2. 소송비용은 원고가 부담한다.

다음 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 을1호증의 1, 2, 3, 을2 내지 6호증, 을7호증의 1, 2, 3, 을8, 9, 10호증, 을11호증의 1, 2, 3, 을12호증의 1, 2, 을18호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정된다.

가. 원고는 마산시 ○○동 ○○○-5에서 지상 4층 건물(이하 '구관 건물'이라 한다)에서 '○○과'라는 상호로 안과병원(이하 '이 사건 병원'이라 한다)을 운영하여 오다가, 2000. 8. 31. 위 토지에 인접한 같은 동 234-13 소재 토지 위에 철근콘크리트조 슬래브지붕 6층 건물(이하 '신관 건물'이라 한다)을 증축하여, 2001. 5. 8. 구관건물 및 신관건물을 합하여 1동 건물(이하 '이 사건 건물'이라 한다)로 소유권보존등기를 마친 다음, 그 무렵부터 2002년경까지 이 사건 건물의 수리 및 실내인테리어 공사 등을 하였으며, 현재까지 계속하여 이 사건 건물에서 안과병원을 운영하고 있다.

나. 원고는 피고에게 2000년부터 2002년까지의 기간 중 원고의 총 수입금액을 2000년 귀속 4,110,515,301원, 2001년 귀속 4,973,016,026원, 2002년 귀속 4,347,555,041원으로, 사업소득금액을 2000년 귀속 1,113,013,408원, 2001년 귀속 1,380,252,729원, 2002년 귀속 889,773,605원으로 확정, 신고하였다.

다. 그런데 피고는 2003. 12. 1.부터 2004. 2. 14.까지 원고에 대한 소득세 실지조사결과, 원고가 2000년부터 2002년까지의 기간 동안, 아래 (1)항 금액을 총수입금액에서 누락하고, (2)항 금액을 과다하게 필요경비에 산입하여 종합소득세 신고하였음을 적발하였다.

(1) 수입누락 부분

라식검사비 11,700,000원(2000년 귀속 900,000원, 2001년 귀속 4,100,000원, 2002년 귀속 6,700,000원), 라식수술비 2,800,000원(2001년 귀속), ICL수술비 6,000,000원(2002년 귀속), ○○○○안경점 수입액 132,725,464원(2001년 귀속 63,282,273원, 2002년 귀속 69,443,191원)

(2) 필요경비 과다 산입 부분

(가) 건물 감가상각비 한도초과액 429,839,153원(2001년 귀속 282,242,025원, 2002년 귀속 147,597,128원) : 원고는 2000년 귀속 종합소득세 신고에 있어 이 사건 병원의 증축과정에서 지출된 공사비 1,014,326,255원(건물증축 963,761,455원, 도장공사 49,500,000원, 상○벽등 외 1,064,800원)에 대하여 구 소득세법(2004. 12. 31. 법률 제7319호로 개정되기 전의 것, 이하 '법'이라 한다) 제33조 제1항 제6호, 법 시행령 제62조, 제63조, 법 시행규칙 제32조에 의하여 준용되는 법인세법 시행규칙 제15조 제3항 관련 [별표5] 건축물 등의 기준내용연수 및 내용연수범위표상의 철근콘크리트조 건물에 대한 감가상각 내용연수 40년으로 하여 산출한 감가상각비를 필요경비로 산입하였다가, 2001년 귀속 종합소득세 신고시부터 건물 448,514,490원, 실내인테리어 공사비 515,246,965원으로 분리하여 건물증축을 제외한 나머지 실내인테리어 공사비 등 부분에 대하여는 위 [별표5]의 비품 등에 대한 감가상각 내용연수인 4년으로, 2001년부터 2002년까지 이 사건 건물의 수리과정 등에서 지출된 공사비 58,166,648원(2001년 귀속 10,780,000원, 2002년 귀속 47,386,648원)에 대하여도 감가상각 내용연수를 4년으로 하여 신고하였으나, 피고는 위 전체 공사비 등에 대하여 모두 건물에 대한 자본적 지출로 보아 기준내용연수 40년을 적용하여 감가상각 범위액을 산출한 후, 그 금액을 초과하는 2001년 귀속 282,242,025원, 2002년 귀속 147,597,128원을 감가상각비 한도초과액으로 보았다.

