서울행정법원 2018. 07. 19. 선고 2017구합69700 판결

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전심사건번호

제목

요지

전심사건번호

조심-2017-서울청-53 (2017.04.13)

제목

사용승인일이후 일부 하자・보수외 공사가 이루어진 경우의 건설용역의 공급시기

요지

사용승인일 이후에 이루어진 공사가 하자 보수 공사에 해당한다고 보여지지 않으므로 추가공사의 완료일이 속하는 달의 다음달 10일까지 발급된 월 합계 세금계산서는 적법하고 이를 원인으로 한 수정세금계산서 또한 적법함

사건

2017구합69600 부가가치세경정거부처분취소

원고

AAA

피고

BB세무서장

변론종결

2018.5. 31.

판결선고

2018.7. 19.

주문

1. 피고가 2016. 9. 7. 원고들에게 한 2015년 2기분 부가가치세 000,000,000원에 관한 경정청구 거부처분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

청 구 취 지

주문과 같다.

이유

1. 처분의 경위

가. 원고들은 부부로서 2014. 3. 26.부터 공동으로 건축신축판매업을 운영하고 있다.

나. 원고들은 2014. 3. 2. 원고 최○○이 대표이사로 근무하는 ◆◆종합건설 주식회사(이하 '◆◆종합건설'이라 한다)와 서울 강서구 **동지하 4층, 지상 10층의 업무시설 및 근린생활시설(이하 '이 사건 건물'이라 한다)을 신축하는 공사도급계약(이하 '이 사건 공사계약'이라 한다) 및 이 사건 건물의 분양ㆍ사무지원에 관한 용역계약(이하 '이 사건 분양계약'이라 한다)을 각 체결하고, 위 각 계약과 관련하여 2015년 2기 및 2016년 1기 부가가치세 과세기간에 ◆◆종합건설로부터 아래 표 기재와 같은 세금계산서를 수취하고 해당 매입세액을 매출세액에서 공제하여 2015년 2기 및 2016 년 1기 부가가치세를 신고・납부하였다(이하 아래 표의 순번 7 내지 9 기재 세금계산서 를 '당초세금계산서'라 하고, 아래 표 기재 순번으로 각 세금계산서를 특정한다).

순번

품목

작성일자

발급일

합계 (원)

공급가액(원)

세액(원)

공사계약

15.7. 31.

15.8.7.

*,***,000,000

분양계약

15.7. 31.

15.8.7.

***,000,000

공사계약

15.8. 31.

15.9. 10.

*,***,000,000

공사계약

15.9. 30.

15. 10. 12.

*,***,000,000

공사계약

15. 10. 30.

15. 11.6.

*,***,000,000

공사계약

15. 11. 30.

15. 12.8.

*,***,000,000

공사계약

15. 12. 31.

16.1. 10.

*00,000,000

공사계약

16.1. 31.

16.2. 11.

*,***,000,000

분양계약

16.1. 31.

16.2. 11.

***,*00,000

합계

**,***,*00,000

다. ◆◆종합건설은 2016. 4. 8. '이 사건 공사계약이 2015. 12. 21.에, 이 사건 분양계약이 2015. 12. 31.에 각 용역제공이 완료되었으므로, 당초세금계산서 3장의 합계 금액에 관하여 작성일자를 2015. 12. 31.로 하는 세금계산서를 2016. 1. 10.까지 발급하였어야 하는데, 착오로 이를 당초세금계산서와 같이 순번 7, 8, 9로 나누어 순번 7 기재 세금계산서에는 일부 금액만을 기재하고, 순번 8, 9 기재 세금계산서에는 작성일자를 잘못 기재하여 발급하였다'는 이유로, 순번 7 기재 세금계산서에 관하여는 수정사유를 '기재사항 착오정정'(갑 제2호증)으로, 순번 8, 9 기재 세금계산서에 관하여는 수정사유를 '착오에 의한 이중발급'(갑 제34호증의 20)으로 기재하여 각 공급가액 및 세액에 음(陰)의 표시를 한 수정세금계산서를 발급하는 한편, 순번 7 기재 세금계산서에 기초하여 수정사유를 '기재사항 착오정정'으로 하고 공급가액과 세액 및 합계금액을 순번 7 내지 9의 합계금액으로 하여 다음과 같이 수정한 수정세금계산서(갑 제2호증)를 발급하였다(이하 위 각 수정세금계산서를 통틀어 '이 사건 수정세금계산서'라고 한다).

라. 원고들은 2016. 5. 4. 피고에게, 2015년 2기분 부가가치세에 관하여 ① 이 사건 수정세금계산서의 발급에 따라 매입세액 000,000,000원(순번 8, 9 기재 세액의 합계 금액 상당)이 추가로 공제되어야 하고, ② 잘못 납부한 가산세 00,000,000원이 환급되어야 하며, ③ 기타 환급금 00,000원이 발생하였다는 이유로 2015년 제2기 부가가치세 000,000,000원의 환급을 구하는 경정청구를 하였다(이하 '이 사건 경정청구'라고 한다).

