조심2011서5044 (2012.02.17)

지상건물을 철거한 경우 철거일부터 양도일까지는 비사업용 토지의 소유기간에서 제외됨

제1토지를 2005.10.6. 취득한 후 2006.10.말경 그 지상건물을 철거하였으므로, 철거일인 2006.10.말경부터 양도일인 2008.1.4.까지 비사업용 토지의 소유기간에서 제외되므로 비사업용 토지의 소유기간을 산정하면 비사업용 토지에서 제외되며, 제2토지는 소유기간이 3년 이상이고 5년 미만이나 '양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간'이라는 비사업용 토지 소유기간을 충족하지 못함

2012구합10154 법인세등부과처분취소

주식회사 XX

삼성세무서장

2012. 9. 28.

2012. 10. 12.

1. 피고가 2011. 10. 4. 원고에 대하여 한 2008 사업연도 법인세 000원(가산세 포함)의 부과처분 중 000원을 초과하는 부분을 취소한다.

2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

3. 소송비용 중 1/20은 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

피고가 2011. 10. 4. 원고에 대하여 한 2008 사업연도 법인세 000원(가산세 포함)의 부과처분을 취소한다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 다음과 같이 2003. 3. 3.부터 2005. 10. 6.까지 성남시 중원구 XX동 XX시장 일대 14필지(이하, 순번 1, 2 토지를 '제1 토지', 순번 3 내지 10 토지를 '제2 토지', 순번 11 내지 14 토지를 '제3 토지'라 하고, 제1, 2, 3 토지를 합쳐 '이 사건 각 토지'라 한다) 합계 2,490.50㎡ 및 그 지상건물을 취득하였다. 그 후 원고는 2008. 1. 4. 주식회사 OO에 000원에 일괄양도하고, 양도차익 000원(=양도가액 000원 - 취득가액 000원)을 각 사업연도 소득에 합산하여 2009. 3. 31. 2008 사업연도 법인세를 신고 • 납부하였다.

(다음 내용 생략)

나. 감사원은 중부지방국세청에 대한 감사를 실시하고, 피고에게 "성남시장이 2002. 1. 10. XX시장 현대화사업 사업시행자를 공고함으로써 XX시장 일대에 사실상 개발 행위가 제한되었고, 그 후 원고가 제1, 2 토지를 취득하였으므로, 제1, 2 토지는 비사업용 토지의 예외사유인 법인세법 시행령(2009. 2. 4. 대통령령 제21302호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제92조의11 제1항 제1호 소정의 '토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지'에 해당하지 아니한다. 따라서 원고에 대하여 비사업용 토지인 제1, 2 토지 양도소득에 대한 법인세를 중과하여야 한다 는 이유로, 2008 사업 연도 법인세를 경정할 것을 통보하였다.

다. 이에 따라 피고는 2011. 10. 4. 원고에게 법인세법(2009. 5. 21. 법률 제9673호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제55조의2 제1항 제3호에 따라 제1, 2 토지 양도소득에 대한 법인세 000원(가산세 포함)을 부과 • 고지(이하 '이 사건 처분'이라 한다) 하였다{한편, 제3 토지는 지방세법(2010. 3. 31. 법률 제10221호로 개정되기 전의 것) 제182조 제1항 제2호의 규정에 의한 재산세 별도합산과세대상이 되는 토지이므로, 법인세법 제55조의2 제2항 제4호 나목에 따라 비사업용 토지에서 제외되어 양도소득에 대한 법인세 중과대상이 되지 아니한다}.

라. 원고는 2011. 11. 8. 심판청구를 제기하였는데, 2012. 2. 17. 조세심판원으로부터 기각결정을 받았다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 5호증(가지번호 포함), 을 제1호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

제1, 2 토지는 2002. 1. 10.자 XX시장 현대화사업 사업시행자 공고에 의하여 개발행위가 제한되었다고 볼 수 없고, 2005. 1. 17.자 건축허가제한 공고에 의하여 제한되었다. 따라서 건축허가제한 공고 이전에 취득한 제1, 2 토지는 법인세법 시행령 제92조의11 제1항 제1호 소정의 '토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지'에 해당하고, 공고 이후의 기간을 비사업용 토지의 소유기간에서 제외하면, 법인세법 시행령 제92조의3에 따른 비사업용 토지의 소유기간 요건을 충족하지 못하므로, 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관계법령

별지 관계법령 기재와 같다.

