부당행위계산의 부인규정에서의 시가에 해당하는지 여부

세무법인의 1주당 평가액을 시가로 볼수 없으므로 상속세및증여세법에 의한 1주당 가액을 시가로 보아야 함

법인세법 제15조 법인세법 제52조

2015구합100203 법인세부과처분취소

거래'라 한다), ccc의 아들인 ddd는 같은 날 ccc으로부터 bb연필의 주

식 24,370주를 증여받고 위 주식을 1주당 123,098원에 증여받은 것으로 증여세를 신고

하였다. bb연필의 2009년도 주식변동 내역은 아래 표와 같다.

다. 서울지방국세청장은 ccc이 2009. 8. 31. ddd에게 bb연필의 주식을 1주당

123,098원으로 산정하여 증여함과 동시에 원고에게는 위 주식을 1주당 117,000원에 매

도하여 차액이 발생하였음을 피고에게 통보하였고, 이에 따라 피고는 2014. 1. 9. 원고

에 대하여 '특수관계자인 ccc으로부터 bb연필의 주식을 저가에 매입하였다'는 이

유로 736,123,140원[=$이 사건 주식 시가 141,562원(= 123,098원 × 할증평가 1.15) -

매입단가 117,000원 × 29,970주]을 원고의 익금에 산입하여 2009 사업연도 법인세

210,626,430원(가산세 포함)을 경정・고지하였다(이하 '이 사건 처분'이라 한다).

라. 원고는 2014. 3. 6. 이 사건 처분에 대하여 이의신청을 하였으나 기각되었고,

2014. 6. 9. 조세심판원장에게 심판청구를 하였으나 위 청구는 2014. 10. 21. 기각되었

다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증, 갑 제2호증의1, 갑 제3, 5호증, 을 제1, 2, 3

호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

1) 이 사건 거래가 경제적 합리성을 결여한 비정상적인 거래라고 할 수 없으므

로, 이에 대하여 법인세법 제52조에서 정한 부당행위계산부인 규정을 적용할 수는 없

다. 그럼에도 이 사건 거래가 경제적 합리성을 벗어난 부당한 거래임을 이유로 원고에

게 법인세를 부과한 이 사건 처분은 위법하다.

2) 원고는 이 사건 주식의 적정한 시가 산정을 위하여 세무법인에 평가를 요청하

였고, 이에 따라 이 사건 주식의 1주당 가액을 117,000원으로 정하여 이 사건 거래를

하였는데, 위 가액은 환율변동으로 인한 2008년도 당기순이익의 급격한 증가 등을 반

영한 것으로 객관적인 교환가치를 적정하게 반영하고 있는 것이다. 그럼에도 원고가

ccc으로부터 이 사건 주식을 시가에 미달하는 가액으로 매입하였다는 이유로 원고

에게 법인세를 부과한 이 사건 처분은 위법하다.

3) 가사 원고가 이 사건 주식을 저가에 매수하였다고 하더라도, 조세특례제한법

제101조의 중소기업 최대주주 등의 주식 할증평가 적용특례 규정이 적용되어 이 사건

주식의 시가를 산정함에 있어 할증평가를 하지 아니하여야 한다. 그럼에도 주식 가액

의 15/100를 할증평가하여 이 사건 주식의 시가를 산정한 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