마. 피고는 이 사건 경정청구에 대하여, '이 사건 수정세금계산서가 적법하게 발급된 세금계산서가 아니어서 매입세액 공제대상이 아니'라는 이유로, 원고들이 추가로 매입세액 공제를 주장한 000,000,000원의 공제를 인정할 수 없을 뿐 아니라, 기존에 2015 년 2기분 부가가치세에 관하여 매입세액공제가 이루어진 순번 7 기재 세금계산서 상의 매입세액 00,000,000원 역시 작성일자가 사실과 다른 세금계산서에 해당하여 결국 이 사건 수정세금계산서상의 공급가액 0,000,000,000원 전액이 매입세액 공제대상이 아니라고 하면서, 이 사건 경정청구 사유 가운데 가산세 00,000,000원의 환급청구에 관한 주장만을 받아들였다. 이에 따라 피고는 2016. 9. 7. 원고들에게, '가산세 환급금액 00,000,000원에서 순번 7 기재 세금계산서에 따라 공제되었던 매입세액 00,000,000원을 차감하고, 원고들이 이 사건 경정청구 이후인 2016. 6. 30. 일부 매출누락한 부분에 관하여 수정신고를 한 금액 등을 반영하여 00,000,000원을 환급한다'는 경정청구 처리 결과를 통지하였다(이하에서는 피고가 위 경정청구 처리결과통지를 하면서 이 사건 수정세금계산서 상의 매입세액 000,000,000원에 관한 공제 및 환급청구를 거부한 부분을 '이 사건 처분'이라 한다).

바. 원고들은 이에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 2017. 4. 13. 기각되었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증 내지 제6호증, 을 제3, 5, 11, 12호증(각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 당사자의 주장

1) 원고들의 주장

가) 이 사건 건물은 2015. 11. 20. 사용승인을 받았으나, 2015. 11. 22.부터 2015. 12. 21.까지 일부 미시공된 부분에 관한 공사를 진행하였고, 이 사건 공사계약서 제24조는 하자나 오시공ㆍ미시공이 완료된 후 준공기성금을 받는 것으로 정하고 있으므로, 이 사건 공사계약에 따른 용역의 공급일은 2015. 12. 21.이다. 따라서 당초세금계산서 중 순번 7 기재 세금계산서는 부가가치세법 제34조 제3항에 따라 용역의 공급일이 속하는 달의 다음 달 10일(2016. 1. 10.)까지 적법하게 발급된 것으로 '사실과 다른 세금계산서'가 아니다. 설령 용역의 공급일이 2015년 11월경이라고 하더라도, 순번 7 기재 세금계산서는 착오로 용역의 공급시기를 잘못 기재한 경우로서 현행 부가가치세 법 시행령 제75조 제3호에 의한 2015년 2기 부가가치세 확정신고 기한인 2016. 1. 25. 이전인 2016. 1. 10. 발급되었으므로 매입세액 공제가 가능하고, 구 부가가치세법 시행령(2016. 2. 17. 대통령령 제26983호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제75조 제3호가 적용되어야 한다고 보더라도 원고들은 순번 6 기재 작성일자 2015. 11. 30.로 발급된 세금계산서의 금액을 수정하여 매입세액을 공제받을 수 있으므로, 결국 이 사건 처분은 위법하게 된다.

나) 원고들은 자금의 일시부족으로 ◆◆종합건설이 이 사건 공사계약 및 분양계약에 따른 역무의 제공을 완료한 2015년 12월 말까지 잔대금 중 일부만을 지급하였기 때문에, 그 이후에 지급한 부분은 실제 대금지급시기에 맞추어 세금계산서를 수취하면 되는 것으로 착오를 일으켜 당초세금계산서를 수취하였을 뿐 탈세 등의 의도는 전혀 없었고, 실제로 이 사건 수정세금계산서 상의 금액이 당초세금계산서 작성일자 무렵 ◆◆종합건설에 용역대금으로 지급되었음이 명백하다. 따라서 이 사건 수정세금계산서 는 적법하게 발급된 순번 7 기재 세금계산서에 기초하여 당초세금계산서에 착오로 잘못 기재되었던 공급가액을 수정한 것이므로, 이 사건 수정세금계산서는 부가가치세법 제32조 제7항 및 구 부가가치세법 시행령 제70조 제1항 제5호에 따라 적법하게 발급된 수정세금계산서이다. 이 사건 수정세금계산서 관련 매입세액은 전액 공제되어야 한다.

2) 피고의 주장

가) 이 사건 공사계약에 따른 ◆◆종합건설의 용역의 공급시기는 '건축물 사용승인서를 교부받기 위한 공사 일체'가 완료된 날인 이 사건 건물의 사용승인일로서, 원고들이 이 사건 건물을 사용할 수 있었던 때인 2015. 11. 20.이거나, ◆◆종합건설이 공사완료를 전제로 공사대금 전액을 청구한 2015. 11. 30.이고, 2015년 12월에 이루어진 단순한 마무리공사 내지 하자보수공사나 별도의 추가공사는 용역의 공급시기에 영향을 줄 수 없다. 따라서 원고들이 구 부가가치세법 시행령 제75조 제3호에 따라 매입세액을 공제받으려면 ◆◆종합건설이 2015년 2기 과세기간인 2015. 12. 31.까지는 당초세금계산서를 발급하였어야 하는데, 당초세금계산서는 2016. 1. 10. 이후에 발급되었으므로 위 규정이 적용될 수 없다. 그리고 매입세액공제가 가능한 세금계산서의 수취기한을 확정신고기한까지로 연장한 2016. 2. 17. 대통령령 제26983호로 개정된 부가가치세법 시행령 제75조 제3호는 이 사건에 소급적용 할 수 없다.

