2. 소송비용은 피고가 부담한다.

가. 원고는 2003.4.11.부터 ○○ ○○구 ○○동 00-0 오피스텔○○○ ○○○호에서 귀금속 도소매업 및 수출입업을 영위하였다.

나. 원고는 2003.7.30.부터 2004.10.7.까지 사이에 ○○금은 주식회사(이하 '○○금은'이라고 한다)등 14개 업체로부터 공급가액 합계 51,314,648,851원의 상당의 금지금(金地金, Gold Ingot, 이 사건에서는 '금괴 골드바 등 원재료 상태로서 순도가 1,000분의 995 이상인 금'을 말한다)을 매입하여 홍콩에 수출하고 ○○금은 등으로부터 받은 별지 표 기재 매입세금계산서 143장(이하 '이 사건 세금계산서'라고 한다)를 수취하여, 위 매입세액을 매출세액에서 공제하여 각 과세기간에 부가가치세 환급 신고를 하였다.

다. 피고는 ○○지방국세청장으로부터 이 사건 세금계산서가 사기·기타 부정한 방법에 의한 사실과 다른 세금계산서라는 통보를 받고, 이 사건 세금계산서 전부의 매입세액을 불공제하고, 증빙불비 가산세를 포함하여, 2005.12.1. 원고에게 부가가치세 2003년도 제2기분 2,041,227,570원(가산세 471,052,518원 포함), 2004년도 제1기분 3,773,736,150원(가산세 1,019,138,684원 포함), 2004년도 제2기분 464,518,740원(가산세 197,289,180원 포함), 2003년도 법인세(가산세) 345,438,510원(기납부세액 106,277,133원을 공제한 금액이다), 2004년도 법인세(가산세) 783,483,750원(기납부세액 29,960원을 공제한 금액이다)을 경정·고지하였다(이하 ' 이 사건 부과처분'이라고 한다).

라. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 감사원에 2007년 감심 제55호로 심사청구를 하였으나, 감사원은 2007.6.15. 원고의 위 심사청구를 기각하였다.

[인정근거] 다툼없는 사실, 갑1~8, 11, 을1, 2(각 가지번호 포함)

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

(1) 원고는 이 사건 세금계산서 기재와 같은 내용의 거래를 실제로 하였고, 원고가 금지금을 매입하여 수출하면서 금지금공급자에게 대금과 부가가치세를 은행 지로를 통하여 지급하였으며, 금지금을 수출한 결과 그 대금 역시 원고의 예금계좌에 정확히 입금된 것에 비추어 보면, 이 사건 거래는 모두 정상적인 거래이지 자료상을 이용한 거래가 아니다.

(2) 피고는 원고의 질의에 대하여 실물거래를 하여 수출하면 영세율을 적용한 결과 부가가치세가 환급되어야 한다고 하였고, 원고가 부가가치세를 신고하였을 때 피고는 조사를 통하여 실거래가 있었음을 확인하고 부가가치세를 환급하였음에도, 이 사건 처분을 한 것은 국세기본법 제15조가 규정하고 있는 신의성실의 원칙에 어긋난다.

(3) 피고는 원고가 매입가격보다 금지금을 싸게 팔았고, 관세를 환급받지 않았으며, 매번 외상으로 매입하였고, 원고가 수출한 금지금 중 일부는 재수출된 적이 있으며, 원고와 거래업체 중에 폭탄업체가 있다는 점을 근거로 이 사건 처분을 하였으나, 이는 아무런 근거가 없다.

나. 관계 규정

○ 부가가치세법 제11조 영세율적용

① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 영의 세율을 적용한다.

1. 수출하는 재화

○ 부가가치세법 제17조 납부세액

① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액 (이하 "납부세액"이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 "매출세액"이라 한다)에서 다음 각 호의 세액(이하 "매입세액"이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 "환급세액"이라 한다)으로 한다.

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

2. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화의 수입에 대한 세액

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1의2. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하"필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

○ 부가가치세법 제21조결정 및 경정

① 사업장 관할세무서장ㆍ사업장 관할지방국세청장 또는 국세청장은 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에 한하여 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사에 의하여 결정 또는 경정한다.

2. 확정신고의 내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

3. 확정신고에 있어서 매출처별세금계산서합계표 또는 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니하거나 제출한 매출처별세금계산서합계표 또는 매입처별세금계산서합계표의 기재사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다르게 기재된 때

○ 법인세법 제76조 가산세

⑤ 납세지 관할세무서장은 법인(대통령령이 정하는 법인을 제외한다) 이 사업과 관련하여 대통령령이 정하는 사업자로부터 재화 또는 용역을 공급받고 제116조 제2항 각호의 1에 규정하는 증빙서류를 수취하지 아니한 경우에는 동항 단서의 규정을 적용받는 경우를 제외하고는 그 수취하지 아니한 금액의 100분의 2에 상당하는 금액을 가산한 금액을 법인세로서 징수하여야 한다. 이 경우 산출세액이 없는 경우에도 가산세는 징수한다.

○ 법인세법 제116조지출증빙서류의 수취 및 보관

① 법인은 각 사업연도에 그 사업과 관련된 모든 거래에 관한 증빙서류를 작성 또는 수취하여 제60조의 규정에 의한 신고기한이 경과한 날부터 5년간 이를 보관하여야 한다.

② 제1항의 경우에 법인이 대통령령이 정하는 사업자로부터 재화 또는 용역을 공급받고 그 대가를 지급하는 경우에는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 증빙서류를 수취하여 이를 보관하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 경우에는 그러하지 아니하다.

2. 「부가가치세법」 제16조의 규정에 의한 세금계산서

○ 구 부가가치세법 시행령 제24조 수출의 범위(2006.2.9. 대통령령 제19215호로 개정되기 전의 것)

① 법 제11조제1항제1호의 규정에 의한 수출은 다음 각 호의 것으로 한다.

1. 내국물품(우리나라 선박에 의하여 채포된 수산물을 포함한다)을 외국으로 반출하는 것

② 법 제11조제1항제1호에 규정된 수출하는 재화에는 다음 각 호의 재화가 포함되는 것으로 한다.

