가. 원고 B은행, C은행, D은행, E은행, F은행, G은행에 대한 이 사건 부과처분 및 원고 A은행의 1987, 1988., 1989, 1990 각 사업년도에 대한 이 사건 부과처분의 경위를 제1, 5호증의 1내지 18, 제2, 9호증의 1 내지14, 제3호증의 1 내지15, 제6호증의 1 내지22, 제7, 8호증의 19, 제10호증의 26, 제11호증의 1 내지12의 각 기재에 변론의 전취지를 종합하면, 피고 가 세무서장은 원고 A은행의 부동산임대로 인한 차입금이자의 소득금액계산상 손금불산입과 관련하여, 1987사업년도분에 대하여는 법인세법(1988. 12. 26. 법률 제4020호로 개정되기 전의 것) 제18조의3 제1항 제3호, 같은 법 시행령(1987. 12. 31. 대통령령 제12334호로 개정되기 전의 것) 제43조의2 제1항 제2호, 제5항, 같은 법 시행규칙(1987. 12. 31. 재무부령 1736호로 개정되기 전의 것) 제18조 제3항 제11호, 구방위세법(1990. 12. 31. 법률 제4280호로 폐지된 것, 이하 같다) 제4조 제1항 제3호에 의하여, 1988사업년도 분에 대하여는 법인세법(1990. 12. 31. 법률 제4282호로 개정되기 전의 것) 제18조의3 제1항 제3호, 같은 법 시행령(1988. 12. 31. 대통령령 제12565호로 개정되기 전의 것) 제43조의2 제1항 제2호, 제5항, 같은 법 시행규칙(1989. 3. 6. 재무부령 1780호로 개정되기 전의 것) 제18조 제3항 제11호, 구방위세법 제4조 제1항 제3호에 의하여, 1989사업년도 분에 대하여는 법인세법(1990. 12. 31. 법률 제4282호로 개정되기 전의 것) 제18조의3 제1항 제3호, 같은 법 시행령(1989. 12. 30. 대통령령 제12878호로 개정되기 전의 것)제43조의2 제1항 제2호, 제5항, 같은 법 시행규칙(1990. 1. 4. 재무부령 1803호로 개정되기 전의 것) 제18조 제3항 제11호, 구방위세법 제4조 제1항 제3호에 의하여, 피고들은 각 그 소관 원고 은행들의 1990 사업년도 부동산임대로 인한 차입금이자등 소득금액계산상 손금불산입과 관련하여서는 법인세법(1990. 12. 31. 법률 제4282호로 개정되기 전의 것) 제18조의3 제1항 제3호, 같은 법 시행령(1990. 12. 31. 대통령령 제13195호로 개정되기 전의 것) 제43조의2 제1항 제2호, 제5항, 같은 법 시행규칙(1991. 2. 28. 재무부령 제1844호로 개정되기 전의 것) 제18조 제3항 제11호, 구방위세법 제4조 제1항 제3호에 의하여, 비업무용부동산 유지관리비와 관련한 소득금액계산상 손금불산입에 관련하여서는 위 법인세법 제16조 제7호, 위 시행령 제30조 제1호 및 위 시행규칙 제11조 제1항 제3호(1990. 10. 22. 재무부령 제1835호로 개정되기 전의 것)에 의하여, 임대에 쓰이고 있는 원고 은행들 보유 부동산의 1년간 임대료수입금액이 당해 부동산가액의 일정비율(1987, 1988, 1989사업년도는 100분의 5이고, 1990사업년도는 100분의 7이다)에 미달하는 부동산을 업무에 직접 관련이 없는 부동산 즉 비업무용부동산으로 보아 각 사업년도에 지급한 차입금의 이자중 지급이자 × 비업무용부동산가액 / 총차입금 이라는 산식에 의하여 산출한 금액 상당을 위 각 사업년도의 소득금액 계산상 손금에 산입하지 않기로 하고, 또한 비업무용부동산을 취득, 관리함으로써 생기는 비용・유지비・수선비(이하 유지관리비라 한다)와 이에 관련되는 비용을 원고 A은행을 제외한 나머지 원고 은행들의 1990사업년도 및 원고 A은행의 1987 내지 1990 사업년도의 소득금액 계산상 손금에 산입하지 않기로 하여, (1) 피고 자 세무서장은 1991. 8. 20. 원고 B은행에 대하여 당초 손금으로 산입하여 신고한 별지 1기재 순번 1과 같이 차입금에 대한 지급이자중 금 3,218,665,917원과 유지관리비 금 362,757,059원 등 합계 금 3,581,422,976원을 손금부인하고 익금산입하여 별지 3-1 기재와 같이 1990사업년도 법인세분 방위세 금 482,070,100원의 부과처분을 하고, (2) 피고 자 세무서장은 같은 달 16. 