1. 피고가 2012. 8. 1. 원고에 대하여 한 2009년 귀속 양도소득세 682,185,540원 가산세 301,942,077원...

1. 처분의 경위

가. 원고는 주식회사 B(이하 ‘B’라 한다), C 주식회사, D 주식회사 등을 계열사로 하는 기업집단인 E그룹의 회장으로, 1983. 10. 27. 설립된 주식회사 F(이하 ‘F’이라 한다)이 발행한 주식 전부를 G 등 3인의 명의로 소유하고 있었다.

나. 원고는 2009. 6. 1. G 명의로 보유하고 있던 F의 주식 40,300주(이하 ‘이 사건 주식’이라 한다)를 누나인 H에게 1주당 35,000원에 양도하고, 구 소득세법(2009. 12. 31. 법률 제9897호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘소득세법’이라 한다) 제104조 제1항 제4호 나목이 정한 중소기업 주식에 대한 양도소득세율 100분의 10을 적용하여 양도소득세를 신고납부하였다.

다. 그에 앞서 원고는 2008년 2월 및 2009년 2월 공정거래위원회로부터 독점규제 및 공정거래에 관한 법률(이하 ‘독점규제법’이라 한다)에 따라 상호출자제한기업집단의 지정을 위한 자료의 제출을 요구받았으나, 정당한 이유 없이 F 등에 관한 내용이 누락된 자료를 제출하였다. 라.

B는 2011. 3. 18. 공정거래위원회에 F이 E그룹의 계열사로 편입되었음을 신고하였고, 공정거래위원회는 같은 해

4. 5. F에 대하여 독점규제법 제14조의3, 같은 법 시행령 제21조 제5항에 따라 설립일인 1983. 10. 27.에 소급하여 상호출자제한기업집단인 E그룹에 편입되었음을 통보하였다.

마. 서울지방국세청장은 2012. 4. 3.부터 같은 해

6. 1.까지 F에 대한 주식변동 조사를 실시한 결과 원고가 이 사건 주식을 특수관계자인 H에게 저가로 양도하였다고 보고 이를 피고에게 통보하였다.

바. 이에 피고는 소득세법 제101조 제1항 및 같은 법 시행령 제167조에 따라 이 사건 주식의 양도가액을 다시 산정하면서 F이 E그룹의 계열사로서 중소기업에 해당하지 않는다고 보아 소득세법 제104조...