조심-2013-대전청-2613(2013.10.18)

중복조사 및 할증평가 대상인지 여부

조사대상이 실질적으로 서로 다르므로 중복조사 금지의 원칙에 위배된다고 할 수 없으나, 이 사건 주식의 시가를 할증평가 하여 법인세를 증액경정한 처분은 위법함

상속세및증여세법 제63조 제3항 등

2014구합30 법인세부과처분취소

×××

○○세무서장

2014. 11. 5.

2014. 12. 17.

1. 피고가 2012. 10. 2. 원고에 대하여 한 2010년 귀속 법인세 ○○○원의 부과처분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

청 구 취 지

주문과 같다.

1. 처분의 경위

가. 주식 양수 경위 및 법인세 신고・납부 내역

1) 원고는 온열치료기 제조업을 목적으로 하는 비상장 중소기업이다. 원고는 2009~ 2010 사업연도에 aaa, bbb, ccc, ddd, eee 등 5인의 퇴직임원들로부터 5회에 걸쳐 이들이 보유하고 있던 원고 회사의 비상장주식 57,948주(이하 '이 사건 주식'이라 한다)를 21,250,000,000원(양도인에 따라 1주당 287,621원 내지 460,195원으로)에 양수하였다.

2) 원고는 당시 구 상속세 및 증여세법(2011. 12. 31. 법률 제11130호로 개정되기 전의 것, 이하 '상속세및증여세법'이라 한다) 제63조 제1항에서 규정한 보충적 평가방법에 따라 이 사건 주식의 시가를 1주당 662,958원(2010년 매입분은 738,227원)으로 평가한 다음, 구 법인세법(2010. 12. 30. 법률 제10423호로 개정되기 전의 것, 이하 '법인세법'이라 한다) 제52조 제1항의 규정에 의한 특수관계자인 개인으로부터 유가증권을 시가보다 낮은 가액으로 매입한 경우에 해당한다고 보아 법인세법 제15조 제2항 제1호에 따라 위 1주당 662,958원 내지 738,227원으로 산정한 이 사건 주식의 시가와 위 매입가액과의 차액 17,385,144,477원을 해당 사업연도의 익금에 각 산입하여 법인세를 신고・납부하였다.

나. 제1차 세무조사(이하 아래 세무조사를 '제1차 세무조사'라 한다)

1) 대전지방국세청장은 2010. 2. 25. 원고에게 다음과 같은 세무조사결정처분을 하였다. <표생략>

2) 대전지방국세청장은 2010. 4. 15. 원고에게 다음과 같은 '조사범위 및 유형전환'통지를 하였다. <표생략>

3) 대전지방국세청장 소속 조사제2국 제1과는 세무조사를 실시하고, 다음과 같은 내역의 법인세 항목을 적출하였다. 당시 부가가치세 부분은 조사 결과 혐의를 발견하지 못하여 적출 항목이 없었다. <표생략>

다. 제2차 세무조사(이하 아래 세무조사를 '제2차 세무조사'라 한다)

1) 지방국세청장은 2011. 7. 6. 원고에게 다음과 같은 세무조사결정처분을 하였다. <표생략>

2) 지방국세청장 소속 조사제2국은 세무조사를 실시하고, 다음과 같은 내역의 법인세 항목을 적출하였다. <표생략>

라. 이 사건 세무조사결정처분 및 법인세 경정처분

"1) 지방국세청장은 2012. 3. 21. 원고에게 다음과 같은 세무조사결정처분(이하이 사건 세무조사결정처분'이라 한다)을 하였다. 이에 대하여 원고는 2012. 5. 4. 심판청구를 제기하였으나, 2012. 11. 28. 조세심판원으로부터 각하결정을 받았다.",2) 지방국세청장 소속 국제거래조사국은 세무조사를 실시하고, 아래와 같은 내역의 법인세 및 부가가치세 항목을 적출하였다. <표생략>

3) 지방국세청장은 위 세무조사 결과에 따라 원고가 이 사건 주식의 시가를 평가하면서 상속세및증여세법 제63조 제3항에 따른 최대주주 15%의 할증평가를 적용하지 않았다는 이유로, 할증평가액 5,795,271,671원을 추가로 익금산입 하여 처분청인 피고에 통보하였고, 피고는 이를 근거로 2012. 10. 2. 원고에게 2009년 법인세 ○○○원, 2010년 법인세 ○○○원을 각 경정・고지하였다(이하 그 중 위 2010년 귀속 법인세 ○○○원의 부과처분을 '이 사건 법인세 경정처분'이라 한다).