원고 C은행에 대하여 당초 손금으로 산입하여 신고한 별지 1 기재 순번 2와 같이 차입금에 대한 지급이자중 금 1,217,496,278원과 유지관리비 금 387,725,585원 등 합계 금1,605,221,863원을 손금부인하고 익금산입하여 별지3-2 기재와 같이 1990사업년도 법인세분 방위세 금214,913,140원의 부과처분을, (3) 자 세무서장은 같은 날 원고 D은행에 대하여 당초 손금으로 산입하여 신고한 별지 1기재 순번 3과 같이 차입금에 대한 지급이자중 금 1,798,778,244원과 유지관리비 금 303,737,369원 등 합계 금 2,102,515,613원을 손금부인하고 익금산입하여 별지 3-3 기재와 같이 1990사업년도 법인세분 방위세 금 269,513,740원의 부과처분을, (4) 피고 아 세무서장은 같은 해 8. 1. 원고 E은행에 대하여 당초 손금으로 산입하여 신고한별지 1기재 순번 4과 같이 차입금에 대한 지급이자중 금 5,549,600,650원을 유지관리비 금 789,256,511원 등 합계 금 6,338,857,161원을 손금부인하고 익금산입하여 별지 3-4 기재와 같이 1990사업년도 법인세분 방위세 금 855,745,720원의 부과처분을, (5) 피고 아 세무서장은 같은 날 원고 F은행에 대하여 당초 손금으로 산입하여 신고한 별지 1 기재 순번 5와 같이 차입금에 대한 지급이자중 금 3,122,471,013원과 유지관리비 금 560,128,006원 등 합계 금 3,682,599,019원을 손금부인하고 익금산입하여 별지 3-5기재와 같이 1990사업년도 수시분 법인세 금 1,179,351,400원 및 동 방위세 금 286,958,670원의 부과처분을, (6) 피고 차 세무서장은 1992. 1. 10. 원고 G은행에 대하여 당초 손금으로 산입하여 신고한 별지 1기재 순번 6과 같이 차입금에 대한 지급이자중 금 138,736,111원과 유지관리비 금 31,344,108원 등 합계 금 170,080,219원을 손금부인하고 익금산입하여 별지 3-6 기재와 같이 1990사업년도 법인세 금 62,135,460원 및 동 방위세 금 15,307,210원의 부과처분을, (7) 피고 가 세무서장은 같은 해 10. 1. 원고 A은행에 대하여, (가) 위 원고가 1987사업년도에 관하여 당초 손금으로 산입하여 신고한 별지 2기재 순번 2 같이 차입금에 대한 지급이자중 금 147,710,230원을 손금부인하고 익금산입하여 별지 4-2 기재와 같이 1987사업년도 귀속분 법인세 금 66,886,140원(실제로 납입고지서상으로는 특별부가세 금 37,544,000원을 포함하여 금 104,430,140원의 법인세가 부과되었다) 및 동 방위세 금 7,738,240원의 부과처분을, (나) 위 원고가 1988사업년도에 관하여 당초 손금으로 산입하여 신고한 별지 2기재 순번 3과 같이 차입금에 대한 지급이자중 금 222,752,957원을 손금부인하고 익금산입하여 별지 4-3 기재와 같이 1988사업년도 귀속분 법인세 금 214,914,720원(실제로 납입고지서상으로는 특별부가세 금 48,725,490원을 포함하여 금 263,640,210원의 법인세가 부과되었다) 및 동 방위세 금 157,732,830원의 부과처분을, (다) 위 원고가 1989 사업년도에 관하여 당초 손금으로 산입하여 신고한 별지 2기재 순번 4와 같이 차입금에 대한 지급이자중 금 309,111,892원을 손금부인하고 익금산입하여 별지 4-4 기재와 같이 1989사업년도 귀속분 방위세 금 37,780,250원의 부과처분을, (라) 위 원고가 1990 사업년도에 관하여 당초 손금으로 산업하여 신고한 별지 2기재 순번 5와 같이 차입금에 대한 지급이자중 금 2,466,250,446원을 손금부인하고 익금산입하여 별지 4-5 기재와 같이 1990사업년도 귀속분 방위세 금 321,604,920원의 부과처분을 한 사실을 인정할 수 있다.