다. 인정사실

(1) XX시장 현대화사업 진행 경과

(가) 성남시장은 2002. 1. 10. 다음과 같이 성남시 공고 제2002-11호로 성남시 중원구 XX동 소재 XX시장 일대에 환승주차장을 건립하고, XX시장을 현대화하는 내용의 'XX시장 현대화사업' 사업시행자 공모를 하였다.

(나) 성남시장은 2002. 3. 15. 위 공모에 참가한 사업자 중 주식회사 YY(이하 'YY'이라 한다)을 우선협상대상자로 선정하고, 2002. 3. 30. 다음과 같이 YY과 XX 시장 현대화사업 협약(이하 '이 사건 협약'이라 한다)을 체결하였다.

(다) YY은 이 사건 협약에 따라 토지매입 작업을 수행하였으나, 협약서 제1조 제2항에 따른 토지매입 요건을 충족하지 못하여 2004. 9. 30. 사업시행자 지위를 상실 하였다.

(라) 한편, 서울지방국세청장은 이 사건 소송 중인 2012. 8. 17. YY에 이 사건 협약의 성격에 관하여 문의하였는데, YY은 2012. 8. 22. 다음과 같은 내용으로 답변 하였다.

(2) 건축허가 제한공고 등

"(가) 이 사건 협약에 따른 XX시장 현대화사업이 무산되자, 성남시장은 XX시장 일대의 계획적이고 체계적인 도시개발을 도모하기 위하여 2005. 1. 17. 성남시 공고 제2005-51호로 제한기간2005. 1. 17.부터 2006. 1. 16.까지(1년)', 제한면적 '성남시 중원구 XX동 2001 외 221필지 합계 32,939.80㎡, 제한근거 '건축법(2008. 2. 29. 법률 제8852호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제12조 제2항'으로 각 정하여 건축허가제한 공고를 하였다. 또 성남시장은 위 건축허가 제한기간이 만료될 무렵인 2006. 1. 12. 성남시 공고 제2006-52호로 건축법 제12조 제3항에 따라 건축허가 제한기간을 '2005. 1. 17.부터 2007. 1. 16.까지(2년)'으로 연장하는 건축허가제한 연장공고를 하였다.", "(나) 성남시장은 2005. 10. 27. 성남시 공고 제2005-672호로 도시개발구역 '성남시 중원구 XX동 2067 일대 32,939.80㎡', 사업목적 'XX시장 정비 • 현대화계획 수립 및 재난위험요소 제거', 시행기간 '도시개발구역지정일부터 2011년까지'로 각 정하여 도시개발법(2009. 12. 29. 법률 제9962호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제7조 제1항, 동 시행령(2008. 2. 29. 대통령령 제20722호로 개정되기 전의 것) 제9조의2 제1항에 따라 'XX시장 도시개발구역지정 및 개발계획수립(안)에 대한 주민 또는 관계전문가의 의견 청취를 위한 공고를 하였다. 또 성남시장은 2008. 1. 23. 성남시 공고 제2008-93 호로 도시개발구역을성남시 중원구 XX동 2067 일대 24,270.29㎡'로 축소하여 'XX 시장 도시개발구역지정 및 개발계획수립(안)'에 대한 주민 또는 관계전문가의 의견 청취를 위한 공고를 하고, 2008. 3. 7. 경기도 도시계획위원회 심의를 거쳐 2008. 5. 1. 성남시 고시 제2008-59호로 도시개발법 제3조, 제4조에 따라 '성남시 중원구 XX동 2067 일대 24,270.29㎡를 도시개발구역으로 지정하고 개발계획을 고시하였다.",(다) 한편, 이 법원이 성남시장에 이 사건 각 토지에 관한 건축제한 여부에 관하여 사실조회 하였는데, 성남시장은 다음과 같은 내용으로 답변하였다.

