소득금액변동통지에 대한 불복청구는 과세관청의 납세고지인 징수처분에 대한 항고소송에서 이를 다툴 수는 없다

소득금액변동통지가 있는 경우에 원천징수하는 소득세의 납세의무에 관하여는 이를 확정하는 소득금액변동통지에 대한 항고소송에서 다투어야 하고, 원천징수의무자인 법인이 확정된 원천징수 소득세의 납세의무를 이행하지 아니함에 따라 이루어지는 과세관청의 납세고지인 징수처분에 대한 항고소송에서 이를 다툴 수는 없다

제19조 (손금의 법위)

서울행정법원2017구합56551

무자료 주장 금액에 대하여는 객관적 증빙이 부족하다는 이유로 원고의 주장을

받아들이지 않고, 이 사건 가공 매출액에 대해서는 원고의 주장대로 이를 익금불산입

하여, 2010 사업연도 법인세 *,158,810원, 2011 사업연도 법인세 **,447,910원, 2012

사업연도 법인세 *,865,530원, 2013 사업연도 법인세 *03,240원(각 가산세 포함)을 각결정고지(이하 '이 사건 각 법인세 부과처분'이라 한다)하는 한편, (2) 201*. 12. 1.

이 사건 가공 매입금액과 이에 대한 부가가치세 **,792,256원을 합한 ***,714,823원을원고의 대표이사 윤FF에 대한 상여로 소득처분하여 2008년 귀속 *,587,407원, 2009년 귀속 **,025,263원, 2010년 귀속 **,663,595원, 2011년 귀속 **,638,627원, 2012년귀속 **,***,000원의 각 소득금액변동통지(이하 '이 사건 각 소득금액변동통지'라 한다)를 하였고, (3) 201* 9. 15. 대표자 상여처분에 대한 원천징수 근로소득세를 신고ㆍ납부하지 않았다는 이유로 2008 내지 2012 귀속 근로소득세 합계 **,***,721원을 각 징수고지(이하 '이 사건 각 근로소득세 징수처분'이라 한다)하였다.

라. 원고는 이 사건 각 법인세 부과처분에 불복하여 201*. 7. 22. 국세청장에게 심사

청구를 하고, 201*. **. 21. 위 심사청구의 불복 대상에 이 사건 각 근로소득세 징수처분을 추가하였으나, 20**. **. 15. 모두 기각되었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증, 을 제1, 2, 5, 6호증(각 가지번호 포함)의 각

기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 각 소득금액변동통지 취소청구 부분에 대한 본안전 항변에 관한 판단

가. 피고는 이 사건 소 중 이 사건 각 소득금액변동통지의 취소를 구하는 부분이 전

심절차를 거치지 않아 부적법하다고 본안전 항변을 한다.

소득금액변동통지에 대하여 불복이 있는 자는 국세기본법 제56조 제2항, 제55조에

따라 같은 법에서 정한 심사청구 또는 심판청구를 거쳐야만 해당 처분에 대한 행정소

송을 제기할 수 있고, 이때의 심사청구 또는 심판청구는 그 청구기간을 준수하는 등으

로 적법한 것이어야 하며, 국세기본법 제61조 제1항, 제2항, 제68조에 따르면, 국세 부과처분에 대한 심사청구 및 심판청구는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은때에는 그 받은 날)부터 90일 이내에 제기하여야 한다.

을 제6호증의 1 내지 6의 각 기재에 의하면, 원고가 이 사건 각 소득금액변동통지서

를 2016. *. 11. 수령한 사실을 알 수 있는데, 원고가 그로부터 90일 내에 이 사건 각

소득금액변동통지에 대하여 심사청구 또는 심판청구를 거쳤음을 인정할 만한 증거가

없고, 앞서 이 사건 각 법인세 부과처분에 대한 심사청구 절차에서 불복 대상으로 추

가한 이 사건 근로소득세 징수처분을 이 사건 각 소득금액변동통지를 다툰 것으로 선

해하더라도, 그 추가가 이 사건 각 소득금액변동통지를 수령한 2016. *. 11.부터 90일

이 지난 이후임이 역수상 명백한 2016. 10. 21.에야 이루어졌으므로, 이는 청구기간을

도과하여 제기된 것이어서 부적법한 청구에 불과하다.

나. 원고는 후행처분인 이 사건 근로소득세 징수처분에 대하여 행정심판의 재결을

거쳤다면 선행처분인 이 사건 각 소득금액변동통지에 관하여 행정심판을 거치지 않고

취소소송을 제기할 수 있다고 보아야 한다고 주장한다.