1) 부당행위계산부인 규정을 적용할 수 없어 이 사건 처분이 위법한지 여부

구 법인세법(2010. 12. 30. 법률 제10423호로 개정되기 전의 것, 이하 '구 법인

세법'이라 한다) 제15조 제2항 제1호는 '제52조 제1항의 규정에 의한 특수관계자 개인

으로부터 유가증권을 동조 제2항의 규정에 의한 시가에 미달하는 가액으로 매입하는

경우 시가와 당해 매입가액의 차액에 상당하는 금액을 당해 법인의 익금으로 본다'라

고 규정하고 있고, 제52조 제1항에서는 '납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은

내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령이 정하는 특수관계에 있는 자(이하

'특수관계자'라 한다)와의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히

감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산에 관계 없

이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다'라고 규정하고 있으며, 동조

제2항에서는 '제1항의 규정을 적용함에 있어서는 건전한 사회통념 및 상관행과 특수관

계자 아닌 자간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격을 기준

으로 한다'라고 규정하고 있다. 위 규정을 종합하여 보면, 구 법인세법 제15조 제2항은

법인이 특수관계자로부터 유가증권을 저가에 매입하는 경우 시가와 그 매입가액의 차

액에 상당하는 금액을 익금에 산입한다고 규정하고 있고, 위 '특수관계자'의 범위 및

'시가'의 가액을 정함에 있어 같은 법 제52조 제1항, 제2항을 따른다고 규정하고 있을

뿐 '법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우'에 해당

할 것을 구 법인세법 제15조 제2항을 적용하기 위한 요건으로 규정하고 있지 않다. 또

한 구 법인세법 제15조 제2항 제2호는 법인이 특수관계자로부터 저가에 주식을 매수

한 경우 당해 법인이 주식의 시가와 그 매입가액의 차액에 상당하는 수익을 얻었다고

보아 그에 대하여 법인세를 부과하기 위한 규정인 반면, 제52조 제1항은 법인이 특수

관계자로부터 시가보다 높은 가액으로 자산을 매입하거나, 무수익 자산을 매입 또는

현물출자 받는 등 법인세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우 그와 같은

거래에 따른 계산을 부인하고 법인세를 부과하기 위한 규정으로서 위 각 규정은 그 취

지를 달리한다. 위와 같은 법률의 문언 및 취지에 비추어 보면, 법인이 특수관계자로부

터 유가증권을 시가에 미달하는 가액으로 매입한 경우라면 당해 법인이 법인의 소득에

대한 조세의 부담을 부당히 감소시켰는지 여부와 관계없이 구 법인세법 제15조 제2항

제2호의 익금산입 규정이 적용된다고 할 것이다.

이 사건에 관하여 보건대, 피고가 2014. 1. 9. 원고에 대하여 '특수관계자인bbb으로부터

bb연필의 주식을 저가에 매입하였다'는 이유로 이 사건 처분을 한 사

실은 앞서 본 바와 같은바, 피고는 구 법인세법 제15조 제2항 제2호의 규정을 적용하

여 이 사건 주식의 시가와 위 주식의 매입가액인 117,000원의 차액에 상당하는 금액을

원고의 익금으로 산입한 것으로 보인다. 따라서 피고는 원고가 소득에 대한 조세의 부

담을 부당히 감소시켰는지 여부와 관계없이 이 사건 처분을 할 수 있다고 보이는바,

이 사건 거래가 경제적 합리성을 결여한 비정상적인 거래인지 여부와 관계없이 이 사

건 처분을 할 수 있다고 보이므로, 부당행위계산부인 규정을 적용할 수 없어 이 사건

처분이 위법하다는 원고의 주장은 이유 없다.

2) 이 사건 거래가 시가에 미달하는 거래인지 여부

가) 관련규정 및 법리

구 법인세법 제15조 제2항 제1호는 '시가'의 가액을 정함에 있어 제52조 제

2항에 따른다고 규정하고 있고, 제52조 제2항은 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과

특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가

격을 기준으로 한다고 규정하고 있으며, 같은 조 제3항은 시가의 산정 등에 필요한 사

항은 대통령령으로 정한다고 규정하고 있다. 이에 따라 구 법인세법 시행령(2010. 12.

30. 대통령령 제22577호로 개정되기 전의 것) 제89조 제1항은 구 법인세법 제52조 제2

항을 적용할 때 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계자 외 불특정다수

인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계자가 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된

가격이 있는 경우에는 그 가격에 따른다고 규정하고 있고, 제89조 제2항은 구 법인세

법 제52조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 시가가 불분명한 경우에는 다음 각 호의

방법에 의한다고 규정하면서 제1호에서 부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률에 의

한 감정평가법인이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액에 의한다고 규정하고 있으나, 그

단서에서 주식을 위와 같은 감정평가에 의한 시가 산정 대상에서 명시적으로 제외하고

있고, 제2호에서 구 상속세 및 증여세법(2010. 1. 1. 법률 제9916호로 개정되기 전의

것, 이하 '구 상속세및증여세법'이라 한다) 제38조 내지 제39조의2 및 같은 법 제61조 내지 64

조의 규정을 준용하여 평가한 가액에 의한다고 규정하고 있다.

위 법령의 규정을 종합하여 정상가액의 기준이 되는 '시가'의 의미를 보건

대, 구 법인세법 제52조 제2항에서 정한 시가는 일반적이고 정상적인 거래에 의하여

형성된 객관적 교환가치를 말한다고 보이고(대법원 1994. 12. 22. 선고 93누22333판결

등 참조), 한편 비상장주식의 경우에도 그에 관한 객관적인 교환가치를 적정하게 반영

한 매매실례가 있으면 그 가격을 시가로 보아야 하고, 그러한 실례가 없더라도 당해

거래가 일반적이고 정상적인 방법으로 이루어져 당시의 객관적 교환가치를 적정하게

반영하고 있다고 볼 수 있는 경우에는 그 가격을 시가로 볼 수 있는데(대법원 2012.