나. 원고 A은행의 1986 사업년도에 대한 이 사건 부과처분의 경위

갑 제13호증의 1,을 제4호증의 1 내지 18의 각 기재에 변론의 전 취지를 종합하면, 피고 가 세무서장은 법인세법(1988. 12. 26. 법 제4020호로 개정되기 전의 것) 제61조 제7호, 같은 법 시행령(1987. 12. 22. 대통령령 제12329호로 개정되기 전의 것) 제30조 제3호, 같은 법 시행규칙(1987. 12. 31. 재무부령 제1736호로 개정되기 전의 것) 제11조 제3호, 국세청의 법인세 기본통칙 제2-9-8…16의 의 규정에 의하여 원고 A은행이 당초 손금으로 신고한 차입금이 비업무용부동산을 취득하기 위하여 소요된 것인지 여부가 불분명하므로 별지 2 기재 순번 1과 같이 차입금에 대한 지급이자중 금 180,014,400원을 소득금액계산상 손금부인하고 익금산입하여 별지 4-1 기재와 같이 1986사업년도 귀속분 법인세 금 89,954,210원 및 동 방위세 금 16,201,290의 부과처분을 한 사실을 인정할 수 있다.

2. 이 사건 처분의 적법여부

가. 원고 B은행, C은행, D은행, E은행, F은행, G은행에 대한 이 사건 부과처분 및 원고 A은행의 1987, 1988, 1989, 1990 각 사업년도에 대한 이 사건 부과처분에 관한 판단

(1) 관계법령

법인세법(1990. 12. 31. 법률 제4282호로 개정되기 전의 것, 1987사업년도에 관하여는 1988. 12. 26. 법률 제4020호로 개정되기 전의 것에 의한다. 이하 같다) 제18조의3 제1항 제3호, 제3항에 의하면, 당해 법인의 업무에 직접 관련이 없는 부동산을 소유하고 있는 내국법인이 각 사업년도에 지급한 차입금의 이자중 대통령이 정하는 금액은 각 사업년도의 소득금액 계산상 손금에 산입하지 아니하고 업무에 직접 관련이 없는 부동산의 범위는 대통령령으로 정한다라고 규정하고, 그 위임을 받은 같은 법 시행령(1990. 12. 31. 대통령령 제13195호로 개정되기 전의것, 1987사업년도분에 관하여는 1987. 12. 31. 대통령령 제12334호로 개정되기 전의 것에, 1988사업년도분에 관하여는 1988. 12. 31. 대통령령 제12565호로 개정되기 전의 것에, 1989사업년도분에 관하여는 1989. 12. 30. 대통령령 제12878호로 개정되기 전의 것에 각 의한다. 이하 같다) 제43조의2 제1항 제2호, 제5항에 의하면, 법 제18조의3 제1항에서 대통령이 정하는 금액이라 함은 지급이자 × 업무에 직접 관련이 없는부동산의 가액 / 총차입금 의 산식에 의하여 계산한 금액을 말하고, 업무에 직접 관련이 없는 부동산 즉 비업무용부동산이라 함은 당해 부동산 취득후 경과한 기간, 당해 부동산으로부터 발생하는 수입금액, 건물등의 면적, 당해 법인의 업무와의 관련정도 등을 감안하여 재무부령이 정하는 부동산을 말한다고 규정하고, 다시 그 위임을 받은 같은 법 시행규칙(1991. 2. 28. 재무부령 제1844호로 개정되기 전의 것, 1987사업년도분에 관하여는 1987. 12. 31. 재무부령 제1736호로 개정되기 전의 것에, 1988사업년도분에 관하여는 1989. 3. 6. 재무부령 제1780호로 개정되기 전의 것에, 1989사업년도분에 관하여는 1990. 1. 4. 재무부령 제1803호로 개정되기 전의 것에 각 의한다. 이하 같다) 제18조 제3항 제11호에 의하면, 임대에 쓰이고 있는 부동산으로서 1년간의 수입금액이 부동산가액의 100분의 7(1987 내지 1989사업년도는 100분의 5)에 미달하는 부동산을 비업무용부동산에 해당한다고 규정하고 있으며, 법인세법 제16조 제7호는 법인이 각 사업년도에 지출한 경비중 대통령령이 정하는 바에 의하여 직접 그 업무에 관련이 없다고 정부가 인정하는 금액을 손금에 산입하지 아니한다고 규정하고, 그 위임을 받은 같은 법 시행령 제30조 제1호에 정부가 인정하는 금액이라 함은 법인이 그 업무에 관련이 없는 자산으로서 재무부령이 정하는 업무무관자산을 취득・관리함으로써 생기는 비용・유지비・수선비와 이에 관련되는 비용을 말한다고 규정하고, 다시 그 위임을 받은 같은 법 시행규칙 제11조 제1항 제3호는 업무무관 자산이라 함은 같은 규칙 제18조 제3항 내지 제11항의 규정에 의한 비업무용부동산을 말한다 규정하고 있고, 구방위세법 제4조 제1항 제3호에 의하면, 법인세법의 규정에 의한 법인세산출세액(다만 조세감면규제법에 의하여 법인세가 감면되는 경우에 그 감면되는 세액)을 과세표준으로 하여 방위세를 부과하도록 규정하고 있는 바, 위 각 규정들에 의하면, 내국법인의 임대에 쓰기고 있는 부동산의 1년간의 임대료수입금액이 당해 부동산가액의 일정비율에 미달할 경우에는 그 당해부동산을 비업무용부동산으로 보고 각 사업년도에 지급한 차입금에 대한 이자중 지급이자×비업무용부동산가액 / 총차입금 이라는 산식에 의하여 산출한 금액을 각 사업년도의 소득금액 계산상 소금에 산입할 수 없고, 또한 그 비업무용부동산의 유지관리비용 역시 손금에 산입할 수 없다 할 것이다.

