고정자산 평가의 익금산입액 범위

고정자산의 임의평가에 의하여 증액했다 하더라도 당해 자산의 장부가액은 그 평가하기 전의 가격으로 하는 것임

결정 내용은 붙임과 같습니다.

부산지방법원 1998. 11. 18. 선고 98구2195 판결

1. 처분의 경위

다음 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑1호증, 갑2호증의 1, 2, 갑3호증의 1 내지 8, 을1호증의 각 기재에 변론의 전취지를 종합하면 이를 인정할 수 있다.

가. 주택건설업, 부동산 매매 및 임대업을 목적으로 하는 법인인 원고는 1995. 1. 6.을 기준으로 그 소유의 부동산을 한국감정원의 감정가액으로 재평가한 다음, 고정자산의 장부가액을 재평가금액으로 수정하면서 고정자산평가이익 금7,442,629,771원을 손익계산서상 특별이익으로 계상하였다.

나. 원고는 재평가한 부동산 중 임대용 부동산인 부산 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 948의 1 소재 아파트(대지 17,110.91㎡, 건물 23,544.73㎡, 이하 이 사건 부동산이라 한다)를 1995. 1. 1.부터 같은 해 12. 31.까지의 사업연도 중에 금12,675,201,000원에 처분한 후, 1996. 3. 29.에 이르러, 다음과 같이 1995년도 법인세와 농어촌특별세의 과세표준 및 세액을 신고하고 이를 납부하였다.

(1) 고정자산의 임의평가차익을 익금에 산입하지 아니하는 구 법인세법(1994. 12. 22. 법률 제4804호로 개정되어 1998. 12. 28. 법률 제5581호로 개정되기 전의 것) 제15조 제1항 제5호의 규정에 따라 위 고정자산평가이익은 익금에 산입하지 아니하였다.

(2) 이 사건 부동산의 장부가액은 재평가금액으로 증액수정한 금12,571,785,443원(당초 장부가액 5,624,743,334원에다가 이 사건 부동산에 대한 평가차익 금6,947,042,109원을 합산함)이므로, 고정자산처분이익은 금103,415,557원(12,675,201,000원-12,571,785,443원)이 되고, 그 결과 1995년도의 법인세 과세표준은 금464,723,182원으로서 법인세액은 금127, 416,954원이 된다.

(3) 한편 구 조세감면규제법(1994. 12. 22. 법률 제4806호로 개정되어 1998. 12. 28. 법률 제5584호 조세특례제한법으로 전문개정되기 전의 것, 이하 '조세감면규제법'이라고만 한다) 제67조 제1항의 규정에 의하여 이 사건 부동산의 양도차익 금 4,030,854,160원(실지 양도가격 금 12,675,201,000원에 실지 취득가액 금 7,356,890,928원 및 양도소득특별공제액 금 1,287,455,910원을 뺀 금액)에 대한 특별부가세 금1,007,713,540원 전액이 면제되므로, 이를 과세표준으로 한 농어촌특별세액은 금201,542, 708원이다.

다. 이에 대하여 피고는, 위 법인세법의 개정 조항에 의하여 고정자산의 임의평가차익이 익금에 산입되지 않게 되었으므로, 이 사건 부동산의 장부가액 역시 임의평가차익을 합산하지 아니한 당초의 장부가액으로 보아야 한다는 이유로, 고정자산 처분이익으로 금6,947,042,109원을 추가계상하여 이를 익금산입한 다음, 이에 따라 1995년도 수시분 법인세액(가산세 포함)을 금2,799,791,880원으로, 농어촌특별세액(가산세 포함)을 금353,601,543원으로 각 증액경정하여, 원고가 당초 신고ㆍ납부한 세액과의 차액에 해당하는 청구취지 기재 세액을 부과하는 1997. 7. 1.자 이 사건 처분을 하였다.

2. 이 사건 처분의 적법여부

가. 당사자의 주장

피고가 이 사건 처분의 경위와 관계법령에 비추어 이 사건 처분은 적법하다고 주장함에 대하여, 원고는 다음과 같은 사유로 이 사건 처분은 위법하다고 주장한다.

