부과처분시 법리가 명백하지 않아 그 해석에 다툼의 여지가 있는 경우 그 하자가 명백하다고 할 수 없어 무효사유에 해당하지 않음

그 법률관계나 사실관계에 대하여 그 법령의 규정을 적용할 수 없다는 법리가 명백히 밝혀지지 아니하여 그 해석에 다툼의 여지가 있는 때에는 과세관청이 이를 잘못 해석하여 과세처분을 하였더라도 이는 과세요건사실을 오인한 것에 불과하여 그 하자가 명백하다고 할 수 없음

국세기본법 제8조서류의 송달

국세징수법 제9조납세의 고지 등

2016구합58697 양도소득세등부과처분무효확인

홍AA

○○세무서장

2016. 6. 15.

2016. 7. 29.

1. 이 사건 소 중 지방소득세, 농어촌특별세의 각 부과처분에 대하여 각 무효 확인을 구하는 부분을 각하한다.

2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

3. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 원고에게 한, 2015. 5. 1.자 양도소득세 00,000,000원, 지방소득세 0,000,000원의 각 부과처분 및 2012. 5. 30.자 농어촌특별세 0,000,000원의 부과처분이 각 무효임을 확인한다(원고는 위 양도소득세 및 지방소득세 부과처분일을 2012. 5. 9.로 특정하고 있으나, 이는 갑 제3호증의 기재에 비추어 오기임이 명백하므로, 위와 같이 정정한다).

1. 처분의 경위

가. 원고는 1997. 1. 21. ○○ ○○구 ○○동에 있는 무허가 건물을 취득하였다가 위 건물이 재개발되면서 2002. 9. 6. 아파트 1채를 분양받았고 2006. 11. 23. 위 아파트를 처분하였다.

나. 원고는 2006. 12. 8. 피고에게 양도소득 과세표준 예정신고를 하면서 구 조세특례제한법(2006. 10. 4. 법률 제8050호로 개정되기 전의 것, 이하 '조세특례제한법'이라 한다) 제99조의3에 따라 양도소득세 33,853,326원을 감면세액으로 신고하고 농어촌특별세 6,770,660원만을 신고・납부하였다.

다. 그런데 피고는 조세특례제한법 제99조의3을 해석함에 있어 위 건물의 취득일로부터 위

아파트의 취득일 전일까지의 양도소득에 대하여는 양도소득세가 감면되지 않는다고 보고 2012. 5. 1. 원고에 대하여 양도소득세 25,346,904원 부과하는 한편, 원고가 이미 신고・납부한 농어촌특별세 6,770,660원을 2,439,180원으로 감액하는 처분(이하 '이 사건 제1처분'이라 한다)을 하면서 그 차액 4,331,480원을 위 양도소득세에 충당하였다. 한편 원고에게는 지방소득세 2,165,740원도 부과되었다.

라. 이후 피고는 원고의 요구에 따라 위 건물의 취득가액을 재산정하여 2012. 5. 30. 원고에 대하여 양도소득세 25,346,904원을 23,954,900원으로 감액하는 한편, 농어촌특별세 2,439,180원을 2,647,130원으로 증액하는 처분(이하 '이 사건 제2처분이라 한다)을 하였다. 한편 원고에게 부과된 지방소득세 2,165,740원도 2,061,760원으로 감액되었다.

마. 원고는 2012. 7. 9. 피고에게 이 사건 제1처분에 대하여 이의신청을 하였으나, 피고는 2012. 7. 31. 이를 기각하는 결정을 하였다.

바. 이후 원고는 대법원이 2014. 12. 11. 조세특례제한법 제99조의3에 관한 피고의 위 해석과 상반되는 취지의 판결(대법원 2013두2273)을 선고하자 2015. 6. 18. 및 같은 해 8. 28. 피고에게 이 사건 제2처분에 대하여 각 이의신청을 하였으나, 피고는 2015. 7. 17. 및 같은 해 9. 22. 이를 각 각하하는 결정을 하였다.

사. 원고는 2015. 10. 5. 조세심판원에 이 사건 제2처분 및 지방소득세 부과처분에

대하여 심판청구를 하였는데, 조세심판원은 이 사건 제2처분 중 농어촌특별세 부과처분의 증액된 부분에 대하여만 취소하고 나머지 심판청구는 각하하는 결정을 하였다.

[인정근거] 다툼이 없음, 갑 제1 내지 10호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지.