11. 29. 선고 2011두11181 판결 참조), 그 시가가 불분명한 경우 구 법인세법 시행령

제89조 제2항 제1호 단서에 의하면 감정평가법인이 감정한 가액에 따를 수는 없으므

로 같은 항 제2호에 따라 구 상속세및증여세법 제63조 제1항 제1호 다목 및 구 상속세및증여세법 시행

령(2010. 2. 18. 대통령령 제22042호로 개정되기 전의 것, 이하 '구 상속세및증여세법 시행령'이

라 한다) 제54조에 따른 보충적 평가방법에 의하여 시가를 산정하면 될 것으로 보인

다.

나) 이 사건 주식의 시가가 117,000원인지 여부

이 사건을 위 관련규정 및 법리에 비추어 보건대, 갑 제2호증의1, 갑 제6,

7, 9, 10호증, 을 제2, 3, 4호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 보태어 인정되는 아래

와 같은 사정들을 종합하여 보면, 원고가 bb연필 주식의 시가라고 주장하는 1주당

117,000원은 이 사건 거래 당시 위 주식의 객관적인 교환가치를 적정하게 반영하고 있

다고 볼 수 없으므로, 구 상속세및증여세법 제63조 제1항 제1호 다목 및 구 상속세및증여세법 시행령

제54조에 따른 보충적 평가방법에 의하여 bb연필 주식의 가액을 산정하여야 한다.

(1) 원고는 세무법인에 이 사건 거래일 당시 구 상속세및증여세법에 의한 보충적 평

가방법에 따른 bb연필 주식의 1주당 가액 산정을 의뢰하였고, 이에 따라 세무법인은

위 주식의 1주당 가액을 123,098원으로 평가하였다.

(2) 그런데 원고는 위 123,098원이 bb연필과 동종업종인 상장법인 주식회

사 모나미 주식의 수정평가액 20,480원에 비하여 너무 높다고 주장하며 가능한 최선의

방법을 적용하여 위 주식의 가액을 낮추어 달라는 취지로 위 세무법인에 재산정을 의

뢰하였다.

(3) 위 재산정 의뢰에 따라 세무법인은 구 상속세및증여세법에 의한 평가액과 대차

대조표상 자산가액 사이의 차액이 실현되었을 때 납부하여야 할 법인세를 예상하여 그

차액의 약 40%를 공제하였고, 환율상승에 의하여 bb연필의 2008년도 당기순이익이

급격히 증가하였다고 판단하여 손익가치를 조정하였으며, bb연필의 외상매출금 대손

율 2%를 감안하여 최종적으로 bb연필 주식의 1주당 가액을 117,000원으로 산정하였

다.

(4) 주식의 객관적인 교환가치를 평가함에 있어 추후 납부하게 될 법인세를

미리 예상한다거나, 당기순이익이 환율상승에 의한 것이라는 이유로 이를 조정한다거

나, 외상매출금의 대손율을 고려하여 구 상속세및증여세법에 의한 1주당 가액을 조정하는 방법

은 상당히 이례적인 평가방법이라고 할 것인데, 세무법인은 bb연필 주식의 1주당 가

액을 가능한 최선의 방법을 적용하여 수정하여 달라는 원고의 재산정 의뢰에 따라 위

와 같은 이례적인 평가를 하게 된 것으로 보인다.

(5) ccc은 원고와 bb연필의 최대주주로서 2009년 아들인 ddd에게

위 각 회사의 지배권을 넘겨주기 위하여 ddd에게 위 각 회사의 주식을 증여함과 동

시에 보유중인 bb연필의 주식을 원고에게, 원고의 주식을 bb연필에게 각 매도하였

는데, 이 사건 거래는 위와 같은 지배구조 변경 과정에서 발생한 것으로서 일반적인

거래라고 보이지는 않는다.

(6) 이 사건 거래일과 같은 날 ccc으로부터 bb연필 주식 24,370주를

증여받은 ddd는 위 주식의 1주당 가액을 123,098원으로 하여 증여세를 신고하였다.

다) 구 상속세및증여세법의 규정에 의한 bb연필 주식의 가액 산정

구 상속세및증여세법 시행령 제54조 제1항, 제2항에서는 1주당 순손익가치와 1주당

순자산가치를 각각 3과 2의 비율로 가중평균한 가액에 의하여 주식의 가액을 평가하도

록 정하고 있는데, 갑 제6호증의 기재에 변론 전체의 취지를 보태어 보면 이 사건 거

래 당시 bb연필 주식의 1주당 순손익가치는 118,931원, 1주당 순자산가치는 129,347

원인 사실이 인정되므로, 이를 각각 3과 2의 비율로 가중평균한 가액은 123,098원[=

(118,931원 × 3) + (129,347원 × 2) 0 ÷ 5]이 된다. 따라서 bb연필 주식의 할증평가

전 가액이 123,098원이라는 전제에서 한 이 사건 처분은 적법하고, 위 주식의 정당한

시가가 117,000원이라는 원고의 주장은 이유 없다.

