미등기된 건물의 취득가액 손금산입 여부

미등기된 건물에 대하여 원고명의로 소유권이전등기를 하지 아니하였으나, 이를 취득하여 양도하였음이 부동산매매계약서 등에 의하여 확인되므로 미등기된 건물의 취득가액을 손금산입하여 법인세 및 특별부가세를 계산하여 결정하여야 함

법인세법 시행령 제15조(익금의 범위)

1. 피고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 피고가 부담한다.

1. 청구취지

피고가 원고에 대하여, 2004. 6. 7.에 한 1999 사업연도 법인세 17,794,228원 및 특별부가세 16,682,089원의 각 과세처분(원고는 당심에 이르러 위 부분에 대한 청구취지를 감축하였다), 2003. 4. 1.에 한 2000 사업연도 법인세 1,802,573원 및 특별부가세 1,689,912원의 각 과세처분, 2004. 6. 7.에 한 2001 사업연도 근로소득세 35,800,000원의 징수처분을 각 취소한다.

2. 항소취지

제1심 판결중 피고 패소부분을 취소하고, 위 취소부분에 대한 원고의 청구를 기각한다.

1. 당원의 심판범위

원고는, 피고가 원고에 대하여 2004. 6. 7.에 한 1999 사업연도 법인세 21,542,153원 및 특별부가세 20,195,767원의 각 과세처분, 2003. 4. 1.에 한 2000 사업연도 법인세 1,802,573원 및 특별부가세 1,689,912원의 각 과세처분, 2004. 6. 7.에 한 2001 사업연도 근로소득세 35,800,000원의 징수처분의 각 취소를 구하는 이 사건 소를 제기하였는바, 제1심 법원은 위 근로소득세 35,800,000원의 징수처분에 관한 취소청구에 대하여는 소를 각하하고, 1999 사업연도 법인세 과세처분 중 11,567,142원을 초과하는 부분, 특별부가세 과세처분 중 10,741,197원을 초과하는 부분과 2000 사업연도 법인세 및 특별부가세 과세처분 중 각 52,500원을 초과하는 부분에 관한 각 취소청구에 대하여는 원고의 청구를 인용하고, 나머지 청구를 기각하였다.

이에 대하여 원고는 항소하지 아니하고, 피고만이 위 1999 사업연도 법인세 및 특별부가세 각 과세처분과 2000 사업연도 법인세 및 특별부가세 과세처분 중 피고 패소부분에 대하여 항소하였다가, 그 후 위 2000 사업연도 법인세 및 특별부가세 과세처분 중 피고 패소부분에 대하여는 항소를 취하하였으므로, 당원의 심판범위는 위 1999 사업연도 법인세 및 특별부가세 과세처분 중 제1심 법원이 취소를 명한 위 법인세 과세처분 중 11,567,142원을 초과하는 부분과 특별부가세 과세처분 중 10,841,197원을 초과하는 부분에 한정되므로, 이에 대하여만 심리 · 판단하기로 한다.

2. 처분의 경위

다음 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑 제1호증, 갑 제2호증의 2, 을 제1호

증의 1, 을 제2호증의 1, 을 제14호증의 각 기재에 변론 전체를 종합하여 이를 인 정할 수 있다.

가. 피고는 국세청으로부터 업무감사에 따른 지적을 받고, 2003. 4. 1. 원고가 1999 사업연도인 1999. 12. 23. ○○시 ○○동 315-30 공장용지 375㎡(이하 '제1토지'라 한다), 같은 동 315-29 공장용지 중 55.22㎡(이하 '제2토지'라 한다) 등 합계 430.22㎡를 심〇〇에게 130,000,000원에 양도함으로써 소득과 양도차익이 발생하였음에도 그에 대한 법인세 및 특별부가세를 신고 · 납부하지 않았음을 이유로, 양도가액 130,000,000원과 그 취득가액 92,899,466원의 차액인 37,100,534원을 과세표준으로 한 1999 사업연도 법인세(가산세 포함, 이하같다) 11,676,276원, 특별부가세(가산세 포함, 이하같다) 9,727,759원 등 합계 21,404,035원의 과세처분을 하였다.