그러나 원고의 위 주장은 국세 부과처분에 대한 전심절차인 심사청구나 심판청구를

처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때는 그 받은 날)로부터 90일 이내에 하여야

한다는 국세기본법의 규정을 무의미하게 만드는 것으로 받아들일 수 없다. 그뿐만 아

니라, 2개 이상의 같은 목적의 행정처분이 단계적ㆍ발전적 과정에서 이루어진 것으로

서 서로 내용상 관련이 있는 경우에 적용되는 전심절차 완화의 법리는 '행정청으로 하

여금 기본적 사실관계와 법률문제에 대하여 다시 판단할 수 있는 기회를 부여하였고

납세의무자로 하여금 굳이 다시 전심절차를 거치게 하는 것이 가혹하다고 보이는 등의

정당한 사유가 있는 때에는 관련 처분에 대하여 전심절차를 거쳤으면 당해 처분에 대

하여 전심절차를 거치지 않아도 된다'는 것이다. 그런데 과세관청의 소득처분과 그에

따른 소득금액변동통지가 있는 경우에 원천징수하는 소득세의 납세의무에 관하여는 이

를 확정하는 소득금액변동통지에 대한 항고소송에서 다투어야 하고, 소득금액변동통지

가 당연무효가 아닌 한, 원천징수의무자인 법인이 확정된 원천징수 소득세의 납세의무

를 이행하지 아니함에 따라 이루어지는 과세관청의 납세고지인 징수처분에 대한 항고

소송에서 이를 다툴 수는 없는바(대법원 2012. 1. 26. 선고 2009두14439 판결 참조),

원천징수하는 소득세의 납세의무에 관하여 다투면서, 이를 다툴 수 없는 징수처분에

대한 전심절차를 거쳤음을 이유로 소득금액변동통지에 대한 전심절차를 거치지 않아도

된다고 볼 수는 없다.

다. 따라서 이 사건 소 중 이 사건 각 소득금액변동통지의 취소를 구하는 부분은 부

적법하고, 이를 지적하는 피고의 본안전 항변은 이유 있다.

3. 이 사건 각 법인세 부과처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

원고는 ZZ스틸 등으로부터 이 사건 무자료 주장 금액 상당의 철강을 세금계산서를

발행하지 아니하고 무자료 거래를 통하여 매입하면서, 원고의 대표이사 YYY과YYY의 장모 김00 명의 계좌를 이용하여, 각 매출처의 요청에 따라 ZZ스틸의 물품대

금은 강00, 진00, 조00에게, XX테크의 물품대금은 김00, 이00, 박00에게,

CC밀의 물품대금은 조00에게, VV테크의 물품대금은 허00원에게 각 송금하는

방식으로 지급하였으므로, 이 사건 무자료 주장 금액에 대하여 손금산입을 하지 않은

이 사건 각 법인세 부과처분은 위법하다.

나. 관계 법령

■ 법인세법

제19조(손금의 범위)

① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당

법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다.

② 제1항에 따른 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인

의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적

인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

④ 제1항부터 제3항까지의 규정에 따른 손비의 범위 및 구분 등에 관하여 필요한 사항은 대통

령령으로 정한다.

■ 법인세법 시행령

제19조(손금의 범위)

법 제19조 제1항에 따른 손비는 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각 호에

규정하는 것으로 한다.

1. 판매한 상품 또는 제품에 대한 원료의 매입가액(기업회계기준에 따른 매입에누리금액 및 매

입할인금액을 제외한다)과 그 부대비용

다. 판단

1) 법인세과세처분 취소소송에 있어서의 과세근거로 되는 과세표준의 입증책임은

과세관청에 있는 것이고, 과세표준은 수입으로부터 필요경비를 공제한 것이므로 수입

및 필요경비의 입증책임은 과세관청에 있다 할 것이나, 필요경비는 납세의무자에게 유

리한 것이고 그 필요경비를 발생시키는 사실관계의 대부분은 납세의무자가 지배하는

영역 안에 있는 것이어서 그가 입증하는 것이 손쉽다는 점을 감안해 보면, 납세의무자

가 입증활동을 하지 않고 있는 필요경비에 대해서는 부존재의 추정을 용인하여 납세의

무자에게 입증의 필요성을 인정하는 것이 공평의 관념에 부합된다(대법원 2004. 9. 23.선고 2002두1588 판결 등 참조).

