구 조세특례제한법 시행령 제66조

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

가. 검단도시계획결정과 토지구획정리사업 등

(1) 인천광역시장은 폐지된 구 도시계획법령에 의하여 1995.11.17. 인천광역시 고시 제1995-218호로 검단도시계획결정을 고시하였는데, 이에 의하면 인천 ○구의 ○곡, ○○동 일원 283,050㎡, ○전, ○○동 일원 637,630㎡ 및 ○○동 일원 63,020㎡가 각 검단 1, 2, 3지구로서 토지구획정리사업이 실시될 도시계획지구로 결정되었다.

(2) 인천광역시장은 다시 구 도시계획법령에 의하여 1998.6.12. 인천광역시 고시 제1998-118호로 검단지역도시계획결정(변경)을 고시하였는데, 이에 의하여 위 검단 3지구가 폐지되고, 새로이 ○전지구(623,000㎡), ○류지구(697,000㎡), ○로지구(387,000㎡), ○하지구(815,000㎡), ○당지구(951,000㎡)에 관한 토지구획정리사업지구가 도시계획지구로 신설되었다.

(3) 인천광역시장은 구 토지구획정리사업법령 규정에 의한 건설교통부장관의 위임에 따라, 2000.3.31. 인천광역시 공고 제2000-104호로 검단 1지구에 대하여, 제2000-105호로 검단 2지구에 대하여 2001.1.29. 인천광역시 공고 제2001-49호로 ○하, ○당, ○로, ○전지구에 대하여 각 토지구획정리사업 시행인가를 하였는데, 위 각 지구별 토지구획정리사업의 구체적인 내용은 다음과 같다.

(4) 그런데 1993.12.31. 도시계획법에 따라 검단지역에 대하여 도시계획이 결정 되었고, 아래에서 살펴 볼 이 사건 토지가 속해 있는 ○로지구에 대하여는 1998.6.12. 토지구획정리사업지구로 결정되어 도시계획법에 의한 주거지역에 편입되었으며, 2002.10.16. ○로지구에 대한 환지계획인가 및 환지예정지 지정공고가 이루어졌다.

나. 이 사건 토지의 양도 등과 양도소득세 부과처분의 경위

(1) 원고는 2002.11.13. 인천 ○구 ○○동 410-○ 답 227㎡, 410-○○답 423㎡. 456-○ 전 555㎡, 458-○ 전 962㎡, 462-○ 전 134㎡(권리면적 합계 962.98㎡, 이하 이 사건 토지라 한다)와 같은 동 458-○ 대165㎡(권리면적 합계 962.98㎡, 이하 이 사건 토지라 한다)와 같은 동 458-○ 대 165㎡(권리면적 95㎡)를 주식회사 ○○건영에 양도한 다음 2003.3.12. 이 사건 토지가 대 165㎡(권리면적 95㎡)를 주식회사 ○○건영에게 양도한 다음 2003.3.12. 이 사건 토지가 8년 이상 자경한 농지임을 이유로 조세특례제한법이 정한 양도소득세 감면대상임을 이유로 피고에게 이 사건 토지에 관한 양도소득세 감면을 신청하였다.

(2) 이에 피고는 2007.9.6. 원고에 대하여, 이 사건 토지는 1998.6.12. 주거지역에 편입된 후 3년 이상 지난 시점인 2002.11.13. 양도되어 8년 이상 자경농지에 대한 양도소득세 감면대상이 아니며, 또한 이 사건 토지는 환지예정지로 개별공시지가가 없는 토지에 해당하므로 종전토지의 개별공시지가가 아닌 감정평가법인의 감정가액을 양도가액으로 하여 2002년 귀속 양도소득세 87,450,310원을 부과･고지(이하 이 사건 처분이라 한다)하는 이 사건 처분을 하였다.

(3) 원고는 이에 불복하여 2007.10.16. 이의신청을 하였으나, 2007.11.16. 기각되었고, 2008.3.3. 조세심판원에 조세심판청구를 하였으나, 2008.6.23. 기각되었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 1 내지 12호증, 을 1 내지 7호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

이 사건 토지는 토지구획정리사업법의 환지처분 대상 농지로 조세제한특례법 제69조의 환지처분 대상농지에 해당하고, 같은 법 시행령 제66조 "환지처분이전에 농지 외의 토지로 환지예정지를 지정한 경우에는 그 환지예정지 지정일로부터 3년이 지난 농지"의 3년이 지나지 아니한 농지에 해당하므로 피고가 양도소득세 감면을 부인하여 이 사건 처분을 한 것은 위법하다.

또한 이 사건 토지의 과세표준액을 환지예정지가 지정된 다음에 새로이 설정된 감정등급에 의하지 아니하고 감정평가인의 평가에 따라 273,342,497원으로 정하여 양도소득세를 산정한 것도 위법하므로 취소되어야 한다고 주장한다.