나. 그 후 피고는 원고가 제기한 심사청구의 결과에 따라 2004. 6. 7. 제1,2토지의 양도가액을 153,600,000원으로, 그 취득가액을 80,975,547원으로 각 경정하고, 그 차액인 72,624,453원을 과세표준으로 하여 법인세를 21,542,153원으로, 특별부가세를 20,195,767원으로 각 증액경정(합계 41,737,920원, 이하 '1999 사업연도 법인세 및 특별부가세 경정처분'이라 한다)하였다.

다. 다시 피고는 2006. 10. 13.에 이르러 제1, 2토지의 양도가액을 153,600,000원으로, 그 취득가액을 92,899,466원으로 경정하고, 그 차액인 60,700,534원을 과세표준으로 하여 법인세를 17,794,228원으로, 특별부가세를 16,682,089원으로 감액경정하였다.

3. 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

피고는 제1, 2토지의 양도가액을 153,600,000원으로 산정하였는데, 그 금액에는 제1, 2토지의 대금뿐 아니라 〇〇시 〇〇동 315-29 지상 2층 연면적 132㎡의 건물(이하 '이 사건 건물'이라 한다)에 대한 매매대금까지 포함된 것이므로, 위 양도가액 153,600,000원에 대응하는 취득가액은 위 토지들의 취득가액 92,899,466원과 이 사건 건물의 취득가액 23,900,000원을 더한 116,799,466원이 되어야 하고, 그에 따른 양도차익도 36,800,534원이 되어야 한다.

나. 관계법령

별지 기재와 같다.

다. 인정사실

다음 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑 제1호증, 갑 제3호증, 갑 제4호증의 1, 2, 3, 갑 제14호증, 갑 제18 내지 26호증, 을 제9호증, 을 제13호증의 각 기재, 당심 증인 백〇〇의 증언에 변론 전체의 취지를 종합하여 이를 인정할 수 있다.

(1) 원고는 1995. 2. 18. 창원지방법원 통영지원 97타경4501 부동산임의경매절차에서 〇〇시 〇〇동 315 공장용지 1,521㎡를 경락받았고(위 부동산임의경매절차상의 낙찰허가결정서에 이 사건 건물이 제시외 건물로서 기재되어 있으나, 이 사건 건물은 건축물대장상에 1985. 11. 25.자로 백〇〇의 소유로 등재되어 있었던 점에 비추어 낙찰대상에서 제외되었다고 보이고, 가사 그렇지 않다고 한다면 이 부분에 관한 낙찰허가결정은 무효라고 봄이 상당하다), 1999. 1. 27.에는 같은 동 230-2 공장용지 617㎡가 위 토지에 합병되었는데, 그와 같이 합병된 토지의 장부상 가액은 461,668,587원이다.

(2) 원고는 1999. 7. 2. 백〇〇로부터 위 합병된 토지의 지상에 있는 이 사건 건물(이후 위 합병된 〇〇시 〇〇동 315 토지가 아래와 같은 분할과정을 거치게 되면서 이 사건 건물은 같은 동 315-29 위에 있게 되었다)을 대금23,900,000원에 매수하였다.

(3) 1999. 7. 6. 위 합병된 〇〇시 〇〇동 315 공장용지 2,138㎡로부터 같은 동 315-29 공장용지 1,080㎡가 분할되었고, 분할된 같은 동 315-29 토지는 1999. 12. 23. 다시 같은 동 315-29 공장용지 705㎡와 제1토지로 분할되었다.

(4) 원고는 1999. 8. 2. 심〇〇에게 제1토지와 제2토지(실제로는 〇〇시 〇〇동 315-29 공장용지 705㎡ 중 5522/70500 지분에 관한 매매가 이루어졌다) 및 이 사건 건물을 대금 153,600,000원에 매도하였다.

(5) 위 제1, 2토지에 관하여는 1999. 12. 23. 심〇〇 앞으로 소유권이전등기가 경료되었고, 이 사건 건물에 관하여는 1999. 8. 5. 원고 명의로의 소유권이전등기가 생략된 채 백〇〇로부터 심〇〇에게로 바로 소유권이전등기가 경료되었다.

라. 판단

(1) 위 인정사실에 의하면, 원고가 1999. 8. 2. 심〇〇에게 부동산을 매도하고 매매대금으로 수령한 153,600,000원은 1999 사업연도의 익금에 산입되어야 할 것이고, 다른 한편 위 익금산입액은 제1, 2토지 및 이 사건 건물에 대한 매매대금이므로 그에 대응하는 제1, 2토지의 취득가액 92,899,466원(위 합병된 토지의 법인 장부상 취득가액 461,668,587원X제1, 2토지의 면적의 합계인 430.22㎡/위 합병된 토지의 전체면적인 2,138㎡)과 이 사건 건물의 취득가액 23,900,000원을 합친 116,799,466원은 손금에 산입되어야 할 것이므로, 위 익금산입금액에서 손금산입금액을 제한 36,800,534원이 원고의 1999 사업연도의 소득 및 위 각 부동산의 매매로 인한 양도차익이 되어야 한다.