(3) 이 사건 각 토지 취득 및 지상건물 철거내역

(가) 원고는 2002. 12. 18. 성남시 중원구 XX동 소재 XX시장 부지 일대에 주상복합건물을 신축하여 분양할 목적으로 이 사건 각 토지의 일부 소유자인 소병석 등과 토지개발약정을 체결하고. 2003. 3. 3.부터 2005. 10. 6.까지 이 사건 각 토지를 취득하였다.

(나) 원고는 주식회사 AA종합건축사무소와 다음과 같은 내용의 설계용역계약을 체결하였다.

(다) 한편, 원고는 다음과 같이 지상건물 중 일부를 철거하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 39호증(가지번호 포함), 을 제2 내지 5호증(가지번호 포함)의 각 기재, 이 법원의 성남시장에 대한 각 사실조회결과, 변론 전체의 취지

라. 판단

(1) 법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 기간

"(가) 법인세법 제55조의2 제1항 제3호, 제3항은 법인의 비사업용 토지를 양도한 경우 토지 등의 양도소득에 100분의 30(미등기 토지 등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액을 부과하도록 하면서, 다만 "토지의 취득 후 법령의 규정으로 인한 사용의 금지 그 밖에 대통령령이 정하는 부득이한 사유가 있어 비사업용 토지에 해당하는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 비사업용 토지로 보지 아니할 수 있다"고 규정하고, 동 시행령 제92조의11 제1항 제1호는 토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지의 경우 사용이 금지 또는 제한된 기간 동안 비사업용 토지로 보지 않도록 규정하고 있다. 여기서 '법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지'라 함은 법령의 규정 그 자체에 의하여 직접 토지의 사용이 금지되거나 제한된 것은 물론이고, 행정청이 법령에 규정된 사용의 금지 및 제한에 관한 권한 또는 행정조직법에 의하여 부여된 일반적인 권한에 근거하여 그 행정작용의 일환으로 건축허가 등 토지 이용에 관한 각종 인허가를 일체 하여주지 않고 있기 때문에 토지의 사용이 금지되거나 제한된 경우도 포함한다(대법원 1994. 1. 25. 선고 93누2995 판결, 대법원 1997. 7. 11. 선고 96누2651 판결 등 참조).", "(나) 돌이켜 이 사건을 보건대, ① XX시장 현대화사업 공고; ㉮ 성남시장은 XX시장 현대화사업 공고를 하고 YY을 사업시행자로 선정하여 이 사건 협약을 체결하였으나, 공고나 협약 어디에도 XX시장 일대에 건축허가 등을 제한하는 내용을 찾아 볼 수 없는 점, ㉯ 이 사건 협약에 의하면, 성남시장에게 XX시장 현대화사업을 원활히 추진할 수 있도록 협조의무만을 규정하고 있을 뿐이고(제3조), YY은 XX시장 일대 사유지 매입 요건 등을 충족하는 경우에 한하여 사업시행자의 지위를 유지하고, 관계법령에 의한 각종 허가 • 영향평가 • 심의 등 절차를 독자적으로 이행하여야 하며, XX시장 현대화사업 시행과 관련하여 발생하는 민원사항도 YY의 책임 하에 처리하도 록 규정하고 있으므로(제1, 4조), YY이 성남시장으로부터 XX시장 일대의 배타적인 개발권한을 부여받았다고 볼 수 없는 점, ㉰ 성남시장은 "XX시장 현대화사업 공고 후 XX시장 일대에 도시개발계획수립을 위한 건축허가 제한을 한 적은 없다"고, YY도 "XX시장 현대화사업 추진과 사업시행자 지위 부여에 대한 법률적 근거가 명시되어 있지 않으므로, 이 사건 협약 자체만으로 건축법 제18조의 건축허가 제한이나 도시 및 주거환경정비법 제5조의 행위제한과 같은 제한의 근거가 될 수 없다"고 각 답변한 점, ㉱ 성남시장이 XX시장 현대화사업 공고 후 건축허가를 내 준 사례는 없으나, 이 기간 동안 건축허가 신청이 없었고, 성남시장이 건축허가를 거부할 법적 근거가 없는 점 등을 고려할 때, XX시장 현대화사업 공고 이후의 기간을 법령에 따라 사용이 금 지 또는 제한된 기간'이라고 볼 수 없다. 반면에 ② 건축허가제한 공고 및 연장공고; ㉮ 원고는 XX시장 일대에 주상복합아파트를 신축하여 분양할 목적으로 이 사건 각 토지를 취득한 다음 주식회사 AA종합건축사무소와 설계용역계약을 체결하는 등 건물 신축을 위한 준비작업을 진행하던 중 2005. 1. 17. 건축법 제12조 제2항에 따라 제한 기 간을 1년(2005. 1. 17.부터 2006. 1. 16.까지 )으로 한 건축허 가제 한 공고가, 2006. 1. 12. 건축법 제12조 제3항에 따라 제한기간을 2년(2005. 1. 17.부터 2007. 1. 16.까지)으로 한 건축허가제한 연장콩고가 각 이루어진 점, 생 건축법에 따른 건축허가제한은 제한구역에서의 건축허가를 전면적으로 제한하는 조치이므로, 건축허가제한 공고 및 연장공고에 의하여 건물신축이 불가능하게 되는 점 등을 고려할 때, 건축허가제한 공고 및 연장공고 이후의 기간은 '법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 기간'이라고 볼 수 있다.",(2) 제1 토지에 관하여