(2) 주장 및 판단

피고들은 위 처분사유와 적용법조를 들어 원고 은행들의 부동산임대로 인한 그 수입금액이 일정비율에 미달하기 때문에 그 임대부분 부동산을 비업무용부동산으로 보아 각 그 소관 원고 은행들의 차입금에 대한 지급이자의 일정부분을 손금에 불산입한 이 사건 처분은 적법하다고 주장함에 대하여,

첫째, 은행법 제27조 제1항 제2호와 한국은행 은행감독원 금융기관 경영지침 등에 의하여 업무수행상 필요한 부동산외의 부동산을 취득할 수 없고, 업무에 필요한 부동산이라도 자기자본의 50% 범위 내에서 취득하도록 엄격한 규제를 받고 있는 원고 은행들로서는 보유하고 있는 부동산을 모두 자기자본으로 취득한 것이지 외부차입금으로 취득한 것이 아니므로 세법해석의 기준을 규정하는 국세기본법 제18조의 규정과 법인의 외부차입금의 비생산적 자산의 취득을 방지하려는 법인세법 제18조의3의 규정의 입법취지에 비추어 볼 때 원고 은행들의 차입금에 대한 지급이자는 손금불산입대상에서 제외되어야 한다고 주장하고,

둘째, 은행의 차입금이라는 것은 일반법인의 차입금과는 그 성질을 달리하는 것으로 은행의 금융정책 수행 및 은행업의 본원적인 목적사업을 수행하기 위하여 필연적으로 발생되는 것이고, 차입금에 대한 지급이자는 일반법인의 매출원가와 같은 비용인데도 불구하고 원고 은행들의 업종의 특성을 고려하지 아니하고 일률적으로 법인세법의 규정을 적용하는 것은 부당하며, 또한 다수의 고객으로부터 조달하는 자금외의 부족자금조달을 위한 차입금에 대한 지급이자를 손급불산입하는 것은 결국 은행의 매출원가를 부인하는 결과가 되어 실질과세의 기본원칙에도 위배되는 것이고 또한 은행 현행 법인세법시행령(1992. 12. 31. 대통령령 제13803호로 개정된 것) 제43조의2 제8항이 법 제18조의3의 차입금에는 제37조의2에 규정된 금융기관이 재정투융자특별회계법에 의한 재정투융자특별회계, 한국은행법에 의한 한국은행 기타 재무부령이 정하는 기금등으로부터 차입한 금액과 수신자금을 제외하는 것으로 개정된 취지에 비추어 보아도 원고 은행들의 차입금지급이자는 손금불산입 대상에서 제외되어야 한다고 주장하고,

셋째, 법인세법 제18조의3 제1항은 각 사업년도에 지급한 차입금의 이자 중 대통령령으로 정하는 바에 의하여 계산한 금액을 손금에 산입하지 아니한다라고 규정하고 있는데, 그 위임을 받은 같은 법 시행령 제43조의2 제4항은 산출방식을 규정하면서 지급이자 × 비업무용부동산가액 / 총차입금 이라고 하여 비업무용동산의 취득에 사용되지 아니한 차입금의 이자까지 포함한 총차입금에 대한 지급이자를 손금산입에서 제외한다고 규정한 것은 모법의 위임근거가 없는 무효규정이라고 주장하고,

