한 세금계산서는 사실과 다른 세금계산서라고 봄이 타당하다. 따라서 이와 같은 전제에서 이루어진 이 사건 부가가치세 부과처분은 적법하고, 원고의 주장은 이유 없다.

(3) 이 사건 부과처분 중 가산세 처분의 적법 여부

(가) 2007년 제2기 가산세에 대하여

1) 하나의 납세고지서에 의하여 본세와 가산세를 함께 부과할 때에는 납세고지서에 본세와 가산세 각각의 세액과 산출근거 등을 구분하여 기재해야 하는 것이고, 또 여러 종류의 가산세를 함께 부과하는 경우에는 그 가산세 상호 간에도 종류별로 세액과 산출근거 등을 구분하여 기재함으로써 납세의무자가 납세고지서 자체로 각 과세처분의 내용을 알 수 있도록 하는 것이 당연한 원칙이므로, 가산세 부과처분이라고 하여 그 종류와 세액의 산출근거 등을 전혀 밝히지 않고 가산세의 합계액만을 기재한 경우에는 그 부과처분은 위법함을 면할 수 없다(대법원 2012. 10. 18. 선고 2010두12347 전원합의체 판결 참조).

2) 이러한 법리에 비추어 살피건대, 갑 제1호증의 1, 을 제1호증의3의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 피고가 원고에게 2007년 제2기 가산세를 부과하는 납세고지서에 세금계산서 합계표 미제출 가산세, 과소신고 가산세, 납부불성실 가산세와 같은 가산세가 종류별로 구분되지 아니한 채 그 합계액이 본세액과 별도로 기재되어 있을 뿐이고, 위 각 가산세의 산출근거도 기재되어 있지 않은 사실을 인정할 수 있으므로, 2007년 제2기 가산세 부과처분은 위법하다.

(나) 2008년 제1기 및 제2기 가산세에 대하여

1) 피고 진주세무서장이 원고에 대하여 한 이 사건 부가가치세 부과처분이 적법함은 앞에서 본 바와 같으므로, 피고 진주세무서장이 원고에 대하여 한 2008년 제1기 및 제2기 가산세 부과처분에는 실체상의 위법사유가 존재하지 않는다.

2) 또한 위 인정사실에 의하면, 피고 진주세무서장이 2013. 3. 7. 2008년 제1기 가산세 OOOO원 및 2008년 제2기 가산세 OOOO원의 부과처분을 직권으로 취소하고, 같은 날 가산세의 종류 및 산출근거 등을 명시하여 동일한 세액의 가산세를 다시 부과하였으므로, 2008년 제1기 및 제2기 가산세 부과처분에는 절차상의 위법사유가 존재하지 않는다.

3) 따라서 2008년 제1기 및 제2기 가산세 부과처분은 적법하다.

3. 결론

그렇다면 원고의 피고 진주세무서장에 대한 청구 중 2007년 제2기 부가가치세(가산세) OOOO원의 부과처분의 취소를 구하는 부분은 이유 있으므로 이를 인용하고 원고의 피고 진주세무서장에 대한 나머지 청구 및 피고 서울지방국세청장에 대한 청구는 모두 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.