(나) 복리후생비 등 454,472,589원(2000년 귀속 158,685,126원, 2001년 귀속 167,014,668원 2002년 귀속 128,772,795원) : 기사관련 경비이거나 업무와 무관함

(다) 중간정산퇴직금 181,204,000원(2001년 귀속 96,304,000원, 2000년 귀속 84,900,000원) : 가공계상

(라) 자동차 리스료 88,838,280원(2000년 귀속 29,612,760원, 2001년 귀속 29,612,760원, 2002년 귀속 29,612,760원)

(마) 소방관 17명에 대한 무상 라식수술비 49,300,000원(2002년 귀속)

라. 이에 피고는 원고가 과소신고한 위 다.(1)항 수입금액을 총 수입금액에 가산하고, 위 다.(2)항 금액을 필요경비에 불산입하여, 2004. 4. 10. 원고에게 2002년 귀속 종합소득세 128,945,547원, 2001년 귀속 종합소득세 371,190,837원, 2002년 귀속 종합소득세 224,254,240원으로 증액하여 경정ㆍ고지하였다(이하 '당초 처분'이라 한다).

마. 이에 대하여 원고는 2004. 7. 5. 피고에게 이의신청을 하였는데, 피고는 2004. 12. 3. 위 다.(2)(마)항 금액을 2002년 귀속 종합소득세의 필요경비로 산입하여야 한다는 내용의 일부 인용결정을 하였고, 그에 따라 2004. 12. 10. 2002년 귀속 종합소득세액을 224,254,240원을 201,498,600원으로 감액하여 경정ㆍ고지하였다.

바. 원고는 2005. 2. 28. 국세심판원에 심판청구를 하였고, 국세심판원장은 2006. 5. 12. 위 다.(2)(라)항 금액을 각 과세기간의 필요경비로 산입하여야 한다는 내용의 일부 인용결정을 하였다.

사. 이에 따라 피고는 2006. 5. 26. 2000년 귀속 종합소득세액 128,945,547원을 108,754,920원으로, 2001년 귀속 종합소득세액 371,190,837원을 353,135,790원으로, 2002년 귀속 종합소득세액 201,498,600원을 187,837,260원으로 각 감액하여 경정ㆍ고지하였다(이하 당초 처분 중 감액하여 최종적으로 남은 종합소득세 부과처분을 '이 사건 처분'이라 한다).

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

원고는 이 사건 처분에는 아래와 같이 과세표준을 그르친 위법이 있다고 주장하면서, 그 취소를 구한다.

(1) 안경점 수입금액 부분

피고가 이 사건 처분시 총수입금액으로 가산한 위 다.(1)항 수입금액 중 ○○○○안경점 부분은 이 사건 병원의 직원인 송○영이 다른 직원인 전용은 명의로 운영한 것으로서 원고는 원고와는 전혀 관련이 없으므로, 위 안경점의 수입 부분을 원고의 수입으로 볼 수 없다.

(2) 건물 감가상각비 부분

원고가 2000년경 신관건물을 증축한 후에 실내인테리어 공사비 등으로 지출한 515,246,965원 부분, 2001년경부터 2002년경까지 이 사건 건물의 수리 과정에서 지출한 58,166,648원 부분은 모두 주로 이 사건 건물의 미관과 관련된 것으로서 수시로 교체공사가 이루어져야 하는 특성을 감안하면, 감가상각 내용연수가 40년인 철근콘크리트조 건물에 대한 자본적 지출이 아니라 감가상각 내용연수가 4년인 감가상각자산(기구 및 비품)으로 보아야 함에도 불구하고, 이와 달리 피고가 위 지출비용 모두를 이 사건 건물에 대한 자본적 지출로 보고 감가상각 내용연수를 40년으로 하여 부과한 이 사건 처분은 위법하다.

(3) 중간정산퇴직금 부분

원고는 2001년부터 2002년까지 사이에 이 사건 병원 직원들의 동의하에 그들에게 중간정산퇴직금 181,204,000원을 지급하였음에도, 피고는 이 사건 처분을 함에 있어 이를 필요경비로 반영하지 아니하였으므로, 위 금액을 필요경비에 산입하여야 한다.