넷째, 법인세법 제18조의 3의 규정에 따라 손금에 불산입되는 차입금에 대한 지급이자라는 것은 그 업무와 직접 관련이 없는 부동산의 취득에 소요된 차입금만을 대상으로 하여 그 차입금에 대한 지급이자 만을 불산입대상으로 하여야 함에도 불구하고 그 업무와 직접 관련이 없는 부동산의 취득과 관련이 없는 차입금도 그 대상으로 삼는 것은 부당하다고 주장하고,

다섯째, 법인세법 제16조 제11호 및 같은 법 시행령 제33조 제1항에 의하면, 법인의 차입금중 대통령령이 정하는 건설자금에 충당한 금액의 이자는 손금산입에서 제외하나, 금융기관이 고정자산을 건설함에 있어서 당해 고정자산의 건설에 소요된지의 여부가 분명하지 아니한 수신자금등 차입금은 고정자산의 건설에 소요되는 차입금의 범위에서 제외한다고 규정하고 있는 바, 건설자금의 이자를 손금불산입하는 위 법인세법 제16조 제11호의 규정과 비업무용부동산 관련 차입금을 손금불산입하는 위 법인세법 제18조의3의 규정은 모두 동일한 조세정책적 목적으로 제정된 것이므로 고정자산의 건설에 소요된 지의 여부가 불분명한 금융기관의 차입금을 건설자금을 위한 차입금에서 제외하는 위 시행령의 규칙에 비추어 볼 때 원고 은행들의 차입금에 대한 지급이자는 손금불산입 대상에서 제외되어야 한다고 함이 형평과 법해석의 일관성에 적합한 것이라고 주장하고,

여섯째, 법인세법 제18조의3 제1항 제3호의 법인의 업무와 직접 관련이 없는 부동산 즉 비업무용부동산이라 함은 당해 부동산 취득후 경과한 기간, 당해 부동산으로부터 발생하는 수입금액, 건물등의 면적, 당해 법인의 업무와의 관련정도등을 감안하여 재무부령으로 정하도록 한 같은 법 시행령 제43조의2 제5항의 위임 취지에 비추어 볼 때, 원고 은행들의 보유 부동산에 대한 임대료수입금액이 당해 부동산가액의 100분의 5 또는 100분의 7에 미달한다고 하여 무조건 그 부분을 비업무용부동산으로 보는 법인세법 시행규칙 제18조 제3항 제11호의 규정은 그 위임의 한계를 벗어난 것으로 효력이 없으며, 또한 임대수입금액을 기준으로 비업무용 부동산여부를 판정하는 것은 비업무용부동산의 보유를 억제하기 위하여 같은 위치로 입법화된 지방세법 시행령 제84조의4 제4항 제7호에서 법인이 직접 사용하는 부분의 연면적이 건축물 연면적의 100분의 50에 미달하는 부동산은 비업무용부동산으로 보지 아니하는 것과도 형평에 어긋난다는 주장하고,

일곱째, 위 시행규칙에 의하여 임대료수입을 기준으로 비업무용부동산으로 본다고 하더라도 원고 은행들이 보유하고 있는 부동산중 대부분은 직접 업무용으로 사용하고 있는 것으로서 경제기획원, 재무부, 은행감독원등 관련당국에서 원고 은행들이 업무를 위한 면적보다 과다한 건물 면적을 보유하고 있는 경향이 있으니 경영합리화와 낭비절약이라는 측면에서 과다건물 면적을 임대하라는 지시와 권유를 받아 부득이 임대에 공하게 되었으며 임대에 공한 면적도 일부에 지나지 아니하며 임대전용의 경우보다 임대료가 낮을 수 밖에 없고 경제기획원에서 C용건물 임대료 관리지침을 제정하여 임대료를 동결 내지 소폭 인상토록 유도하고 서울특별시의 인상억제요청을 받은 원고 은행들로서는 단순히 비율을 맞추기 위하여 임대료를 대폭인상하는 조치를 취하는 것은 현실여건상 불가능한 점등에 비추어 업무용 부동산을 단지 임대수입만을 기준으로 비업무용부동산으로 보는 것은 부당하다고 주장하고,

여덟째, 피고들이 각 그 소관 원고 은행들에 대한 1990 사업년도 법인세결정 당시 손금부인 지급이자를 산출하는 과정에서 공시지가 적용기준을 1990. 1. 1.부터 소급적용하여 원고 은행들 보유의 임대관련 비업무용부동산의 가액을 정한 것은 소급과세금지의 원칙에 위배된다고 주장하고,