1. 사업자가 재정경제부령이 정하는 내국신용장 또는 구매확인서에 의하여 공급하는 재화. 다만, 구매확인서에 의하여 공급하는 금지금을 제외한다.

○ 구 부가가치세법 시행규칙 제9조의 2 내국신용장등의 범위(2006.3.17. 재정경제부령 제499호로 개정되기 전의 것)

② 영 제24조제2항제1호 및 영 제26조제1항제2호의2에서 규정하는 구매확인서라 함은 「대외무역법 시행령」 제38조의2 및 제116조제14항의 규정에 의하여 외국환은행의 장이 제1항의 내국신용장에 준하여 재화 또는 용역의 공급시기가 속하는 과세기간 종료후 20일 이내에 발급하는 확인서로서 수출용 재화 또는 용역에 관한 수출신용장 등 근거서류 및 그 번호와 선적기일 등이 기재된 것을 말한다.

○ 부가가치세법 기본통칙 11-24-9 내국신용장 또는 구매승인서에 의하여 공급하는 재화

내국신용장 또는 대외무역법이 정하는 구매승인서에 의하여 공급하는 재화는 공급된 이후 당해 재화를 수출용도에 사용하였는지 여부에 불구하고 영의 세율을 적용한다.

○ 구 조세특례제한법 제106조의 3 금지금에 대한 부가가치세 과세특례(2005.7.13. 법률 제7577호로 개정되기 전의 것)

① 대통령령이 정하는 형태 순도 등을 갖춘 지금(이하 이 조에서 "금지금"이라 한다)으로서 다음 각호의 1에 해당하는 금지금(이하 이 조에서 "면세금지금"이라 한다)의 공급에 대하여는 2005년 6월 30일까지 제3항의 구분에 따라 부가가치세를 면제한다.

1. 대통령령이 정하는 금지금도매업자 및 금지금제련업자(이하 이 조에서 "금지금도매업자등"이라 한다)가 대통령령이 정하는 자(이하 이 조에서 "면세금지금 거래추천자"라 한다)의 면세추천을 받은 대통령령이 정하는 금세공업자 등(이하 이 조에서 "금세공업자등"이라 한다)에게 공급하는 금지금

2. 금지금도매업자등 및 대통령이 정하는 금융기관 (이하 이 조에서 "금융기관"이라 한다)이 면세금지금 거래추천자의 면세추천을 받은 금융기관에게 공급하는 금지금 또는 금융기관이 금지금 소비대차에 의하여 공급하거나 이를 상환받는 금지금

3. 선물거래법에 의한 선물거래에 의하여 공급하는 금지금, 다만, 금세공업자등(금융기관을 포함한다)외의 자가 금지금의 실물을 인수하는 경우에는 그러하지 아니하다.

② 금세공업자등 및 금융기관이 대통령령이 정하는 자(이하 이 조에서 "면세금지금수입추천자"라 한다)로부터 면세수입추천을 받아 수입하는 금지금에 대하여는 2005년 6월 30일까지 부가가치세를 면제한다.

③ 제1항의 규정에 의한 면세금지금에 대하여는 다음 각 호의 1의 규정에 따라 부가가치세법상의 특례를 적용한다.

1. 귬융기관이 면세금지금을 공급하는 경우 부가가치세법 제12조의 규정을 준용한다.

2. 금융기관 외의 사업자가 면세금지금을 공급하는 경우 당해 사업자는 부가가치세과세사업자로 간주하여 부가가치세법을 적용한다. 이 경우 당해 사업자가 면세금지금의 공급과 관련하여 당해 금지금을 구입하는 때에 부담한 부가가치세 매입세액에 대하여는 부가가치세법 제17조의 규정에 의하여 공제받을 수 있는 매입세액으로 보지 아니하되, 금지금도매업자등 중 금지금제련업자가 제련하여 공급하는 면세금지금 및 당해 사업자가 제1항 제2호의 규정에 의하여 금융기관에게 금지금 소비대차에 의하여 상환하는 면세금지금의 구입과 관련하여 부담한 부가가치세 매입세액은 공제받을 수 있다.

다. 인정사실

(1) 원고는 별지 목록 기록 기재 금지금을 모두 외상 매입하여 당일 수출하였고, 수출처는 홍콩에 있는 존슨매티스사(Johnson matthey Ltd.)와 골든아팩스(Gold Apex Limited)로 되어 있고 2004.6.18. 골든아팩스로 수출한 골드바는 2~3개월 전후에 이미 한차례 수출입 된 적이 있다.

{예를 들면, 일련번호가 #871707인 1kg 골드바인 금지금은 주식회사 ○○○에 의하여 2004.1.8.자, 2004.1.14.자, 2004.1.30.자 등 3회에 걸쳐 아무런 가공 없이 수입과 수출을 반복하고 있고, 일련번호가 #859335인 1kg 골드바인 금지금은 2003.12.12.부터 2004.3.3.까지 주식회사 ○○○통상 등 수입업자에 의하여 8회에 걸쳐 아무런 가공 없이 수입과 수출을 반복하고 있다.}

(2) 이 사건 금지금 거래는 모두 홍콩으로부터 수입 신고된 당일 2~3단계의 면세금도매상을 거쳐 다시 과세전환업체(부가가치세 면세로 구입한 금지금을 면세로 매출하지 않고 과세금으로 전환하여, 매입가격보다 낮은 가격으로 매각하면서 매출세금계산서를 발행·교부하여 거래업체로 하여금 매입세액을 공제받게 하고, 부가가치세를 납부하지 아니하고 잠적하는 업체로서 일명 '폭탄업체'라 함)를 거친 다음, 다시 2~3단계의 도매업체를 거쳐 최종적으로 수출업체인 원고에게 공급되어 홍콩으로 수출한 것으로 되어 있다.

{이 사건 거래 중 2004.3.17.자 거래의 구체적인 거래내역을 살펴보면 다음과 같다.

