원심은 원고는 선박 및 기선 저인망어업을 경영하는 회사로서 1977. 1. 1부터 1978. 12. 30까지 1,449건의 판시 항만시설 일시 사용허가의(소관 관청으로부터)면허를 받았으나 그 근거법규인 지방세법 제161조 , 같은법시행령(1974.12.31 대통령령 제7532호) 제124조 제1항 별표 제5종 39호 에 의하여 일시 사용에 대한 면허세가 신설된 이후 1978. 12. 30 같은법시행령에 의하여 폐지되기까지 근 4년간 피고는 원고에게 그 면허세를 부과할 수 있음을 알면서도 단 한 건의 면허세도 부과한 일이 없었던 사실이 인정되므로 납세자인 원고로서는 그것을 믿을 수 밖에 없고 그로써 비과세의 관행이 이루어졌다고 볼 것인데 그 근거법령이 폐지된지 2년 8개월이 지난 1981. 8. 25 위 법령폐지전의 항만시설의 일시 사용에 따른 면허세를 한꺼번에 소급하여 부과한 사실을 확정하고, 이건 처분은 지방세법 제65조 에 의하여 준용되는 국세기본법 제18조 제2항 소정의 납세자가 받아들인 조세행정의 관행을 무시한 위법한 처분이라고 판시하고 있다.

그러 나 일정기간 과세누락이 있었다는 사실만으로는 국세기본법 제18조 제2항 소정의 일반적으로 납세자들에게 받아들여진 국세 관행이 있는 것이라고 볼 수 없고 과세관청이 과세할 수 있는 정을 알면서도 납세자에 대하여 불과세를 시사하는 언동이 있었고 또 어떠한 공익상 필요에서 상당기간 이를 부과하지 아니함으로써 납세자가 그것을 신뢰하는 것이 무리가 아니라고 인정할 만한 사정이 있는 때에 비과세의 관행이 성립되었다고 인정할 여지가 있다 할 것 인바( 당원 1980.6.10. 선고 80누6 판결 ; 1981.9.22. 선고 80누601 판결 ; 1983.4.26. 선고 81누153,82누531 판결 참조) 기록에 의하여도 위 기간 피고가 면허세를 부과하지 아니한 것이 이를 부과할 수 있는 정을 알면서도 불과세의 언동을 시사했거나 공익상 필요에 의하여 이를 부과하지 아니하였고, 납세자인 원고 회사도 그것을 비과세의 대상으로 믿어 왔다고 인정할 만한 자료도 없다(더구나 원심은 위 법령이 폐지되기 이전에 인천시 또는 부산시 중구청은 이미 다른 납세의무자 9,071명에게 이건 면허세를 부과한 사실을 인정하고 있다). 원심이 단순히 일정기간 불과세한 사실만을 가지고 이 사건 면허세에 대하여 비과세관행이 이루어졌다고 판단하였음은 위법 소정의 국세행정의 관행에 관한 해석을 잘못하여 그 존부에 대한 심리를 다하지 아니하였거나 이유불비의 허물을 범한 것이라 할 것이므로 이를 탓하는 논지는 이유있다.

따라서 원심판결을 파기하고, 사건을 원심법원에 환송하기로 관여 법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.