나. 관계법령

구 조세특례제한법 제69조

구 조세특례제한법 시행령 제66조

다. 판단

(1) 양도소득세 감면대상이라는 주장에 대한 판단

구 조세특례제한법(2003.12.30. 법률 제7003호로 개정되기 전의 것) 제69조 제1항 및 같은 법 시행령(2003.12.30. 대통령령 제18207호로 개정되기 전의 것) 제66조 제3항 제1호 단서의 각 규정에 의하면, 농지를 취득한 때로부터 양도할 때까지의 사이에 8년 이상 자기가 경작한 사실이 있는 경우에는 양도소득세를 감면하나, 8년 이상 경작한 자경농지인 경우에는 '양도일 현재 특별시･광역시 또는 시에 있는 농지 중 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 의한 주거지역 등에 있는 농지로서 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지는 양도소득세 감면대상에서 제외하고 있으며 다만, 사업시행면적이 재정경제부령이 정하는 규모 (100만㎡) 이상인 지역 등 대규모 개발사업지역(사업인정고시일이 동일한 하나의 사업시행지역을 말한다) 안에서 개발사업의 시행으로 인하여 주거지역 등에 편입된 농지로서 사업시행자의 단계적 사업시행 또는 보상지연으로 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지는 양도소득세 감면대상이 되는 것으로 규정하고 있다.

이 사건에서 보건대, 앞서 본 바에 의하면, 이 사건 토지는 양도일 현재 광역시에 있으면서, 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 의한 주거지역 안에 농지로서 주거지역에 편입된 날로부터 3년이 지난 사실, 대규모 개발사업지역과 관련한 예외적 감면 대상이 되는 농지는 ① 사업시행면적이 재정경제부령이 정하는 규모(100만㎡) 이상 등인 대규모 개발사업지역(사업인정고시일이 동일한 하나의 사업시행지역을 말한다)안에 소재하여야 하고, ② 사업시행자의 단계적 사업시행 또는 보상지연으로 인하여 편입된 날부터 3년이 지나야 한다는 요건을 충족하여야 하는데, 위 7개 지구 토지구획 정리사업이 동일한 하나의 사업시행지역이라고 볼 수 없고 사업지구별로 별개의 사업 시행지역이라 할 것인바, 이 사건 토지가 속해 있는 ○로지구는 그 사업시행면적이 385.197㎡에 불과하여 시행규칙에서 정한 100㎡에 미치지 못하는 사실을 인정할 수 있고 반증이 없으므로 이 사건 토지는 대규모 개발사업지역과 관련한 예외적 감면규정 적용대상인 농지라고 보기 어렵다 할 것이다.

따라서 이 사건 토지는 원고가 취득한 때로부터 양도할 때까지 사이에 8년 이상 자기가 경작한 사실이 있다고 하더라도, 양도소득세 감면 대상 놓지가 아니라 할 것이므로 이와 다른 전제에서 본 원고의 주장은 이유 없다.

원고는 이 사건 토지는 구 조세특례제한법 시행령 제66조 제3항 제2호에서 정한 '환지처분이전에 농지외의 토지로 환지예정지를 지정하는 경우에는 그 환지예정지지정일부터 3년이 지난 농지'에 해당하지 아니하므로 감면대상에 해당한다고 주장하나, 구 조세특례제한법 시행령 제69조 제3항은 '법 제69조제1항 본문에서 "대통령령이 정하는 토지"라 함은 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년(농업기반공사및농지관리기금법에 의한 농업기반공사 또는 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도하는 경우에는 5년)이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지로서 다음 각호의 1에 해당하는 것을 제외한 것을 말한다'라고 규정하고 있어 같은 항 1, 2호에 모두 해당하지 아니할 경우 감면 대상에 해당함을 알 수 있어 제2호에 해당하지 아니하여 감면대상에 해당한다는 원고의 주장은 자의적 주장에 해당하여 받아들이지 아니한다.

(2) 과세표준의 산정이 위법하다는 주장에 관한 판단

어떤 토지에 대하여 환지예정지가 지정된 상태에서 그 토지를 매매의 목적물로 삼을 때에는 일반적으로 종전 토지의 위치와 평수는 고려의 대상이 되지 아니하고 환지예정지의 위치와 평수와 의하여 그 매매가격이 결정되는 것이 보통인 만큼 양도차익산출을 위하여 그 취득 또는 양도시의 기준시가를 평가함에 있어서도 종전 토지를 기준으로 할 것이 아니라 환지예정지를 기준으로 하여야 하는데, 앞서 본 바와 같이 이 사건 토지의 양도 당시 이 사건 환지예정지들의 개별공시지가는 결정･고시되지 아니하였던 이상, 피고가 이 사건 환지예정지들에 대한 감정평가기관의 감정가액을 참작하여 기준시가를 산정한 것은 관계 법령에 비추어 적법하므로, 원고의 위 주장은 이유 없다.

(3) 소결

따라서 원고의 주장은 모두 이유 없다.

3. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.