마. 관련사건의 경과

1) 원고가 지방국세청장을 상대로 제기한 이 사건 세무조사결정처분 취소 청구의 소에서 법인세에 관한 세무조사결정처분은 제2차 세무조사 후 이루어진 위법한 중복조사라는 이유로 취소하고 나머지 세목에 대한 세무조사결정처분 취소청구 부분은 각하하는 판결이 내려졌고(서울행정법원 2012구합○○○ 사건), 이에 대한 항소심에서 이 사건 세무조사결정처분 중 2009년 제1기 및 제2기 부가가치세 부분에 관한 원고 패소 부분을 취소하고, 2010년 법인세 부분은 중복조사에 해당하지 않는다는 이유로 그에 관한 피고 패소 부분을 취소한 후 그 부분에 해당하는 원고의 청구를 기각하는 판결이 내려졌다(서울고등법원 2013누○○○ 사건). 현재 원고가 위 판결에 대하여 상고하여 상고심이 계속중이다(대법원 2014두○○○ 사건).

2) 이후 원고는 2014. 9. 19. 피고로부터 2009년 법인세 및 이자상당액 ○○○원을 환급받았다.

바. 전심절차 원고는 이 사건 법인세 경정처분에 불복하여 2013. 4. 25. 조세심판원에 심판청구 하였으나 2013. 10. 18. 기각되었다.

인정근거다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 7, 10호증, 을 제1 내지 4호증의 각 기재(가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함), 변론 전체의 취지

2. 처분의 적법여부

가. 원고의 주장

1) 중복세무조사에 해당

이 사건 세무조사결정처분은 중복세무조사에 해당하므로 위법하게 수집된 과세자료에 근거한 이 사건 법인세 경정처분 역시 위법하다.

2) 주식가치 평가의 위법

양수인인 원고는 '최대주주 등'에 해당하지 않고 자기주식 취득은 경영권 프리미엄이 없으며, 할증평가가 적용되면 거래당사자간 시가가 불일치하게 되는 문제가 있으므로, 원고의 이 사건 주식 취득은 상속세및증여세법 시행령 53조 제5항 제6호에 정한 예외에 해당함으로써 상속세및증여세법 제63조 제3항의 할증평가가 배제되어야 함에도 할증평가금액을 가산하여 이루어진 이 사건 법인세 경정처분은 위법하다.

나. 관계법령

별지와 같다.

다. 판단

1) 중복세무조사 해당 주장에 관하여

앞서 본 인정사실에 변론 전체의 취지를 더하여 보면, ① 제1차 세무조사의 대상에 2010년 귀속분은 포함되어 있지 않는 점, ② 제2차 세무조사는 법인세 관련 특정항목에 관한 감사원의 처분요구에 따라 세무조사결정처분이 이루어졌고, 적출된 항목 도 그 부분에 국한된 점, ③ 지방국세청장의 제2차 세무조사 당시 위 특정 항목외 부분에 대한 조사가 이루어졌다고 볼만한 자료가 없는 점, ④ 지방국세청장은 조사사무처리규정 제12조 제3항에 따라 제2차 세무조사의 대상이었던 부분을 이 사건 세무조사결정처분의 조사대상에서 제외한 점, ⑤ 같은 이유로 앞서 본 관련사건에서 이 사건 세무조사결정처분이 위법하지 않다는 판결이 내려진 점 등이 인정된다.

이러한 사정들을 종합하면, 이 사건 세무조사결정처분 중 2010년 법인세 부분은, 제1차 세무조사와는 조사대상기간이 달라 중복되었다고 할 수 없고, 제2차 세무조사는 실질적으로도 위 특정 항목에 국한된 조사라고 볼 수 있어, 그와 같은 세목이나 같은 과세기간에 해당한다고 할지라도 그 조사대상이 실질적으로 서로 다르므로, 중복조사 금지의 원칙에 위배된다고 할 수 없다(대법원 2005. 1. 14. 선고 2004두10470 판결, 대법원 2009. 9. 24. 선고 2009두9536 판결 참조).

따라서 이 사건 법인세 경정처분은 중복조사에 근거하여 내려진 처분이라고 할수 없으므로, 이 부분 원고의 주장은 이유 없다.

2) 주식가치 평가의 위법 주장에 관하여

법인세법 제15조 제2항 제1호는 "법인세법 제52조 제1항에 의한 특수관계자인 개인으로부터 유가증권을 같은 조 제2항에 의한 시가에 미달하는 가액으로 매입하는 경우 시가와 그 매입금액의 차액에 상당하는 금액을 익금으로 본다"고 규정하고 있고, 구 법인세법 시행령(2010. 12. 30. 대통령령 제22577호로 개정되기 전의 것, 이하 '법인세법 시행령'이라 한다) 제87조 제1항 제3호는 '법인의 임원, 사용인'을 법인세법 제52조 제1항의 '대통령령으로 정하는 특수관계에 있는 자'의 하나로 들고 있으며, 같은법 시행령 제89조 제2항 제2호는 "법인세법 제52조 제2항을 적용할 때 시가가 불분명한 경우에는 상속세및증여세법 제61조부터 제64조까지의 규정을 준용하여 평가한 가액을 적용하여 계산한 금액에 의한다"고 규정하고 있다.