나) 이 사건 수정세금계산서는 적법한 세금계산서에 기초하였다고 볼 수 없을 뿐더러, 원고 최○○의 종합소득세 신고내역에 의하면 위 원고는 2016년보다 2015년에 총수입금액이 훨씬 많으므로, 이 사건 수정세금계산서 발급을 통하여 그 매입세액을 2015년의 필요경비에 포함시킴으로써 공제되는 세액을 증가시켜 2015년의 종합소득세를 줄일 목적이 있었던 것으로 보인다. 그리고 원고들과 ◆◆종합건설은 특수관계자로 그들의 이해관계에 따라 공급시기를 임의로 조정하기 위하여 당초세금계산서 및 수정세금계산서를 실제 거래시기와 달리 발급하였을 가능성이 크다. 따라서 이 사건 수정세금계산서의 발급은 단순 착오로 인한 것이라고 볼 수 없으므로, 구 부가가치세법 시행령 제70조 제1항 제5호가 아닌 제6호가 적용되고, 이 경우 2015년 2기 과세기간에 대한 확정신고 기한인 2016. 1. 25.까지 이 사건 수정세금계산서가 발급되었어야 한다. 그런데 이 사건 수정세금계산서는 2016. 4. 8. 발급되었으므로, 이를 적법한 수정세금계산서로 볼 수 없다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 인정사실

1) 원고들과 ◆◆종합건설 사이에서 2014. 3. 2. 체결된 이 사건 공사계약의 주요 내용은 다음과 같다.

1. 공사명: 마곡 ◆◆◇◇파크 업무시설 및 근린생활시설 신축공사

3. 건축규모: 지하1층, 지상10층 오피스텔 279세대, 근린생활시설 18실

7. 착공예정일: 2014. 4. 15.

8. 준공예정일: 2015. 12. 15. (실착공일로부터 20개월 후)

9. 계약금액:

11. 기성부분금: 공사 진행상황 및 분양대금 수납상황을 고려하여 원고들과 ◆◆종합건

설 간 협의를 통해 ◆◆종합건설이 청구하는 금액을 지급함.

<공사도급 계약조건>

제1조(총칙)

도급인 원고들(이하 "갑"이라 한다)과 수급인 ◆◆종합건설(이하 을이라 한다)은 신의와 성실의 원칙에 입각하여 이 계약을 이행하기로 한다.

제4조(공사기간)

③ 준공일은 을이 착공일로부터 20개월 이내에 건설공사를 완성하고 건축물사용승인서

를 교부받은 날로 한다.

제5조(공사의 범위)

① 공사의 범위는 건축허가교부 조건상의 공사를 포함하여 건축물 사용승인서 교부를

필하기 위한 공사 일체로 하며 다음 각 호의 사항을 포함한다.

1. 제반 인허가 승인에 의거한 업무시설(오피스텔, 근린생활시설) 신축공사

2. 도시계획시설 및 단지내 상bÐ하수도, 전기, 통신, 도시가스 등의 인입공사 일체

3. 벌목 및 단지조성(토목, 조경 등)공사

4. 지하굴토공사시 발견되는 폐기물 및 지장물의 처리

5. 측량, 수로공사 및 지적에 관한 법률에 따른 지적확정측량

6. 공사 민원 및 소송의 처리, 이와 관련한 각종 공사

② 공사도급계약에서 정한 공사도급금액에서 다음 각 호의 비용은 제외하기로 한다.

1. 상하수도 인입에 따른 각종 원인자 부담금

2. 전기, 통신, 도시가스시설 등 인입분담금, 단지 외 인입공사

③ 을은 설계도서에 명시되지 아니한 공사의 경미한 변경이나 구조상 필요한 부분에 대

하여 공사도급금액의 범위내에서 시공하여야 한다.

제23조(공사비의 지급)

① 갑은 공사비를 공사 진행상황 및 분양대금 수납상황을 고려하여 갑과 을간 협의를

통해 을이 청구하는 금액을 지급하기로 한다.

제24조(준공기성 지급 조건)

① 준공기성금은 공사도급계약에서 정한 일체의 공사가 완료되어 건축물 사용승인권자

의 사용승인서교부증이 교부된 후 을이 이를 첨부하여 준공기성금을 청구하여야 한다.

② 준공기성금 지급 전 갑은 직접 또는 갑이 지정한 업체를 통하여 준공검사를 실시하

고, 건물의 하자 및 품질여부를 조사할 수 있으며, 하자나 오시공, 미시공 등이 발견되

는 경우에는 하자 보수나 시공이 완료됨을 확인 후 을이 갑 또는 갑이 지정하는 자에게

건물을 인도하면 준공기성금을 하수급인 직접지급 또는 을에게 지급하는 것으로 한다.

③ 을이 제2항에 따라 건물 또는 공사목적물을 인도할 경우에는 을은 하자보수 및 운영요원 교육에 필요한 적정인원의 운용계획 제출과 함께 공사목적물 인도시 필요한 제반 서류의 제출을 완료하고 갑의 승인을 얻어야 한다.

⑥ 갑은 준공검사 이후라도 입주점검 등과 관련하여 시공민원 및 하자가 발생하거나 발

생할 것으로 예상되는 경우에는 갑은 을에게 서면으로 대응방안을 요청하고, 이에 대하

여 을은 즉시 대처하여야 하며, 갑이 을의 대응방안이 미흡하다고 판단할 때 준공기성

지급 시 하자보수에 필요한 상당한 금액을 유보할 수 있다.