① 주식회사 ○○상사는 홍콩 소재 Mitsui Bussan Precious Metals (H.K) Ltd.로부터 골드바 500kg을 7,684,074056원에 면세로 수입하였다. ② 주식회사 ○○상사는 주식회사 ○○골드에 위 금지금을 50kg당 782,830,000원에 면세로 매출하였다. ④ 주식회사 ○○무역은 폭탄업체인 주식회사 ○○금은에 위 금지금을 785,326,750원에 면세로 매출하였다. ⑤ 주식회사 ○○금은은 주식회사 ○○쥬얼리에 위 금지금을 부가가치세를 포함한 공급대가 881,150,000원에 매출하였다. 그런데 주식회사 ○○금은은 위 매출가격에 포함되어 있는 부가가치세 73,465,000원을 납부하지 않고 도주하였다.}

(3) 원고가 수출한 금지금의 가격이 당일 수입한 금의 수입가보다 항상 낮은 것으로 되어 있고(아래표 참조), 수출업체인 원고는 최초 수입시 부담한 관세(3%)을 환급받지 않았다.

[원고의 수출가격과 국내시세 및 국제시세의 비교]

(단위 : $/g)

거래일자

①원고의 수출가격

② 국내시세

국제시세

각 시세의 차이비교

③최고가

④최저가

② - ③

① - ②

① - ④

2003.07.31

11.50

12.14

11.49

11.36

0.65

-0.64

0.14

2003.10.24

12.36

12.93

12.6

12.34

0.33

-0.57

0.02

2003.11.06

12.28

12.80

12.33

12.18

0.47

-0.52

0.10

2003.12.03

12.91

13.48

13.00

12.88

0.48

-0.57

0.03

2004.01.05

13.38

13.99

13.65

13.35

0.34

-0.61

0.03

2004.02.03

12.82

13.55

12.96

12.79

0.59

-0.73

0.03

2004.03.03

12.55

13.41

12.65

12.46

0.76

-0.86

0.09

2004.04.16

12.74

14.04

12.94

12.75

1.10

-1.30

-0.01

2004.05.03

12.39

13.39

12.51

12.39

0.88

-1.00

0.00

2004.06.07

12.58

13.58

12.67

12.58

0.91

-1.00

0.00

2004.07.12

13.07

13.90

13.14

13.03

0.76

-0.83

0.04

2004.08.19

12.98

14.05

13.11

12.98

0.94

-1.07

0.00

2004.09.02

13.09

14.25

13.13

13.04

1.12

-1.16

0.05

2004.10.08

13.45

14.63

13.62

13.41

1.01

-1.18

0.04

평균값

12.87

13.70

13.00

12.82

0.70

-0.83

0.05

(4) 원고는 국내의 금지금 매입거래처인 ○○금은 등으로부터 모두 외상으로 매입한 후 당일 수출하고 수출대금은 대략 2일 후 지급받아 왔다.

(5) 이 사건 금지금 거래와 관련된 과세전환업체는 주식회사 ○○○, 주식회사 ○○금은, 주식회사 ○○○, 주식회사 ○○○, 주식회사 ○○금은 등이고, 매입처 중 ○○금은 주식회사, 주식회사 ○○금은, 주식회사 ○○골드, 주식회사 ○○금은, 주식회사 ○○○, 주식회사 ○○골드, 주식회사 ○○골드, ○○○골드 주식회사 등은 조세범처벌법 제9조 제1항 및 제11조의2 위반으로 고발되었다.

(6) 원고는, 원고가 거래한 금지금을 특정할 수 있는 제조회사, 일련번호, 순도, 중량 등을 기록한 사실이 있는지 여부에 대한 석명신청에 대하여 아무런 답변을 하지 아니하였다.

(7) 금지금의 경우, 국제시세보다 국내시세가 고가인 관계로 밀수된 금지금이 국내 유통량의 66% 정도를 차지하고 있고(2001년 기준), 이에 따라 정식으로 수입된 금지금의 가격을 밀수된 금지금의 가격에 맞추기 위하여 부가가치세 회피 등을 포함한 각종 변칙거래가 횡행하고 있다.

[인정근거] 갑9, 10, 을1-23의 각 기재(각 가지번호 포함), 변론 전체의 취지

라. 판단

(1) 세금계산서가 사실과 다른 허위의 것이라는 점에 대한 입증 책임은 원칙적으로 과세관청인 피고에게 있는 것이므로 피고로서는 이에 관하여 직접 증거 또는 제반 정황을 토대로 그 세금계산서가 실물거래를 동반하지 아니한 것이라는 등의 허위성에 관한 입증을 하여야 할 것이다. 다만, 피고가 합리적으로 수긍할 수 있을 정도로 이 점에 관한 상당한 정도의 입증을 한 경우라면, 그 세금계산서가 허위가 아니라고 주장하면서 피고 처분의 위법성을 다투는 납세의무자인 원고로서도 관련된 증빙과 자료를 제시하기가 용이한 지위에 있음을 감안해 볼 때 자신의 주장에 부합하는 입증의 필요가 있다(대법원 1997.9.26. 선고 96누8192 판결 등 참조).

(2) 피고는 원고가 금지금을 매입하면서 삼성금은 등으로부터 수령한 이 사건 세금계산서는 사실과 다른 세금계산서라는 이유로, 이 사건 처분을 하였는바, 이 사건 처분이 적법하기 위해서는 ○○금은 등 매입처가 폭탄업체 또는 도관업체라는 점이 입증되어야 한다. 그런데, 피고 제출의 증거만으로는 ○○금은 등 매입처가 폭탄업체 또는 도관업체라는 점을 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없다 (위에서 인정한 매입처 2~3단계 전 거래업체가 폭탄업체라고 하여 매입처가 폭탄업체·도관업체라고 인정하기에 부족하다. 또한, 매입처 일부가 조세범처벌법 제9조 제1항 및 제11조의2 위반으로 고발되었다는 점만으로는 위와 같은 매입처가 폭탄업체·도관업체라고 인정하기에 부족하다).

