1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 2006. 5. 12. 주권비상장 중소기업인 주식회사 B(이하 ‘이 사건 회사’라고 한다)가 발행한 주식 23만 주(총발행 주식 120만 주 중 약 19.17%, 이하 ‘이 사건 주식’이라고 한다)를 취득하였다가 2016. 5. 11. 이 사건 회사에게 위 주식을 50억 원에 양도하고, 2016. 8. 30. 피고에게 ‘대주주가 양도하는 중소기업의 주식에 해당한다’고 보아 20%의 세율을 적용하여 2016년 귀속 양도소득세 971,500,000원을 신고ㆍ납부하였다.

나. 그후 원고는 2017. 11. 21. 피고에게 이 사건 회사가 비상장법인이고 중소기업기본법에 따른 중소기업에 해당하므로 대주주가 양도하는 중소기업 주식이라도 하더라도 이 사건 주식은 비상장주식에 해당하기 때문에 양도소득세 세율 10%를 적용해야 한다는 이유로 양도소득세 485,750,000원을 감액하여 달라는 취지의 경정청구를 하였다.

다. 이에 피고는 2018.1.12. 비상장 중소기업의 대주주가 양도한 주식에 대하여도 구 소득세법(2016. 12. 20. 법률 제14389호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제104조 제1항 제11호 다목에서 정한 20%의 세율이 적용된다는 이유로 원고에 대하여 양도소득세 경정거부처분(이하 ‘이 사건 처분’이라고 한다)을 하였다. 라.

원고는 2018. 2. 26. 이 사건 처분에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나 2018. 5. 24. 심판청구 기각결정이 내려졌다.

【인정근거】다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 3호증, 을 제1호증의 1, 2의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 각 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장 구 소득세법 제104조 제1항 제11호 나목에서 "중소기업의 주식등(대주주가 아닌 자가 양도하는 경우로 한정한다) 양도소득 과세표준의 100분의 10"이라고 규정하고 있고, 위 규정 중 ‘대주주’의...