(2) 위 소득 및 양도차익 36,800,534원을 과세표준으로 하여 1999 사업연도 법인세 및 특별부가세 경정처분이 이루어진 2004. 6. 7.까지 원고에게 부과되어야 할 1999 사업연도 법인세 및 특별부가세액을 산출하면 그 내역은 다음과 같다.

(가) 법인세

본세 : 36,800,534원X0.16(세율)=5,888,085원

가산세 : 미신고 분 : 5,888,085원X0.2(세율)=1,177,617원

미납부 분 : 5,888,085원X0.0005(세율)X1,529일(납부기한의 다음날인 2000. 4. 1.부터 2004. 6. 7.까지의 기간)=4,501,440원

합계 : 11,567,142원

(나) 특별부가세

본세 : 36,800,534원X0.15(세율)=5,520,080원

가산세 : 미신고 분 : 5,520,080원X0.2(세율)=1,104,016원

미납부 분 : 5,520,080원X0.0005(세율)X1,529일(납부기한의 다음날인 2000. 4. 1.부터 2004. 6. 7.까지의 기간)=4,220,101원

합계 : 10,841,197원

(다) 따라서 1999 사업연도 법인세 경정처분 중 11,567,142원을 초과하는 부분, 특별부가세 경정처분 중 10,841,197원을 초과하는 부분은 각 위법하다.

4. 결론

그렇다면, 원고의 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 이를 인용하고, 나머지 청구는 이유 없어 이를 기각할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 같이 하여 정당하고, 피고의 항소는 이유 없으므로 주문과 같이 판결한다.

관계법령

구 법인세법(2001. 12. 31. 법률 제6558호 개정되기 전의 것)

제15조 (익금의 범위)

① 익금은 자본 또는 출자의 납입 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 수익의 금액으로 한다.

제55조 (세율)

① 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세는 제13조의 규정에 의한 과세표준에 다음의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 "산출세액"이라 하며, 제56조의 규정에 의한 적정유보초과소득에 대한 법인세액이 있는 경우에는 이를 합한 금액으로 한다)을 그 세익으로 한다.

1억 원 이하 : 과세표준의 100분의 16

제60조 (과세표준 등의 신고)

① 납세의무 있는 내국법인은 각 사업연도의 종료일부터 3월 이내에 대통령령이 정하는 바에 따라 당해 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 납세지 관할세무서장에게 신고하여야 한다.

③ 제1항의 규정은 내국법인으로서 각 사업연도의 소득금액이 없거나 결손금이 있는 법인의 경우에도 이를 적용한다.

제76조 (가산세)

① 납세지 관할세무서장은 제71조의 규정에 의하여 각 사업연도의 소득에 대한 법인세를 징수함에 있어서 당해 내국법인이 다음 각 호의 1에 해당하는 경우에는 당해 각호에 규정하는 금액을 가산한 금액을 법인세로서 징수하여야 한다. 다만, 제1호의 규정을 적용하는 경우에는 제2호의 규정을 적용하지 아니하며, 비영리내국법인에 대하여는 제1호의 장부에 관한 가산세의 규정을 적용하지 아니한다.

1. 제60조의 규정에 의한 신고가 없거나 제112조의 규정에 의한 장부의 비치·기장의무를 이행하지 아니한 경우에는 납세지 관할세무서장이 결정한 산출세액(적정유보초과소득에 대한 법인세를 제외한다. 이하 이 항에서 같다)의 100분의 20에 상당하는 금액(그 금액이 당해 법인의 수입금액의 1만분의 7에 미달하거나 산출세액이 없는 때에는 그 수입금액의 1만분의 7에 상당하는 금액). 다만, 신고하지 아니한 소득금액이 50억원을 초과하는 경우에는 그 산출세액의 100분의 30에 상당하는 금액(그 금액이 당해 법인의 수입금액의 1만분의 10에 미달하거나 산출세액이 없는 경우에는 그 수입금액의 1만분의 10에 상당하는 금액)으로 한다.