(3) 따라서 이 사건 세금계산서가 사실과 다른 허위의 것이라는 점을 전제로 한 이 사건 처분은 위법하다.

3. 결 론

그렇다면, 원고의 청구는 모두 이유 있으므로, 이를 받아들이기로 하여, 주문과 같이 판결한다.

[서울고등법원2007구단11046 (2008.09.24)]

가. 피고가 2005.12.1. 원고에 대하여 한 2003년도 법인세 345,438,510원, 2004년도 법인세 783,483,750원의 각 부과처분을 취소한다.

나. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

2. 소송 총비용은 84%는 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

주문 제1의 가.항 기재와 같은 판결(소장의 2004년도 법인세 783,513,750원은 783,483,750원의 오기로 보인다) 및 피고가 2005.12.1. 원고에 대하여 한 2003년도 제2기분 부가가치세 2,041,227,570원, 2004년 제1기분 부가가치세 3,773,736,150원, 2004년도 제2기분 부가가치세 464,518,740원의 각 부과처분을 모두 취소한다.

가. 원고는 ○○구 ○○동 65-○ ○○○○월드 703호에서 귀금속 도소매업 및 수출입업을 영위하는 회사이다.

나. 원고는 2003.7.30.부터 2004.10.7.까지 사이에[별지1] 매입세금계산서 목록 기재와 같이 ○○금은 주식회사 등 14개 업체로부터 금지금(Gold Ingot, 이 사건에서는 '금괴· 골드바 등 원재료 상태로서 순도가 1,000분의 995 이상인 금'을 말한다) 합계 3,470.9kg을 공급가액 합계 51,314,648,851원에 매입하였다는 내용의 세금계산서 143장(이하'이 사건 각 세금계산서'라 하고, 이 사건 각 세금계산서를 발행한 회사들을'이 사건 매입거래처'라고 하며, 이 사건 세금계산서의 대상이 된 금지금을 '이 사건 금지금'이라 한다)을 수취하였고, 그 무렵 이 사건 금지금을 홍콩 소재 회사인 ○○ 메티, 골드○○○ 등에 수출한 후 위 매입세액을 매출세액을 매출세액에서 공제하여 각 과세기간에 부가가치세 환급 신고를 하였다.

다. 서울지방국세청장은 2005.5.경 원고에 대한 세무조사를 실시한 결과 이 사건 각 세금계산서가 사실과 다른 허위의 세금계산서라고 판단하고, 이를 피고에게 통보하였다. 이에 피고는 2005.12.1. 이 사건 각 세금계산서 전부의 매입세액을 불공제하고, 원고에 대하여 2003년도 제2기분 부가가치세 2,041,227,570원(가산세 471,052,518원 포함), 2004년도 제1기분 부가가치세 3,773,736,150원(가산세 1,019,138,684원 포함), 2004년도 제2기분 부가가치세 464,518,740원(가산세 197,289,180원 포함)을 각 부과하였으며, 같은 날 원고에 대하여 법인세법 제76조 제5항을 적용하여 각 사업연도의 거래로 인한 총공급가액의 2/100에 상당하는 증빙미수취 가산세로, 2003년도 법인세 345,438,510원(기납부세액 106,277,133원 공제), 2004년도 법인세 783,483,750원(기납부세액 29,600원 공제)을 경정· 고지하였다.(이하'이 사건 부과처분'이라 한다)

라. 원고는 이 사건 부과처분에 불복하여 감사원에 2007년 감심 제55호로 심사청구를 하였으나, 감사원은 2007.6.15. 원고의 위 심사청구를 기각하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증 내지 갑 8호증, 갑 제11호증, 을 제1, 2호증(각 가지번호 포함)의 각 기재

2. 이 사건 부과처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

(1) 원고는 이 사건 매입거래처로부터 이 사건 금지금을 정상적으로 매입한 뒤 이 사건 각 세금계산서를 받고, 그 매입대금과 부가가치세를 은행 지로를 통하여 지급하였으며, 또한 매입한 금은 모두 정상적인 경료를 통하여 홍콩 소재 회사인 ○○매티. 골드○○○ 등에 수출하고, 그 대금도 원고의 예금계좌로 정확하게 입금받았다. 따라서 이 사건 금지금 거래는 모두 실제와 부합하는 정상적인 거래이므로, 피고가, 원고의 거래업체의 연장선에 폭탄업체가 있다는 점, 원고가 관세를 환급받지 않은 점 등 몇가지 정황만을 근거로 하여 이 사건 부과처분을 한 것은 근거과세의 원칙에 어긋난다.

(2) 피고는 원고의 질의에 대하여 실물거래를 하여 수출하면 영세율을 적용한 결과 부가가치세가 환급되어야 한다고 하였고, 원고가 부가가치세를 신고하였을 때 피고는 조사를 통하여 실거래가 있었음을 확인하고 부가가치세를 환급하였음에도, 이 사건 처분을 한 것은 국세기본법 제15조가 있는 신의성실의 원칙에 어긋난다.

나. 관계법령

부가가치세법 제6조

부가가치세법 제7조

부가가치세법 제11조

다. 인정사실

다음 각 사실은 당사자들 사이에 다툼이 없거나, 갑 제9, 10호증, 을 제1호증 내지 을 제28의 각 기재(각 가지번호 포함)의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 이를 인정할 수 있다.