제29조(준공검사)

① 을은 건축법 관리에 관한 법률상의 하자담보책임 등 건축 관계법령에 따라 중간검사

및 사용승인을 을의 책임으로 수검한 후 인허가권자로부터 사용승인서 교부를 받아 사

용승인서를 갑에게 제출하여야 하며, 을의 귀책사유로 사용승인서를 득하지 못한 때에

는 을은 지체 없이 이를 보완하여 사용승인서를 득하여야 한다.

② 을은 사용승인서를 득한 후 갑에게 준공검사를 신청하여야 하며, 갑은 신청을 받은

후 7일 이내 을의 입회하에 검사를 하여야 하며, 갑이 검사 후 7일 이내에 검사결과를

통지하지 아니한 경우에는 7일이 경과한 날에 검사에 합격한 것으로 본다.

2) 원고들과 ◆◆종합건설 사이에서 2014. 3. 2. 체결된 이 사건 분양계약의 주요내용은 다음과 같다.

1. 용역명: 마곡 ◆◆◇◇파크 업무 및 근린생활시설 분양 및 사무지원용역

4. 분양세대수: 1) 업무시설(오피스텔) : 279세대

2) 근린생활시설

5. 용역기간: 2014년 3월 2일 ~ 2015년 12월 31일

6. 용역금액 : 0,000,000,000, (VAT 포함시 0,000,000,000원)

9. 용역대금: 분양대금수납상황을 고려하여 도급인 (원고들)과 수급인(◆◆종합건설)간 협의를 통해 수급인이 청구하는 금액을 지급함.

3) 이 사건 건물에 관하여 2015. 11. 20. 사용승인이 이루어졌는데, 이 사건 건물신축공사에 관하여 작성된 공사일보에 의하면, 사용승인일 이틀 전인 2015. 11. 18.경 부터 2015. 11. 23.경까지는 현장정리, 콘센트, 등기구, 배관 보온 보수, 페인트 보수 등의 작업이, 2015. 11. 23.경부터 2015. 12. 3.경까지는 열교환기 설치공사, 미분양세대 수전설치공사, 관리사무소 등 바닥 및 천정공사, 옥상 냉각탑 설치공사, 통신케이블 설치공사, 미분양세대 휀코일 계량기, 열교환기 설치공사, 에폭시 작업, 1층 현관 자동 문 설치공사 등이, 2015. 12. 3.경부터 2015. 12. 14.경까지는 주차관제 케이블 입선, 냉각탑 펌프입선공사, 외부출입구 캐노피 설치공사, 외부간판설치공사, CCTV설치공사,방제실 중앙감시시스템 입선, 세대 방범창 설치공사, 지하층 자동문 설치공사, 수신제 어기 설치공사, 상가 바닥 타일ㆍ벽체도장공사, 인터폰 설치공사, 냉난방 배관작업, 기계 설비 자동제어 공사 등이, 2015. 12. 14.경부터 2015. 12. 21.까지는 세대 배관 및 시스템 점검, 콘센트 점검, 방재실 조명제어 시스템 공사, 환기닥트 점검, 세대 난방분배기 점검, 준공청소작업 등이 각 이루어졌다.

4) 이 사건 건물 신축공사의 감리자인 주식회사건축사무소 가 작성한 공정확인서에 의하면 2015. 11. 16. 기준 공사 진행률이 직접공사비 93.6%, 간접공사비 4.6%, 합계 98.2%이고, 2015. 12. 21. 기준 공사 진행률이 직접공사비 93.6%, 간접공사비 6.4%, 합계 100%였다. ◆◆종합건설은 2015. 12. 21. 원고들에게 '이 사건 신축공사를 완료하였고, 하자 발생 시에는 재시공 하겠다'는 취지의 공사완료확인서에 위 감리자의 확인을 받아 교부하였다.

5) ◆◆종합건설은 2015. 11. 30. 원고들에게 위 2015. 11. 16. 기준 공정확인서를 첨부하여 이 사건 공사계약에 따른 공사대금 잔금 4,503,000,000원 및 이 사건 분양계약에 따른 용역대금 잔금 600,300,000원 합계 5,103,300,000원(부가가치세 포함) 전부의 지급을 청구하였다. 한편 ◆◆종합건설은 같은 날에 이 사건 건물 신축공사의 전기,소방, 통신공사를 하도급 준 주식회사 JJ(이하 'JJ'라 한다)에게는 '이 사건 건물의 전기, 소방, 통신공사와 관련하여 입주가 시작되었음에도 전기, 소방, 통신 공사 마감공사가 현재까지 지연되고 있으니, 2015. 12. 5.까지 계약한 관련공사를 완료 하기 바랍니다. 2015. 12. 5.까지 완료되지 않으면 입주에 차질이 발생하고, 이로 인해 발주처에 공사 지연에 따른 지체보상금 및 입주자들에게 손해배상이 불가피하니 빠른 시일 내에 완료하여 주시기 바랍니다.'라는 내용의 공문을 보내어 공사의 이행을 촉구 하였고, 같은 날 수장공사를 하도급 준 KK내장건설에도 같은 내용의 공문을 보냈다.

6) ◆◆종합건설은 2015. 12. 31. JJ로부터 전기ㆍ소방ㆍ통신 공사에 대한 공급가액 123,140,909원의 전자세금계산서를, KK으로부터 수장공사에 대한 공급 가액 54,200,000원의 전자세금계산서를 각 수취하였다. 그 외에도 ◆◆종합건설은 2015. 12. 1. PP종합광고로f부터 옥내외간판제작시공에 대한 공급가액 15,454,550원의 세금계산서를 수취하고, 2015. 12. 30. 주식회사 SS이앤씨로부터 설비, 기계소방공사에 대한 공급가액 245,454,545원의 세금계산서를 수취하고, 2015. 12. 31. EE창호로 부터 창호공사에 관한 공급가액 60,487,355원의 세금계산서를 수취하였다.