(1) 구 법인세법 시행령(1998. 12. 31. 대통령령 제15970호로 전문개정되기 전의 것) 제12조 제2항 제1호는 "양도한 자산의 양도 당시의 장부가액"을 손비로 규정하고 있는바, 원고가 고정자산의 임의평가차익을 손익계산서상 특별이익으로 계상한 후 고정자산의 장부가액을 재평가금액으로 증액수정하였음에도, 피고가 아무런 법적 근거 없이 이 사건 부동산의 양도 당시의 장부가액을 증액수정하기 전의 장부가액으로 산정하여 양도차익을 산출한 것은 위법하다.

(2) 부동산의 양도차익에 대하여 개인의 경우는 양도소득세만 과세하지만, 법인의 경우는 법인세의 세율이 양도소득세에 비하여 낮다는 이유로 그 차이를 조정하기 위하여 법인세와는 별도로 특별부가세를 과세하고 있는바, 장기임대주택의 원활한 공급을 목적으로 하는 조세감면규제법 제67조 제1항이 개인의 경우는 양도소득세를 감면하고, 법인의 경우는 특별부가세만 감면하고 있는 결과 개인은 아무런 소득세부담이 없는 반면 법인은 특별부가세가 감면되는 부동산의 처분이익에 대한 법인세 부담을 안게 되는 것은, 동일한 거래내용과 관련하여 개인과 법인 사이에 현저한 조세 부담의 차이를 초래하는 것으로서, 이는 헌법 제10조 후문, 제11조, 제15조, 제23조, 제119조에 위반되는 조항이라 할 것이고, 따라서 장기임대주택의 양도차익에 관한 한 특별부가세 뿐만 아니라 그와 관련된 법인세도 마땅히 감면되어야 하는 점에서 이 사건 처분은 위법하다.

(3) 피고의 이 사건 법인세 및 농어촌특별세의 납세고지서 중 농어촌특별세 부분은 납부세액만 기재되어 있을 뿐, 과세표준액이나 세율 등 세액산출근거가 전혀 기재되어 있지 않고, 법인세 부분 역시 그 '과세표준란'에 법인세와 특별부가세의 과세표준액을 합산하여 기재한 결과 납세고지서에 기재된 세율 및 산출세액 자체가 맞지 않게 되었으며, '각종 공제세액'의 내역도 전혀 명시되어 있지 않는바, 이러한 하자 있는 납세고지서에 의한 이 사건 처분은 위법하다.

(4) 농어촌특별세법 제5조 제1항이 그 제1호에서 조세감면규제법 등에 의하여 감면된 세액의 100분의 20을 농어촌특별세로 과세하는 한편, 법인에 대하여는 그 제3호에서 법인세 과세표준 중 5억원을 초과하는 금액의 100분의 2를 다시 농어촌특별세로 과세하는 결과, 장기임대주택의 양도차익에 대하여 개인은 양도소득세를 감면받고 그 감면된 세액에 대해서만 농어촌특별세를 부담하는 반면, 법인은 특별부가세만 감면받고 그 감면된 세액에 대해서는 개인과 마찬가지로 농어촌특별세를 부담하게 되나, 이와는 별도로 법인세를 부담하는 외에 다시 장기임대주택의 양도차익으로 인하여 법인세 과세표준이 증가함에 따라 또 다른 농어촌특별세를 부담하게 되므로, 농어촌특별세법의 위 규정 역시 조세감면규제법 제67조 제1항에 대한 것과 같은 이유에서 헌법 제11조 제1항에 위반한다 할 것이고, 따라서 이에 근거한 이 사건 농어촌특별세 부과처분은 위법하다.

나. 이 사건 부동산의 양도 당시의 장부가액에 대한 판단

(1) 관계법령

별지 '구 법령 및 현행 법령' 기재와 같다

(2) 판단

(가) 이 사건과 같은 고정자산의 임의평가차익은 원래 익금에 산입되던 것이었으나, 이 사건 처분에 적용될 별지 ⑵항 구 법인세법(이하 '구 법'이라 한다) 제15조 제1항 제5호의 개정 규정으로 인하여 1995. 1. 1.부터 익금에 산입되지 않게 되었고, 별지 ⑹항 현행 법인세법(이하 '현행법'이라 한다) 제18조 제1호도 마찬가지로 규정하고 있는데, 손금에 해당하는 '자산의 양도 당시의 장부가액'에 대하여 현행법 제42조 제1항이 '자산을 재평가하여 장부가액을 증액하더라도 당해 자산의 장부가액은 그 평가하기 전의 가격으로 한다'는 명시적인 규정을 두고 있는 반면, 구 법에는 이 점에 대한 명시적인 규정이 없다.