아홉째, 지급이자를 손금불산입하는 법인세법 제18조의3의 규정과 비업무용부동산의 유지관리비용을 손금불산입하는 같은 법 제16조 제7호의 규정은 입법취지와 적용대상이 각각 다른 규정이므로 후자의 규정은 법인의 업무와 관련정도를 따져 법인업무와 직접 관련이 없는 부동산에 대한 관리유지비를 손금불산입하는 규정으로 해석하여야 할 것인 바, 원고들 보유부동산은 원래 업무용부동산으로서 경영합리화의 일환으로 사업장면적을 축소하여 일부를 임대하여 준 것에 불과할 뿐만 아니라 원고 은행들은 부동산임대업을 사업목적으로 등록하여 부동산의 임대 수입금액에 대하여 부가가치세를 신고, 납부하여 오고 있으므로 임대업의 수입금액이 있는 부동산을 업무무관 자산으로 보는 것은 부당하며 또한 그 임대수입금액은 법인세과세소득에 합산 과세되고 있으므로 이러한 수익에 대응하는 필요경비로써 임대부분에 대한 감가상각비, 재산세, 종합토지세등 관련 유지・관리비용은 손금산입하는 것이 타당함에도 무조건 업무무관 자산이라 하여 관련 유지관리비용을 손금불산입하는 것은 부당하다고 주장하고 있다.

그러므로 원고들의 첫 번째 주장에 대하여 보건대, 은행에 대하여 은행법 제27조 제1항 제2호 및 한국은행감독원의 금융기관 경영지침 등에 의하여 업무수행상 필요한 부동산외의 부동산 보유를 엄격히 규제하고 있는 것은 금융기관의 건전한 운영을 기하고 예금자를 보호하며 신용질서를 유지하기 위한 것이고, 법인세법은 재정수입조달을 위한 법인세의 공평한 과세와 이를 통한 경제사회정책 수행을 그 목적으로 하고 있어 그 법률이 달성하고자 하는 목적과 그 수단이 다르므로 은행법의 관련규정이 비업무용부동산관련 차입금의 지급이자를 부인하는 법인세 법령의 적용을 배제한다고는 볼 수 없고,

두 번째 주장에 대하여 보건대, 은행이 고유의 금융업무를 수행함에 따라 발생하는 예금의 수입과 같이 소비임차의 경우나 불특정 다수의 고객에게 유가증권 기타 채무증서의 발행 또는 매매하는 경우는 차입금으로 볼 수 없고 그 대가로 지급한 지급이자는 일반기업의 취득원가와 같은 것이지만, 이와는 달리 은행이 적극적으로 부족재원을 조달하기 위하여 정부, 한국은행, 타금융기관, 기금등으로부터 당좌차월등의 방법으로 자금을 차입하거나 적격어음을 한국은행에서 어음의 만기일 전에 재할인하는 경우등은 차입금에 해당하는 것으로서 일반기업의 차입금과 전혀 다를 바가 없다(대법원 1992. 11. 10. 선고 92누5416 판결 참조)할 것이고,

세 번째 주장에 대하여 보건대, 법인세법 제18조의3 제1항은 손금산입에서 제외되는 차입금의 지급이자라는 것은 내국법인이 각 사업년도에 지급한 차입금의 이자를 말하는 것으로 차입금이라고만 규정하고 그 금액을 대통령령으로 정하도록 위임하고 있고, 비업무용부동산의 취득과 관련있는 차입금이라고 규정하고 있지 아니하고, 그 위임을 받은 같은 법 시행령 제43조의2 제1항 제2호도 그 금액을 지급이자 × 비업무용부동산가액 / 총차입금 이라는 산식으로 계산하도록 하여 모법의 위임의 취지에 맞추어 규정하고 있으므로 위 시행령규정이 무효라고 할 수 없다 할 것이고,

네 번째 주장에 대하여 보건대, 법인세법 제18조의3 제1항 제3호, 같은 법 시행령 제43조의2 제1항 제1호, 제5항, 같은 법 시행규칙 제18조의 제3항 제11호 규정은 차입금의 많은 법인이 비업무용부동산을 보유하고 있는 경우 법인세부담을 통한 비업무용부동산 보유를 억제하기 위하여 당해 법인의 차입금이 당해 부동산의 취득과 직접 관련이 있는 지의 여부를 가리지 않고 그 차입금의 지급이자의 일정비율을 손금에 산입하지 아니하기로 하는 취지에서 마련된 것이므로 비업무용부동산의 취득과 직접 관련이 있은 차입금만을 구분하여 그에 대한 지급이자만을 손금산입에서 제외하여야 하는 것은 아니고,