(1) 조세포탈을 목적으로 하는 변칙적인 금지금 거래의 일반적 형태 등

(가) 부가가치세법 제11조 제1항 제1호에 의하면, 수숯하는 재화의 공급에 대하여는 영세율이 적용된다. 그리고 구 부가가치세법 시행령 (2002.12.30. 대통령령 제17827호로 개정되어 2003.7.1.부터 시행되기 전의 것) 제24조 제2항 제1호에 의하면, 사업자가 구매확인서에 의하여 공급하는 재화도'수출하는 재화'에 포함되고, 금지금도 그 예외가 아니었기 때문에, 금세공업자 등이 수출관련서류를 근거로 외국환은행장으로부터 구매확인서를 발급받아 금지금 도매업자로부터 금지금을 공급받는 경우에도 부가가치세 영세율의 적용을 받을 수 있었다.또한 구 조세특례제한법(2002.12.11. 법률 제8782호로 개정되어 2003.7.1.부터 시행된 것) 제106조의3과 같은 법 시행령 (2002.12.30.대통령령 제17829호로 개정되어 2003.7.1.부터 시행된 것) 제106조의 3에 의하면, 금지금 도매업자 및 금지금 제련업자가 면세금지금 거래추천자의 면세추천을 받은 금세공업자 등에게 공급하는 금지금과 금세공업자 등이 면세금지금 수입추천자로부터 면세수입추천을 받아 수입하는 금지금과 금세공업자 등이 면세금지금 수입추천자로부터 면세수입추천을 받아 수입하는 금지금에 대하여는 부가가치세가 면제되는 것으로 규정되어 있다.

(나) 위와 같은 부가가치세 영세율 또는 면세 제도를 악용하여, 금지금을 수입한 후 이를 여러 단계의 도매상을 거쳐 면세로 유통시키다가 이른바'폭탄업체'(부가가치세 면세로 구입한 금지금을 과세금으로 전환하여, 매입가격보다 낮은 가격으로 매각하면서 매출세금계산서를 발행· 교부하여 거래업체로 하여금 매입세액을 공제받게 하고, 부가가치세를 납부하지 아니하고 잠적하는 사업자)에 이르러 과세금으로 전환시키고, 다시 여러 단계의 도매상을 거쳐 과세로 유통시키다가 수출하면서, '폭탄업체'는 거래 징수한 부가가치세를 포탈하고, 수출업체는 납부되지도 않은 부가가치세를 환급받는 형태의 이른바'폭탄영업'이 2002년경부터 특히 서울 종로구 소재 귀금속업체들 사이에서 만연하였는바, 위와 같은'폭탄영업'의 형태에 대하여 좀 더 자세히 보면 다음과 같다.

1) 외관상으로는 금지금이'외국업체→ 수입업체→ 면세 도매업체→ 면세 도매업체→ 폭탄업체→ 과세 도매업체→ 과세 도매업체→ 수출업체→ 외국업체'의 단계를 거쳐 유통되고, 그 거래대금은 수출업체에서부터 수입업체에 이르기 까지 역방향으로 순차 지급되나, 특히 과세 도매업체들은 특정인 또는 특정업체의 지시에 따라 세금계산서를 발행하기만 할 뿐, 실제로 금지금의 거래나 운송을 하지 않는 경우가 많다.

2)'폭탄업체'는 금지금을 면세금으로 매입하여 과세금으로 판매한 다음, 단기간 내에 이익금을 전액 인출· 은닉하고 폐업하는 방법으로 부가가치세를 포탈한다.'폭탄업체'는 매입가액보다 낮은 공급가액으로 금지금을 판매하지만, 공급가액에 부가가치세액을 더한 공급대가는 매입가액보다 높고, 거래징수한 부가가치세를 납부하지 않기 때문에, 공급대가와 매입가액과의 차액에 상당한 이익을 얻게 된다.

3) 한편, '폭탄업체'가 거래징수한 부가가치세는 그 이후 각 단계의 업체가 직전 단계 업체로부터 교부받은 세금계산서를 이용하여 매입세액을 공제받는 방법으로 순차적으로 전가되다가, 결국 수입업체가 금지금을 수출한 후 영세율의 적용에 따라 국가로부터 환급받는다. 국가로부터 환급받은 금액 중'폭탄업체'가 납부하지 않은 부가가치세액에 상당한 부분이'폭탄영업'에 의한 이익의 궁극적인 원천이 된다. 그 이익은 '폭탄업체'의 이익금 중 일정비율로 계산한 금액을 관여업체에게 별도로 지급하는 이른바 백 마진의 형태로 분배되고,'폭탄영업'에 관하여 외국 업체에게도 수입가격과 수출가격의 차액(국내업체를 기준으로 하면 수출가격이 수입가격보다 낮게 된다) 형태로 분배된다.

4) '폭탄영업'에 있어서는 이익을 극대화하기 위하여 통상 단기간 내에 최대한 많은 물량의 금지금을 유통시키는바, 그에 따라 발생할 수 있는 관여업체들 사이의 분쟁이나 대금유실 등의 사고를 예방하기 위하여 ① 대부분 동일한 전주(폭탄영업망의 외부에서 최초에 금지금의 수입자금을 준비하는 자를 말한다)가 수출업체와 수입업체를 동시에 운영하고, ② 전주가 자신이 실질적으로 지배하거나 신뢰하는 업체를 '폭탄업체'와 직접 거래하도록 배치하며, ③ 전주가 각 거래단계마다 거래물량, 단가, 마진 등을 실질적으로 결정하고, ④ 수입업체로부터 수출업체까지의 일련의 거래가 대부분 하루 또는 수일 이내의 매우 짧은 시간에 이루어지며, ⑤ 금지금 실물이 거래단계를 건너뛰어 수출업체로 곧바로 운송되는 경우가 대부분이다(설령 각 거래단계마다 운송되더라도 이는 정상적인 거래로 위장하기 위한 형식적인 운송에 불과하다)

(다) 위와 같은 방법에 의한 조세포탈을 방지하기 위하여 2004.12.31.법률 제7322호로 조세특례제한법이 개정되면서관할세무서장이 부가가치세 보전상 필요하다고 인정하는 경우에는 금지금 도매업자 등 및 금세공업자 등에 대하여 담보의 제공을 요구할수 있도록 한 납세담보제도가 신설되어(제106조의3 제11항) 2005.4.1.부터 시행되었는데, 2004년도에는 금지금 수입량 268톤, 수출량 233톤이었던 것이, 위 납세담보제도가 시행된 2005년도에는 수입량 56톤, 수출량 19톤으로 급감하였다.

