1. 원심판결 이유에 의하면 원심은, 대경전자 주식회사가 1996. 7. 12. 유상증자를 위하여 액면가 10,000원의 비상장주식 10만 주를 새로 발행하면서 원고를 제외한 나머지 주주들이 신주인수권을 포기함에 따라 실권주가 발생하자, 실권주 전부를 원고에게 액면가대로 다시 배정한 사실, 피고는, 원고가 그를 제외한 나머지 주주들의 신주인수권 포기로 실권주를 다시 배정받은 것은 구 법인세법(1998. 12. 28. 법률 제5581호로 전문 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제9조 제2항 , 같은법시행령(1998. 12. 31. 대통령령 제15970호로 전문 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제12조 제1항 제6호 소정의 수익에 해당하는 신주인수권을 무상으로 받은 것에 해당한다고 보고, 그 신주인수권의 가액을 평가하면서 신주의 가액을, 구 상속세법시행령(1996. 12. 31. 대통령령 제15193호 상속세및증여세법시행령으로 전문 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제5조 제6항 제1호 (다)목 (2)의 산식(다음부터 '제5조 산식'이라 한다)을 준용하여 1주당 19,482원으로 산정한 후, 이에 따라 계산되는 해당 수증이익을 익금에 가산하여 법인세 393,151,900원을 부과(이하 '이 사건 처분'이라 한다)한 사실을 인정한 다음, 불특정 다수인 사이의 정상적인 거래에 의하여 형성된 객관적 교환가격이 없는 이 사건에서는 신주인수권의 가액을 객관적이고 합리적인 방법에 의하여 평가하여야 한다고 전제하고, 제5조 산식은 신주의 수익가치를 적정하게 반영하지 못하는 등 불합리한 점이 있으므로 구 상속세법시행령 제41조의4 제2항 제1호 소정의 산식(다음부터 '제2항 산식'이라 한다)에 의하여 신주의 가액을 산정하여야 한다는 이유를 들어, 제2항 산식에 따라 계산되는 신주의 1주당 가액 17,807원에 기초해 수증이익을 산정함으로써 이 사건 처분 가운데 일부가 위법하다고 판단하였다.

2. 구 법인세법시행령 제12조 제1항 제6호 소정의 무상으로 받은 자산의 가액은 그 제37조 제1항 제3호 에 따라 취득 당시의 정상가액에 의하여야 하고, 여기에서 정상가액이라 함은 그 교환가치인 시가를 의미하는 것이어서 원칙적으로 정상적인 거래에 의하여 형성된 객관적 교환가격을 가리키는 것이지만 거래를 통한 교환가격이 없는 경우에는 공신력 있는 감정기관의 감정가액도 시가로 볼 수 있는 것이며, 그렇게 하여서도 그 시가의 산정이 어려운 경우에는 보충적으로 그 시가에 갈음하여 객관적이고 합리적인 방법에 따라 그 가액을 평가하여야 하나, 이 경우 구 법인세법시행규칙(1997. 3. 29. 총리령 제622호로 개정되기 전의 것) 제16조의2 규정을 유추 적용하여 구 상속세법시행령 제5조 제2항 내지 제7항 의 규정에 따라 그 가액을 평가할 수 있다 할 것이고, 한편, 실권주를 다시 배정받음으로써 얻게 되는 이익인 신주인수권의 평가방법에 대하여는 위 상속세법시행령에서 이를 직접 규정하고 있지 아니하므로 그 가액은 객관적이고 합리적인 방법에 의하여 평가할 수밖에 없다 할 것이나, 그 평가과정에서 산출되어야 하는 비상장주식의 가액에 대하여는 구 상속세법시행령 제5조 제6항 제1호 (다)목 의 규정을 준용함이 상당하고 ( 대법원 2000. 2. 11. 선고 98두14303 판결 참조), 그 규정 취지상 실권주를 다시 배정하지 않는 경우에 그 이익을 계산하는 방법을 정한 구 상속세법시행령 제41조의4 제2항 제1호 의 규정을 준용할 수는 없다 할 것이다 ( 대법원 2002. 7. 26. 선고 2000두4378 판결 참조).

이와 달리 원심이 신주인수권을 평가하면서 비상장주식의 가액을 제2항 산식에 따라 산정한 데에는 그 평가방법에 관한 법리를 오해한 나머지 판결결과에 영향을 미친 위법이 있다 할 것이고, 이러한 점을 지적하는 상고이유의 주장은 이유 있다.

3. 그러므로 원심판결 중 피고 패소부분을 파기하고, 이 부분 사건을 다시 심리·판단하게 하기 위하여 원심법원에 환송하기로 하여 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.