다섯 번째 주장에 대하여 보건대, 법인세법 제16조 제11호 및 같은 법 시행령 제33조 제1항에 의하면 금융기관이 고정자산을 건설함에 있어서 당해 고정자산의 건설에 소요된지의 여부가 분명하지 아니한 수신자금등 차입금은 손금불산입 대상에서 제외한다고 규정하고 있으나, 이는 금융기관이 사업용 고정자산을 매입・제작・건설함에 있어서 당시 그 금융기관에 차입금이 있는 경우 그 차입금이 고정자산 건설에 소요된지의 여부가 불분명한 때에는 그 차입금이 건설자금에 소요되지 아니한 것으로 보아 일반법인과는 달리 그 차입금에 대한 지급이자를 소득계산상 손금불산입 대상에서 제외한다는 취지이므로 당해 법인의 차입금이 당해 부동산의 취득과 직접 관련이 있는 지의 여부를 가리지 않고 그 차입금의 지급이자의 일정비율을 손금에 산입하지 아니하는 법인세법 제18조의3 규정 등의 취지와는 그 성격을 달리하는 것이고,

여섯 번째 주장에 대하여 보건대, 위 법인세법 시행규칙 제18조 제3항은 같은법 시행령 제43조의2 제5항에 규정한 당해 부동산으로부터 발생한 수입금액등을 감안하여 재무부령이 정하는 부동산 을 근거로 위임을 받아 수입금액의 기준을 정한 것으로서 위임의 한계를 벗어났다고는 볼 수 없으며, 그리고 지방세법과 법인세법은 관련세목이 다르고 그 법의 과세목적이 지방세법의 규정에 따라 비업무용부동산 인지의 여부를 판정할 수 없다 할 것이고,

일곱 번째 주장에 대하여 보건대, 원고 은행들이 보유부동산중 일부를 임대하게 된 것은 관련당국의 지시나 권유에 따라 부득이 임대하게 된 것이고 그 임대료도 낮게 책정할 수밖에 없었던 것이라는 원고 은행들의 위 주장에 대하여는 이를 인정할 증거가 없고, 가사 그러한 지시나 권유가 있었다고 하더라도 그 지시나 권유에 구속력이 있다고는 볼 수 없다 할 것이고,

여덟 번째 주장에 대하여 보건대, 법인세법 시행령(1990. 12. 31. 대통령령 제13195호로 개정되기 전의 것) 제2항 후단에서 법 제18조의3 제1항 제3호의 자산은 취득가액이나 당해 사업년도 종료일 현재의 장부가액 또는 재무부령이 정하는 기준시가중 많은 금액으로 한다고 규정하고, 같은 법 시행규칙(1990. 10. 22. 재무부령 제1844호로 개정되기 전의 것) 제18조 제1항에서 재무부령이 정하는 기준시가라 함은 건축물의 경우는 소득세법 시행령 제115조의 규정에 의한 기준시가를 말하고, 토지의 경우에는 지가공시및토지등의평가에관한법률 제10조의 규정에 의하여 공시지가를 기준으로 산정한 개별필지의 지가를 말한다고 규정하고, 위 시행규칙 부칙 제2조에서 규칙 시행후 최초로 종료하는 사업년도부터 적용한다고 규정하고 있으므로, 피고들이 각 그 소관 원고 은행들의 비업무용부동산의 가액에 관하여 당해 사업년도 종료일 현재의 기준시가 및 개별필지의 공시지가로 평가한 것은 위 시행규칙 부칙에 의한 것이고 법인세의 납세의무는 사업년도 종료일에 성립하고 위 시행규칙 제18조 제1항 제2호는 1990. 12. 31. 현재 적법히 공포시행되고 있었으므로 소급과세금지원칙에 위배되지 아니하고,

아홉번째의 주장에 대하여 보건대, 비업무용부동산을 업무무관자산으로 보아 그 부동산의 관련 유지・관리비용을 손금에 산입하지 아니하기로 한 것은 입법정책에 관한 것이고 법인세법 시행규칙 제11조 제1항을 1990. 4. 4. 개정하여 같은 법 시행규칙 제18조 제3항 제1호 내지 제11호에 규정한 비업무용부동산을 업무무관 자산으로 보도록 규정한 것은 같은 법 시행령 제30조 제1항의 위임의 한계를 벗어난 것이라고 볼 수 없다 할 것이므로 위 시행규칙 제8조 제3항 제11호 소정의 비업무용부동산을 업무무관자산으로 보아 그 유지관리비를 손금불산입한 것은 명문의 규정에 따른 것이라 할 것이다.