2. 소의 적법여부에 대한 판단

가. 지방소득세의 부과처분에 대한 무효 확인을 구하는 소부분

직권으로 살피건대, 거주자의 양도소득에 대한 지방소득세는 납세지 관할 시장・

군수・구청장에게 신고・납부하여야 하며 거주자의 양도소득에 대한 지방소득세의 경

정 또한 납세지 관할 시장・군수・구청장이 하는 것이므로, 세무서장이 국세기본법 또

는 소득세법에 의한 경정・결정 등에 따라 부과고지방법에 의하여 소득세를 징수하는 경우 그 지방소득세를 함께 부과・고지하더라도 이는 해당 시장・군수・구청장이 부

과・고지한 것으로 보므로, 그 부과처분의 취소를 구하는 항고소송의 피고는 소득세

납세지를 관할하는 해당 시장・군수・구청장이 되어야 하므로(대법원 2005. 2. 25. 선

고 2004두11459 판결 참조), 이 부분 소는 피고 적격이 없는 자를 상대로 한 것이다.

나. 농어촌특별세의 부과처분에 대한 무효 확인을 구하는 소부분

1) 농어촌특별세 2,647,130원의 부과처분 중 2,439,180원을 초과하는 부분에 대한

무효확인을 구하는 소부분 갑 제9호증, 을 제1호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면, 조세심판원은 이 사건 제2처분의 납세고지서가 송달되지 아니하였다고 보고 이 사건 제2처분 중 농어촌특별세의 증액된 부분에 대하여 취소를 명하는 결정을 한 사실, 이에 피고는 2016. 2. 11. 원고에 대하여 농어촌특별세를 2,647,130원에서 2,439,180원으로 감액하는 처분을 한 사실을 인정할 수 있는바, 그렇다면 당초 농어촌특별세 2,647,130원의 부과처분 중 2,439,180원을 초과하는 부분은 이미 적법하게 취소되었으므로, 이 부분 소는 그 대상 적격이 없다.

2) 나머지 농어촌특별세 2,439,180원의 부과처분에 대하여 무효 확인을 구하는 소

부분

직권으로 살피건대, 과세처분에 관한 납세고지서의 송달이 국세기본법 제8조 제1항의 규정에 위배되는 부적법한 것으로서 송달의 효력이 발생하지 아니하는 이상, 그 과세처분은 무효인데(대법원 1995. 8. 22. 선고 95누3909 판결 등 참조), 이 사건 제2처분의 납세고지서가 피고에게 송달되었다고 볼 만한 아무런 근거가 없으므로, 이 사건 제2처분 중 농어촌특별세 2,439,180원의 부과처분은 무효라고 볼 것이다. 피고는 국세기본법 제22조의2 제1항이 '세법에 따라 당초 확정된 세액을 증가시키는 경정은 당초 확정된 세액에 관한 이 법 또는 세법에서 규정하는 권리・의무에 영향을 미치지 아니한다'라고 규정하고 있다는 점에 비추어 이 사건 제2처분에서 비로소 증액된 세액을 제외한 당초 농어촌특별세 2,439,180원은 이미 확정된 세액으로서 이 사건 제2처분의 송달절차 하자를 이유로 농어촌특별세의 부과처분 전부를 무효로 볼 수 없다는 취지로 주장하므로 살피건대, 국세기본법 제22조의2 제1항의 주된 입법 취지는 증액경정처분이 있더라도 불복기간의 경과 등으로 확정된 당초 신고 또는 결정에서의 세액만큼은 그 불복을 제한하려는 데 있는 것이기는 하지만(대법원 2009. 5. 14. 선고 2006두17390 판결 등 참조), 어떤 과세처분의 위법성이 중대하고 명백하여 무효에 이르는 경우 그 과세처분에 대하여는 그 불복기간의 경과에 관계없이 언제든지 불복할 수 있는바(대법원 1995. 8. 22. 선고 95누3909 판결 등 참조), 결국 이 사건과 같이 증액경정 처분의 납세고지서가 납세의무자에게 송달되지 아니하여 그 증액경정처분을 무효로 보아야 하는 경우에까지 국세기본법 제22조의2 제1항이 적용된다고 볼 수 없으므로, 피고의 위 주장은 받아들일 수 없다.

다만, 이 경우일지라도 원고가 당초 신고・납부한 농어촌특별세에서 이 사건 제1처분에 따라 감액된 나머지 농어촌특별세 2,439,180원 부분은 아무런 영향을 받지 아니하고 독립하여 유효하게 존속하므로(대법원 1995. 8. 22. 선고 95누3909 판결 참조), 결국 원고는 이 사건 제2처분 중 대상적격이 없어 부적법한 부분을 제외한 나머지 농어촌특별세 2,439,180원의 부과처분에 대하여 그 무효 확인을 구할 이익이 없다고 볼것이다.

다. 소결론

이 사건 소 중 지방소득세, 농어촌특별세의 각 부과처분에 대하여 각 무효 확인을

구하는 부분은 소송요건을 갖추지 못하여 부적법하다.