(2) 원고의 설립경위 등

(가) 원고는 2003.4.11. 본점을 서울 ○○구 ○○동 169-○○에 두고, 상호를'주식회사 ○○○트러스트'로 하여 설립되었는데, 2003.10.17. 이○만이 대표이사로 취임함과 동시에 본점을 서울 ○○구 ○○동 65-○ ○○○○월드 703호로 이전하고, 상호를 현재와 같이 변경하였다.

(나) 원고의 대표이사인 이○만은 1983년경부터 세관공무원으로 임용되어 근무하다가 2000.4. 서울세관에서 퇴직한 자로서, 경기도 ○○시 ○○동 등지에서 커피전문점을 운영하는 등 자영업에 종사하여 금지금 거래경력은 전혀 없었는데, 2003.10.경 원고의 전 대표이사 정○용으로부터 경영권을 넘겨받아[별지1] 매입세금계산서 목록 기재와 같이 금지금 수출 등의 영업을 하게 되었다.

(3) 이 사건 금지금 거래의 특이사항

(가) 원고의 이 사건 금지금 매입거래처는 ○○금은(주) 등 13개 업체로서 원고가 이들로부터 수취한 세금계산서를 각 과세기간별로 분류하며 아래<표1>과 같다

(표 생략)

(나) 원고의 주요 매입거래처인 ○○금은 주식회사를 실제 운영하는 박○춘은 "2001.4.3.부터 3004.5.10.까지(주)○○주얼리 등 45개의 폭탄업체의 실제 운영자들과 공모하여 위 폭탄업체들로부터 금지금을 과세로 매입한 다음 과세도관업체들을 거쳐 폭탄업체에 거래대금(부가가치세 포함)을 송금하여 주고, 위 45개의 폭탄업체 운영자는 당해 업체 명의의 재산을 거의 남겨두지 않는 등의 방법으로 약 740억 원 상당의 부가가치세를 포탈하였다"는 범죄사실로, 2008.1.2. 서울중앙지방법원에서 징역 5년 및 벌금 1,500억 원을 선고받았고(2007고합792 판결), 이에 불복하여 서울고등법원에 항소를 제기하였으나, 2008.6.20. 항소기각 판결을 산고받았다(2008노194 판결)

(다) 원고의 주요 매입거래처인 주식회사 ○○금은의 대표이사 이○칠의 친형인 이○춘은'이○칠과 등과 순차 공모하여 위 ○○금은 등을 도관업체로 이용하는 등의 방법으로 합계 약 850억 원의 세금을 포탈하였다'는 범죄사실로, 2008.7.24. 서울고등법원에서 징역 8년 및 벌금 1,700억 원을 선고받았다(2008노385 판결)

(라) 원고에게 이 사건 각 매입세금계산서를 발행하여 준 이 사건 매입거래처는 위 박○춘 등이 폭탄업체로 이용한 주식회사 ○○골드, 주식회사 ○○○앤씨, 주식회사 ○○○엔에스, 주식회사 ○○쥬얼리, ○○귀금속 주식회사, 주식회사, ○○물산, 주식회사 ○○무역, 주식회사 골든○○, 주식회사 ○○아이피 등 전형적인 폭탄업체를 거쳐 이 사건 금지금을 매입하였다.

(마) 원고는 [별지1] 목록 기재 금지금을 모두 외상 매입하여 당일 홍콩에 있는 ○○매티스사와 ○○아팩스로 수출하였는데, 2004.6.18. ○○아팩스로 수출한 골드바는 2~3개월 전후에 이미 수출입된 적이 있다. 예를 들면, 일련번호 #871707인 1kg 골드바인 금지금은 주식회사 ○○○고에 의하여 2004.1.8.자, 2004.1.14.자, 2004.1.30.자 등 3회에 걸쳐 아무런 가공 없이 수입과 수출을 반복하였고, 일련번호 #859335인 1kg 골드바인 금지금은 2003.12.12.부터 2004.3.3.까지 주식회사 에이치앤비통상 등 수입업자에 의하여 8회에 걸쳐 아무런 가공 없이 수입과 수출을 반복하였다.

(바) 이 사건 금지금 거래는 모두 홍콩으로부터 수입 신고된 당일 2~3단계의 면세금도매상을 거쳐 다시 폭탄업체를 거친 다음, 다시 2~3단계의 도매업체를 거쳐 최종적으로 수출업체인 원고에게 공급되어 수입 당일 또는 2~3일 후에 홍콩으로 수출되었다. 예컨대, 이 사건 금지금 거래 중 2004.3.17. 수입되어 같은 날 09:10경 아시아나항공 인천영업용 보세창고에 반입된 금지금이 수입업체 → 면세 도관업체 2곳 → 폭탄업체→ 과세도매업체 2곳→ 원고의 순서를 거쳐 같은 날 19:44 인천공항을 통하여 홍콩 ○○매티스사로 수출된 금지금의 거래내역을 금지금 50kg으로 환산하여 살펴보면 다음과 같다(갑 제3호증의 1).

① 수입업체인(주)○○상사는 홍콩 소재 Mitsui Bussan Precious Metals (H.K)Ltd.로부터 골드바 500kg을 7,684,074,056원에 면세로 수입하여, 이를 즉시(주)○○골드에 위 금지금을 50kg당 783,830,000원에 면세로 매출하였다.

②(2)○○골드는 (주)○○무역에 위 금지금 50kg을 784,150,000원에 면세로 매출하였고, (주)○○무역은 폭탄업체인 (주)○○금은에 위 금지금 785,326,750원에 면세로 매출하였다.

③ 폭탄업체인(주)○○금은 (주)○○쥬얼리에 위 금지금 50kg을 부가가치세를 포함한 808,115,000원(734,650,000X 1.1)에 매출하고, 위 매출가격에 포함되어 있는 부가가치세 73,465,000원을 납부하지 않고 도주하였다.

④(주) ○○쥬얼리는 (주)○○금은에 위 금지금 50kg을 부가가치세를 포함한 809,600,000원(736,000,000원X 1.1)에 매출하였고, (주)○○금은은 원고에게 위 금지금 50kg을 부가가치세를 포함한 816,915,000원(742,650,000원X 1.1)에 매출하였다.