7) 원고들은 2015. 11. 30. ◆◆종합건설의 공사대금 및 용역대금 합계 5,103,300,000원(= 공사대금 4,503,000,000원 + 용역대금 600,300,000원)의 청구에 대하여 2015. 12. 1. 10억 원, 2015. 12. 7. 15억 원 합계 25억 원의 공사대금을 지급하였고, 이에 대하여 ◆◆종합건설로부터 순번 6 기재 세금계산서를 수취하였다.

8) 원고들은 ◆◆종합건설이 이 사건 건물 신축공사를 완전히 종료한 2015. 12. 21. 기준으로 공사대금 198억 원 중 20억 300만 원을, 용역대금 38억 2,030만 원 중 6억 30만 원을 각 지급하지 않은 상태였다. 이후 원고들은 ◆◆종합건설에, 2015. 12. 31. 공사대금 중 일부로 7억 원을 지급하고 순번 7 기재 세금계산서를 수취하였고, 2016. 1. 29. 공사대금 13억 300만 원을 지급하고 순번 8 기재 세금계산서를 수취하였으며, 2016. 2. 1. ◆◆종합건설에 용역대금 6억 30만 원을 지급하고 순번 9 기재 세금계산서를 수취함으로써, 이 사건 공사계약에 따른 공사대금과 이 사건 분양계약에 따른 용역대금을 전액 지급하였다. 한편 원고들은 2014년 2기 및 2015년 1기에도 이 사공사계약 및 분양계약의 이행 정도에 맞추어 ◆◆종합건설에 대금을 지급하였고, 그에 관하여 적법한 세금계산서를 수취하였다.

9) 원고들은 2015. 11. 25. 이 사건 건물에 관하여 소유권보존등기를 마치고, 2015. 11. 26.경부터 일부 수분양자들에게 구분소유권을 이전해주고 분양계약에 따른 잔금을 수령하였다. 2015년 11월경 촬영된 이 사건 건물의 네이버 로드뷰 사진에 의할 때 이 사건 건물의 외관은 완공된 상태이나, 건물 곳곳에 진입금지를 의미하는 장애물 이나 줄이 둘러져 있었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제6호증 내지 제34호증, 을 제1호증 내지 제8호증

(각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

라. 판단

1) 이 사건 공사계약 및 이 사건 분양계약에 따른 역무의 제공 완료 시기 부가가치세법 제16조 제1항 제1호는 역무의 제공이 완료되는 때를 용역의 공급시기 로 삼고 있는데, 여기에서 '역무의 제공이 완료되는 때'란 거래사업자 사이의 계약에 따른 역무제공의 범위와 계약조건 등을 고려하여 역무의 제공 사실을 가장 확실하게 확인할 수 있는 시점, 즉 역무가 현실적으로 제공됨으로써 역무를 제공받는 자가 역무제공의 산출물을 사용할 수 있는 상태에 놓이게 된 시점을 말한다(대법원 2008. 8. 21. 선고 2008두5117 판결, 대법원 2015. 6. 11. 선고 2013두22291 판결 등 참조). 또한 그 후에 추가로 제공되는 역무가 있더라도 이미 역무제공의 산출물을 사용할 수 있는 상태가 된 후에 통상적으로 뒤따르는 마무리 작업이나 유지・보수 등을 위한 것으로서 그 규모와 대가의 액수 등이 전체 역무와 비교하여 미미한 정도에 불과한 경우에는 용역의 공급시기에 영향을 미치지 아니한다(대법원 2016. 4. 12. 선고 2014두35553 판결 참조) 앞서 인정한 사실에 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들을 종합하여 보면, 이 사건 공사계약에 따른 역무제공이 완료되어 이 사건 건물을 현실적 으로 사용할 수 있었던 때는 2015. 12. 21.로, 이 사건 분양계약에 따른 분양 및 사무 지원용역의 제공이 완료된 때는 2015. 12. 31.로 볼 수 있다. 원고들의 이 부분 주장은 이유 있다.

① 이 사건 건물에 관하여 사용승인이 이루어진 2015. 11. 20. 이후에도 2015. 12. 21.까지 1개월이라는 짧지 않은 기간 동안 다양한 종류의 공사가 시행되었고, 해당 공사에 대하여 ◆◆종합건설이 하도급업체들로부터 수취한 세금계산서 금액에 비추어 보더라도 이는 미미하다고 볼 수 없는 정도의 것들이다. 또한 이 사건 건물의 사용승인 후에 이루어진 공사들이 대부분 건물 신축의 마무리 단계에서 이루어지는 것들이라고 하더라도, 이 사건 건물의 규모가 상당하고, 오피스텔 및 근린생활시설이라는 특성상 세대별로 세세하게 이루어져야 할 마무리 작업도 많을 것으로 보이며, 실제로 공사일보에도 그와 같은 작업내역이 나타난다. 그리고 그러한 마무리 작업 없이는 이 사건 건물을 오피스텔 및 근린생활시설의 용도로 사용할 수 없다.