3) 중소기업 최대주주 등의 주식 할증평가 적용특례 규정의 적용 여부

구 상속세및증여세법 제63조 제3항은 동조 제2항을 적용함에 있어서 대통령령이 정하

는 최대주주 또는 최대출자자 및 그와 특수관계에 있는 주주 또는 출자자(이하 '최대주

주 등'이라 한다)의 주식 등에 대하여 최대주주 등이 당해 법인의 발행주식의 총수 등

의 100분의 50을 초과하여 보유하는 경우에는 100분의 30(대통령령이 정하는 중소기

업의 경우에는 100분의 15)을 가산한다고 규정하고 있는데, 구 조세특례제한법(2010.

1. 1. 법률 제9921호로 개정되기 전의 것) 제101조는 구 상속세및증여세법 제63조의 규정을 적

용하는 경우 같은 법 제63조 제3항의 규정에 의한 중소기업 최대주주 등의 주식 또는

출자지분을 2009. 12. 31. 이전에 상속받거나 증여받는 때에는 같은 법 제63조 제3항

의 규정에도 불구하고 같은 법 제63조 제1항 제1호 및 제2항의 규정에 의하여 평가한

가액에 의한다고 규정하고 있다(이하 '할증평가 적용특례 규정'이라 한다). 조세법률주

의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해

석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석

하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않는다고 할 것인바(대법원 1996. 12. 6. 선고

95누1491 판결 등 참조), 최대주주 등의 주식을 상속받거나 증여받는 것이 아닌

매입한 경우에 대하여까지 할증평가 적용특례 규정이 적용된다고 볼 수는 없으므로,

이 사건 주식의 가액을 산정함에 있어 할증평가 적용특례 규정이 적용된다고 볼 수

는 없다.

다만, 법인이 최대주주 등으로부터 주식을 매입한 경우에 대하여 조세특례제한

법 제101조를 준용한다는 규정이 있을 경우 할증평가 적용특례 규정이 적용될 수 있음

은 당연하다고 할 것이나, 구 법인세법 시행령 제89조 제2항 제2호는 주식의 시가가

불분명한 경우 구 상속세및증여세법 제38조 내지 제39조의2 및 동법 제61조 내지 제64조의 규

정을 준용하여 평가한 가액을 적용한다고 규정하고 있었고, 위 규정은 2010. 12. 30.

대통령령 제22577호로 개정되고 나서야 주식의 시가가 불분명한 경우 구 상속세및증여세법 제

38조, 제39조, 제39조의2, 제39조의3, 제61조 내지 제64조와 함께 조세특례제한법 제

101조를 준용하여 평가한 가액을 적용한다고 규정하게 되었다(이하 '개정된 법인세법

시행령'이라 한다). 개정된 법인세법 시행령은 부칙<대통령령 제22577호, 2010. 12.

30> 제2조에 의하여 시행 후 최초로 개시하는 사업연도부터 적용되는바, 2009 사업연

도에 행하여진 이 사건 거래에는 적용되지 않으므로, 개정된 법인세법 시행령에 의하

여 이 사건 주식의 가액 산정에 할증평가 적용특례 규정이 적용된다고 볼 수도 없다.

따라서 이 사건 주식의 가액을 산정함에 있어서는 구 상속세및증여세법 제63조 제3항에

서 정한 최대주주 등의 주식에 대한 가산 규정을 적용하여야 하는데, 이 사건 거래 당

시 ccc 및 그와 특수관계에 있는 ddd가 보유한 bb연필의 주식이 bb연필 발

행주식 총수의 50/100을 초과하는 사실은 앞서 본 바와 같고, bb연필이 구 상속세및증여세법

시행령에서 정한 중소기업에 해당하는 사실은 당사자들 사이에 다툼이 없으므로, 이

사건 주식의 시가는 앞서 본 bb연필 주식의 가액 123,098원에 15/100를 가산한

141,562원(= 123,098원 × 1.15)이 된다. 이와 같은 전제에서 한 이 사건 처분은 적법

하고, 할증평가 적용특례 규정이 적용되어야 한다는 원고의 주장은 이유 없다.

3. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이

판결한다.

xxx 주식회사

북대전세무서장

2016. 5. 25.

2016. 7. 20.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지피고가 2014. 1. 9. 원고에 대하여 한 2009 사업연도 법인세 210,626,430원의 부과처분을 취소한다.

1. 처분의 경위

가. 원고와 bb연필 주식회사(이하 'bb연필'이라 한다)는 문구제조 및 판매업 등을 목적으로 하는 비상장회사이다.

나. 원고는 2009. 8. 31. 원고의 대표이사로서 특수관계자인 ccc으로부터 bb연필 주식 29,970주(이하 '이 사건 주식'이라 한다)를 1주당 117,000원에 매입하였고(이하 '이