한편 상속세및증여세법 제63조 제3항은 "최대주주 등의 주식등(평가기준일이 속하는 사업연도 전 3년 이내의 사업연도부터 계속하여 「법인세법」 제14조 제2항에 따른 결손금이 있는 법인의 주식 등 대통령령으로 정하는 주식 등은 제외한다)에 대해서는 제1항 제1호 및 제2항에 따라 평가한 가액 또는 제60조 제2항에 따라 인정되는 가액에그 가액의 100분의 20(대통령령으로 정하는 중소기업의 경우에는 100분의 10으로 한다)을 가산하되, 최대주주 등이 해당 법인의 발행주식 총수 등의 100분의 50을 초과하여 보유하는 경우에는 100분의 30(대통령령으로 정하는 중소기업의 경우에는 100분의 15로 한다)을 가산한다"고 규정하고 있고, 위와 같은 할증평가의 대상에서 제외되는 주식의 하나로서 구 상속세 및 증여세법 시행령(2011. 7. 25. 대통령령 제23040호로 개정 되기 전의 것, 이하 '상속세및증여세법 시행령'이라 한다) 제53조 제5항 제6호는 '최대주주 등이 보유하고 있는 주식 등을 최대주주 등 외의 자가 법 제47조 제2항에서 규정하고 있는 기간 이내에 상속 또는 증여받은 경우로서 상속 또는 증여로 인하여 최대주주 등에 해당되지 아니하는 경우'를 들고 있다.

다른 한편 상법은 회사가 자기주식을 취득하면 자기가 자기의 구성원이 된다는 논리적 모순을 범하게 되고 자기주식을 유상취득하면 회사의 자산을 감소시키고 사실상 특정 주주에 대한 출자를 환급하는 결과에 되는 문제점을 감안하여 엄격히 자기주식취득을 제한하고 있고(상법 제341조, 제341조의2 등), 취득한 자기주식은 의결권이 없다(상법 제369조 제2항)고 규정하고 있다.

"이러한 관련규정의 내용과, 상속세및증여세법 제63조 제3항은 최대주주 등이 보유하는 주식 등은 그 가치에 더하여 당해 회사의 경영권 내지 지배권을 행사할 수 있는 특수한 가치, 이른바경영권(지배권) 프리미엄'을 지니고 있어서 이와 같은 회사의 지배권이 정당한 조세부과를 받지 아니하고 낮은 액수의 세금만을 부담한 채 이전되는 것을 방지하고 적정한 과세를 위한 공정한 평가방법으로 도입된 규정이라는 점(헌법재판소 2003. 1. 30.자 2002헌바65 결정 참조), 법인세는 법인의 소득에 대한 세금이라는 점(법인세법 제2조 참조) 등을 종합하여 보면, 회사가 최대주주 등의 주식 등을 매수함으로써 취득한 자기주식은 상속세및증여세법 시행령 제53조 제5항 제6호 소정의 '최대주주 등 외 의 자가 최대주주 등의 주식 등을 매수한 경우로서 매매로 인하여 최대주주 등에 해당되지 아니하는 경우'에 해당한다고 봄이 타당하다.",이 사건에서 보건대, 원고가 회사의 임원들이 보유하고 있던 이 사건 주식을 자기주식으로 취득한 사실은 앞서 본 바와 같으므로, 이 사건 주식에 대하여는 상속세및증여세법 시행령 제53조 제5항 제6호에 의하여 할증평가가 제외된다고 할 것이다.

그렇다면, 이와 달리 이 사건 주식의 시가를 할증평가 하여 법인세를 증액경정한 이 사건 법인세 경정처분은 위법하다.

이에 대하여 피고는 상속세및증여세법 시행령 제53조 제5항 제6호는 '상속 또는 증여받은 경우'에 한정하여 적용되는 것이라고 주장하나, 법인세법 시행령 제89조 제2항 제2호가 준용하는 상속세및증여세법 제63조 제3항 본문 괄호 부분이 최대주주 등의 주식 등에 해당하더라도 대통령령으로 정하는 주식 등은 할증평가에서 제외하도록 규정하고 있으므로, 피고의 주장은 받아들일 수 없다.

3. 결 론

그렇다면 원고의 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.