② 이 사건 건물 신축공사의 감리자가 작성한 공정확인서에 의하면 2015. 11. 16. 기준 공정률은 98.2%이고, 2015. 12. 21. 기준 공정률은 100%라는 것인바, 위 공정 확인서가 사실과 달리 기재되었다고 의심할 만한 사정도 없다. 또한 2015. 11. 21.부터 2015. 12. 20.까지의 공사일보 기재내역 역시 구체적이고 합리적이어서 허위라고 보이지 않는다.

③ 피고는 이 사건 건물에 관하여 사용검사를 받은 이후에 수행된 공사들이 부수적인 것이거나 마무리 작업에 불과하여 이 사건 공사계약에 따라 제공될 용역의 범위에 포함되지 않는다고 주장하나, 이 사건 공사계약서 제5조 제1항 제2호는 위 기간 중에 수행된 상ㆍ하수도, 전기, 통신, 도시가스 등의 인입공사 일체도 이 사건 공사계약의 내용에 포함된다고 정하고, 제24조 제2항은 원고들이 미시공 등을 발견하면 그 시공완료를 확인 후 준공 기성금을 지급한다고 정하고 있다. 그리고 건물신축공사의 완공 무렵에는 당연히 마무리 공사가 이루어지게 되는데, 건물의 규모나 종류 등에 따라서 마무리 공사의 범위나 그에 소요되는 비용 및 기간 등이 다양할 수 있음에도 불구하고, 단순히 마무리 단계에 해당하는 성격을 갖는 공사라는 이유만으로 신축공사의 범위에 포함되지 않는다고 볼 수 없다.

④ 이 사건 건물에 관하여 2015. 11. 20. 사용승인이 이루어졌고, 2015. 11. 25. 소유권보존등기가 마쳐졌으며, 그 다음날부터 원고들이 일부 수분양자들에 대한 구분 건물에 관한 소유권이전등기를 하여 주고 잔금을 수령한 점에 비추어 보면, 사용승인일 무렵부터 수분양자의 입주준비 등을 위한 출입이나 임시사용 등은 가능하였을 것으로 생각된다. 그러나 그 이후 2015. 12. 21.까지 이루어진 전기ㆍ통신ㆍ소방 공사 및 각종 마감공사 등이 완료되기 전에는 이 사건 건물을 정상적으로 사용하기는 어려웠을것으로 보이고, ◆◆종합건설이 2015. 11. 30. 하도급업체들에게 보낸 공사 독촉문서에 '2015. 12. 5.까지 공사를 마무리하지 않으면 입주에 차질이 발생하고, 발주처인 원고들에게 공사 지연에 따른 지체보상금을 지급하여야 한다'는 취지로 기재한 것도 그와 같은 상황을 반영한 것으로 볼 수 있다.

⑤ 이 사건 분양계약이 그 계약서 기재와 같이 2015. 12. 31.에 역무제공이 완료 되었다는 점에 관하여는 원고들과 피고 사이에 별다른 다툼이 없다.

2) 이 사건 수정세금계산서에 따른 매입세액의 공제 여부

가) 당초세금계산서의 적법 여부

부가가치세법 제16조 제1항은 용역이 공급되는 시기는 역무의 제공이 완료되는 때로 한다고 규정하고, 같은 법 제34조 제1항은 세금계산서는 사업자가 제15조 및 제16조에 따른 재화 또는 용역의 공급시기에 재화 또는 용역을 공급받는 자에게 발급하여야 한다고 규정하고, 같은 조 제3항 제1호는 제1항에도 불구하고 거래처별로 1역월의 공급가액을 합하여 해당 달의 말일을 작성 연월일로 하여 세금계산서를 발급하는 경우에는 재화 또는 용역의 공급일이 속하는 달의 다음 달 10일(그 날이 공휴일 또는 토요일인 경우에는 바로 다음 영업일을 말한다)까지 세금계산서를 발급할 수 있다고 규정하고 있다.

앞서 인정한 사실에 의하면, ◆◆종합건설이 이 사건 공사계약 및 분양계약에 따라 역무의 제공을 완료한 날은 2015년 12월 말경이므로, ◆◆종합건설은 원고들로부터 지급받아야 할 나머지 공사대금 및 용역대금 전액에 관하여 2015. 12. 31.을 작성일자로 하여 그 다음 달 10일인 2016. 1. 10.까지 세금계산서를 발급하였어야 하는바, 순번 7 기재 세금계산서는 나머지 공사대금 및 용역대금 중 일부만을 '공급가액'으로 기재하기는 하였으나 위 세금계산서 발급기간 내인 2016. 1. 10.에 적법하게 발급되었다고 할 것이므로, 이에 기초하여 수정세금계산서가 발급될 수 있다.

나) 이 사건 수정세금계산서 발급의 적법 여부

부가가치세법 제32조 제7항은 세금계산서 또는 전자세금계산서의 기재사항을 착오로 잘못 적거나 세금계산서 또는 전자세금계산서를 발급한 후 그 기재사항에 관하여 대통령령으로 정하는 사유가 발생하면 대통령령으로 정하는 바에 따라 수정한 세금계산서 또는 수정한 전자세금계산서를 발급할 수 있다고 규정하고 있다. 이에 따라 구 부가가치세법 시행령 제70조 제1항 제5호 본문은 '필요적 기재사항 등이 착오로 잘못 적힌 경우'에는 수정세금계산서 발급에 특별한 기간의 제한을 두고 있지 않으나, 한편 같은 항 제6호 본문은 '필요적 기재사항 등이 착오 외의 사유로 잘못 적힌 경우'에는 재화나 용역의 공급일이 속하는 과세기간에 대한 확정신고 기한까지 기간의 제한을 두어, 처음에 발급한 세금계산서의 내용대로 세금계산서를 붉은색 글씨로 쓰거나 음의 표시를 하여 발급하고, 수정하여 발급하는 세금계산서는 검은색 글씨로 작성하여 수정세금계산서를 발급할 수 있도록 규정하고 있다.