⑤ 원고는 2004.3.17. 19:44 홍콩 ○○매티스사에 위 금지금 50kg을 당일 (주)○○상사가 수입한 가격보다 더 낮은 749,457,482원에 수출하였고, 그 대금은 이틀 후인 2004.3.17. 입금받았다.

(사) 원고는 아래<표2>와 같이 수출 당일의 구내시세 뿐 아니라 국제시세보다 항상 낮은 가격에 수출하였다.

<표생략>

(아) 한편, 금지금 수입업체는 금지금 수입시 물품가액의 3% 상당의 관세를 납부하고, 이는 금지금의 유통단계에서 거래가격에 포함되어 매수인에게 전가되며, 금지금 수출업자는 매입거래처에 지급한 3%의 관세를 국가로부터 환급받을 수 있고, 이를 위하여는 매입거래처로부터 '수출용 원재료에 대한 과세 등 환급에 관한 특례법' 소정의 '분할증명서'를 교부받아야 한다. 그런데 이 사건 금지금 거래에서는 원고를 비롯한 거래당사자들이 관세를 환급받기 위하여 필요한 분할증명서를 전혀 수수하지 않았고, 수출업체인 원고는 3%의 관세를 환급받기 위하여 필요한 절차를 밟지 아니하였다.

(자) 원고는 이 사건 매입거래처로부터 금지금을 매입한 후 그 당이 위 금지금을 홍콩의 ○○메티스사 및 골든○○○에 수출하고, 그 대금은 이틀 후 지급받았음에도, 위 수출거래처에 대하여 아무런 담보를 확보하지 아니하였다.

(차) 서울지방국세청장은 원고와 원고의 대표이사 이○만을 그들이 폭탄업체와 공모하여 허위의 매입세금계산서를 제출하는 등의 방법으로 합계 66억 원 상당의 부가가치세를 포탈하였다는 범죄사실로 서울중앙지방검찰청에 고발하였다. 이에 서울중앙지방검찰청 검사는 2008.4.3. 원고에 대하여는 2008.1.25. 공소시효가 완성되었다는 이유로'공소원 없음'의 처분을, 이○만에 대하여는 위 범행의 주범에 대하여 증형이 선고 되었고, 이○만은 속칭'바지사장'으로 보인다는 점 등의 정상을 참작하여 기소유예 처분을 하였다.

라. 판단

(1) 부가가치세 부과처분에 관하여

(가) 판단의 기준

부가가치세법 제6조 제1하으 제7조 제1항 및 제16조 제1항에 있어서'계약상 원인에 의하여 재화를 인도 또는 양도하거나 역무를 제공하는 자 등 재화 또는 용역을 공급하거나 또는 공급받는 자'에 해당하여 그 공급하는 사업자로부터 세금계산서를 교부받고, 공급받는 사업자에게 세금계산서를 교부하며, 나아가 부가가치세를 납부하여야 하는 자는 공급하는 사업자 또는 공급받는 사업자와 명목상의 법률관계를 형성하고 있는 자가 아니라 공급하는 사업자로부터 실제로 재화 또는 용역을 공급받거나 공급받는 자에게 실제로 재화 또는 용역을 공급하는 거래행위를 한 자라고 보아야 할 것이다.

따라서 실제로 재화 또는 용역을 공급하는 사업자와 세금계산서상의 공급자가 다른 경우 그 세금계산서는 부가가치세법 제17조 제2항 제1홍의2에서 규정하는'그 기재 내용이 사실과 다른 세금계산서'에 해당하고(대법원 1997.3.28. 선고 96다48930. 48947 판결 대법원 2003.1.10. 선고 2002도4520 판결 등 참조), 이와 같이 실제 재화 또는 용역의 공급자와 세금계산서상의 공급자가 다른 세금계산서는 공급받는 자가 세금계산서의 명의위장사실을 알지 못하였고 알지 못한 데에 과실이 없다는 특별한 사정이 없는 한 그 매입세액을 공제 내지 환급받을 수 없으며, 공급받는 자가 위와 같은 명의위장 사실을 알지 못한 데에 과실이 없다는 점은 매입세액의 공제 내지 환급을 주장하는 자가 위와 같은 명의위장 사실을 아지 못한 데에 과실이 없다는 점은 매입세액의 공제 내지 환급을 주장하는 자가 이를 입증하여야 한다(대법원 2002.6.28. 선고 2002두2277 판결 등 참조).