따라서 피고들이 각 그 소관 원고 은행들에 대하여 그 은행들이 보유한 부동산의 1년간의 임대료수입금액이 당해 부동산가액의 일정비율에 미달한다는 이유로 그 해당 부동산을 비업무용부동산으로 보아 원고 은행들의 차입금에 대한 지급이자중 별지 1,2, 기재 손금부인지급이자란과 같은 금액과 별지 1,2 기재 유지・관리비란과 같은 금액을 업무무관자산의 유지비용으로 보아 소득계산상 손금에 산입하지 아니하고 한 위 각 부과처분은 적법하다 할 것이고, 위 각 부과처분이 위법하다는 전제아래 그 취소를 구하는 원고 은행들의 위 각 주장은 이유없다 할 것이다.

나. 원고 A은행의 1986사업년도에 대한 이 사건 부과처분에 관한 판단 피고 가 세무서장은 위 처분사유와 적용법조를 들어 원고 A은행에 대한 1986사업년도 업무무관부동산 취득와 관련된 이 사건 처분이 적법하다고 주장함에 대하여,

원고 A은행은 위 피고가 법인세법 제16조 제7호, 같은 법 시행령 제30조 제3호, 같은 법 시행규칙 제11조 제3호, 국세청 법인세 기본통칙 2-9-8…16 제3항에 의하여 원고 A은행의 1986사업년도의 차입금이 비업무용부동산을 취득하기 위하여 소요된 것인지 여부가 불분명하다는 것을 근거로 별지 2기재 순번 1과 같이 위 처분을 하였으나, 위 처분의 근거가 된 위 시행규칙이나 기본통칙의 규정은 법인세법이나 시행령으로부터 위임을 받은 바 없는 것을 규정한 것으로서 결국 위 근거없는 규정에 따른 위 처분은 위법하다고 주장하고 있다.

그러므로 살피건대, 법인세법 제16조 제7호와 같은 법 시행령 제30조 제3호(1989. 12. 30. 대통령령 제12878호로 개정되기 전의 것)에 의하면 손금부인되는 차입금에 대한 지급이자는 법인이 그 업무와 관련이 없는 자산을 취득하기 위하여 차입한 금액에 대한 지급이자 로 규정하고 그 업무와 관련이 없는 자산의 범위에 대하여는 시행규칙등 다른 하위 법령에 위임하여 놓은 바가 없으며, 다만 위 시행령 제30조 제4호에 의하면 제1호 내지 제3호의 업무에 관련이 없는 지출금에 준하는 지출금을 재무부령으로 정하도록 위임하였고 그 위임을 받은 같은 법 시행 규칙 제11조 제3항(1990. 4. 4. 재무부령 제1818호로 개정되기 전의 것)에 의하여 법인이 그 업무와 관련이 없는 자산을 취득하기 위한 자금의 차입에 관련되는 비용만을 손금부인하도록 규정하고 있으므로 1986사업년도에 있어서는 손금산입 대상에 제외되는 지급이자라는 것은 업무에 관련이 없는 자산을 취득하기 위한 차입금에 대한 지급이자를 말한다 할 것인 바, 원고 A은행의 1986사업년도의 이 사건 차입금이 그 업무에 관련이 없는 자산을 취득하기 위하여 사용된 것이라는 점에 대하여 이를 인정할 증거가 없고, 가사 위 피고가 국세청 기본통칙 2-9-8…16의 업무와 관련이 없는 자산이라 함은 법인세법 시행규칙 제18조 제3항 내지 제5항의 규정에 의하여 비업무용부동산으로 판정된 부동산을 말한다 라는 규정에 따라 원고 A은행에 대하여 위 부과처분을 하였다 하더라도 위 통칙규정은 행정청 내부의 사무처리상의 지침에 불과한 것으로서 일반 국민에 대하여 구속력이 없을뿐 아니라 위 법인세법이나 같은 법 시행령의 규정에 반하여 그 효력이 없다 할 것이므로 위 원고에 대한 위 부과처분은 위법하다 할 것이다.

3. 결론

그렇다면, 피고들의 이 사건 과세처분이 위법하다 하여 그 취소를 구하는 원고들의 이 사건 청구 가운데 원고 A은행의 피고 가 세무서장에 대한 청구중 1986사업년도 법인세 금 89,954,210원 및 동 방위세 금 16,201,290원의 부과처분의 취소를 구하는 청구는 이유있어 이를 인용하고, 위 원고의 위 피고에 대한 나머지 청구 및 원고 B은행, C은행, D은행, E은행, F은행, G은행의 각 해당 피고들에 대한 청구는 이유없으므로 이를 각 기각하기로 한다.

1993. 3. 31.

심급 사건

참조조문

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