따라서 이 사건에서 ◆◆종합건설이 당초세금계산서의 작성일자나 공급가액 등을 '착오'로 잘못 기재하여 발급한 경우라면 이 사건 수정세금계산서의 발급에 기간의 제한이 없지만, '착오 외의 사유'로 잘못 기재하여 발급한 경우라면 이 사건 공사계약 및 분양계약에 따른 용역의 공급일이 속하는 과세기간에 대한 확정신고 기한인 2016. 1. 25.까지 수정세금계산서를 발급하였어야 하므로, 2016. 4. 8. 발급된 이 사건 수정세금 계산서는 부적법하게 된다.

이에 대하여 피고는 원고들과 ◆◆종합건설이 특수관계자이고, 원고 최○○의 2015년 총수입금액이 2016년 총수입금액보다 훨씬 커서 이 사건 수정세금계산서의 발급을 통하여 그 매입세액 상당을 2015년에 귀속시킴으로써 2015년에 세액공제를 많이 받을 수 있음을 들어 당초세금계산서의 발급이 착오가 아니라고 주장한다. 그러나 그와 같은 이유라면 ◆◆종합건설은 애당초 이 사건 공사계약 및 용역계약에 따라 실제로 역무가 제공된 날에 맞추어 2015. 12. 31.을 작성일자로 하는 적법한 세금계산서를 발급 할 수 있었을 것이므로, 굳이 대금의 실제 지급일에 맞추어 작성일자를 2016. 1. 31.로 한 세금계산서를 발행하였다가 다시 이 사건 수정세금계산서를 발급할 이유가 없다.

반면, 원고들이 ◆◆종합건설과 특수관계자이기는 하지만 고의적으로 실제 용역을 제공받은 시기와 작성일자를 달리하는 세금계산서를 수취하였다고 볼 만한 사정이 드러나지 않는 점, 원고들이 ◆◆종합건설에 공사대금 및 용역대금을 지급한 시기와 당초 세금계산서 발급일자를 비교해 보면 원고들이 2015년 12월 말경 일시적인 자금부족으로 ◆◆종합건설에 대한 대금 지급을 1개월 정도 연체하게 되면서, ◆◆종합건설이 실제로 대금을 지급받은 시기에 맞추어 세금계산서를 발급한 것으로 보이는 점, ◆◆종합건설이 원고들에게 용역제공을 완료한 시기와 세금계산서를 발급한 시기가 1개 월 정도 차이나는 데 그치는 점 등을 종합하여 보면, ◆◆종합건설은 착오를 일으켜 용역의 공급시기를 사실과 다르게 기재한 세금계산서를 작성한 것으로 보인다.

따라서 이 사건 수정세금계산서는 구 부가가치세법 시행령 제70조 제1항 제5호의 요건을 갖추어 적법하게 발급된 것으로서, 위 수정세금계산서 기재 세액은 원고들에 대한 2015년 제2기 부가가치세 매입세액으로 공제되어야 한다. 원고들의 이 부분 주장도 이유 있다.

3) 소결론

이 사건 수정세금계산서 상의 매입세액 236,663,630원을 2015년 제2기 부가가치세액에서 공제 및 환급하여 달라는 원고들의 경정청구를 거부한 이 사건 처분은 위법하다.

3. 결론

그렇다면 원고들의 청구는 이유 있어 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

관계 법령

■ 부가가치세법

제5조(과세기간)

① 사업자에 대한 부가가치세의 과세기간은 다음 각 호와 같다.

1. 간이과세자: 1월 1일부터 12월 31일까지

2. 일반과세자

제11조(용역의 공급)

① 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따른 것으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로 한다.

1. 역무를 제공하는 것

제16조(용역의 공급시기)

① 용역이 공급되는 시기는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 때로 한다.

1. 역무의 제공이 완료되는 때

제32조(세금계산서 등)

① 사업자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한다)하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 세금계산서 라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급하여 야 한다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

2. 공급받는 자의 등록번호. 다만, 공급받는 자가 사업자가 아니거나 등록한 사업자가 아닌 경우에는 대통령령으로 정하는 고유번호 또는 공급받는 자의 주민등록번호

3. 공급가액과 부가가치세액

4. 작성 연월일

5. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항

⑦ 세금계산서 또는 전자세금계산서의 기재사항을 착오로 잘못 적거나 세금계산서 또는 전자세금계산서를 발급한 후 그 기재사항에 관하여 대통령령으로 정하는 사유가 발생하면 대통령령으로 정하는 바에 따라 수정한 세금계산서(이하 수정세금계산서 라 한다) 또는 수정한 전자세금계산서(이하 수정전자세금계산서 라 한다)를 발급할 수 있다.

제34조(세금계산서 발급시기)

① 세금계산서는 사업자가 제15조 및 제16조에 따른 재화 또는 용역의 공급시기에 재화 또는 용역을 공급받는 자에게 발급하여야 한다.

③ 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 재화 또는 용역의 공급일이 속하는 달의 다음 달 10일(그 날이 공휴일 또는 토요일인 경우에는 바로 다음 영업일을 말한다)까지 세금계산서를 발급할 수 있다.