(나) 이 사건 각 세금계산서가'사실과 다른 세금계산서'에 해당하는지 여부

이 사건에 관하여 보건대, 위 인정사실에서 나타난 다음과 같은 사정들 즉,① 이 사건 금지금은 수입에서 수출까지 매우 짧은 기간 내에 여러 단계의 도매업체들을 거쳐 유통되었으나 그 과정에서 부가가치의 창출은 전혀 없었고, 수출가격이 수입가격보다 더 낮아 전체적으로 손해를 보면서 수출을 하는 비정상적인 거래구조였으며, 각 거래당사자가 얻는 수익의 궁극적인 원천은 수출업체가 국가로부터 환급받은 부가가치세 중 폭탄업체가 납부하지 않은 부분이었던 점, ② 이 사건 금지금의 수출가격은 국제시세 및 국내시세와 비교하여도 상당히 저렴하였고, 원고를 포함한 거래 당사자들은 이 사건 금지금을 국내에 유통시킬 경우 훨씬 더 많은 이익을 취득할 수 있었음에도 굳이 여러단계의 유통과정을 거쳐 수출을 반복하였는바. 이는 부가가치세 환급을 목적으로 하는 위장거래로 밖에 설명할 수 없는 점, ③ 이 사건 금지금 거래의 당사자들이 보관하고 있는 각 운송장의 기재에 의하면 이 사건 금지금은 매우 짧은 시간 안에 인천공항 보세창고로부터 여러 도매업체들을 거쳐 원고에게 까지 운송된 것으로 되어 있어 실제로 그 기재와 같은 경로로 운송이 이루어졌을 것으로 보기는 어려운 점, ④ 이 사건 금지금과 같이 고도의 환가성을 가진 물건을 대금도 받지 아니하고 아무런 담보도 없이 먼저 수출하고, 이 대금은 이틀 후에 받는다는 것은 경험칙에 반하는 점, ⑤ 원고는 이사건 금지금의 거래로 인한 이득보다 더 큰 3%의 관세를 환급받을 수 있었음에도, 관세환급에 필요한'분할증명서'를 수수하지 아니한 점 등 제반 사정을 종합하여 보면, 이 사건 금지금 거래의 과정에서 폭탄업체로부터 이 사건 매입거래처까지 사이에서 이루어진 거래는 오로지 영세율 또는 면세거래를 과세거래로 전환하기 위하여 세금계산서만을 발행하여 수수하는 명목상의 거래로 볼 수 밖에 없고, 이 사건 매입거래처 역시 단지 원고로부터 받은 대금을 그 전단계 매입처에 송금하여 전달하고 세금계산서를 수수한 다음 이러한 개입의 대가로 장차 포탈할 부가가치세액의 일정 부분을 매출가액과 매입가액의 차액이라는 형태로 취득하기 위하여 원고와 이 사건 금지금 거래를 한 것으로 보이므로, 비록 이 사건 매입거래처와 원고 사이에 실제로 금지금이 인도되고 대금이 지급되는 등의 매매거래가 이루어지는 외형을 갖추었다고 하더라도, 이는 실제거래로 위장하기 위한 목적이었다고 볼 수밖에 없다.

따라서 이 사건 세금계산서는 그 실제 공급자와 세금계산서상의 공급자가 다른 세금계산서에 해당한다고 할 것이고, 원고의 대표이사 이○만은 세관공무원으로 오랫동안 근무한 자로서 수출입에 관련된 관세의 환급절차에 관하여 누구보다도 잘 알고 있을 것임데도, 이 사건 금지금 거래에서 3%의 관세 환급에 필요한 분할증명서조차 수수하지 아니한 점, 원고의 주요한 매입거래처인 ○○금은 주식회사, 주식회사 ○○금은이 관련 형사사건에서 도관업체로 밝혀졌을 뿐 아니라, 위 회사들을 비롯한 이 사건 매입거래처의 이전 단계에는 주식회사 ○○골드 등 전형적인 폭탄업체가 개입되어 있었던 점 등을 종합하여 보면, 원고가 이 사건 금지금의 실제 공급자와 세금계산서상의 공급자가 다르다는 사실을 알지 못하였거나 알지 못한 데에 과실이 없다고 보기도 어렵다. 따라서 이 사건 부과처분이 근거과세의 원칙에 어긋난다고 볼 수 없다.

(다) 이 사건 부가가치세 부과처분이 신의성실의 원칙에 위반되는 지 여부

일반적으로 조세법률관계에서 과세관청의 행위에 대하여 신의성실의 원칙이 적용되기 위해서는, 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 하여야 하고, 납세자가 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데 대하여 납세자에게 귀책사유가 없어야 하며, 납세자가 그 견해표명을 신뢰하고 이에 따라 무엇인가 행위를 하여야 하고, 과세관청이 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 할 것인바(대법원 2002.11.26. 선고 2001두9103 판결 참조), 피고가 이 사건 금지금 거래에 관하여 부가가치세 과세처분을 하지 않겠다는 공적인 견해 표명을 하였다는 아무런 증거가 없으므로, 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

(라) 소결

그러므로, 피고의 이 사건 과세처분 중 부가가치세 부분은 적법하다.

(2) 법인세 부과처분에 관하여

피고는 이 사건 세금계산서가 실제와 다른 세금계산서라는 이유로 법인세법(2006.12.30. 법률 제8141호로 개정되기 전의 것, 이하'법인세법'이라 한다) 제76조 제5항을 적용하여 각 사업연도의 거래로 인한 총공급가액의 2/100에 상당하는 증빙미수취 가산세를 부과하고 있다.

그런데 법인세법 제76조 제5항이 재화나 용역을 공급받은 법인으로 하여금 세금계산서 등의 정규지출 증빙서류를 수취하지 않는 경우 가산세를 부담하도록 하는 것은 법인의 경비지출 내용의 투명성을 제고함과 아울러 거래상대방 사업자의 과세표준 양성화를 유도하기 위한 것으로서, 그 목적의 정당성이 인정되며 과세표준 양성화 대상이 되는 거래상대방 사업자에게 성실신고의무를 부과하는 것만으로는 이러한 입법목적 당상에 어려움이 있으므로, 재화나 용역을 공급받는 법인에게 정규지출 증빙서류를 수취하도록 하고 그 의무위반에 대하여 그 수취하지 아니한 금액의 일정 비율에 상당한 금액을 추가하여 납부하도록 제재하는 것이다(헌법재판소 2005.11.24.자2004헌가7결정, 2007.5.31.자 2006헌바88 결정 참조). 그러므로 위 규정에 의한 가산세는 실제의 거래가 있음에도 그 지출 증빙서류를 수취하지 않은 경우에 적용되어야 하고, 이 사건과 같이 실제 거래의 내용과 다른 증빙서류를 수수한 행위에 대하여는 적용할 수 없다고 할 것이다(대법원 2008.5.29. 선고 2008두4589 판결 등 참조)

따라서 이 사건 과세처분 중 이 사건 금지금 거래에 관하여 위 규정을 적용하여 원고에게 증빙미수취를 이유로 법인세에 대한 가산세를 부과한 부분은 위법하다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구 중 법인세 부과처분의 취소를 구하는 부분은 이유 있어 이를 인용하고, 부가가치세 부과처분의 취소를 구하는 이유 없어 이를 기각할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 일부 달리하여 부당하므로 피고의 항소를 일부 받아 들여 제1심 판결을 주문 제1항과 같이 변경한다.