3. 처분의 무효여부에 대한 판단

가. 원고의 주장

이 사건 제1처분 중 양도소득세 부과처분은, 위 대법원 판결에 따라 당초 과세할 수 없는 것을 과세한 것이고, 또한 원고가 당초 신고・납부한 농어촌특별세 중 이 사건 제1처분으로 감액되고 남은 차액을 원고에 대한 통지 없이 양도소득세에 충당하면서 내려진 것이며, 나아가 그 징수처분은 징수권의 소멸시효 기간 만료 후에 이루어졌으므로 당연 무효로 보아야 한다.

나. 판단

1) 과세처분이 당연무효라고 하기 위하여는 그 처분에 위법사유가 있다는 것만으로는 부족하고 그 하자가 법규의 중요한 부분을 위반한 중대한 것으로서 객관적으로

명백한 것이어야 하며, 하자가 중대하고 명백한지 여부를 판별할 때에는 그 과세처분의 근거가 되는 법규의 목적・의미・기능 등을 목적론적으로 고찰함과 동시에 구체적 사안 자체의 특수성에 관하여도 합리적으로 고찰하여야 한다. 그리고 어느 법률관계나 사실관계에 대하여 어느 법령의 규정을 적용하여 과세처분을 한 경우 그 법률관계나 사실관계에 대하여는 그 법령의 규정을 적용할 수 없다는 법리가 명백히 밝혀져서 그 해석에 다툼의 여지가 없음에도 과세관청이 그 법령의 규정을 적용하여 과세처분을 하였다면 그 하자는 중대하고도 명백하다고 할 것이나, 그 법률관계나 사실관계에 대하여 그 법령의 규정을 적용할 수 없다는 법리가 명백히 밝혀지지 아니하여 그 해석에 다툼의 여지가 있는 때에는 과세관청이 이를 잘못 해석하여 과세처분을 하였더라도 이는 과세요건사실을 오인한 것에 불과하여 그 하자가 명백하다고 할 수 없다(대법원 2013.12.26. 선고 2011다103809 판결 등 참조).

2) 조세특례제한법 제99조의3 제1항 본문 전단은 '거주자가 재개발조합을 통하여 취득하는

주택 등의 신축주택을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여 양도소득세를 감면한다'고 규정하고 있었는데, 이 사건 제1처분 당시에는 그 해석, 적용과 관련하여 신축주택 취득일 전에 발생한 양도소득에 대하여도 감면이 이루어지는지 여부에 대한 다툼이 있었다가 대법원 2014. 12. 11. 선고 2013두2273 판결에서 기존주택의 취득일부터 신축주택의 취득일까지의 양도소득에 대하여는 양도소득세가 감면되지 않는다는 취지의 원심판결을 취소하면서 신축주택을 취득하여 5년 이내에 양도하는 경우 기존 주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전까지의 양도소득과 신축주택의 취득일부터 양도일까지의 양도소득을 구분할 필요 없이 양도소득세 전액이 감면되어야 한다고 판단하였으므로, 조세특례제한법 제99조의3 제1항 본문 전단에 관한 법리는 그 무렵 비로소 명백히 밝혀졌다 할 것이다. 비록 이 사건 제1처분 중 양도소득세 부과처분 부분이 위법하다 하더라도, 그 부과처분 당시에는 조세특례제한법 제99조의3 제1항 본문 전단에 관한 법리가 명백히 밝혀지지 아니하여 그 해석에 다툼의 여지가 있는 상황이어서 그 하자가 명백하다고 할 수 없으므로 그와 같은 위법이 무효사유에 해당하지는 않는다 할 것이다.

또한 설령 피고가 원고에게 환급해야 할 농어촌특별세의 일부를 양도소득세에 충당하면서 원고에게 통지하지 아니하였다거나, 그 징수처분이 징수권의 소멸시효 기간 만료 후에 이루어진 것이라고 하더라도(국세기본법 제27조 제1항 제2호에 따르면 양도소득세 징수권의 소멸시효기간은 5년인데, 원고는 위 양도소득세 부과처분은 2012. 5. 1.에 이루어졌고 2013. 2. 5. 그 납세고지서를 받았다면서도 이러한 주장을 하고 있다), 이는 위 양도소득세 부과 처분 이후 세금의 납부와 관련된 문제로서 위 양도소득세 부과처분의 효력에 아무런 영향을 미치지 아니한다.

다. 소결론

따라서 원고의 위 주장은 받아들일 수 없고, 위 양도소득세 부과처분은 적법하다.

4. 결론

그렇다면 이 사건 소 중 지방소득세 및 농어촌특별세의 각 부과처분에 대하여 각 무효 확인을 구하는 부분은 부적법하여 각하하고, 원고의 나머지 청구는 이유 없어 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.