(4) 복리후생비 등 부분

원고는 2000년부터 2002년까지의 기간 동안 이 사건 병원의 업부와 관련하여 복리후생비, 접대비, 소모품비 등 합계 454,472,589원을 필요경비로 지출하였음에도, 피고는 이 사건 처분을 함에 있어 이를 필요경비로 반영하지 아니하였으므로, 위 금액을 필요경비에 산입하여야 한다.

나. 관계 법령

구 소득세법 제14조 (과세표준의 계산)

구 소득세법 제27조 (필요경비의 계산)

구 소득세법 제33조 (필요경비불산입)

구 소득세법 제80조 (결정과 경정)

소득세법 시행령 제55조 (부동산임대소득 등의 필요경비의 계산)

소득세법 시행령 제61조 (가사관련비 등)

소득세법 시행령 제62조 (감가상각액의 필요경비계산)

다. 판단

(1) 안경점 수입금액 부분[위 가.(1)항 주장 부분]

(가) 원고가 위 안경점의 실제 사업자인지 여부에 관하여 살피건대, 을13 내지 17호증, 을19호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정, 즉 위 안경점의 사업자명의는 이 사건 병원의 검사실장으로 재직 중인 전○은 앞으로 되어 있고, 위 안경점의 주 예금계좌(국민은행)는 위 병원의 행정부장으로 재직 중인 송○영이 보관하면서 대부분의 자금관리를 하여 온 점, 이에 대하여 원고는 위 안경점의 실제 사업주는 송○영으로서 사업자명의만 전용은 앞으로 해 두었을 뿐이라고 주장하나, 그 명의 차용에 대하여 납득할 만한 이유를 제시하지 못하고, 원고 또한 이 사건 소 제기시까지 위 안경점의 사업자가 전○은이라고 주장하다가, 그 이후 단계부터 주장을 번복하고 있는 점, 위 안경점의 거래업체에서는 렌즈 등을 공급하면서 거래 상대방을 이 사건 병원으로 하여 세금계산서나 거래명세표를 발행한 점, 위 거래업체 직원은 렌즈 판매대금 지급방식과 관련하여, 전○은이 이 사건 병원 경리부에서 대금을 수령한 후 자신에게 현금으로 지급하였다고 진술하고 있는 점, 위 안경점의 주 예금계좌에서 2003. 9. 5. 10,000,000원이 인출된 후 곧 바로 원고 명의의 예금계좌로 무통장 입금된 사실이 있는 점(이에 대하여 원고는 납득할 만한 이유를 제시하지 못하고 있다), 원고가 이 사건 처분에 대하여 이 사건 소제기 전 전심절차를 통하여 다투면서도 안경점 수입금액 부분에 대해서는 다투지 아니한 점 등을 종합하여 보면, 위 안경점의 실제 사업주는 이 사건 병원의 운영자인 원고라고 봄이 상당하고, 이에 반하는 갑4, 5호증의 각 기재, 증인 김○한, 송○영, 전○은의 각 증언만으로는 이와 달리 보기 어렵다.

(나) 따라서, 원고의 이 부분 주장은 받아들이지 아니한다.

(2) 건물 감가상각비 부분[위 가.(2)항 주장 부분]