제1 토지는 취득일인 2005. 10. 6. 이전에 건축허가제한 공고가 있었으므로, 건축허가제한 공고에 의하여 '토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지'에 해당하지 아니한다. 다만, 법인세법 제92조의끄 제1항 제3호, 동 시행규칙 제46조의2 제1항 제9호는 "토지를 취득한 후 지상 건축물이 멸실 • 철거되거나 무너진 경우에는 당해 건축물이 멸실 • 철거되거나 무너진 날로부터 2년간 비사업용 토지의 소유 기간에서 제외된다"고 규정하고 있는바, 원고는 2005. 10. 6. 제1 토지를 취득한 후 2006. 10. 말경 그 지상건물을 철거하였으므로, 철거일인 2006. 10. 말경부터 양도일인 2008. 1. 4.까지 비사업용 토지의 소유기간에서 제외하여야 한다(비사업용 토지 소유기간에서 제외되는 기간은 철거 후 2년간이나, 그 이전에 양도하였으므로 양도일까지이다).

따라서 법인세법 제55조의2 제2항, 동 시행령 제92조의3에 따라 비사업용 토지의 소유기간을 산정하면, 제1 토지는 다음과 같이 그 요건을 모두 충족한다.

(3) 제2 토지에 관하여

제2 토지는 취득일인 2003. 6. 24.부터 2003. 10. 1.까지 이후에 건축허가제한 공고가 있었으므로, 제한기간 2년(2005. 1. 17.부터 2007. 1. 16.까지) 동안 법인세법 시행령 제92조의11 제1항 제1호 소정의 '법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지'에 해당한다. 위 기간을 비사업용 토지의 소유기간에서 제외하면, 소유기간이 3년 이상이고 5년 마만이나 '양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간'이라는 비사업용 토지 소유기간을 충족하지 못한다(법인세법 제55조의2 제1항 제3호, 제2항, 동 시행령 제92조의3 제2호 나목, 2005. 1. 5.부터 2008. 1. 4.까지인 3년에서 2005. 1. 17.부터 2007. 1. 16.까지 2년을 제외하면 소유기간은 1년이므로, 1년을 '초과'하지 아니한다).

(4) 취소의 범위

제2 토지를 제외하고, 제1 토지에 대하여만 2008 사업연도 양도소득에 대한 법인세의 세액을 산출하면 다음과 같이 000원이 된다. 따라서 이 사건 처분은 000원을 초과하는 범위 내에서 취소되어야 한다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있으므로 이를 인용하고, 나머지 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.