3. 제63조 또는 제64조의 규정에 의하여 법인세를 납부하지 아니하였거나 납부하여야 할 세액에 미달되게 납부한 경우(제29조 제4항 제56조 제4항 및 조세특례제한법에 의하여 법인세에 가산하여 납부하여야 할 이자상당액 등을 포함한다)에는 그 납부하지 아니하였거나 미달하게 납부한 세액에 대하여 금융기관이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율과 납부기한의 다음날부터 자진납부일 전일 또는 고지일까지의 기간 등을 참작하여 대통령령이 정하는 율을 적용하여 계산한 금액

제5장 토지 등 양도에 대한 특별부가세

제99조 (과세표준)

① 특별부가세의 과세표준은 다음 각 호의 1에 해당하는 자산(이하 "토지 등"이라 한다)의 양도로 인하여 발생한 양도차익으로 한다.

1. 토지(지적법에 의하여 지적공부에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다)

2. 건물(건물에 부속된 시설물과 구출물을 포함한다)

② 제1항에서 "양도"라 함은 토지 등에 대한 등기 등에 관계없이 매도, 교환, 법인에 대한 현물출자 등으로 인하여 그 토지 등이유상으로 사실상 이전되는 것을 말한다. 이 경우 부담부증여(상속세 및 증여세법 제47조제3항 본문에 해당하는 경우를 제외한다)에 있어서 증여자의 채무를 수증자가 인수하는 경우에는 증여가액 중 그 채무액에 상당하는 부분은 그 자산이유상으로 사실상 이전되는 것으로 본다.

③ 제1항의 규정에 의한 양도차익은 양도가액에서 다음 각 호의 금액을 공제한 금액으로 한다.

1. 취득가액. 다만, 상속세 및 증여세법에 의하여 상속세과세가액 또는 증여세과세가액에 산입되지 아니한 재산을 출연 받은 법인이 대통령령이 정하는 토지 등을 양도하는 경우에 있어서는 당해 토지 등을 출연한 출연자의 취득가액을 당해 법인의 취득가액으로 하며, 국세기본법 제13조제2항의 규정에 의한 법인으로 보는 단체의 경우에는 동법 동조 동항의 규정에 의하여 승인을 얻기 전의 당초 취득한 가액을 취득가액으로 한다.

⑥ 토지 등의 양도차익을 계산함에 있어서 그 취득시기 및 양도시기에 관하여는 대통령령으로 정한다.

제101조 (세율)

① 법인의 토지 등의 양도에 대한 특별부가세는 제99조의 규정에 의한 과세표준에 다음 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다.

1. 미등기양도토지등의 경우 과세표준의 100분의 30

2. 제1호외의 경우 과세표준의 100분의 15

제102조 (신고·납부·결정·경정 및 징수)

① 제99조의 규정에 의한 특별부가세의 과세표준에 대한 신고·납부·결정·경정 및 징수에 관하여는 토지 등의 양도일이 속하는 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 청산소득에 대한 법인세의 과세표준의 신고·납부·결정·경정 및 징수에 관한 규정을 준용하되, 기타의 법인세액에 합산하여 신고·납부·결정·경정 및 징수한다. 이 경우 제76조 제1항의 규정을 준용한다.

제112조 (장부의 비치·기장) 납세의무 있는 법인은 장부를 비치하고 복식부기에 의하여 이를 기장하여야 하며, 장부와 관계있는 중요한 증빙서류를 비치·보존하여야 한다. 다만, 비영리내국법인은 제3조 제2항 제1호 및 제6호의 수익사업을 영위하는 경우에 한한다.

구 법인세법 시행령(2001. 12. 31. 대통령령 제17457호로 개정되기 전의 것)

제11조 (수익의 범위) 법 제15조 제1항의 규정에 의한 수익은 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각 호에 규정하는 것으로 한다.

2. 자산(자기주식을 포함한다)의 양도금액

제19조 (손비의 범위) 법 제19조 제1항의 규정에 의한 손비는 법 및 이 영에서 다리 정하는 것을 제외하고는 다음 각 호에 규정하는 것으로 한다.

2. 양도한 자산의 양도 당시의 장부가액

제119조 (미납부가산세율 등)

① 법 제76조 제1항 제3호에서 "대통령령이 정하는 율"이라 함은 1일 1만분의 5의 율을 말한다. 끝.