1. 이 사건 소 중 2009년 귀속 양도소득세 경정청구 거부처분 취소청구 부분을 각하한다.

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1. 처분의 경위

가. 원고는 비상장법인인 주식회사 B(상호가 ‘주식회사 C’로 변경되었고, 이하 ‘이 사건 회사’라 한다) 발행주식 261,000주를 보유하고 있었는데, 2009. 7. 21. 주식회사 D에 대하여 이 사건 회사 주식 261,000주 중 171,000주(이하 ‘이 사건 제1주식’이라 한다)를 412억 원에 양도한 후 2009. 11. 27. 구 소득세법(2014. 1. 1. 법률 제12169호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘소득세법’이라 한다) 제104조 제1항 제11호 나목에 따라 양도소득세율 100분의 10을 적용하여 2009년 귀속 양도소득세 3,534,565,500원을 신고ㆍ납부하였다.

나. 원고는 2012. 8. 24. 주식회사 E에 대하여 이 사건 회사 주식 중 나머지 9,000주(이하 ‘이 사건 제2주식’이라 하고, 이 사건 제1주식과 이 사건 제2주식을 합하여 ‘이 사건 각 주식’이라 한다)를 162억 900만 원에 양도한 후 2012. 11. 30. 소득세법 제104조 제1항 제11호 나목에 따라 양도소득세율 100분의 10을 적용하여 2012년 귀속 양도소득세 1,522,545,500원을 신고ㆍ납부하였다.

다. 피고는 2014. 4. 1. 원고에 대하여 이 사건 제2주식 양도일인 2012. 8. 24. 현재 이 사건 회사가 중소기업에 해당하지 않는다고 보아 소득세법 제104조 제1항 제11호 다목에 따라 양도소득세율 100분의 20을 적용하여 2012년 귀속 양도소득세 1,687,437,170원(가산세 포함)을 경정ㆍ고지하였다

(이하 ‘이 사건 양도소득세 부과처분’이라 한다). 라.

원고는 이 사건 양도소득세 부과처분에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나 기각되었고, 이 법원에 그 처분의 취소를 구하는 소(2014구합75193호, 이하 ‘이 사건 선행 소송’이라 한다)를 제기하였으나 2015. 8. 27. 기각되었으며(이하 ‘이 사건 선행 판결’이라 한다), 서울고등법원(2015누57224호)에서 2016. 4. 29....