(나) 그 결과, 기업에서 고정자산을 임의평가한 다음 기업회계기준에 따라 임의평가차익을 손익계산서상 특별이익으로 계상하면서 대차대조표상의 고정자산 가액을 증액수정한 경우, 위 임의평가차익의 특별이익은 구 법에 의하여 익금에 산입되지 않는 대신, 그 자산에 대한 기업회계기준에 의한 장부가액에는 임의평가차익이 반영됨으로써 결국 임의평가증액한 고정자산을 양도할 때의 양도차익이 부당하게 감소되는 결과가 발생할 수 있게 되었다.

(다) 이에 구 법은 이러한 기업회계와 세무회계 사이의 불합리를 조정하기 위하여 현행법 제42조와 같은 취지에서 별지 ⑶항 제17조 제3항의 규정을 신설하여 자산의 평가에 관하여 원칙적으로 기업회계기준에 의하되, 대통령령이 정하는 일정한 경우의 예외를 인정하고 있고, 이에 따라 별지 ⑹항 시행령 제37조의2 제1항은 기업회계기준이 적용되지 않는 예외적인 규정을 열거하면서 그 제4호에서 '시행령 제37조의3 등의 규정에 의하지 아니하고 자산을 평가하는 경우'를 들고 있는 바, 이 사건과 같은 고정자산의 임의평가는 위 시행령 제37조의3 등의 규정에 의한 평가가 아님이 분명하다.

(라) 그렇다면, 이 사건 법인세와 관련하여 고정자산의 임의평가에 대하여는 기업회계기준의 적용이 배제되므로, 원고가 임의평가차익을 반영하여 이 사건 부동산의 장부가액을 증액수정하였다 하더라도, 그 과세표준을 산출함에 있어서는 임의평가증액하기 전의 장부가액을 손금으로 계상하여야 할 것이고, 따라서 이러한 근거에 의하여 이 사건 법인세 과세표준을 산출한 피고의 처분은 적법하다 할 것이므로, 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

다. 조세감면규제법과 관련한 주장에 대한 판단

조세감면규제법 제67조 제1항은 새로운 종목의 조세를 창설하는 규정이 아니라, 다른 세법에 의하여 과세되는 양도소득세 및 특별부가세를 일정한 경우 감면하는 규정이므로, 이러한 경우에는 법 적용에 있어서 개인과 법인 사이에서 다소간의 불균형이 발생한다 하더라도 그 형평성을 논함에 있어서는 입법재량의 폭을 더 넓게 인정하여야 할 것인바, 원고가 주장하는 사정을 전부 감안한다 하더라도, 조세감면규제법 제67조 제1항이 입법자의 입법재량의 범위를 넘어 원고 주장의 헌법 규정에 위반될 정도로 개인과 법인 사이의 형평성을 현저히 저해하는 것으로는 판단되지 않으므로, 원고의 이 부분 주장은 받아들일 수 없다.

라. 납세고지 하자 여부에 대한 판단

(1) 앞에서 든 각 증거에 의하면 다음과 같은 사실을 인정할 수 있다.