1. 거래처별로 1역월(1역월)의 공급가액을 합하여 해당 달의 말일을 작성 연월일로 하여 세금계산서를 발급하는 경우

2. 거래처별로 1역월 이내에서 사업자가 임의로 정한 기간의 공급가액을 합하여 그 기간의 종료일을 작성 연월일로 하여 세금계산서를 발급하는 경우

3. 관계 증명서류 등에 따라 실제거래사실이 확인되는 경우로서 해당 거래일을 작성 연월일로 하여 세금계산서를 발급하는 경우

제37조(납부세액 등의 계산)

① 매출세액은 제29조에 따른 과세표준에 제30조의 세율을 적용하여 계산한 금액으로 한다.

② 납부세액은 제1항에 따른 매출세액(제45조제1항에 따른 대손세액을 뺀 금액으로 한다)에서 제38조 에 따른 매입세액, 그 밖에 이 법 및 다른 법률에 따라 공제되는 매입세액을 뺀 금액으로 한다. 이 경우 매출세액을 초과하는 부분의 매입세액은 환급세액으로 한다.

③ 제2항에 따른 납부세액을 기준으로 사업자가 최종 납부하거나 환급받을 세액은 다음 계산식에 따라 계산한다.

제39조(공제하지 아니하는 매입세액)

① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

2. 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세

금계산서에 제32조제1항제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 필요적 기재사항 이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

제49조(확정신고와 납부)

① 사업자는 각 과세기간에 대한 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 그 과세기간이 끝난 후 25일(폐업하는 경우 제5조제3항에 따른 폐업일이 속한 달의 다음 달 25일) 이내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다. 다만, 제48조제1항 및 제4항에 따라 예정신고를 한 사업자 또는 제59조제2항에 따라 조기에 환급을 받기 위하여 신고한 사업자는 이미 신고한 과세표준과 납부한 납부세액 또는 환급받은 환급세액은 신고하지 아니한다.

■ 구 부가가치세법 시행령 (2016. 2. 17. 대통령령 제26983호로 개정되기 전의 것)

제29조(할부 또는 조건부로 용역을 공급하는 경우 등의 용역의 공급시기)

① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대가의 각 부분을 받기로 한 때를 법 제16조제2항에 따른 할부 또는 조건부로 용역을 공급하는 경우 등의 용역의 공급시기로 본다. 다만, 제2호와 제3호의 경우 역무의 제공이 완료되는 날 이후 받기로 한 대가의 부분에 대해서는 역무의 제공이 완료되는 날을 그 용역의 공급시기로 본다.

1. 기획재정부령으로 정하는 장기할부조건부 또는 그 밖의 조건부로 용역을 공급하는 경우

2. 완성도기준지급조건부로 용역을 공급하는 경우

3. 기획재정부령으로 정하는 중간지급조건부로 용역을 공급하는 경우

4. 공급단위를 구획할 수 없는 용역을 계속적으로 공급하는 경우

제70조(수정세금계산서 또는 수정전자세금계산서의 발급사유 및 발급절차)

① 법 제32조제7항에 따른 수정세금계산서 또는 수정전자세금계산서는 다음 각 호의 구분에 따른 사유 및 절차에 따라 발급할 수 있다.

5. 필요적 기재사항 등이 착오로 잘못 적힌 경우: 처음에 발급한 세금계산서의 내용대로 세금계산서 를 붉은색 글씨로 쓰거나 음()의 표시를 하여 발급하고, 수정하여 발급하는 세금계산서는 검은색 글씨로 작성하여 발급. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우로서 과세표준 또는 세액을 경정할 것을 미리 알고 있는 경우는 제외한다.

가. 세무조사의 통지를 받은 경우

나. 세무공무원이 과세자료의 수집 또는 민원 등을 처리하기 위하여 현지출장이나 확인업무에 착수한 경우

다. 세무서장으로부터 과세자료 해명안내 통지를 받은 경우

라. 그 밖에 가목부터 다목까지의 규정에 따른 사항과 유사한 경우

6. 필요적 기재사항 등이 착오 외의 사유로 잘못 적힌 경우: 재화나 용역의 공급일이 속하는 과세기간에 대한 확정신고 기한까지 세금계산서를 작성하되, 처음에 발급한 세금계산서의 내용대로 세금계산서를 붉은색 글씨로 쓰거나 음(

)의 표시를 하여 발급하고, 수정하여 발급하는 세금계산서는 검은색 글씨로 작성하여 발급. 다만, 제5호 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우로서 과세표준 또는 세액을 경정할 것을 미리 알고 있는 경우는 제외한다.

제75조(세금계산서 등의 필요적 기재사항이 사실과 다르게 적힌 경우 등에 대한 매입세액 공제)

법 제39조제1항제2호 단서에서 대통령령으로 정하는 경우 란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

3. 재화 또는 용역의 공급시기 이후에 발급받은 세금계산서로서 해당 공급시기가 속하는 과세기간에 발급받은 경우(법 제34조제3항에 따라 발급받은 경우를 포함한다)

■ 부가가치세법 시행령 (2016. 2. 17. 대통령령 제26983호로 개정된 것)

제75조(세금계산서 등의 필요적 기재사항이 사실과 다르게 적힌 경우 등에 대한 매입세액 공제) 법 제39조 제1항 제2호 단서에서 대통령령으로 정하는 경우 란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

3. 재화 또는 용역의 공급시기 이후에 발급받은 세금계산서로서 해당 공급시기가 속하는 과세기간에 대한 확정신고기한까지 발급받은 경우