2) 갑 제1, 2호증의 각 기재, 증인 조규열의 증언에 의하면, 윤00과 김00 명의

예금계좌에서 강00, 진00, 조00, 김00, 이00,박00, 허00(이하 '강00 등'

이라 한다) 명의의 계좌로 합계 ***,268,000원이 이체된 사실, 2008 내지 2012 사업연도 당시 원고의 영업이사이던 조00이 윤00로부터 2011. *. 23. *,168,000원, 2011.

*. 31. **,000,000원, 20**. 6. 1. *,850,000원, 2011. *. 11. **,000,000원을 각 이체 받은 사실, 원고가 전심절차에서 제출한 원고의 전산장부에 일부 무자료 매입에 관한 기재가 되어 있는 사실, 증인 조규열도 자신이 윤FF로부터 입금 받은 돈은 무자료 매입과 관련된 것으로 기억한다는 취지로 증언한 사실을 인정할 수 있으나, 한편 거래명세표나 입ㆍ출고증 등 원고와 ZZ스틸 등 사이에 원고의 주장과 같은 무자료 매입거

래를 하였음을 뒷받침할 자료가 없을 뿐만 아니라, 원고가 이 사건 무자료 주장 금액

의 수령인이라고 주장하는 강00 등에게 이체된 각 금원이 ZZ스틸 등에게 전달되었

다거나 강00 등과 ZZ스틸 등의 관계를 인정할 수 있는 자료조차 없어, 앞서 인정

한 사실만으로 강00 등에게 이체된 이 사건 무자료 주장 금액이 ZZ스틸 등과 무자

료로 매입거래를 하고 지급한 부외원가라고 인정하기 부족하다. 따라서 이 사건 무자

료 주장 금액을 손금에 산입하지 아니한 이 사건 각 법인세 부과처분은 적법하다.

4. 결론

그렇다면 이 사건 소 중 이 사건 각 소득금액변동통지의 취소를 구하는 부분은 부적

법하므로 이를 각하하고, 이 사건 각 법인세 부과처분의 취소청구는 이유 없으므로 이

를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.

주식회사*****테크

송*세무서장

2018.09.06.

2018.10.25.

1. 이 사건 소 중 201*. 12. 1.자 각 소득금액변동통지처분의 취소를 구하는 부분을 각하한다.

2. 원고의 2016. 5. 3.자 각 법인세 부과처분에 대한 취소청구를 기각한다.

3. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지피고가 201*. 5. 3.1) 원고에게 한, (1) 2010 사업연도 법인세 *,158,810원, 2011 사업연도 법인세 **,447,910원, 2012 사업연도 법인세 *,865,530원, 2013 사업연도 법인세***,240원(각 가산세 포함)의 각 부과처분 및 (2) 2015. 12. 1. 원고에게 한, 2008년도귀속 *,***,407원의 소득금액변동통지처분, 2009년도 귀속 **,***,263원의 소득금액변동통지처분, 2010년도 귀속 **,***,595원의 소득금액변동통지처분, 2011년도 귀속**,***,627원의 소득금액변동통지처분, 2012년도 귀속 **,***,000원의 소득금액변동통지처분을 각 취소한다.

1. 처분의 경위

가. **지방국세청장은 HH칼라스틸 주식회사(이하 'HH칼라스틸'이라 한다)에 대한 세무조사를 실시하여, HH칼라스틸이 2008 내지 2012 사업연도에 철강자재 판매업등을 영위하는 원고에게 실물거래 없이 세금계산서 합계 237,922,567원(부가가치세 불포함, 이하 '이 사건 가공 매입액'이라 한다)을 발급하였다고 조사하여 피고에게 과세자료를 통보하였다. 나. 피고는 201*. *. 8.부터 2015. *. **.까지 세 차례 원고에게 위 과세자료에 대한 해명을 요청하였고, 원고는 이 사건 가공 매입액은 인정하나, 위 각 사업연도 기간 동안 ZZ스틸, XX테크, CC정밀, VV진테크(이하 'ZZ스틸 등'이라 한다)와 합계 **,268,000원(이하 '이 사건 무자료 주장 금액'이라 한다)의 무자료 매입거래를 하고, AA엔지니어링, SS정밀, DD철강과 합계 **,148,000원(이하 '이 사건 가공 매출액'이라 한다)의 가공매출 거래를 하였다고 주장하면서, 이 사건 무자료 주장 금액을 손금에 산입하고, 이 사건 가공 매출액을 익금에 불산입할 것을 요청하였다.다. 피고는 원고에게, (1) 201*. 5. 3. 이 사건 가공 매입액을 손금불산입하면서, 이