(가) 을4호증, 을7호증의 1, 2, 3, 을12호증의 1, 2, 을18호증의 각 기재, 이 법원의 현장검증결과 및 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고가 이 사건 병원으로 사용하던 마산시 ○○동 ○○○-5 지상 4층 구관 건물(998.75㎡)의 한쪽 벽면을 철거하고, 그에 인접한 같은 동 ○○○-13 소재 토지 위에 철근콘크리트조 슬래브지붕 6층 신관 건물(797.927㎡)을 증축한 후 한 개 건물로 연결하여 2000. 5. 30. 사용승인을 마친 사실, 이 후 2000. 7. 28. 1층을 10.23㎡, 2002. 2. 6. 5층을 79.95㎡ 각 증축하고 사용승인을 마친 사실, 원고는 2000년 귀속 종합소득세 신고에 있어 이 사건 병원의 증축과정에서 지출된 공사비 1,014,326,255원(건물증축 963,761,455원, 도장공사 49,500,000원, 상○벽등외 1,064,800원)에 대하여 법 제33조 제1항 제6호, 법 시행령 제62조, 제63조, 법 시행규칙 제32조에 의하여 준용되는 법인세법 시행규칙 제15조 제3항 관련 [별표5] 건축물 등의 기준내용연수 및 내용연수범위표상의 철근콘크리트조 건물에 대한 감가상각 내용연수를 40년으로 하여 산출한 감각상각비를 필요경비로 산입한 사실, 그런데 2001년 귀속 종합소득세 신고시부터 건물증축 448,514,490원, 실내인테리어공사비 515,246,965원으로 분리하여 건물증축을 제외한 나머지 실내인테리어 공사비 등 부분에 대하여 감가상각 내용연수를 4년으로 변경하고, 2001년부터 2002년까지 이 사건 건물의 수리과정에서 지출된 공사비 58,166,648원(2001년 귀속 10,780,000원, 2002년 귀속 47,386,648원)에 대하여도 기준 내용연수를 4년으로 하여 그에 따라 산출한 감가상각비를 필요경비에 산입한 사실, 이에 피고는 위 전체 공사비 등에 대하여 건물에 대한 자본적 기출로 보아 기준내용연수 40년을 적용하여 감가상각 범위액을 산출한 후, 그 금액을 초과하는 2001년 귀속 282,242,025원, 2002년 귀속 147,597,128원을 필요경비로 부인하여 이 사건 처분을 한 사실이 인정된다.

(나) 법 시행령 제55조 제1항 제14호에 의하면, 사업용 고정자산의 수선비라 하여 그 내용연수를 연장시키거나 그 가치를 현실적으로 증가시키는 비용은 자본적 지출로서 취득가액에 가산되는 것이므로 이러한 비용은 그 전부가 당해 연도의 필요경비에 산입되는 것이 아니라 취득가액을 기준으로 한 감가상각을 통하여 상각범위액 한도 내의 감가상각비만이 필요경비에 산입될 수 있다(대법원 1999. 12. 10. 선고 98두18374 판결 등 참조).

(다) 위 (가)항 인정사실과 위 (나)항의 법리 및 별지 관계 법령의 내용을 종합하여 살피건대, 위와 같은 공사 부분은 물리적인 구조나 형태상 그 건물과 명확히 구분된다고 할 수 없을 뿐 아니라, 독립하여 가치를 가진다고 할 수 없는 점, 위와 같은 공사비용은 이 사건 건물의 내용연수를 연장시키거나 가치를 증가시키는 비용으로서 이 사건 건물의 가치에 흡수된 것으로 보이는 점, 원고 또한 2000년 귀속 종합소득세 신고시 철근콘크리트조 건물에 대한 감가상각 내용연수 40년으로 하여 산출한 감각상각비를 필요경비로 산입한 점, 원고가 주장하는 실내인테리어공사의 내용 및 비용규모 등을 종합하여 볼 때, 위와 같은 공사비용은 이 사건 건물의 자본적 지출에 해당하는 것으로서 이 사건 건물이 철근콘크리트조 건물에 해당하는 이상 그 기준내용연수를 40년으로 봄이 상당하고, 위와 같이 법정되어 있는 건물의 내용연수범위를 초월하여 이 사건 건물의 내용연수를 그 용도가 병원이라는 사정만으로 4년으로 정하여 그에 따라 계산된 감가상각비 전액을 필요경비에 산입할 수는 없다.

(라) 따라서, 원고의 이 부분 주장도 받아들이지 아니한다.