(가) 피고는 원고 법인의 1995년도 법인세ㆍ특별부가세 및 농어촌특별세에 대하여 이 사건 증액경정처분에 앞서 법인세의 과세표준은 금7,411,765,291원으로서 세율 30%에 의한 산출세액과 가산세를 합하여 총 부담세액은 금2,799,791,880원이 되고, 여기에서 원고가 신고ㆍ납부한 법인세 금127,416,954원을 공제하면 차감고지세액은 금2,672,374,926원이 되며, 특별부가세의 과세표준은 금4,030,854,160원으로서 세율 25%에 의한 산출세액은 금1,007,713,540원이 되나 조세감면규제법 제67조 제1항의 규정에 의하여 이를 전액 면제하고, 농어촌특별세의 과세표준과 산출세액은 위 감면된 특별부가세 금1,007,713,540원과 법인세 과세표준 중 5억원을 초과하는 금6,911,765,291원(7,411,765,291원 - 500,000,000원) 두 가지인데, 위 특별세 감면부분에 대한 세율 20%에 의한 산출세액은 금201,542,708원이며, 위 법인세 과세표준 5억 초과부분에 대한 세율 2%에 의한 산출세액은 금138,235,305원으로서, 부담세액은 위 산출세액 합계 금339,778,013원에 가산세를 합한 금353,601,543원이 되고, 여기에서 원고가 신고ㆍ납부한 농어촌특별세 금201,542,708원을 공제하면 차감고지세액은 금152,058,835원이 된다고 결정하여 이 사건 부과처분을 하였다.

(나) 그런데 피고는 원고에게 발송한 이 사건 법인세 및 농어촌특별세의 납세고지서에 농어촌특별세에 대하여는 과세표준이나 세율 등의 세액산출근거를 전혀 기재하지 않고, 납부세액만 금152,058,835원으로 기재하였으며, 법인세에 대하여는 위 법인세 과세표준 금7,411,765,291원에다가 특별부가세 과세표준 금4,030,854,160원을 합한 금11,442,619, 451원을 과세표준으로 기재하면서 그 합산내역은 기재하지 않았고, 세율은 '30%'라고만 기재하였으며, 앞서 본 바와 같은 법인세 부담세액 금2,799,791,880원에다가 특별부가세의 산출세액 금1,007,713,540원을 합한 금3,219,243,127원을 산출세액으로 기재하면서 그 합산내역은 기재하지 않았고, 위 특별부가세 감면분 금1,007,713,540원과 원고가 신고ㆍ납부한 금127,416,954원을 합한 금1,135,130,494원을 각종 공제세액이라고 기재하면서 그 합산내역을 기재하지 않았으며, 납기내 고지세액을 금2,672,374,920원으로 기재하였다.

(2) 위 인정사실에 의하여 이 사건 법인세 및 농어촌특별세 납세고지의 하자 여부에 대하여 살피건대, 먼저 농어촌특별세 부분은 납세고지서에 납부세액만 기재하였을 뿐, 과세표준이나 세율 등을 전혀 기재하지 아니하였고, 이 사건의 경우에는 법인세 과세표준이나 산출세액만으로는 농어촌특별세액이 자동적으로 산출되지도 아니하여, 납세자로서는 그 세액산출 근거를 도저히 알아 볼 길이 없으므로, 이는 위법한 납세고지라 할 것이고, 다음으로 법인세 부분은 비록 피고가 과세표준ㆍ산출세액 및 공제세액의 구체적 산출근거를 명시하지는 않았으나, 원래 특별부가세는 당초부터 비과세 대상이 아니라 일단 과세대상이 되었다가 조세감면규제법 제67조 제1항의 규정에 의하여 비로소 감면되는 것에 불과한 점을 고려한다면, 피고가 특별부가세 과세표준액을 법인세 과세표준액과 합산하여 법인세 과세표준액으로 기재하고, 다시 각종 공제세액에 특별부가세 산출세액을 합산하면서 다만 그러한 취지를 명시하지 않은 것만 가지고서 납세고지에 하자가 있다고 할 수는 없다 할 것이다.

(3) 따라서 원고의 이 부분 주장은 농어촌특별세 부분에 한하여 이유 있고, 그 나머지는 이유 없다.

3. 결론

그렇다면, 이 사건 처분 중 법인세 부과처분은 적법하고, 농어촌특별세 금152,058,830원의 부과처분은 원고의 나머지 주장에 관하여 더 나아가 판단할 필요 없이 위법하여 취소되어야 할 것이므로, 원고의 이 사건 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 이를 인용하고, 그 나머지 청구는 이유 없어 이를 기각할 것인바, 원심판결은 이와 결론을 일부 달리하여 부당하므로 원고의 항소를 일부 받아들여 원심판결 중 위 인정 부분에 대한 원고 패소부분을 취소하고, 그 부분에 해당하는 이 사건 처분을 취소하며, 원고의 나머지 항소는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.