(3) 중간정산퇴직금 부분[위 가.(3)항 주장 부분]

(가) 원고가 2001년부터 2002년까지 사이에 이 사건 병원 직원들에게 중간정산퇴직금 181,204,000원을 지급하였는지에 관하여 보면, 이에 부합하거나 부합하는 듯한 갑2호증의 1 내지 28, 갑3호증의 1, 2, 갑5, 7, 8, 15, 18, 19, 20호증의 각 기재와 증인 김○한, 전○은 각 일부 증언은, 을8, 10, 19, 21, 22, 23호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정, 즉 ① 피고가 이 사건 세무조사 과정에서 수차례에 걸쳐 원고의 중간정산퇴직금 지급과 관련한 입증자료 제출을 촉구하였음에도 어떠한 자료도 제출하지 않았고, 증거자료로는 이 사건 이의신청 과정에서 노사협의회 회의록, 중간정산신청서를, 이 사건 소송에 이르러 비로소 중간정산퇴직금 수령확인서(갑2호증의 1 내지 28) 등을 제출한 점, ② 이 사건 병원의 검사실장으로 재직 중인 전○은은 2003. 12. 6. 이 사건 세무조사 과정에서 원고로부터 중간정산퇴직금을 받은 적이 없다는 취지의 진술을 한 점, ③ 그런데, 원고 주장처럼 2002. 7. 31. 전○은 명의의 예금계좌에 25,000,000원이 중간정산퇴직금 명목으로 입금되었으나, 2002. 8. 7. 40,000,000원이 인출되어 바로 35,000,000원이 이 사건 병원의 직원인 조○숙 명의의 계좌로 입금된 점, ④ 원고는 중간정산퇴직금을 일부는 계좌입금, 일부는 현금으로 지급하였다고 주장하나, 위 ③항의 돈 외에는 계좌입금하였음을 인정할 증거를 제출하지 못하고 있으며, 현금지급 방식은 사회통념상 상당히 이례적으로 보이는 점, ⑤ 또한, 원고가 자금출처와 관련하여 믿을만한 금융자료를 제출하지 못하고 있는 점, ⑥ 한편, 매년 일정기에 지급되는 돈을 근로자퇴직급여보장법 제8조 제2항에 의한 퇴직금의 중간정산금으로 인정하기 위해서는 근로자의 개별적이고 명시적인 중간정산의 요구가 있어야 하고, 중간정산의 대상인 근로기간은 중간정산의 요구일을 기준으로 과거의 근로기간이어야 하며, 퇴직금의 액수가 명확하게 제시되어야 하는데, 원고가 주장하는 퇴직금 지급일이 직원별로 제 각각일 뿐 아니라, 퇴직금 산출방식도 명확하지 아니한 점 등에 비추어, 쉽사리 믿기 어렵거나 원고 주장사실을 인정하기에 부족한 증거자료들이고, 달리 원고가 그 주장의 중간정산퇴직금을 실제 지출하였음을 인정할 만한 충분한 증거자료가 없다.

(나) 따라서, 원고의 이 부분 주장도 받아들이지 아니한다.

(4) 복리후생비 등 부분[위 가.(4)항 주장 부분]

(가) 과세처분의 적법성에 대한 입증책임은 과세관청에 있으므로 과세소득확정의 기초가 되는 필요경비도 원칙적으로 과세관청이 그 입증책임을 부담하나, 필요경비의 공제는 납세의무자에게 유리한 것일 뿐 아니라 필요경비의 기초가 되는 사실관계는 대부분 납세의무자의 지배영역 안에 있는 것이어서 과세관청으로서는 그 입증이 곤란한 경우가 있으므로 그 입증의 곤란이나 당사자 사이의 형평을 고려하여 납세의무자로 하여금 입증케 하는 것이 합리적인 경우에는 입증의 필요를 납세의무자에게 돌려야하는데(대법원 1992. 7. 28. 선고 91누10909 판결, 대법원 1998. 7. 10. 선고 97누 13894 판결 등 참조), 특히 납세의무자가 신고한 어느 비용 중의 일부 금액에 관한 세금계산서가 실물거래 없이 허위로 작성되었다는 점이 과세관청에 의해 상당한 정도로 증명되어 그것이 실지비용인지 여부가 다투어지고 납세의무자가 주장하는 비용의 용도와 그 지급의 상대방이 허위임이 상당한 정도로 증명된 경우와 같은 특별한 사정이 있는 때에 한하여, 예외적으로 그러한 비용이 실제로 지출되었다는 점에 관하여 장부와 증빙 등 자료를 제시하기가 용이한 납세의무자가 이를 증명할 필요가 있다(대법원 2006. 4. 14. 선고 2005두16406 판결 등 참조).

(나) 위 (가)항의 법리에다가 을5, 10호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정, 즉 원고는 2000년부터 2002년까지의 기간 중 종합소득세 신고에 있어 복리후생비 합계 512,567,268원, 접대비 합계 72,424,994원, 소모품비 합계 239,310,201원, 여비교통비 합계 116,729,124원, 차량유지비 합계 74,707,161원, 도서인쇄비 합계 247,855,260원, 수수료 합계 93,438,073원, 광고선전비 합계 144,584,040원, 운반비 합계 226,800원, 통신비 합계 22,050,240원, 협회비 합계 2,601,000원, 사무용품비 합계 7,325,100원 등 총 합계 1,534,269,261원을 필요경비로 산입한 점, 이에 관하여 피고는 원고가 제출한 자료 등을 토대로 하여 가사관련ㅌ 경비이거나 업무무관 경비라고 보이는 복리후생비 합계 272,385,300원, 접대비 합계 79,818,097원, 소모품비 합계 52,534,882원, 여비교통비 합계 30,183,377원, 차량유지비 합계 11,370,973원, 도서인쇄비 합계 5,335,270원, 협회비 합계 1,480,000원, 광고선전비 합계 460,000원, 수수료 합계 414,800원, 의료용소모품비 합계 350,000원, 사무용품비 합계 112,000원, 통신비 합계 24,890원, 운반비 합계 3,000원 등 총 합계 454,472,589원(당초 신고액의 29.6% 상당)에 대하여는 일일이 구체적 부인사유를 적시하면서 필요경비로 산입하지 아니하고, 나머지 1,079,796,672원(당초 신고액의 70.4% 상당)에 대하여는 필요경비로 산입한 점, 피고가 필요경비로 인정하지 않은 원고의 대체적인 지출내역을 살펴보면, 이 사건 병원 소재지가 아닌 타 도시 등에서 지출되거나, 혹은 공휴일 또는 근무시간 중에 가정용 생필품구입, 의류비, 유흥비, 선물구입 등으로 지출되거나, 아니면 관련 증빙서류가 없고 사용처가 불명한 점 등을 종합, 대비해 보면, 피고가 원고가 주장의 필요경비 중 증빙이 없거나 성질상 필요경비로 산입할 수 없는 것을 가려내어 위와 같이 허위이거나 신빙성이 없음을 상당 정도로 증명하였다고 봄이 상당하므로, 이제는 원고가 위 각 필요경비가 실제로 업무와 관련하여 지출되었음을 증명할 입증의 필요가 있다.

(다) 그런데, 이에 관한 원고 제출의 증거자료를 보면, 갑5, 6호증의 각 기재는 이 사건 병원 직원의 진술 등을 기재하거나 정리한 서류이고, 갑16호증의 1 내지 267, 갑17호증의 1 내지 37, 갑17호증의 39 내지 43의 각 기재는 물품구입 영수증이 없는 지출내역에 대하여 이 사건 병원에서 자체적으로 작성한 지출결의서에 불과하며, 갑17호증의 38(영수증)은 이 사건 병원 운영과의 관련성이 드러나지 않는 서류에 해당하는 점, 갑18, 19, 20호증(일일현금출납부)의 각 기재는 위 1.다.항의 세무조사 당시 원고가 제출한 서류로서 피고는 위 서류와 원고가 신고한 필요경비 내역을 대조하여 일치하는 부분에 대하여는 대부분을 필요경비로 인정하였으므로, 위 갑18, 19, 20호증은 더 이상 필요경비 부인된 지출내역에 대한 증거자료로 부족한 점 등에 비추어, 이 증거들을 비롯한 원고 제출의 증거자료만으로는 원고가 그 주장과 같이 복리후생비, 접대비, 소모품비, 여비교통비 등으로 이 사건 병원 운영과 관련하여 454,472,589원을 지출하였다는 점을 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 충분한 증거자료가 없으므로, 원고 주장의 위 복리후생비 등은 필요경비에 산입할 수 없다.

(마) 따라서, 원고의 이 부분 주장 역시 받아들이지 아니한다.

3. 결론

그렇다면, 이 사건 처분은 적법하므로, 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.